在哲学的本质上披上神学外衣的需要，使莱布尼茨写了一，引发了伏尔泰的愤怒与机智。伏尔泰于是以为《最佳可能的世界》（The Best of All Possible Worlds）辩护的潘洛教授（Pangloss）来影射莱布尼茨，对他大加讽刺，几乎把他写成不是真正深刻的思想家。莱布尼茨在他有生之年出版的唯一完整的哲学著作是《神正论》（1710年）——这几乎是和笛卡儿的《第一哲学》（Principles of First Philosophy，1641年）一样令人感到安慰的一篇论述。所谓“神正论”（Theodicy）当然意指上帝的公正（justice）。
这与其他书一样，也是应时而发的。皮埃尔在《历史与文评汇编》的某一条中，对莱布尼茨表示极大赞赏之际，同时质问这位哲学家关于信仰与理智、人的自由与上帝的全能、人间的邪恶与神圣的善能力可以互相调和的观点。皮埃尔说我们最好放弃证明宗教信条的念头，因为那只不过使困难更清楚、更明显罢了。莱布尼茨在投给《学术工作史编》（1698年）的一篇文章中回答了这个问题。皮埃尔在其《汇编》再版中，在关于罗莱留斯（Rorarius）的那一条加上了一个充实的附记，再次以“那位伟大的哲学家”尊称莱布尼茨，但也进一步地指出莱布尼茨的一些晦涩不明处，尤其在先定和谐理论方面。莱布尼茨直接把答复寄给了皮埃尔（1702年），而未把它刊印出来。同年，他再次写信给这位鹿特丹学者，恭维他的“惊人的反应”和“无止境的研究”。在哲学史上，没有几个插曲像这次意见交换中双方表示出的礼让那么令人愉快。普鲁士女王索菲亚·夏洛特表示想知道莱布尼茨如何回答皮埃尔的质疑。皮埃尔去世的消息传来时，莱布尼茨正准备这样一篇陈述。于是他把他的答复加以修改和扩充，并将之出版，是为《神正论》。此时他已64岁，感受到了“大可能”（great perhaps）的接近，因此可能很渴望相信上帝对人类的公正。然而究竟为什么一位全能而仁慈的神创造的世界，会如此被战争屠杀、政治腐化、人类的残酷及灾难、地震、贫穷、疾病玷污呢？
这个“关于信仰与理性的对立的初步论文”把理性与圣徒描述为二者都是神圣天启的，因此不可能互相矛盾。皮埃尔曾怀疑为何一位能预见一切的善良上帝，竟允许夏娃被诱。莱布尼茨回答说为了使人能有道德，上帝必须给人自由意志，因此也给了犯罪的自由。自由意志似乎确是与科学、神学二者无法相容的，科学在任何地方都可见不可变易的法则的支配，而在有了上帝的先知和所有事情都预定的情形下，人类的自由似乎也丧失了。但是，（莱布尼茨说）我们顽固地、直接地意识到我们是自由的。虽然我们无法证实这一自由，我们还是要接受它，以它为任何道德责任感的准备物（prerequisite），并以它为视人为可笑无助生理机器的唯一可选物。
关于上帝的存在，莱布尼茨对传统的经院派议论已感满意。我们设想有一完美存在，又由于存在对完美是一个必要因素，因此必有一种完美（perfect being）存在。在所有直接原因和偶然性事件后，必有一个必然的非他因的存在。若说大自然的壮丽与秩序在圣智（指上帝）之外另有其根源，那简直是不可想象的事。创造者必定在他自身中无限地包含了在其创造物中所能发现的能力、知识和意志。神的设计和宇宙机械结构并不互相矛盾。上帝用机械结构来行其神奇，又偶尔插手世界机械，制造一两个奇迹。
灵魂当然是不灭的。死亡和出生一样，只是单子聚集物的形式变化而已，固有的灵魂和精气依然存在。除了上帝外，灵魂总是附着于身体，身体也总附着于灵魂，但身体如同灵魂，也有复活。（在此莱布尼茨是一个好天主教徒。）在人以下，灵魂的不灭是自然的现象，只有人的理性灵魂（rational soul）能享受意识得到的不灭。
善和恶是人类的词语，依我们的快乐和痛苦而定。这些词语不能应用到整个宇宙，除非假定人也有上帝才有的全知（omniscience）。“部分的不完美也许是求整体的更大完美必需的。”如此，犯罪是一种恶，但它是自由意志的结果，而自由意志是一种善，甚至亚当和夏娃的罪在某种意义上也是一种善，即是说一种有福的过错，因为它导致了基督的降临。“除了现象之外，在这个宇宙中……没有纷扰，没有混淆。”人的苦难“助成受苦者的更大的善”，甚至：
即使坚信那个确立的信条，认为应被永堕地狱的人的数目与被救的相比，大得不成比例，我们凝思上帝之城（the City of God）的真正浩大时，我们必须说，跟善比起来，恶似乎算不得什么……既然这个宇宙为我们所知的部分的比例与不为我们所知的部分相比几乎为零……则可能与整个宇宙的善事相比，所有的恶也几乎为零……人们甚至可以不同意人世间恶比善多。因为受福佑的人的光辉与完美，与被罪罚的人的悲惨与不完美相比，可能要大得不成比例，这是可能甚至很合理的事。
虽然以我们自私的眼光看来，世界可能是不完全的，但只要上帝使人是人类而又是自由的（left men human and free），这个世界已经是他可能创造出的最佳世界了。假使还可有更好的世界，我们可以确定上帝必已把它创造出来了：
由上帝的至高完美可推出，在造宇宙时他选择了可能的最佳设计，这一设计包含了最大的变化，却又具有最大的秩序。包含了安排最佳的情况、地点和时间，及以最简单的工具所造的最大效果。在创造物中包含了宇宙所能容纳的最多力量、最多知识、最多幸福与善。一切事物依其完善程度，都有权存在于上帝的理解中，而这些要求权是最可能的真善美的人间。
