只有少数医师胆敢冒减低治疗收入的危险传播预防医学的知识。伦敦的约翰·阿巴思诺特医生于1731年在一篇有关《疾病性质》的短文中论到节食可以达到药物所能达到的效果。在1744年的著作《保持健康的代价》中，他还预期到后来的抱怨，医科学生的教育进步得很慢，意大利的大学仍居领导地位，然后才是维也纳、巴黎、蒙彼利埃，但即使在这些学院中也只有四五个教授。每位教授就其科目收费，听课的学生必须有教授发的门票，有时票就签在扑克牌的背面。有些医院现在已开始教授临床医学。合法执业医师或助产士需要有认可机构颁发的毕业证书。
就像斯塔尔有关火的“燃素”理论在拉瓦锡之前主宰了化学界一样，斯塔尔的泛灵论也统治了医学界。斯塔尔推翻了笛卡儿的身体机械论，认为灵魂是一种非物质的生命原理，塑造身体以为其工具。因此“自然”是生命力，是治疗疾病的主要东西，疾病是一种“灵魂”试图重建正常的张力、运转，使有病的器官协调所做的努力。体温增高和脉搏加快是一种自然用来克服疾病的方法。一个聪明的医生会主要依靠这种自动去毒的过程，而不愿使用药物。但斯塔尔留下一个没有解决的问题，就是疾病到底是由什么原因造成的？普兰西兹提出了一个答案，他于1762年复兴了基尔舍对疾病的观念，认为疾病是由微生物引起感染而造成的。普兰西兹说：“每种疾病都有一种特别侵入的微生物，并有一定的潜伏期。”这个杰出的细菌学理论的先见并没有在18世纪的治疗学上留下任何影响，必须留待19世纪第二次的复兴后才能抬头。
一些诊断的新方法获得进展。黑尔斯发明了量血压的方法。奥恩布鲁格尔介绍了叩诊的方法，以测定胸腔中是否积有液体。苏格兰人马丁和居里发展出临床使用的体温计。
药物、外科手术及庸医，互相竞争以赚取病人的金钱。放血仍然是标准的万灵药，一位医生于1754年估计，法国由于失血过多而造成的死亡人数每年有4万人。18世纪末抗议的人增多了，而且在渥尔斯坦的《关于静脉切开放血术注释》一文中形成一股力量。药物倍增，1746年，伦敦医药辞典中把许多如蜘蛛丝、独角兽的角、处女奶等删除了，但留下毒液、蟹眼、木虱、毒蛇、珍珠等混合制成的药物在内。1721年的药典中增订了公定的止痛药（含鸦片）、吐根碱、吐酒石、碳酸铵和其他新药物。1746年的版本，还加上拔地麻根、钳硝石精、树脂，1788年的再版本中有山金车、撒尔沙、西印度苦香碱、镁、鸦片酊……1764年，欧洲已经知道用蓖麻油作为医药，1786年又发现了砷，1763年秋水仙素被用来治疗痛风症。韦兹林这位新英格兰施罗普郡的少年，从一位老妇人那里学到了毛地黄可以治疗水肿。1783年，由于发现毛地黄对心脏病的用途，他在医学史上也占据一席地位。许多出名的医师除了制药外还销售其药物，他们收处方费而不收诊疗费。“秘方”——由秘密和专利的处方造成的——使许多人致富，所以英国输入了成吨的斯托顿的“长生不老药”、贝通的“英国油”、胡珀的“妇人丹”及清朝的“止咳咀”。
江湖医生到处行医。卡廖斯特罗“伯爵”，真名为巴沙摩，在好几个国家把长生不老药卖给有钱的笨蛋。“贵族”泰勒带着他的白内障针宣称能医治任何眼疾，就连吉本、亨德尔都对他抱有希望。乔安娜·史蒂文斯甚至说服英国国会付她5000镑，以交出医治结石的秘方。她于1739年公布秘方后，发现原来是蛋壳、蜗牛、种子、肥皂的混合物。每个她宣布治愈的病人，后来在膀胱内都发现了结石。
18世纪最有名的江湖医生是梅斯梅尔。他1766年在维也纳赢得博士学位的论文，翻新了占星学对人的影响这一说法，他用磁波来解释那些影响。有一段时间，他曾尝试使用磁铁接触罹疾部分以行医疗。后来，他遇见一位似乎仅用按摩就可医病的牧师。于是他放弃了磁石医疗，转而宣称在他体内有一种超自然的力量可以在神经的刺激下传给他人。他在维也纳开了一家诊所，在那里，他以手接触病人治病——好像国王在治疗瘰疬一般，这也很像因信仰而能治病一样。警方宣称他是一个骗子，命令他在两天内离开维也纳。于是在1778年他迁到巴黎，出版《对动物磁力的发现备忘录》。病人到他那里接受催眠，他使用一根棍子触摸他们，或正视他们的眼睛，一直到半催眠状态能接受他的暗示为止。在这催眠过程中他的丑陋正可收惊吓之效。他做了一个磁铁盒子，里面放些硫化物的混合液，盒边有铁的突出物使病人手与手相接时触摸，为了能达到催眠效果，他自己轮流接触每一个病人。他的病人有拉法特伯爵夫人、波旁公爵夫人、朗巴勒公主及其他宫廷中的名人。法王路易十六愿意以1万法郎让他公开秘密，并建立一个向大众开放的催眠机构。他婉言拒绝了，在半年中他赚进了35万法郎。1784年，科学院推举了一个委员会，其中包括拉瓦锡和富兰克林来研究催眠法。在报告中承认了他的某些论点和治疗，但否认他的动物磁力理论。法国的革命政府宣称他是骗子，没收他的财产，并将他驱逐出境。他1815年死于瑞士。
1780年，格拉汉姆在伦敦对磁力原理加以改进，开了一所“健身堂”。他给已婚夫妇一张魔术的结婚床，保证其可以得到美丽的子嗣，每晚以100镑出租。他的助手莱昂爱玛在他治疗过程中充当“健康女神”，在催眠纳尔逊爵士时便充作汉弥尔顿夫人。
由于众多江湖医生及神迹般的治疗的迷惑，一般老百姓和专业医务人员，几乎费了一个世纪的时间来接受预防接种这种治疗法。古代中国人就已经知道把一个天花病患者身上减弱的毒素移种到另一人身上，以使其得到天花的免疫力。这与索卡西亚的妇女把针沾上了天花豆的液体然后刺在身体上是一样的道理。1714年，有一封蒂莫尼医师的书信在伦敦皇家学院前宣读，描写“用切法或接种法使人产生天花，这已经在君士坦丁堡行使很久了”。1717年4月1日，玛丽·蒙塔古夫人在一封信里写道：
天花，在我国（英国）是如此普遍、如此致命的疾病，但在此地经过发明接种后已经变得完全无害了……每年有数以千计的人接受这种手术……没有一人因接种天花而死亡，你可以相信我是多么满意这个实验的安全性，我正想让我的小儿子尝试接种。
这个6岁的小男孩由梅特兰医师于1718年3月予以接种。这位医师是一位英国医师，那时在土耳其行医。
1721年，伦敦天花流行，对孩童特别致命。玛丽·蒙塔古夫人这时刚从土耳其回来，她委托也是刚从外国回来的梅特兰医师为她4岁的女儿接种。3位著名的医生被邀请来看这位未来的比特夫人将受到接种的情形。他们留下了深刻的印象，其中一位医生也让他儿子接种天花。蒙塔古夫人于是在宫中传播这种接种的观念。卡洛琳王妃同意让她在6个被判绞刑犯人的身上试验，如果他们在接种后不死，便免除他们的死罪而给予自由。6个犯人中的一个在接种后感染轻微的痘症，其余5人都没有反应，于是6个犯人都获释。1722年，卡洛琳使圣詹姆斯教会的孤儿都接受了这种预防接种，结果非常成功。4月，卡洛琳也让自己的两个女儿接种天花。于是，英国的贵族都普遍地接受种痘。但由于其中有2人死亡，种痘运动停止，他们并以此来反抗种痘。一个批评家抱怨说：“这种只由几个无知妇人的实验……在一个文明国家里竟凭一种脆弱的经验而突然在皇宫内接受起来。”蒙塔古夫人遭到批评后写了一篇匿名文章，名为《一个土耳其商人接种天花的平实理由》。大部分英国医生都以不安全为由反对接种，但罗伯特和沙顿于1760年介绍了打针接种法。他们还报告说，在3万个个案中有1200个死亡，死亡率4%。迟至1772年，一位英国传教士马西发表演说，反对这种“危险和罪恶的接种”，而且顽固地坚持古老的宗教观点，认为疾病是上帝的惩罚。
其他国家接受了接种的观念。在美洲，博伊尔斯顿医生在波士顿第六度天花流行的时候为他的儿子接种天花（1721年）。同时，他不顾当时要威胁吊死他的剧烈反对，而完成了246人次的预防种痘工作。当时大部分的清教徒都护卫他，并为他分担受到的耻辱。富兰克林和本杰明·拉什在费城非常有力地支持他的接种运动。在法国，奥尔良摄政也以他素有的勇气让自己的两个孩子接种，以领导这个运动。直到1763年，法国巴黎大学医学院的教员还反对接种。伏尔泰在他的《英国人信札》中备赞蒙塔古夫人的运动。一位名为加蒂的意大利医生，把接种试验推广到法国。特龙金则将之推广到瑞士。俄国的叶卡捷琳娜大帝和保罗大公爵，由于受伏尔泰的敦促，也于1768年接受了接种。同年，英根豪斯也在维也纳替三位皇族接种。
以上所说的，用人的天花浆液来做的接种试验仍有许多不够理想的地方。因接种而致死的比率虽然降到4%，但比例还是很高。一位英国外科医生詹纳发现挤牛奶的女孩，在得了牛痘（一种较轻的病）以后便很少再染上致命的天花。1778年，他产生了一种想法：如果能使用感染过天花的牛身上取出的痘苗接种在人身上，便可得到天花的免疫力。这个试验已由多塞特的一名农夫本杰明·杰斯提于1774年至1789年完成，但当时并未引起医学界的注意。1796年5月，詹纳用母牛的天花脓替詹姆斯·菲普斯接种；7月，他又用天花的病毒为一位小孩接种，这个小孩并没有长出天花。詹纳于是下结论，牛痘疫苗可以对天花免疫。1798年，他出版了一本划时代的书，名为《天花的原因及功效的研究》（Inquiry into the Cause and Effects of the Variolae Vaccinae）。报告了23个个案，个个成功。嗣后，他做的试验也都成功。1802年和1807年，议会同意他用3万英镑去扩展他的工作，并改善他的研究。几个世纪以来最夺人性命之一的天花，由于这个发明而很快地降低了危害性。
