知识的增长是否就可以打败各种疾病呢？很难。伏尔泰在他那个时代估计人类一般平均寿命约为22岁。在发展中城市的贫民窟产生了极高的婴儿死亡率，有时甚至达到50%。在伦敦，有58%的小孩在5周岁前就死亡了。弃婴非常多，8年内（1771—1777年）有3.2万名小孩住进巴黎弃婴医院，平均每天89名。在这些婴儿中有25476名（约占80%）在不到1岁时便死亡。18世纪，造成婴儿死亡率偏高的一个原因是干哺乳（dry-nursing）的流行——用奶瓶代替奶或是湿哺乳（wet-nursing）。斯隆爵士曾计算用瓶子喂奶的婴儿死亡率3倍于母奶哺乳的婴儿死亡率。这种新的喂奶方式在法国的上层社会非常流行，直到卢梭的《爱弥儿》出版后，才使母奶哺乳流行起来。
堕胎和避孕一直继续着。法洛皮奥于1564年发明的预防性病的膜套方法，在18世纪用来避孕。阿斯特吕克医师在《性疾病》（1736年）一提及，那些放荡的人用一种很密很好的无洞的膜做成一种套子，在英国称之为“套子”（condum）。一位菲利普太太1776年在伦敦印了一些传单，宣称她的商店供应这种“可使顾客安全”的东西。不管他们所称的“器械”如何，性病仍然存在于每一阶层的人身上。查斯特菲尔德曾警告他的儿子要小心“因为爱上一个人可以使自己的心与尊严一起丧失……假使他掉了鼻子，他便在这场交易中丧失了人格”。
如今人们很难想象，在西方世界未有接种以前，天花是怎样一种恶疾。伏尔泰统计：“在降世的100人中，至少60人得了天花，其中20人死亡，另外20多人因此病而终身留下难看的残酷记号。”1712年至1715年之间，法国有3位王位继承人死于天花。利涅王子认为，住进修女院和寺院的20万人，都是由于患天花后，因为见不得人而逃往那里。天花1719年流行于巴黎，1749年至1765年在瑞典流行，1763年和1767年在维也纳流行，1764年在托斯卡纳流行，1766年和1770年在伦敦流行。
一般说来，时疫不如前几个世纪严重，但仍然危害人们的生命。时疫在乡村比在城市可怕——尽管城市有贫民窟——因为农夫无法负担医疗费用。伤寒、副伤寒及天花，在1741年一年中危害布列塔尼达8万人之多。1709年，普鲁士的腺鼠疫造成30万人的死亡；1737年在乌克兰、1743年在墨西拿、1789年在莫斯科又流行起来，但程度较轻。猩红热、疟疾、痢疾是很普通的疾病，特别在下层社会中，因为缺乏公共卫生和个人卫生，容易受病菌侵犯。传染性的产褥热流行于巴黎、都柏林、阿伯丁、图尔高、伯恩等地。流行性感冒，法国人称为粘疾（la grippe），在不同的时间，分别在意大利、瑞典和德国流行。偶尔，流行性感冒会造成婴儿脊髓灰质炎，一如瓦尔特·斯各特爵士在孩提时患的病。肺炎、白喉、丹毒偶尔成为流行病。百日咳现在看起来似乎是一种小病，但曾经散布很广，危害性很大，特别是在北欧一带。1749年至1764年，瑞典有4万名小孩死于此病。黄热病从美洲传入，并于1723年在里斯本成为流行病。除以上所说的这些疾病及其他百余种疾病外，还加上上层阶级妇女所罹的“幻想症”——由神经疲劳、臆想、失眠、烦闷等的混合，有时还升为歇斯底里症。
为了抵抗这些公敌，政府开展了一些卫生运动，但垃圾还是大部分倒入街道。18世纪初巴黎即有抽水马桶，但仅限于少数家庭，在欧洲大陆其他地方几乎没有。浴室是富人家的奢侈品。公共浴室可能比在文艺复兴时代还少。陆军和海军的卫生化程度比城市的进步还快。约翰·普林格莱促进了军队医药的供应（1774年），苏格兰的林德使海军卫生有了重大的改革（1757年）。1740年，安森的海上探险队，几乎有75%的水手患了坏血病而不能工作。1754年，林德的一篇世纪性的论文指出，荷兰人1565年时就用橘子和柠檬汁来治疗坏血病。1593年，霍金斯也使用这些东西来治疗坏血病。由于林德的影响，这种预防的方法于1757年传入英国海军。在库克将军第二次费时3年多的海上行程中，只有一人因患坏血病而亡。1795年，英国海军规定水手们必须饮用柠檬酸果汁或水果。自此以后，坏血病因而绝迹。
维克托和米拉博于1756年提出人民的健康是国家的责任这一原则，成为18世纪人道主义的里程碑。弗兰克本是一个弃婴，于1777年至1778年间完成了《近代医药卫生学统》一书，提出了一个公共医药服务的完整系统。在“终生献身于高贵纪念物”的4卷，他描述任何文明的社区必须采取一些方法处理废物，使水源和食物保持清洁、学校和工厂保持卫生，并保护工厂中的女工健康，医师要多为单身汉定税率，给已婚夫妇卫生指导，并要求以健康的原则教导孩童。拿破仑非常认同弗兰克的观点，他请求弗兰克到巴黎工作，但弗兰克没有答应，仍留在维也纳。
医院的硬件设施还是很差。虽然医院的数目逐渐增加，素质却降低了。英国在18世纪医院的数目激增，但所有的医院都是由私人捐款维持，没有一所由政府投资。在巴黎居领导地位的狄尔医院在11年中治疗了251178名病人，其中61091人死亡。由于患者太多，往往使三四个甚至五六个病人睡在同一床上，“垂死的病人躺在将要复原的病人旁边，空气中充满了许多病躯溢出的气味”。路易十六的德政之一，即他于1781年宣布：“从今以后，2500位病人需要有单独分开的床铺，500位病人应睡在双层床铺，并用隔板间隔，必须有特别的房间给恢复期病人使用。”然而，7年后，医院只有486张单人床给病人睡，1220张床平均每张要睡4位以上的病人，还有800人躺在稻草堆上，在法兰克福及其他城市的医院中，空气臭得“医生拒绝在医院服务，因为进入医院等于判了死刑一般”。
