“1712年，我生于日内瓦，父亲为伊萨克·卢梭，母亲为苏珊·贝尔纳，两人都是公民。”最后两个字颇有深意。因为日内瓦的2万居民中，只有1600人拥有公民的头衔和权利，卢梭个人的历史即由此说起。他的家族具有法国血统，但自1529年即已定居日内瓦。祖父是加尔文教派的牧师，而作为孙儿的他，终其一生，于信仰抉择上，始终停留在加尔文教徒的阶段。父亲是一位想象力丰富、情绪不稳定的优秀钟表匠。1704年的婚姻，为他带来一笔价值1.6万弗罗林的嫁妆。在儿子弗朗索瓦出世后，伊萨克抛妻弃子（1705年），远赴君士坦丁堡，在那里逗留6年之久。然后不知何故，骤返家园，卢梭就在这时出世。卢梭说：“我就是他这次归来所结的不幸的果实。”卢梭诞生不到一个礼拜，母亲就患产褥热去世了。“我来到这个世界，几乎毫无活下去的迹象，也未稍怀希望能有人把我抚养长大。”
一位姑妈对他悉心照顾，从而救了他，为此，卢梭说：“我会毫不迟疑地原谅你。”这位姑妈歌唱得很好，这可能陶冶了他的性情，使他终生爱好音乐。他性格早熟，很早就学会了阅读。由于父亲伊萨克喜爱浪漫传奇的故事，父子二人于是一起埋首于苏珊遗留下来的书堆中。卢梭是在法国式爱情故事、普卢塔克的《希腊罗马名人传》和加尔文教派的道德观糅合而成的气氛中成长的，这使他的性格趋于不稳。他十分正确地把自己描写成“又粗鲁、又温和，而具有柔弱和刚强的性格。这一性格，游移于怯懦和勇敢、浮华和高洁之间，常使我与自己作对”。
1722年，他的父亲跟戈蒂埃上尉争吵，打伤对方，因而受到市政长官的传讯。为了免除牢狱之灾，伊萨克只得逃离日内瓦，定居在13英里外的尼永。数年后，伊萨克再婚。弗朗索瓦和卢梭兄弟二人，由他们的舅父加布里埃尔·贝尔纳收养。弗朗索瓦不久离开，在一个钟表匠那里做学徒，从此在卢梭所有的记载中再也没有出现过。至于卢梭，却和他的表兄亚伯拉罕·贝尔纳一起被送到邻近的博赛村一家由牧师朗贝西耶管理的寄宿学校。“我们在这里学习拉丁文，及所有美其名曰教育的没有用的东西。”加尔文教派的教义是比较具有实际内容的课程。
卢梭喜爱他的老师，尤其是牧师的妹妹朗贝西耶小姐。她年已30岁，而卢梭才11岁，但他以一种怪异的方式私恋着她。卢梭犯了错，被她鞭打之际，他却在被她亲手鞭笞的痛楚中获得快感。“痛楚与羞辱，混合着某一程度的邪欲，使我渴望再度受到惩罚，而不感到害怕。”卢梭故意犯错惹她生气而希望在鞭笞中获得快感，由于这一企图过于明显，她决定不再鞭打他。一种性爱虐狂的因素，在他的性爱习性中一直保留到晚年：
如此，我怀着此一极端激烈的热情，度过了青春期，但是，除了朗贝西耶小姐在不知不觉中引起我如许念头之外，我并不知道，甚或并不希望有其他满足情欲的方式，而且我长大成人后，那种幼稚的嗜好，不但没有消失，反而在与异性交往时表现得更加明显。这种愚蠢的行为加上一种天生的胆怯，使我难以获得女性的青睐，以致面对我最喜欢的人都会惶惑终日、默然相对，而提不起勇气表露内心的爱慕企盼之情……现在我已写到《忏悔录》最隐晦迷惘情节的一段，也是最困难的一段。我们将只不过是一些荒诞可笑的事当作真正的罪状来坦白公开，总令人感到矛盾而百思莫解。
晚年他觉得自己受到世界敌对与朋友打击时，他可能找到了一种获得快感的因素。
除了朗贝西耶小姐的鞭笞外，他对四周环境的自然景象，也甚为欣赏：“乡间是如此迷人……以致我满怀着一种时间无法冲淡的、对乡村生活的热情。”在博赛的两年，可能是他一生中最为快乐的日子，虽然他在此处同时发现了世界上的不义。因为无中生有的理由而受责，而使他反抗，使他持久地怨恨，也因此使他“学着去掩饰、去说谎。所有这些恶习通常在我们成年之时，即开始腐蚀我们快乐、幸福、天真无邪的赤子之心”。
他从未更进一步接受正式或高等的教育。而他之所以欠缺平衡、判断和自我控制，及将理性置于情感之下，部分原因可能是他求学时期结束得太早。1724年，12岁的他就跟表兄一起被叫回贝尔纳的家里。他到尼永看望父亲，在这里，他爱上了伍尔滕小姐，但遭对方拒绝。其后又与柯婷小姐恋爱，卢梭说：“她对我非常亲热，却不容许我对她回报以任何亲昵的举动。”经过一年的犹豫，他成为日内瓦一位雕刻匠的学徒。他喜爱素描，同时学习如何雕刻表盖，但是主人常为一点小过错而严厉地鞭打他，而且“逼着我去做那些为自己天性所歧视的罪行，诸如欺诈、懒惰和偷窃”。昔日一个快快乐乐的小孩，竟然成了一个忧郁、孤独、性格内向的人。
他以广泛阅读自附近图书馆借来的书籍，并以礼拜天到乡下远足的方式获得安慰。有两次，由于在田野闲逛太久，返回途中，他方才发现城门已关闭了。他只好在野外打发掉晚上的时光，以致第二天被指责为工作不力，受到毒打。发生第三次类似的情形之后，由于受罚的记忆犹新，他下定决心不回去了。此时他尚未满16岁（1728年3月15日），囊空如洗，除了身上穿的衣服外，别无他物。他步行来到6英里外天主教萨伏依区的孔菲翁。
到了那里，卢梭敲响乡村教士佩尔·伯努瓦·德庞特韦热的大门，可能是他听信传闻，以为这位牧师急于使步入歧途的日内瓦人改信天主教，为此可能会让他饱餐一顿。无论如何，“衣食足而知荣辱”。这位教士给了卢梭一顿美好的晚餐，并叫他“到阿讷西（Annecy）去吧，在那里，你将见到一位善良而仁慈的夫人。国王给她赏金，使她能够助人逃出她自身所幸脱免的那些罪过”。卢梭指出，这人就是“华伦夫人（Mme.de Warens），是一位新近改教皈依者，教士们安排那些打算出卖信仰的可怜虫到她这儿来，为此她被迫每年从撒丁国王处接受2000法郎的津贴”。无家可归的青年卢梭，心想这份津贴的一部分足以抵得上一场弥撒。3天后，在阿讷西，他向华伦夫人毛遂自荐。
她年方29岁，是一位美丽、大方、慷慨、温柔、穿戴迷人的妇人。“没有比她的脸更可爱，颈项更好看，而手臂更优美、更匀称细致的了。”无论如何，她是卢梭有生以来所看到的、借以支持天主教信仰的最佳论证了。她生于沃韦，家世良好；年纪很轻，即已下嫁华伦先生（后为男爵）。由于多年来夫妻多有不和，她与丈夫仳离，迁居到湖的对岸萨伏依，获得了维克托·阿玛德斯国王的保护，后来又搬到艾凡（Evian）。既然定居在阿讷西，她答应改信天主教，因为她相信谨守宗教仪式，上帝就会原谅她偶然犯下的奸情。而且她不相信那么和蔼的耶稣，真的会把人打入永远不得翻身的地狱，尤其对她这样美丽的女人，自然更不忍下手。
卢梭自然乐于跟她住在一起，但她非常忙碌，宁愿给他钱，打发他到都灵，在圣心会救济院接受教育。1728年4月12日，他进入此院，并于4月21日受洗，皈依罗马天主教。34年后，即他重返新教8年后，他以恐怖的笔调描写他在救济院的生活经历，其中包括一位初信天主教的摩尔人，对他的德行所作的攻击，他认为自己之所以改变宗教信仰，是因为那里的诱导、耻辱和长时间的耽搁。其实，他是为了迎合规定的条件，才有此决定，因为罗马教会准许他加入天主教后，在没有人强迫之下，仍然停留在救济院达两个月之久。
7月，他随身带26法郎，离开救济院。经过几天的游荡，受到坐在柜台后面的美妇人的吸引之后，他在这家店铺找到工作。他不但马上爱上了她，而且不久就跪在她的面前，对天发誓，决心与她白首偕老，永爱不渝。巴西莱夫人只是微笑着，然而除了准他牵手之外，仍然不准他太越轨，何况她的丈夫也随时会回到家里。卢梭认为：“由于我对女人的爱太深了，所以往往无法追求成功。”但是，他天性上对自我想象的成就而获得的狂喜，在程度上比之真实履行所获得的更深。他用“危险的、违背天性的附属品代替，而这些可以解救像我那样的性情中人，使之不至于破坏秩序，却以牺牲他们的健康、他们的活力，有时甚至是他们的生命为其代价”，作为慰藉。如此行事，可怕的禁制会使之更为激动，从而可能促进了他的易怒、他的浪漫幻想、他的不满社会及他的喜爱孤独的个性形成。关于这点，《忏悔录》有史无前例的坦诚记载：
我的思想不断地充塞女孩子和妇人，然而以我独有的方式形成。这些观念使我的感官产生一种持久而与世格格不入的动作……我的激动，已达到无法满足欲望的地步，而我又以极为放荡不羁的诡异行径使之火上添油。我专找黑暗的巷子、隐匿的处所，希望可能将自己的身体裸露在异性面前，并表现出盼望与她们亲近的姿态。她们所看到的，自然不是淫秽的东西——我不敢梦想这样做，我所暴露的，只是可笑的部分（臀部）。一旦在她们面前如此表演，我所获得的愚蠢快感，实非笔墨所能形容。而我之所以如此做，只是希冀获得所渴求的对待（指鞭笞）的一种过程。当然，我相信，如果我有胆量持续地表演下去，有些胆大的妇人将会给予我这方面的慰藉……
一天，我在后院的一口井边裸露自己，屋里的年轻妇人，常来这里提水……其实我对女性所显示的情状，荒唐可笑的成分多而诱惑的成分少，她们之中，最聪明的视而不见，其他一些开始大笑，另外有的则感觉自己受到侮辱，大声叫喊。
可惜没有女孩子来鞭打他，只有满脸长着吓人胡须的看守人，持着一把长剑追来，后边跟随着四五个举着扫把的老妇人，卢梭只好以他是“出身贵族的年轻异乡人因精神错乱作为说词，救了自己，而且表示如蒙宽恕，日后当有所报答”。这个可怕的汉子被这一番话打动了，放他走，但那些老妇人非常不满。
这时，他在一位甚有教养的都灵籍的妇人维尔塞利夫人（Mme.de Vercellis）处谋得身着制服的仆役一职。在那里，他犯下一件终其余生都感到内疚的罪行。他偷了一条夫人使用的彩带，可是在人家指责他时，卢梭却伪称是另外一位女仆交给他的。代罪羔羊玛丽昂（Marion）当即指责他：“啊！卢梭，我本来以为你的品性很好；然而这次你使我非常失望，但我不愿意跟你一样。”于是，两人都被开除了。对于这件事，《忏悔录》记载如下：
我不知道自己诬告的牺牲者以后的命运如何，但是经此打击，她不太可能再像从前那样善意对人了，因为在这次残忍的诿罪下，她的性格各方面都会受到危害……回忆这件事，实在是痛苦。直到现在，这件事仍使我深感内疚；我可以坦白地说，使我下决心写这本《忏悔录》，其中最大的原因，就是希望能稍释我良心的重负。
那6个月的仆役工作，在卢梭的性格上烙下印记；即使他天赋出众，仍始终未能重建他的自尊。他在服侍维尔塞利时，遇到一位年轻教士盖姆，盖姆鼓励他，要他相信假如自己愿意，则有可能克服这项缺陷，诚心诚意去寻求认识基督的伦理。盖姆认为，任何宗教，只要是传布基督的指引，无一不是好的，因此提出建议，如果卢梭能返回故乡皈依原来的教派，将会快乐些。这一看法属于“我所认识的最好的人之一”，所以长存在卢梭的记忆里，而对他的杰作《爱弥儿》（?mile）一书自有其启示作用。一年后，在圣拉扎尔神学院（Seminary of St.Lazare），卢梭遇见另外一位名叫加捷的教士。这是一位“有仁慈之心”的人，由于跟教区的一位未婚女子通奸并使其怀孕而失去升迁机会。卢梭认为：“这是一件可怕的丑闻，尤其在极好的教区发生此事更被人指责，那里的教士（教规良好）一定不能有小孩——除非跟已婚女子所生。”从“这两位可敬的教士身上，我形成对萨伏依教士性格的认识”。
1729年初夏，17岁的卢梭再度感受到原野的呼唤，加上他希望到华伦夫人那里，以便找到一份比较不损自尊的工作。他跟一位快活的日内瓦少年巴克莱同行，他们从都灵步行穿过阿尔卑斯山的塞尼斯（Cenis）隘道，抵达尚贝里（Chambéry）和阿讷西。他那浪漫传奇的笔锋，把他到达华伦夫人住所时的情绪描写得淋漓尽致：“我双腿发抖，眼睛模糊；几乎视而不见、听而不闻，甚至也认不出任何人，而且屡屡不得不停下来喘一口气，使自己从紧张慌乱中清醒过来。”无疑，他对自己能否被接纳并无多大信心。他如何才能向她说明，上次离开之后，发生在他身上的所有遭遇呢？“她看我的第一眼，就使我大为放心。我的一颗心随着她抑扬的声调而跳动不停。我长跪在她的面前，以我的唇，把我感受到的最大快乐，传到她的手上。”她并不讨厌人家的奉承，所以就在她的住处为卢梭准备了一间卧室。一旦有人皱眉反对，她会说：“他们要说闲话，就让他们去说好了。既然上帝送他回来，我就决心不再舍弃他。”
