次于预防接种的发展，18世纪医药最大的进展要算外科学了。在英国，由理发师来做外科手术一直延续到1745年。在法国则由路易十四加以终止。
1724年，路易十五批准巴黎的圣康学院设5个外科教授的席位，但巴黎大学医学院的教授团抗议将外科的地位提升得如此之高。医师们穿上他们的学者式红袍，由一位差役或引导员带领，向圣康学院进军，当时在圣康学院中正在进行一项外科演讲。这些医师发现门锁着，他们设法打开它，而且大喊大叫，咒骂这些外科医生是自命不凡的理发匠，聚集在一旁的群众反对这些医生并把他们赶走。1731年，马雷夏尔和佩罗尼获得皇家的许可成立了外科学院。1743年，国王颁布一项法令，使法国的外科医生脱离了理发师公会，而且规定在开外科诊所前必须获得大学的学位。这样，外科医生便可成为正式医生了。
在英国也有类似的发展。1745年，英国外科医生正式从理发师行会中分离，并规定未通过由杰出外科医师组成的委员会组织的考试且取得执照前，不得在伦敦或附近行医。英国皇家外科学院一直到1800年才正式获得批准。在德国，腓特烈大帝以前的时代，外科主要操在理发师、刽子手及跑江湖的无照医师的手中，他们替人接骨、排除白内障、医治突出的疝气、去除结石等。在军队中——普鲁士人感到骄傲的地方——外科医生被称为理发匠，因为他们的工作也包括为军官们理发。德国1724年才在柏林设了一个内外科医药学院。
18世纪大部分伟大的外科医生都是法国人，佩蒂发明了螺丝状止血带，并使截肢术和疝气手术改进很多。狄德罗在《达朗贝尔之梦》（The Dream of d’Alembert）中曾令博尔德这位著名的医生描写关于佩罗尼的脑部手术。日内瓦的凡尼尔于1780年成立了骨外科。英国的切泽尔登于1727年发展出以前几乎未见改良的侧式结石手术，并狂言曾在54秒钟内完成了一例膀胱结石手术。英国的外科在亨特以生理和解剖的基础上成为一门科学。他利用动物来试验，寻找某些代替品以免于以人为试验而常常致死。1786年，他在一只公羊的身上发现在一条主要血管血流停止后，侧边的血管可以继续循环，他因而挽救了一个腿部患血管病的病人。他将病人肿起的部位上面的动脉扎结，让身体周围的部分吸收血瘤内的血。这种手术挽救了无数人的肢体与性命。
亨特之名在牙科的发展上也占有很重要的位置。在17世纪的英国，齿科大部分仍然做的是拔牙的工作。拔牙的人到达时都会大叫，并展示成串的牙齿作为武器的外衣。1728年，福沙尔在其论文《牙科医生》中宣布齿科是外科的一个分支。亨特还是第一个应用科学方法研究牙齿的人。他介绍牙齿的分类有臼齿、前臼齿、门齿、犬齿，并发明矫正错位齿的器材，他也是最先提出在补牙前先把齿髓完全去除的人。他将他的一切概念写在一本1771年出版的《人类牙齿的自然史》（Natural History of the Human Teeth）一。
大部分轻微的手术都是在没有使用麻醉下进行的。古代人曾使用各种不同的催眠药——忘忧药、鸦片、莨菪、毒芹等。《圣经》的首章《创世记》说，在亚当身上取出一根肋骨之前，使亚当先进入“深眠状态”。迪奥斯科里底斯在1世纪曾经在外科手术时用曼陀罗花酒来麻醉。印度使用印度大麻。2世纪时奥里金就曾提到使用外科睡眠素，4世纪时普瓦泰城的希拉里也提到过这种药物的使用。大部分古老的催眠药一直使用到中世纪，意大利萨莱诺城著名的医学院发明了一种“催眠浴”。在近代的欧洲，最常使用的麻醉药是使病人醉酒。
1799年，戴维才发现笑气（氧化氮）的麻醉性质。1839年，佐治亚州丹尼斯维尔的朗医生才发现了乙醚麻醉的可能性。
