巴赫在莱比锡的孤独和家居生活，使他能够继承过去。除了音乐外，宗教信仰是他的慰藉和庇护所。在他的私人藏，有83卷是有关神学、经典的注释或训诫的书籍。在他那雄伟的正统路德派教义之外，他又掺入了些许神秘主义，也许是从当时的虔信派人士得来——虽然他反对虔信派，认为该派对宗教音乐，除了圣诗外一概仇视。他的音乐多半是一种崇拜的形式。通常他在开始作曲之前，总先祈祷，说：“求耶稣助我。”他在几乎所有作品的序或跋都把该作品献给上帝的殊荣和荣耀。他对音乐下的定义是：“上帝的殊荣和灵魂获准取得的喜悦两者之间的和谐。”
留存至今的巴赫晚年的画像，表现了典型的德国人特征，宽肩、强壮、脸色红润、巍巍的鼻子；眼睛上面拱状的眉毛使他有一种专制，半怒半向人挑战的表情。他有一副为自己的地位和看法执拗顽抗的脾气，除此以外，他就像是一只和蔼而仁慈的熊，在反对他的情况结束后能幽默地挺直他的脊梁。他不参加莱比锡的社交活动，却也不吝待朋友，许多如哈塞和格劳恩等对手均在其列。他是一个爱家的人，既专心工作，又照顾家庭。他对10个孩子都施以音乐训练，也供给他们所需的乐器。他家里共有五个键盘、一把维忽拉、一把古大提琴、几把小提琴、大提琴和中音提琴。早于1730年，他在写给朋友的信中就说过：“我们一家人便能开个包括演唱和演奏在内的音乐会。”我们可以看见日后他的儿子如何继承其衣钵、青出于蓝而胜于蓝的情形。
他老年时视力减退。1749年，他答应由那位治眼疾极为成功的医师为他开刀。但这次手术却失败了，使巴赫完全变瞎。其后他住在暗室中，因为他看不见的光会伤他的眼。与聋了后的贝多芬一样，他也不顾自己的病继续作曲。他叫他的女婿笔录他口述的赞美诗序曲。他早已为自己的死亡做了安排，包括自己在时机到来之时，把死视为神明的一项礼物。他就作了一首感人极深的诗：
来吧！仁慈的死亡，赐福的安息，
来吧！因为我的生命已甚忧郁，
而我对世间的一切已感无趣，
来吧！因为我等着你，
请快来吧！也让我安宁；
轻轻将我眼皮合闭；
来吧！赐福的安息。
1750年7月18日，他的视力似乎奇迹似的恢复了，家人欢欣地聚在一起。不幸的是，7月28日他突然中风而死。以当时乐观的说法：“他在上帝怀里安详、幸福地睡着了。”
他死后几乎被遗忘得一干二净，导致这种淡忘的部分原因是巴赫把自己关在莱比锡城，部分则因为他的乐曲较难，另一方面也是因为人们对宗教音乐和对位法形式的兴致已趋没落。1789年，顶替巴赫而为托马斯教堂唱诗班的主领者，他甚至想要“激发学生们对巴赫粗糙的作品产生憎恨心理”。18世纪后半期，“巴赫”这个名字是指卡尔·埃马努埃尔——他对其父所作乐曲古板的特性表示遗憾。1800年，有关巴赫的记忆似乎已消失殆尽。
只有他的儿子们记得他的功业，其中有两个对哥廷根大学的音乐顾问——约翰·福克尔（Johann Forkel）做了叙述。福克尔研究了这些乐曲当中的一部分后，变得很热心，于1802年刊印了一份厚达89页的传记，其中宣称：
巴赫的作品给我们留下了其他民族没有的一份无价国宝……对这位伟人的记忆的保存非但表示对艺术的关心，更表示对国家的关心……这位伟人——有史以来最伟大的音乐诗人和音乐理论家，可能也是绝后的伟人，是一个德国人。哦，祖国以他为荣吧！
这种爱国的呼吁使巴赫重受重视。柏林的辛加卡德米埃院长卡尔·策尔特购买了《圣马太受难曲》的原稿。策尔特的学生门德尔松请求允许他在辛加卡德米埃担任该曲第一次非教会演出（1829年3月11日）的指挥。门德尔松的一个朋友说《圣马太受难曲》在首次演出几乎整整100年后重见天日，而其复活则与一个20岁的犹太人有关。演出者一律不索报酬。门德尔松更在该曲重新演出时加入巴赫所写的其他乐曲。1830年，他一度是歌德的贵宾，因为歌德使他忙于演奏巴赫的作品。
该曲的复活正好和“浪漫运动”及拿破仑战争之后宗教信仰的再生同时出现。理性主义如日中天，它一度与谋杀性的“革命”发生关联，也和经常在战场上羞辱德国的那个“革命之子”有关联。如今德国已获胜，连黑格尔也加入宣称巴赫是国家英雄的行列。1837年，舒曼呼吁刊印巴赫的全部作品。1850年组织了巴赫总汇，从每个角落搜集巴赫的手稿。1851年第1卷问世，第46卷，也是最后1卷印于1900年。勃拉姆斯说他在世时德国历史上最大的两件事，一件是日耳曼帝国的成立，另一件就是巴赫作品完整的印行。时至今日，这些作品要比其他任何一位作曲家的作品演奏得更多，而称巴赫为“有史以来最伟大的音乐诗人”更是西方世界的共识。
