《自然体系》是哲学史中维护唯物论和无神论最彻底、最直接的著作。我们在其中看不到伏尔泰不停的踌躇、矛盾和诡谲，狄德罗不知所云的狂热和冲突，卢梭的困惑。相反，我们看到了思想的一致性，及有时沉重、有时灿烂、却经常具有说服力、永远清晰简洁的一种文体。然而，恐怕大众无法消化这本700页的书，他急欲以一本更简单的书：《良知，或与超自然意念相对的意念》（1772年）以普及大众。很少会有作家像他那样勤勉地普及如此艰深的信念。
他的声名远播，可以由腓特烈大帝对《自然体系》一书的反应中看出。一个一直礼遇哲学家并被他们赞美为他们的保护者及楷模的人，看到他们的领袖无情地攻击专制和基督教，便马上和他们决裂。借着这项攻击基督教运动的声势，以削弱国内的教权，当然对其有利。但是，看到这种反叛，竟然扩及对君权和上帝的侮辱，他不得不感到愤怒，或许是害怕。写出《反马基雅维利》的同一管笔，现在也写下《对自然体系的反驳》。这个叫霍尔巴赫的人，走得太快太远了。“一个人对群众说话时，”腓特烈建议道，“他应考虑这些盲从的耳朵的脆弱，他不应该令人震惊，他应该等到时机成熟。”
显然是由于腓特烈的忠告，但也可能是担心霍尔巴赫的极端激进主义，会将所有无神论者和革命分子以外的人士从哲学阵营中拉走，伏尔泰像一个责骂僭越军官的将军一般，在他的《哲学字典》“上帝”一章中，大大批评了霍尔巴赫的主要著作。他开始就写道：
这个作者的好处是，受教育者和没受教育者，及妇女都读他的作品，因为他的作品有斯宾诺莎没有的优点。他的作品经常清晰易懂，有时甚有说服力，但是，与其他人一样，他也犯了重复、巧辩、自相矛盾等毛病。至于深度问题，在物理学和道德问题上，我们对他都不能寄予信任。这里牵涉到人类的利益，因此我们要检查他的理论是否正确而有用。
伏尔泰不同意宇宙的秩序或混乱完全是我们的主观概念和偏见。他辩称，秩序非常明显，混乱则有时令人痛苦地明显：
一个生来即盲或缺腿或可怕的畸形儿岂非与人的本质互相冲突？岂非自然的普遍规律创造秩序，而不规律构成混乱？那岂不是一个伟大的矛盾，一个可怕的混乱，自然给予一个婴孩饥饿，同时给他一个封闭的食道？每一种生物排泄都是必需的，排泄道却经常没有出口……混乱的原因有待发现，可是混乱是真实存在的。
至于物质能产生生命和心灵这个问题，虽然伏尔泰一度倾向此种观点，他还是宁愿采取温和的不可知论，而不愿相信霍尔巴赫满怀自信的假说：
“经验告诉我们如果静止而死寂的物质以某种方式结合，它就能产生行动、生命和心灵。”（他直接录自《自然体系》。）但这正是困难之所在。一个活生生的细菌是如何来的？作者和读者对它同样一无所知。因此，《自然体系》及其他所有的哲学理论，难道不是梦呓？“我们必须给这一重要的原则下一个定义，虽然我也认为不可能。”（霍尔巴赫这样说。）这种定义难道不是很简单吗？……生命不是具有感觉的组织吗？但是，这两种属性能单独来自活动中的物质，却是不可证明的；而如果不能证明，为什么要予以坚持呢？……许多读者都会愤慨于作者没有解释任何事物，而语调那样肯定……当你大胆地宣称没有神，或物质由于永恒的需要而自行活动，你必须像欧几里得几何学的命题一样精确无疑。否则，你只能将你的体系建立在“也许”的基础上。而对于人类的信仰而言，这是何等重要的基础！
霍尔巴赫在支持自然发生论时，曾提到英国耶稣会士约翰·尼达姆1748年的实验。由这个实验，他自信他已成功地由无生命物质造出了新有机体。留意最新科学发展的伏尔泰，根据斯帕兰扎尼的实验（1765年），指出尼达姆实验过程和结论的错误。霍尔巴赫在自然中看不出有何精心设计之处，伏尔泰则相反。他辩称人类心智之所以会发展，是因为在宇宙之中或之后，有一心灵存在，最后他回到那句有名的话：“如果上帝不存在，我们就必须创造一个。”如果没有对“全能之主”的信仰，对他的公正和智慧的信仰，带着无限神秘与凄惨的生命，将变得无法忍受。他赞同霍尔巴赫对迷信的攻击，但是，他以对一个神的单纯崇拜来维护宗教。他亲切地结论道：
我认为你大大地错误，但是，我同样认为你在自欺中还是诚实的。你希望即使没有上帝，人们仍然善良，虽然你曾不幸地说“如果罪恶予人快乐，人必会喜爱罪恶”——一句可怕的话，即使你的朋友也会要求你予以删掉。除此之外，你一直在鼓励正直。这个哲学争论将只存在于你跟其他欧洲的少数哲学家之间，世界上其余的人，甚至听都不会听到。人们不阅读我们的著作……你是错误的，我们仍然尊重你的智慧和美德。
伏尔泰这篇辩驳，我们不知道是否出于真心诚意。他听到腓特烈大帝也为文反对《自然体系》时，曾轻描淡写地评论道：“上帝的阵营中有两位欧洲最不迷信的大将——他应该大大感到高兴。”他要求黎塞留公爵使路易十五知道，费内这位不情愿的驱逐者，曾对这本成为巴黎话题的大胆著作做了答辩。
霍尔巴赫的朋友曾将伏尔泰对他的批评当作宣传这位男爵观念的一种方法，予以发行。年轻的反叛者也把唯物论当作反抗天主教的勇气标志。霍尔巴赫的哲学在罗伯斯庇尔前后，成为法国大革命的精髓——虽然后者比较喜欢卢梭。我们在卡米勒·德穆兰、马拉、丹东等人的著作中，听到对《自然体系》的回响。“霍尔巴赫比伏尔泰，比狄德罗，”埃米勒·法盖说，“更是18世纪末19世纪初，所有哲学及反宗教论战的宗师。”在五人执政团期间，一个部长为牵制天主教政敌，将霍尔巴赫的书送给政府里每一位部长级人物。在英国普利斯特里的物质论中，我们发现霍尔巴赫的影响；戈德温的《政治正义的探讨》源自霍尔巴赫、爱尔维修和卢梭；而戈德温的女婿雪莱，一个狂热的无神论者，经常摘录《自然体系》一书，并翻为英文，以号召他的牛津导师们到反宗教的阵营来。在德国，则是霍尔巴赫的唯物论和休谟的怀疑论，使康德自“独断论的迷梦”（dogmatic slumber）中惊醒。也许马克思也间接地由霍尔巴赫继承了唯物论的传统。
远在拜伦写作之前，伯克利就曾提出对唯物论最严重的批评：心灵是我们直接认知的唯一实在；物质（因为霍尔巴赫定义为“凡影响我们感官的东西”）则须通过心灵间接认知；将直接的认知归于间接，似乎不合理性。我们现在对物质已不如从前那样自信。我们对原子和心灵，同样感到迷惑，两者都可分解为我们不能了解的能量形式。以机械论观点解释生命，在生理学领域中已经证明了成果丰硕。但器官（物质），像运动员的肌肉，其成为欲望（心灵）的产品和工具的可能性，仍然存在。机械论、决定论，甚至“自然法”，也许过于简化，而在逻辑上也许也无法辩驳，因它们是心灵为处理现象、事件、东西的方便而发明的工具。这些工具已成为科学思想中无法或缺的工具。但是，应用到创造它们的心灵时，它们就不能令人满意了。
