他并未单纯地相信宗教是教士创造的。相反，他在《哲学字典》中写道：
神的概念来自情感及随年代而展现的自然逻辑。它甚至在人类最古老的时代就已存在。注意到宇宙的惊人现象——丰收与饥馑、晴天与暴雨、裨益与灾难，他因此感到有一超自然的主宰的存在……这个时代的权威便利用这种观念巩固他们的权力。
每一团体各自尊奉单一的超自然力量作为他们的守护神，而且予以崇拜、奉祀，希望它能保护他们对抗其他团体的力量和神祇。教士由这些信仰产生，解释与仪式却是他们的职责。教士不断玩弄人类的恐惧以增加其权利。他们犯了所有的罪行，最后延伸到谋杀“异端”，集体屠杀，以致各民族几近灭亡。伏尔泰下结论道：“我痛恨教士，我痛恨他们，我将痛恨他们一直到世界末日。”
他在基督教外的一些信仰中，发现许多值得接受的东西，特别是中国儒家思想，但基督教令他满意的东西则微乎其微。“我有200多册这些书籍，而最坏的是，我读了它们。那简直就像走入疯人院一样。”他很少附加他早先对《圣经》的批评。他比前辈们更大胆地批评诺亚方舟、红海的通道、无辜婴孩的大屠杀等传说的荒谬性。他更永不倦于谴责原罪的理论。他愤怒地引述圣奥古斯丁的话：“天主教告诉我们，所有人生来即带着罪恶，甚至婴儿在洗礼以前死掉都该被诅咒。”
说到耶稣，伏尔泰则犹豫不决。由孩提时代的自然虔诚到青年时代的不敬。他也一度认为耶稣是一个“疯子”。成熟后，他开始欣赏耶稣的箴言。我们将因实行这些规则而得救，他说道，而非因相信耶稣是神。在《无神论者与圣人》（The Atheist and the Sage）一，他大大地开了三位一体论的玩笑。无神论者问：“你相信耶稣基督有一个本性、一个人格、一个意志，还是相信两个本性、两个人格、两个意志，还是相信他有一个意志、一个本性、两个人格，还是两个本性、两个人格、一个意志，还是——”但是圣人请他忘掉这种难题，好好做一个基督徒。伏尔泰指出，基督不像圣保罗及一些后来的基督徒，他对犹太教仍怀着信心，虽然他曾批评法利赛人：
这个永恒的神，在成为一个犹太人之后，终生皈依犹太人的宗教。他遵奉其仪式，他经常去犹太教堂，他一切言论都不违犯犹太法律。他所有的门徒都是犹太人，并遵循犹太仪式。建立基督教的显然不是他……基督教具有特色的独断教义里没有任何一条是耶稣基督所宣扬的。
由伏尔泰的观点看来，耶稣接受了在他之前许多虔诚的犹太教徒的信仰。同样认为世界末日即将来到，取代它的将是一个“天上的王国”——一个由上帝直接统治的人间王国。
伏尔泰晚年愈来愈热烈地接受基督的事迹。他开始称呼他为“我的兄弟”“我的主人”。他描述自己的梦，在梦中他被带到一个布满尸骨的沙漠里，这边是一堆堆被屠杀的30万犹太人；那边则是“因形而上的争论而被勒死”的4座基督徒坟墓，而且由无数堆的金、银为腐化的教士和国王的权杖和王冠覆盖着。然后，带路的天使引导他到一个青翠的山谷，那里住着伟大的圣人，在那里他遇到了庞皮留斯、毕达哥拉斯、索罗亚斯德、泰勒斯、苏格拉底……最后——
我随着我的引导人爬上一个比古代圣人安睡之地较高一层的树林。我看到一个年约35岁、外貌和蔼平易的人。他的手脚浮肿流血，他的肋被刺穿，他的肌肉因鞭打而裂开。这位圣人的苦难是苏格拉底比不了的。
伏尔泰问他死亡的原因，耶稣回答：“教士和法官。”他是否有意创立一种新宗教？没有。他是否须对这些骨头和金银财宝负责？不。“我孤独地生活在最卑微的贫穷中。”那么什么才是真正的宗教？“我不是告诉过你了吗？敬爱神，爱邻如己。”“如果这样，”伏尔泰说道，“我认你做我唯一的主人。”“他对我做一个手势，令我充满慰藉。忽然，幻影消失了，只遗下一颗宁静的良心。”
但这只是他晚年的想法。在他持续战斗的时期，伏尔泰把基督教历史看作是人类的不幸。保罗的神秘论、经书的虚诞、殉道者的传说、神迹及教士的阴谋与穷人的妄信联结，从而建立了基督教会。然后教会的神父们，以其口才的说服力提出一些令中产阶级感到满意的教条，渐渐地，古典文明的光彩因幼稚的想象与宗教诈欺而趋黯淡，直到一团黑暗笼罩欧洲人的心灵数个世纪之久。幻想者、懒虫、不敢接受生命挑战与承担责任的人，成群结队爬入了修道院的门墙，并以关于女人、魔鬼、神的梦想相互感染。博学的官员们，集会争论哪一种荒谬信仰应该成为永无错误的教义的一部分，而以大众对安慰心灵的神话的渴求为基础的教会，变得比以组织的武力为基础的国家更有力量。刀剑的力量变成语言力量的附属物。主教罢黜国王，而且使人民不再忠心于他们的国王。
宗教改革在伏尔泰看来不过是趋向理性的迟缓步调。他固然赞赏他们反叛僧侣的独裁、出售赎罪券及捞钱——有时“搜刮一省的全部收入”，在北欧，“人民接受较为便宜的宗教”。但是，加尔文和路德的宿命论也使他大为不快。设想一个将其2/3的子民打入永恒火狱的统治者，或看看教会对圣餐的不同解释：天主教徒认为他们吃的是上帝，而非面包；路德教徒则同时吃了上帝和面包；加尔文教徒吃的只是面包，而非上帝。“如果有人告诉我们蛮族之间这种相同的夸饰或疯狂行为，我们一定会认为被愚弄了。”理性的拓展正在远离这种冲突。“如果路德和加尔文复生，他们也不会像司各脱派和托马斯派这样喧闹。”如果新教徒继续传播这种宗教，知识分子将会叛离，群众也会宁愿选择罗马天主教。伏尔泰揣测道：“加尔文派和路德派在德国正处于危险状态中，那个国家充满了主教区、修道院和僧侣。这些情况都适宜叛教。”
那么，宗教应否全部被理性的人类遗弃呢？答案是否定的。一个除了宣扬上帝与道德外，别无教条的宗教对人类具有真正的贡献。伏尔泰早年曾经认为“这些须借助宗教才能成为好人的人是可怜的”。而一个社会能够不靠超自然的信仰，仅靠自然道德就能够生存。但他对人类的情欲有了较多的体验后，他便承认没有一条道德律令能够成功地抵御个人本能的原始冲动，除非大众相信它出于一个全知全能并在施行赏罚的上帝。在同意洛克所言，认为人无先天观念后，他继而承认莱布尼茨认为道德感是先天的说法。他将道德感定义为上帝置于我们心中的正义感。“法律看守我们可知的罪行，宗教则照管秘密的罪恶。”《无神论者与圣人》中的圣人说：
我将假设（上帝禁止它！）所有的英国人都是无神论者。我承认有某些平和的公民天性宁静，其财产足以使其诚实。他们追求荣誉，举动谨慎，设法在社会中共同生存……但一个贫穷的无神论者如果获知能够逃避惩罚而不谋财害命，他必定是一个笨蛋。如果这样，社会所有的枷锁都可撤除。秘密罪行将泛滥得像起初不被注意的蝗虫一样布满世界……谁肯约束伟大的君主呢？……一个无神论的君主远比一个狂热的教徒危险……无神论于15世纪流行于意大利。结果如何呢？毒死一个人就像邀他赴宴一样平常……因此，信仰一个奖善惩恶的上帝对人类较有益处。
后来伏尔泰也渐渐看出地狱观念的某些意义——
对这些在著作中否认地狱存在的哲学家，我将说：“诸位，我们既非跟西塞罗、阿提库斯、马可·奥勒留、爱比克泰德诸人生活在一起……也非跟道德上完美无缺的斯宾诺莎相处，后者在极度贫困时犹将大政治家维特所给的300弗罗林薪俸退还给其子，他的心灵是全荷兰人都敬佩的。换言之，诸位，并非所有人都是哲学家。我们势必和一些沉溺于暴行、酒精与劫夺的人们来往。如果你高兴，你可以向他们宣扬说灵魂是会死的。至于我，如果他们抢劫我，我宁可诅咒他们被打入地狱。”
我们的结论是，魔鬼也能摘录伏尔泰的话以为应用。在宣扬一个没有神话的宗教后，这位伟大的怀疑论者以一个最差劲的神话为结束。他曾经要求一个纯粹教诲道德的宗教，现在他终于承认凡人若不借天堂与地狱的观念绝不能免于罪恶。教会可以宣布伏尔泰已经忏悔了。
72岁那一年，他以一本《无知的哲学家》（1776年）重新坚定他的信心。他一开始就承认他不知物质与心灵究为何物，他也不知他为何能思想、能移动他的手臂。他问了自己一个他以前显然从不曾问过的问题：“我是否有必要知道？”但他补充道：“我不能放弃我求知的渴望，我受窒的好奇心是无厌的。”他现在才认清意志是不自由的。“这样想的无知者并不真的这样想，但至少他被强迫这样想。”“上帝存不存在？”把他当作一个在“秩序、伟大的艺术及统治宇宙的机械与几何法则”后的神灵，则他是存在的。但我们只知这个至高神灵的存在，而不知其本质。“悲惨的生物！如果我不能了解我自己的智慧，如果我不能知道我借何生存，我如何能稍微知悉这个显然统治宇宙的智慧？……但我们是他的作品。”伏尔泰倾向于相信，宇宙并无所谓创造的时刻，它自始就存在着，它“就像阳光产自太阳一样，因为那个原始而必要的原因迸出”，及“自然一直就是活生生地存在着”。他仍相信宇宙的天造地设，相信一个引导整体而让其部分——包括个体——自行变化的上帝。他下结论道：“如果你认为我不曾教导你任何东西，记着我一开始就告诉你我是无知的。”
这个烦恼的哲学家开始嫉妒那些从不思想而只信仰和希望的人们。然而，他又回到苏格拉底的看法，认为一个没有思想的生命不配为人。他在《一个善良婆罗门的故事》（1761年）中表现了他在这两种观点之间的飘荡：
有一次我在旅行中无意间遇到一个年老的婆罗门。他有深邃的智慧、渊博的学问……和无限的财富……
“我但愿，”有一天他对我说，“我没出生。”
“为什么？”我问道。
“因为这40年来，我一直在求学，而我发现我这些时间都白费了。虽然我教导别人，可是我一无所知……我存在于时间的洪流中，却不知时间是什么。就像我们的哲人说的，我被放置于两个永恒之中，而我对永恒毫无概念。我由物质组成。我思想，但是我从不曾令自己满意地解答思想由何而生……我不知道我为何生存，但我每天被要求解答这道谜语。我必须回答，但我不曾令自己满意过。我谈了许多，可是我说完之后，我更为迷惑，同时为自己所说的感到难堪……”
这个好人的情况令我产生真正的关切……同一天我曾和他的邻居，一个老媪谈天。我问她是否曾因不了解她的灵魂而感到不快。她并不明白我的问题。在她的生命中，她从不曾片刻思及此类曾折磨婆罗门的问题。她从心底信仰神祇，如果她能取得恒河的圣水以涤除自己，她就认为自己是最快乐的女人了。
被这个可怜生物的快乐震惊后，我返回了哲学家的居所，这样告诉他：
“在你50码之外住着一个一无所知却满足幸福的老机械一般的人，你却这么悲惨，你不感到羞耻吗？”
“是的，”他回答道，“我曾经对自己说过一千次，如果我像我的老邻居一样无知，我就会跟她一样快乐。可是，我并不想要那种快乐。”
婆罗门的回答令我难以忘怀……得出结论：“我们也许看重幸福，可是我们更看重理性。但在成熟的反省后……我仍旧认为，宁要理性不要幸福的人一定是疯了。”
