他1685年3月21日生于魏玛公国里的爱森纳赫城。这位伟大的改革者幼年住在卢特普拉兹河岸的科塔夏斯城，从山丘上俯瞰该城的，就是瓦特堡（Wartburg）——路德逃避查理五世（1521年），移译《新约》的城堡。
他9岁丧母，8个月后父亲也跟着去世。约翰·塞巴斯蒂安和哥哥约翰·雅各布投奔大哥约翰·克里斯托弗。塞巴斯蒂安在爱森纳赫城的高等学校学了许多教义问答和一些拉丁文，他又在邻镇欧尔德鲁夫城的中学学习拉丁文、希腊文、历史和音乐。他在班上表现甚佳，升级快速。其父早已教过他小提琴，其兄克里斯托弗又教他键盘。他热心学习这些音乐课程，仿佛血液中有音乐奔腾着似的。他把不易得手的许多乐谱一个音符一个音符地抄录下来，有人认为，他就是因此失去视力的。
为了减轻其兄家庭人口越来越多的负担，塞巴斯蒂安15岁时就开始自谋生计。他在吕讷堡的圣麦可修道院的学校谋得高音歌手的职位，等他变声后留在交响乐团中担任小提琴手。他从吕讷堡到28英里外的汉堡，也许是去歌剧院，聆听凯瑟琳教堂的77岁高龄的风琴师约翰·雷肯（Johann Reinken）的独奏。歌剧虽吸引不了他，风琴艺术却使他深深向往，他感觉到那种高大的乐器在向他的精力和技术挑战。1703年，他的技术已极高明，使阿恩施塔特城的新教堂要他每周3次弹奏该城新添的大风琴，那个风琴一直用到1863年。
野心使他永远有改进自己艺术的警觉。他知道50英里外的吕贝克城有全德国最闻名的风琴手迪特里希·比特豪德（Dietrich Butehude），迪特里希将于马丁生日和圣诞节之间在玛利亚教堂表演一系列独奏。他向教堂宗教会议请假一个月，获准后他将一些事情托付给堂兄约翰·恩斯特，开始徒步（1705年10月）前往吕贝克城。我们已知亨德尔和马特松做着同样的朝圣活动。巴赫不想娶比特豪德的女儿为妻，从而继承其职位，他只想学习这位大师的风琴功夫。这个愿望或其他东西一定使他着了迷，因为他直到2月中旬才回到阿恩施塔特。1706年2月21日，宗教会议埋怨他续假太久，又在圣诗的序曲中加进“许多令人惊异的变化”。11月11日，他以无法有效地训练合唱队及偷偷地允许“陌生的少女在教堂里唱歌”而被警告（当时妇女犹未获许在教堂里唱歌）。这个陌生的少女就是他的堂妹玛丽亚·巴巴拉·巴赫。他尽可能找借口保留这份工作，但1707年6月他还是辞职了，接受了缪尔豪森城的圣布拉西教堂风琴手的职位。他的年薪在当时已算特别优厚，有85古尔登（gulden）现金、13蒲式耳（bushels）谷类、2捆木材、6捆柴枝和3磅鱼。10月17日，他正式娶玛丽亚·巴巴拉为妻。
然而，他在缪尔豪森城的生活并不比他在阿恩施塔特城好过到哪里去。该市有一部分被烧毁，受到侵袭的市民已无心来想及美好的调剂；教会的会众在喜爱唱歌的正统路德教派和认为音乐就是藐视神明的虔信派的信徒之间，被拉来拉去。唱诗班也一片混乱，巴赫把混乱化为秩序时只能凭音符，不得用人力。他应邀成为魏玛城威尔海姆·恩斯特公爵宫廷交响乐团的风琴手和指挥时，他谦虚地请求缪尔豪森雇主解雇他。1708年6月他就任新职。
他在魏玛城的待遇很好——先是每年156古尔登，1713年又提高到225古尔登，如今他已足以养活玛丽亚·巴巴拉和孩子。只是他不甚服气，因为他的职位仍在约翰·德雷泽（Johann Drese）这个音乐长之下。但他从该镇教堂的风琴手，德国第一部音乐字典（1732年）的编者，不逊于巴赫所作的圣歌调的作曲者——约翰·瓦尔特（Johann Walther）的友谊获益匪浅。也许是由于博学的瓦尔特的指导，他仔细地研究法国和意大利的音乐。他虽喜欢弗雷斯科巴尔迪（Frescobaldi）和科雷利（Corelli），却更着迷于维瓦尔第（Vivaldi）的小提琴协奏曲，他把这些作品中的9首改编成其他乐器演奏之用。有时他也把改编后的某一小部分用在他自己的作品中。我们可以在“勃兰登堡协奏曲”中感觉出威瓦尔第对他的影响力，不过我们也在该曲中感觉出更深一层的精神和更丰盛的艺术。
他在魏玛的主要工作是在“城堡教堂”（Schlosskirche）当风琴手。他在那里可以自由使用一架虽小却又装备齐全的风琴。他曾为那架风琴写了好几首最著名的风琴曲：C小调帕萨卡里亚（Passacaglia）和赋格（Fugue）——托卡塔（toccatas）曲中最佳的一首，及大部分的序曲和遁走曲和《风琴小册》。此时，他还是以风琴手闻名，不是以作曲家著称。观察家们——包括最喜挑剔的马特松——惊讶于他处理琴键、踏板和音栓的能力，还说巴赫的双脚“飞舞于踏板上，有如添翼一般”。他被邀请到哈勒、卡塞尔和其他城市演奏。在卡塞尔城（1714年），瑞典未来的腓特烈一世深受感动，从手指上摘下一枚钻戒送给巴赫。1717年，在德累斯顿城，巴赫遇见路易十五的御用风琴手让·马尔尚，当时马尔尚已经享誉国际。有人建议他们一比高下。他们同意在冯·弗雷明伯爵家碰头，每个人必须即刻弹奏摆在面前的任何一首风琴曲。巴赫如期前往，马尔尚则因某种无法知悉的理由早于约定时间之前离开德累斯顿城，使巴赫赢得了一次对手不出场、不愉快的胜利。
他很勤奋，名气也越来越大，但魏玛城的音乐长去世时他也没能接任，该缺由死者之子递补。巴赫于是想到另一处宫廷试试。安哈尔特—科滕的王子利奥波德让他担任音乐长的职位。魏玛的新任公爵威尔海姆·奥古斯都不愿让他的风琴手离去，巴赫去意甚坚，于是公爵把他下狱（1717年4月6日）。巴赫仍旧坚持，公爵只能释放他（12月2日）。巴赫急忙携眷前往科滕城。利奥波德王子是加尔文教派的信徒，又反对宗教音乐，因而巴赫的职责变成指挥宫廷交响乐团，王子自己在该团参加演奏。巴赫也就是在这个时期（1717—1723年）谱成许多室内乐，包括法国与英国组曲。1721年，他把新写的一首协奏曲送给勃兰登堡的马尔加拉韦·路德维希。
那几年是最幸福的时光，利奥波德王子喜欢他，带他一起到多个地方旅行，炫耀巴赫的才华，在他们分手后，依旧是巴赫的好友。1720年7月7日，玛丽亚·巴巴拉在为巴赫生了7个孩子后去世，留下4个孤儿。他为她哀伤了17个月，然后他又娶他的交响乐团里小喇叭手的女儿安娜·沃尔肯为妻。这时巴赫已36岁，而她20岁；不过她把交付给她的职责——成为子女的好母亲——做得很好。此外，她懂音乐，帮他作曲，抄写曲谱，为他唱所谓“明显的女高音”。她为他生了13个小孩，其中有7个在5岁之前就已夭折。在这个美好的家庭里，一些人患心脏病。随着子女的人数和年龄逐渐增加，教育问题使他极为困扰。他是一个愉快的路德教派人士，厌恶统治科滕城的那种忧戚的加尔文教派。他拒绝把子女送到当地的学校就读，因为他们教的是加尔文教派的教条。另一个原因是，他喜欢的王子（1721年）讨了一个年轻的公主为妻，这个公主对利奥波德的要求使他减少了对音乐的投入。巴赫再度认为是求变的时候了。他是个闲不住的人，不过，要是他一直留在科滕的话，也许我们可能就不知其为何人了。
1722年6月，约翰·屈瑙（Johann Kuhnau）在莱比锡的托马斯学校唱诗班担任主领者二十年后去世。这个公立学校有7级，共8名老师，课程注重拉丁文、音乐和路德派神学。该校在校学生与毕业校友在主领者指挥之下，为该市各教堂准备音乐。主领者受学校校长及支付薪水的市议会的约束。
议会请特勒曼补其缺，因为该校偏重特勒曼的作品中独具的意大利风格，特勒曼婉谢了。然后又请达姆施塔特的音乐长克里斯托弗·格劳普纳来担任，不幸格劳普纳的雇主又不准他违约前往。1723年2月7日，巴赫自荐为候选人，愿意接受对其才华的各种测验。虽然没有一个人怀疑他当风琴手的能力，但议会中有人认为他的作品风格过于保守。其中一人建议：“由于找不到最优秀的音乐家，姑且用他这个中等之才。”巴赫终于被录用（1723年4月22日），条件是除了音乐外他还得教拉丁文，还得过贫贱、退隐的生活，接受路德教派的教义，对该议会“尽其应有的尊敬与服从”；同时，未得市长许可，不得任意离开该城。5月30日，他和家人被安顿在该校的宿舍区，开始上班。他一直到去世都在这个烦人的岗位上工作。
从那时起，他的大部分作品，除了“B小调弥赛亚”外，都是写给莱比锡城圣托马斯和圣尼古拉斯两个大教堂使用的。礼拜天的宗教集会在早上7点开始，来一段风琴前奏曲，接着是牧师吟诵圣餐式前的歌，唱诗班唱“启应祷告”（Kyrie），牧师和唱诗班——有时与会的信徒也一起——以德语演唱颂乐，信徒唱圣诗，再由牧师朗读福音和信条，风琴手再弹奏前奏曲，唱诗班唱一首朗诵圣乐，会众合唱《我们信仰唯一真神》这首圣诗，牧师讲1小时的道，祈祷后再赐福，然后进“圣餐”，再唱一首圣诗。这种仪式冬天在10点结束，夏天在11点结束。11点，学生和教职员在学校用膳。下午1点15分，唱诗班回到教堂做晚祷和祈祷、唱圣诗、讲道及唱德国式的圣玛利亚颂。唱诗班在每年“耶稣受难节”吟唱耶稣受难曲。为了这些仪式所需的音乐，巴赫训练了两个唱诗班的交响乐团。独唱者是唱诗班的一部分，而且在唱诗班演唱抒情调和叙唱调前后与他们同唱。
巴赫在莱比锡繁复工作的报酬是约为700泰勒的年薪。这个数字包括他分到的那份学生所缴的学费及为婚、丧所作乐曲的谢礼。他创作《根据马太所作的受难曲》的那年（1729年），巴赫说那年是荒年，因为风调雨顺，死亡的人数极少。有时他也为音乐小组担任音乐会的指挥以赚点外快。他也试过以主张对莱比锡大学附设的保林诺教堂的音乐控制权来改善自己的待遇；有些竞争者反对，使他整整和学校当局争执了两年，结果获得的妥协，彼此都不满意。
他又和指定学生到托马斯学校去的市议会发生一次长期冲突。议员们经常把通过政治影响力、而非因本身具有音乐才华的学生派给他，这些学生既练不成高音，也练不了低音，使巴赫于1730年8月23日向该会提出正式抗议。该会反驳说他是无能的教师、差劲的训练师。他在责骂学生时发了脾气，使唱诗班和学校极为混乱。求诉无门，他只有向奥古斯都三世——波兰新王——请求（1733年7月27日），请他赐他宫廷中的职位与头衔，以便作为他所受到的那些“无理的冒犯”的挡箭牌。奥古斯都三年后才答应，最后（1736年11月19日）赐巴赫一项荣衔“宫廷作曲家”。这时托马斯学校的新顾问——约翰·恩内斯蒂（Johann Ernesti）又和巴赫角逐唱诗班主领者的权利。这场争端闹了好几个月，其间巴赫两度把恩内斯蒂介绍进来的学生轰出风琴组，最后国王总算正式明确了巴赫的权威。
因此，巴赫在莱比锡担任唱诗班主领者的生活并不快乐。他的精神和体力都贯注于作曲及这些乐曲的演奏上，少有时间研究教学法和交际。他因身为作曲家和风琴手的声名日益显扬而稍感安慰。他应邀前往魏玛、卡塞尔、瑙姆堡、德累斯顿等城表演，这些临时性的表演和试用新风琴都有报酬。1740年，他的儿子卡尔被任命为腓特烈大帝的大教堂管弦乐团中的大键琴手。1741年，巴赫访问柏林。1747年，腓特烈邀请他前去试用刚从戈特弗里德·西尔伯曼购回的钢琴。国王对巴赫的即兴曲极为惊讶，他让巴赫即席作出一首六部的遁走曲改编曲，对他的表现极为满意。回到莱比锡后，巴赫作了一首笛、小提琴和键盘演奏之用的三重奏曲子，并把它和其他一些作品一同当作“音乐献礼”捐赠给御用笛师，当作献给“在音乐界，有如在平时、战时其他学科方面备受景仰的泰斗”的礼物。除了这些令人兴奋的插曲外，他为唱诗班主领者的职责尽心尽力，对妻儿的爱及对自己作品中艺术和精神的表达的奉献，他更是不遗余力。
