尽管如此，《神正论》仍成为莱布尼茨流行最广的一，他也因此被后代人称为“最佳可能世界先生”（the best-of-all-possibleworlds man）。我们想起他广泛惊人的知识兴趣时，对这位作者的尊敬便恢复起来了。虽然科学只是他思想的一个角落，他为之沉迷。他告诉皮埃尔，假如他能重新过一生，他要做生物学家。在那数学家辈出的时代中，他还是最深刻的数学家之一。他改进了笛卡儿衡量力的公式。 他以物质为能的观念，在那个时代似乎是形而上学中的一个大胆尝试，但这个观念如今在物理学中已经很平常了。他把物质描述为我们对力的运作所生的混淆知觉。与当代的理论家一样，他拒斥牛顿的“绝对运动”。莱布尼茨认为运动“只是物体相对位置的改变，因此没有绝对可言，只在于关系”。他在康德之先即已把空间和时间阐述为并非客观实在，而是知觉的关系：空间是感知的共存，时间是感知的连续过程——这是相对论所取的看法。在他的最后一年（1715年），莱布尼茨与克拉克长期通信，探究重力问题。在遥远的距离，穿过表面上空虚的空间而作用的重力，对于他来说似是另一种玄秘的性质，他反对说这将成为永久的奇迹。克拉克回答说，说起奇迹，这还比不上“先定和谐”大。莱布尼茨担心牛顿的宇宙结构理论将产生许多无神论者。克拉克说，庄严宏大的宇宙秩序经过牛顿说明后，将更强化人们对神的信仰。后来证明莱布尼茨预想得对。
在生物学方面，莱布尼茨隐约认识到了进化观。与许多在他之前之后的思想家一样，他见到一个“连续律”（law of continuity）贯穿了有机世界，但他扩展这个观念到假设的无机世界。每个事物是一无穷系列的一点或一段，由无限中间形式和其他事物联络。可以说，有一微分贯穿了真实：
没有任一事物是突然被完成的。大自然不做跳跃，这是我的一大箴言……这一连续律揭示出我们经中间物由小过渡到大，由大到小，在程度与分量上皆然。“这一点现在有许多物理学家表示疑问。”……人与动物联结，动物与植物联结，植物与化石联结，而化石又和那些被我们的感觉和想象呈现为全然是死的、无机的物体联结。
在这恢宏的连续中，所有的对比都在一个从最简单的物质到最复杂的、从最低的微生物到最崇高的统治者，天才、圣人的庞大的存在物及几乎不可知觉的差异的串联中消融了。
莱布尼茨的心似乎盖满了他描述的整个连续。他涉猎任何学科。他知道各国的历史，知道哲学的历史，他接触了许多国家的俗事。他对原子和上帝一样熟悉。1693年，他印行了一篇关于地球起源的论文，悄悄地略去了《创世记》之说，他又在一篇专论《原始地球》（Protogaea）中建立了他的地理观，此论在他死后印行了出来（1749年）。他认为，我们的行星曾经是一个白炽的球体，后来逐渐冷却、收缩并形成地壳，它冷却时，环绕它的蒸汽便凝成水流海洋——海洋因溶解地壳里的矿物变咸。后来的地理变化，或是由于水流冲刷地表而留下水成岩层，或是由于地下瓦斯爆炸而留下火成岩。同篇专论对化石做了极佳的解释，并迈向进化论。在他看来，值得相信在地壳的“巨大变化过程中，甚至各种动物也被变形”。他认为可能最早的动物是水生的，两栖类和陆地动物则由它们演变而来。与某些19世纪的乐观主义者一样，他在这个生物演化论（evolutionary transformism）中发现了“宇宙的永久而无限制的进步……进步将永不止息”的信仰基础。
莱布尼茨由生物学转到罗马法，然后转到了中国哲学。他的《中国近事》（Novissima Sinaica，1697年）——“来自中国的最近消息”——热切地搜罗传教士和商贾从中国送来的报告。他相信在哲学、数学和医药方面，中国人的有些发现也许对西方文明有很大的帮助。他促进与俄罗斯的文化联系，想以之作为打开与东方文化交通的途径。他和20个国家、3种语言的许多学者、科学家和政治家通信，每年大约写300封信，有1.5万封信保存了下来。伏尔泰的信札数量尚可与之匹敌，但在知识面的广泛方面就逊色多了。莱布尼茨建议成立一个国际性的文化交易中心，让学者们借以交换意见观念。他也设计了一种国际语，在这套语言中，每一哲学或科学上的观念各有其符号或代码，如此思想家便可操作各种观念，就像数学家运用符号处理数目一样。由此，莱布尼茨近于建立起数理逻辑或符号逻辑。就在这种高贵的徒劳中，他把他自己分配在这许多方面，以至于除了一些片断外，他几乎没有留下任何东西。
这位博学者找不到时间来结婚。最后，50岁时，他有意结婚。但丰特内尔说：“那位女士要求给点时间把这事考虑一下，而莱布尼茨因此有空闲重新考虑这事，他决定不结婚了。”旅行和从事外交后，他开始珍视起研究的幽静。这个一度曾以其心灵触角接触到半个世界的人，现在远离朋友，把朋友看成妨害工作的人了。他沉迷于阅读和写作，时常通宵达旦，很少留心到周日或假日。他没有仆人，请人到外边给他买饭，然后独自在房间里吃。假如他外出劳动，便是出去搜求资料，或追求他推进学术、科学或和睦的计划。
他梦想在各大首都设立学院，只成功了一处。柏林学院是由他创始设立的（1700年），并选他为首任校长。他在托尔高，后来又在卡尔斯巴德和佩尔蒙特见到了彼得大帝。他建议在圣彼得堡设立一所类似的学院，沙皇厚厚地赏赐了他，而且采取了他的由行政“学院”统治俄罗斯的建议。莱布尼茨并未活着看到圣彼得学院于1724年成立。1712年他在维也纳，试图找个神圣罗马帝国的职位，同时设想着另一个学院。他向查理六世提出一个计划，要设立一个不仅提倡科学，同时提倡教育、农业和工业的机构，并毛遂自荐领导这个机构。皇帝把他提高到贵族阶级，让他做了帝国的顾问（1712年）。
他长期不在汉诺威，使新的选帝侯乔治感到愤怒。莱布尼茨的薪水有一阵子曾被中断，他被警告说，中断25年后，该是他完成他的不伦瑞克王室历史的时候了。安妮女王死后，乔治离开汉诺威继承英国王位。乔治离开后3日，莱布尼茨便从维也纳到了汉诺威（1714年）。他本希望能被带到伦敦，在那里享受更高的职位和薪俸，他寄了一封修好的信给国王，但乔治一世答复说，在《年鉴》完成之前，莱布尼茨最好留在汉诺威。除此之外，英国对莱布尼茨与牛顿争微积分的创始者身份，至今犹不能原谅。
在失望与孤单中，他又挣扎了两年才相信宇宙的善意。这个在18世纪被怀念为乐观主义使徒的人，1716年11月14日在汉诺威死于中风与结石。他的死并未引起柏林学院、在伦敦的德国朝臣或在国内的朋友们的注意。由于他的出国和他的深居简出，这些朋友已经和他隔阂了。没有僧侣来为这位曾经抵挡哲学、捍卫宗教的哲学家做宗教仪式。只有一个人，他的前秘书，参加了葬礼。一个当时在汉诺威的苏格兰人写道，莱布尼茨“并没被人们依他的真正地位——一国的国宝——安葬，毋宁说他是被当作强盗一般下葬的”。
批评家曾指责说莱布尼茨到处抄袭。他们在柏拉图那里找到了他的心理学，在经院哲学家那里找到了他的《神正论》，在布鲁诺那里找到他的单子，在斯宾诺莎那里找到了他的形而上学、伦理学和心身关系。但又有多少人能在这些问题上置一言呢？独创而愚昧要比独创而智慧容易得多。每个真理都有着上千的可能错误，人类虽极尽努力，仍然尚未历尽这些可能性。莱布尼茨也许有很多无意义的地方，但我们并不能十分确定究竟那是真正的无意义还是有意的粉饰。因此，他告诉我们说，上帝创造世界时，他在一道闪光中把任何将在历史上发生的事看得一清二楚。他说：“我总在开始时是一个哲学家，而在结束时却成了一个神学家。”也就是说，他觉得如果哲学不导致德行与虔诚，便失去了目标。
他与洛克长期而温和的辩论，给他一种意义重大的思想主张。他也许夸大了“天生概念”的天生性，但他承认它们是能力、本能或性向，而不是概念。他成功地指明洛克的感觉论过度简化知识的过程，心本来是——即使在出生时只是粗糙的——主动接受、操作和变化感觉的器官。在此莱布尼茨像他的时空观点一样，成为康德的先驱。单子说真是困难重重，但是一个有启发性的尝试，试图借着使物质为心而非使心为物质，来沟通心与物之间的鸿沟。当然，莱布尼茨未能把机械结构和大自然的设计或身体上的机械结构跟意志的自由调和起来。而且，在斯宾诺莎把心和身联于一个两边过程后，莱布尼茨把它们再度分开，这在哲学中可说开了一步倒车。这位最有学问的哲人写神学时，仿佛自从圣奥古斯丁以来思想史上没有发生过什么一般。但尽管他有缺点，他在科学和哲学上的成就是伟大的。他是爱国者，而且也是“优秀欧洲人”，使德国在西方文明的发展上恢复到极高的地位。“所有使德国显赫的人中，”腓特烈三世写道，“托马修斯和莱布尼茨是给人类精神最大服务的人。”
他的神学在人类的道德良知之前丢了面子时，他的影响减小了。在他死后的20年中，沃尔夫（Christian von Wolff）给他的哲学做有系统的说明，经修改后他的哲学成为德国大学中的思想主流。在德国以外他的影响很小。虽然他的作品大多用法文写成，但它们都太支离破碎而不能形成一贯的或集中的力量，直到1768年还没有全集出现，而即使在那时，有些重要而非正统的内容都被摒除，必须等到1901年才敢付梓。他的微积分学的符号系统注定要取胜，但有半个世纪之久，他的对手牛顿和洛克更受瞩目，成为法国启蒙运动的偶像人物。但即使在理性极盛时，布丰（Buffon）还是把莱布尼茨列为他那个时代最伟大的天才。20世纪德国杰出的思想家施本格勒认为莱布尼茨“无疑是西方哲学最伟大的智者”。
总的说来，17世纪是现代思想史上最多产的时期。培根、霍布斯、斯宾诺莎、洛克、皮埃尔、莱布尼茨，这一系列的人物热衷于理性，他们大多愉快地相信他们能够了解宇宙，甚至对上帝形成“清晰而明白的概念”（clear and distinct ideas），从而导致——除了最后一位以外——迷人的启蒙运动，引起在法国大革命时代宗教和政府的骚动。莱布尼茨预知那个结局，虽然他始终维护言论的自由，他力劝自由思想者考虑他们所说所写的话，对人们道德和精神产生的后果。约1700年，他在《新编》（Nouveaux Essais）中道出了引人注目的警告：
我知道优越而善意的人们坚持说这些理论上的意见对实际的影响没有想象中的那么大，而且我知道有些人有着一种优良的性情，这些意见将不至于使他们自贬身价……举个例说，伊壁鸠鲁和斯宾诺莎过着一种足为榜样的生活，但他们的弟子和模仿者经常丧失这些理性。他们相信自己从一个监视的上帝和险恶的将来的困难恐惧中得以解脱，放松了对他们的野蛮感情的驾驭，使其心转向到别人的诱惑和腐化。我从一些已过世的人的性格了解到这回事。我也发现类似的意见，纡曲地渗入到过高贵生活的统治者和决策者的心中，溜进时髦的书本中，使一切事情倾向于威胁欧洲的大众革命。
这些句子，字里行间带着真诚的精神，我们也应尊重它表达的忠诚。即或启蒙运动打倒了教条，法国大革命为世界带来骚动，但一个史学家，应回顾这现代科学与哲学的第一阶段，应视其发生是予文明以解放，而不是对文明的破坏。正如莱基（Lecky）所说：
是这些17世纪的大师……教导人们用心智去探讨客观实在。因为打破了多年的封闭，而导致了一种追求真理的狂热，最后得以将各个知识范畴革新，这种原动力造成了一场重要运动，而刷新了历史、科学、神学——深入了不易触及的各部门，打破了旧日偏见、重新调整了我们的知识而改变我们所知的范畴和本质。然而，如果不是理性精神的扩散，这些都是不可能发生的。
因此，无论好坏，17世纪奠定了近代思潮的初基。文艺复兴着重的是古典文物、天主教礼仪和艺术。宗教改革是在原始式的基督教和中古教条之间进行的。在此关键性时代，自伽利略到牛顿，自笛卡儿到皮埃尔，自培根到洛克，把世界带向一个未知的将来，那将来有着自由的种种威胁。17世纪，可能比称为理性时代的18世纪更可称为理性时代，因为，虽然那时的思想家只是一小群人士的呼声，但他们表现得睿智中庸，对理性和自由的界限和困难，比法国启蒙时的那种激动有更深切的了解。但不管怎么说，现代历史中最伟大的戏剧已演完了第二幕，其余的正在进行，直到完成。
