《自然体系，或物理与道德世界的运动法则》对外宣称在伦敦印刷，其实是在阿姆斯特丹。它装订成两大册，作者名字是“米哈墨先生”，此人死于10年前。曾是法国科学院的秘书，导论中简单介绍他的生平和著作，但没有人会相信这位温和的模范好人能写出这样一本恶名昭彰的书。
1770年，每4年举行一次的教士大会通过一项决议，把一笔款项赠给国王，条件是他必须压制法国境内盛行的反基督教文学。路易十五马上下令执行，于是巴黎议会列了7本禁书，其中有霍尔巴赫的《基督教的真面目》和《自然体系》。此书被形容为“对神不敬、亵渎、有煽动性、企图毁灭所有神圣的观念，诱使人民反抗政府和教会、颠覆所有的公共安全和道德原则，而且使所有子民背叛其君主”。这些书籍必须烧毁，作者必须逮捕并严予惩处。莫雷莱告诉我们，有10个人知道作者是霍尔巴赫，他们将这个秘密守了20年。“犹太集会”继续举行。霍尔巴赫夫人有时也会邀请刚因对天主教做学术上的辩护而接受教会薪俸的贝杰尔参加聚餐。许多人怀疑那本某些章节是狄德罗写的。就整体而论，那井然、严谨而不像他的文笔，但结尾部分对自然的绚丽注释则有可能。无论如何，狄德罗在巴黎并不安全。他觉得还是去朗格里比较明智。
《自然体系》这最终由荷兰偷运进来，而且受到广泛的欢迎，包括“学者、不学无术者和女人”。伏尔泰这样说。狄德罗听说后不禁大悦。“我深深喜爱的是，”他说，“《自然体系》中所有的那种明了、确定、坦白的哲学。作者并非在这页上是无神论者，而在另一页上又是自然神论者。他的哲学始终一致。”这恰好与狄德罗的哲学完全相反。他真正高兴的是，霍尔巴赫在每一页都是真正的无神论者。但仍充满了一种对人类幸福的宗教式信心。目击在教士与君王统治下的世界的苦难，霍尔巴赫得出结论说，如果人类舍弃教士和君王而追随科学家和哲学家的话，他们会更幸福。该书在开头第一句就揭露它的精神和主题：
人类不幸的根源来自对自然的无知。他对盲目言论的固执远自孩提时代就已深植……由之而来的偏见歪曲了他的心灵，使他注定要不断地臣服于错误……他盲目地追随错误的权威，或那些借诈欺他而获利的人……拯救他脱离黑暗，引导他走出迷宫……需要大无畏的勇气……及不屈不挠的决心……
因此我们最重要的使命是寻找一个方法去毁灭那些只能使我们迷失的幻象。解除这些邪恶的药方，只能在自然本身中寻求。只有在她丰富的资源中，我们才能理性地期待发现解毒剂，以对抗由权力欲的狂热招致的灾祸。这是我们寻求药方的时候了，这是我们面对邪恶、追究其根源和结构的时候了。理智及其可信赖的经验，必须开始从他的壕沟里攻击人类已久为其牺牲品的偏见……
让我们以勇气、以对理性的尊敬、以对真理的永恒的爱来鼓舞人们，使他能够学习、相信经验，并使他不再受权威的欺诈……使他学习将他的道德原则建立在他的本性上、需要上及社会利益上，使他敢于爱自己，使他成为富有德行和理性的生命。这样他就不可能不幸福。
提出了他的计划后，霍尔巴赫接着有系统地驳斥所有超自然的事物和观念。同时接受自然的一切，包括它一切的美、残忍、限制和可能性。他将所有的存在归纳为物质和运动，而企图在这种唯物论的基础上建立一套能够感化野蛮人为公民、能够塑造个性和社会秩序、能够给予无法免于死亡的生命以有理性的幸福的道德体系。
他由自然开始，最后也回到自然，但他反对任何将自然人格化的企图。他将自然定义为“物质在各种不同联结之下的总和的结果”。这可以说是霍尔巴赫对宇宙的昵称。物质则小心定义为“所有不拘任何形式影响我们感官的东西”——
宇宙中的每个物体都在运动，物质的本质便是行动。如果我们谨慎地予以思考，我们会发现其中没有一个是绝对静止的……所有我们看来静止的东西，其实每一瞬间都在变化。所有的存在都在不断地生产、增加、减少和分裂……连最坚硬的石头也在空气的接触下逐渐腐蚀。
自然整体是“一个广大的、不间断的因果的连续”。我们的知识愈广博，宇宙纯由自然原因而变化的证据就愈明显。虽然死寂的物质如何会变得生机盎然是难以了解的，但相信生命是某一外在于物质宇宙的实体的创造物更加困难。物质如何能感受也是难以了解的，但物质的其他属性如“引力、磁力、弹性、电力”并不比感觉更容易解释。
人也是一个“纯粹物质的存在”，受同样的法则支配。一个物质性的实体怎会和一个非物质的心灵结合呢？因此“灵魂”只是躯体的全部组织和活动，它没有独立的存在。“心灵在躯体死亡后仍能感觉、思想、享乐、受苦，等于一个破碎的时钟仍能敲声报时一样。”将心灵与灵魂看作非物质的存在已耽搁了我们对心理疾病的治疗。我们把心灵当作躯体的功能之一时，我们才能探测心理错乱的物理原因，而予以医学治疗。
作为肉体的功能之一，心灵同样受普遍的自然因果律的支配。《自然体系》第6章是法国哲学中为决定论辩护最动人的文字：
人类的生命是一条自然嘱令人类在其上留下表记的道路，人须臾不能离开它。他的出生并没经过他的同意，他的肉体绝不依靠他自己。他思想的产生非由自愿，他的习惯也受别人的影响。一些他无法控制的原因，可见或不可见的，不断地改变他的生存模式，影响他的思想，并决定他的行为方式。他也许善，也许恶；也许幸福，也许悲惨；也许睿智，也许愚笨；也许理性，也许不可理喻。这些都是他的意志无法决定的。
这种决定论似乎暗含着一种宿命论。不像其他的决定论者，霍尔巴赫坦白地接受了这种宿命论。宇宙在瞬间的状况由其先前的状况决定，而先前的状况又由更前的状况决定，如此继续下去。所以，任何历史时刻都可当作以后任何时刻的决定者。霍尔巴赫并不把人类——包括每位天才和圣人——产自太初混沌的这一观念放在心上。他以斯多葛式的骄傲接受他的信念：
人是自然的产物。他生存在自然中，他臣服于她的法律。甚至在思想中，他都无法逃离这些法则，也不能超越它们。因此，不要在宇宙之外寻求能给予他自然否认的幸福的存在，让人类研究自然，让他学习她的律法、了解她的力量、观察她行动的规则。让他把这些发现应用在他的福利之上，同时默默承受她不可更改的法令。让他愉快地承认他忽略了一些由牢不可破的律则掩盖的原因，让他毫无埋怨地接受自然的判决，虽然他从不能理解它，也无法从加诸他身上的自然律中解放。
这种宿命论是否在告诉我们，一切躲避罪恶、耻辱、疾病或死亡的努力均属无效，而我们最好停止所有的努力、所有的野心和奋斗，让这些事件自然发生？霍尔巴赫的回答是我们毫无选择。遗传和环境早已决定我们对生命的挑战和需要的态度将是冷漠或热烈的。霍尔巴赫早已反对宽恕罪恶反而会使罪恶大为增加的说法。决定论并没说罪恶不应惩罚；相反，决定论将引导立法者、教师和舆论借道德或法律提供更佳的罪恶制止物及更多的社会行为鼓励物。这些奖惩物将会成为决定人类行为的环境因素。但决定论要我们将罪恶与反社会行为认作是由遗传和环境造成的心理不平衡，因此我们应该把它当作疾病处理。我们必须废弃虐待和极刑的惩罚，因为它们只会加强个人与社会的对抗，并使人们习惯于暴力和残忍，而非使人们远离罪恶。
这种哲学当然没有给神祇任何地位。霍尔巴赫对一神论、自然神论和泛神论不妥协的敌视，使当时的人称他为“上帝的私敌”。“如果我们追根究底，我们就可发现无知与恐惧创造神祇。幻想、狂热及欺骗装饰或歪曲了神祇。柔弱崇拜他们，轻信使其生存，风俗尊敬他们，暴君支持他们以……遂其野心。”他重新提出以前所有攻击宗教的言论，并和爱尔维修同样激烈地攻击《圣经》中关于上帝的观念。他不认为宇宙的伟大秩序和法则有至高的主宰存在，他们来自自然因果的机械性运作，实在没有必要把它们归因于一个比宇宙更难解释的神灵。秩序与混乱、善与恶、美与丑一样都是主观概念，它们来自我们知觉的适意与否。但人非“万物的尺度”，他的满足并非应用到宇宙的客观标准。从空间的最小点上，不管我们认为是善是恶、是美是丑，自然总在运作不息。由此整体的观点看来，“真正的恶并不存在。宫殿的倒塌虽能压碎人，但对于昆虫而言则将成为一个安全的避难所”。我们必须将包括壮丽与残酷在内的自然，看成无偏的中立：
这本著作已清晰地证明了每件事都有必然性，每件事都在“自然”的秩序之中，每件事都只能遵循自然强加于其上的律则……自然公平地分配所谓的秩序与所谓的混乱、所谓的快乐与所谓的痛苦。简而言之，由于她存在的需要，她同样散播恶与善……因此，让我们不要赞扬她的仁慈或叱责她的狠毒，让我们不要幻想我们的怒吼或祈求能阻挡她遵循着不可变的法则的巨大力量……我们受苦时，我们不要以虚幻的妄想寻求救济。让我们从自然的商店中求取她应允的救济，让我们在她伟大的怀抱中求取她的乳汁。
霍尔巴赫已接近于以自然来重新介绍上帝。在呼吁勿将自然人格化的同时，他倾向于将她神化。他屡屡言及她的万能、她的意志、她的计划和她的富厚。他将她看作人类最好的指引，并让狄德罗写一段歌颂她的文字作为他那本动人著作的结尾：“哦，自然，一切存在的主宰！而你们，她可敬的儿女，美德、理性和真理是永远神圣的！人类的赞美是属于你的。尘世的礼赞也是属于你的……”这种泛神论几乎与霍尔巴赫把自然视为无私地放出善与恶的观念不能相容：“微风、暴雨、火山、战争、瘟疫、饥荒、疾病、死亡对其永恒的运行几乎和有益的阳光一样不可缺少。”这让我们想起了加尔文的上帝，吝于施舍天堂，却慨于给予地狱。
霍尔巴赫不但反对神的概念，还包括这个字眼。“上帝和创造这些字必须从一切为人所了解的语言中加以剔除。它们是无知发明的抽象字眼。它们只用来满足那些缺乏体验，及懒惰、胆小得无法研究自然和自然之道的人们。”他反对一神论，认为它与迷信妥协，同时建立了一种无神论的真实宗教：
人类之友必不能同时为上帝之友，因为后者经常是世界的灾祸。自然的使徒将不会是欺诈与妄想的工具。世界成为幻象的住所即由于这一妄想所致。真理的崇拜者将不会和虚伪妥协……他知道为了人类的幸福，必须立即将迷信的黑暗大厦夷为平地，并在其上建立只供奉适于和平的自然的庙宇……如果他的努力终归失败，如果他不能以勇气鼓舞习于颤抖的群众，他至少也会因敢于尝试而骄傲。然而他绝不认为他的努力毫无结果，只要他曾使一个人快乐，只要他的原则曾安慰一个诚实的心灵……至少他能使自己的心灵免于迷信的恐怖……他能践踏这些曾折磨不幸者的妄想。这样，远离暴风雨的危难，他伫立于岩石之上，安详地沉思迷信造成的风暴。然后他会对这些期待帮助的人，伸出援助的手。
