1714年在维也纳时，莱布尼茨遇到了萨伏依的尤金，此人和马尔巴勒一起使欧洲免于路易十四的臣服。这位亲王请莱布尼茨把他的哲学做一般人也能读懂的简单陈述，莱布尼茨便做了一篇只有90段的简洁论文，在他死后跟其他论文一起传了下来。1720年，有一个德译本出版，但其法文原本却到1839年才付梓，并由其编者命名为《单子论》。莱布尼茨可能是从布鲁诺那里取得了“单子”的名称，也可能是弗兰斯·凡·海尔蒙特（Frans van Helmont），此人用这个词描述上帝唯一直接创造的细微“种子”，这些种子再发展成为所有物质与生命的形式。英国医生格利森曾认为所有实存不仅具有“力”，而且具有本能与观念（1672年）。1686年起，在变幻不定、易于接受新观念的莱希尼兹心中也萌芽了一套相似的理论。他也许受了一些显微镜专家的作品的影响，这些人显示出即使在最小的细胞中也有着律动的生命。莱布尼茨总结说：“在最小的物质中也有一个创造物世界——活的东西，动物……心灵……”每一份物质都可被看作一个充满着鱼的水池，而这些细小的鱼中，任何一条的任一滴血，又是另一个充满着鱼的水池，如此直到无穷。他对每个扩散物的无穷可分性大为感动，如同帕斯卡为之惊讶一样。
莱布尼茨主张，如果我们把穷极真实看作“能”，把世界看作力中心组成的，则可分性的神秘便缈然无踪。因为就如思想一般，力并不涵蕴广袤性。因此，他拒斥以德谟克利特的原子为宇宙终极构成者，而代之以非广袤性的力单元——单子。他不把本质界定为物质，而把它界定为能。（到此为止，莱布尼茨的看法和20世纪物理学是很一致的。）“物质”在任何地方都具有运动、行动和生命的本能。每个单子都会有感受或知觉。就其易感并反应于外界变化的意义上说，单子已有了初期的心。
如果我们“模仿我们对灵魂的想法”来想单子，将更能了解它们。灵魂是“一个单一、个别的人”，一个单独的自我，以其内在的意志抗拒任何在它之外的东西而获得它的途径。与任何单子基本上都是单独的一样，它是一个和所有其他力中心相持的个别的、独立的力中心。真实是一个由个别的力组成的宇宙，这些力经整体，即上帝的法则而统一、和谐。就如每一颗灵魂都异于所有其他灵魂，每个单子也都是独一无二的。在宇宙中，没有两个存在物是完全一样的，因为它们的异处构成了它们的个性。具有全然相同性质的两个事物只是不可分的同一的事物（“不可分辨律”）。每一颗灵魂都感受或知觉其周围的真实，对渐次较远的真实则渐不清楚，但在某种程度上它能感觉到整个真实。每个单子也都能感觉到整个宇宙，不论如何混淆、如何无意识。如此，它可以说是一面镜子，或多或少隐约反映并代表了整个世界。没有一颗个别的心能真正洞悉另一颗心，也没有一个单子能洞悉另一个单子，它没有途径可供这种直接交换，所以它也无法直接在任何其他单子中造成任何改变。
单子的确会变异，因为变异对它们的生命是必要的，但这些变异出自它们本身的挣扎。因为，如同每个自我都是欲望和意志，每个单子也都含着，同时也是一个内在的目的和意志，一个求发展的努力，这便是亚里士多德所说的作为每个生命的核心的实体，在这层意义上（如叔本华后来所说），力和意志是同一个基本真实的两种形式或程度。在自然中有一个内在的目的，在任何事物中都有一种寻求、一种欲望（appetition）、一种引导陶冶的目的，即使这一目的、这一意志在机械律的限制下活动。就我们自己而言，身体的运动只是一种内在欲求的可见的、机械的表现。同样地，在单子中，我们从外面所见的机械过程也只是一种内在力的外表而已。在我们混乱的知觉中，我们把外在的事物与“物质”同一，因为我们只见到它们的外在机制，我们不像在内省时一样看出其内在的、构成的生命力。在这套哲学中，唯物论者被动、无助的原子，被单子，即单元——活生生的个性与力的中心——取代了。世界不再是一架死机器，而成了变化、颤动的生命的舞台。
在变化中，最重要的一点是单子的“心”有意识的程度。就心的感性与反应的意味而言，所有的单子都有心，但并非所有的心都是有意识的。甚至我们奇妙的人类也会无意识地经历许多心理过程，如在做梦时或在我们密切注意某一情景的某些方面时，我们并不知道我们是正在知觉这一情景的许多其他要素——这些要素却可能被置于记忆中进入我们的睡梦，或从心的某些隐微角落中露出，进入后来的意识。又如我们意识到海浪的怒号或轻嘶时，我们知道每一个浪头及每一个浪头的每一成分都在冲击我们的耳朵，产生成百成千的个别印象，这些印象变成我们听到的海声。同样地，这些最简单的单子也感觉、知觉其周围的任何东西，不过其感觉、知觉是混沌而无意识的。在植物界，这些感觉变得较为清楚、较为专门化，并导致较特殊的反应。在成为动物的心灵的单子中，其有反应的知觉变成了记忆，记忆的交互作用产生意识。人是一个单子群，每一单子有自己的需要和目的，但这些质点在一个总摄的单子，即是人的生机与心灵的指导下，成为一个统一的活的官能整体。“心灵提升至理智的水平时，它被认为是心”，并依其知觉的必然关系和永恒真理的程度而提升其等级。知觉到宇宙的秩序与心时，它成为上帝之镜（mirror of God）。上帝，即主单子是纯净而充分意识的心，是不受结构和身体约束的。
这一哲学最困难的方面，是莱布尼茨的“先定和谐”（preestablished harmony）理论。一单子的内在生命与外在表现，即与其物质的外壳的关系是什么？我们要如何解释人的物理性的身体与其精神性的心之间的明显的交互作用呢？笛卡儿无可奈何地把这个问题推给松果腺，斯宾诺莎则以否定任何心物之间的分离或交互作用来回答这个问题，因为在他眼中，这两者只是同一过程与真实的外在、内在层面而已。莱布尼茨认为这两个层面是分离的、有区别的，又导致了这个问题，他否定它们之间的交互作用，却把这种物理和心路历程的同时性，归之于一种上帝预先奇妙地安排好的继续不断的共谋：
心灵遵循着它自己的法则，身体也遵循着它自己的法则，它们由所有物质之间一种先定的和谐并行，因为它们都是同一宇宙的各种表现……形体运作时犹如心灵不存在，心灵也好似并无身体存在一般地活动着，而两者仿佛互相影响地活动着……曾有人问过我，上帝为何不满足于制造所有灵魂的思想和修正而仍要制造一副无用之躯体呢？——没有身体，灵魂（据说）既无法移动，也不能感知。答案很简单。因为上帝的意思是物质的数量多比少好，他发觉让这些修正与某种外在的东西相应是好的。
莱布尼茨唯恐他这种快乐地以神为思想的替代的主张不能赢得广泛的赞许，他用海林克斯的机会论（occasionalism）和时钟观念予以润饰：各自独立运作却和谐得令人困惑的身和心，就像精巧地构作、上条并调整的两个时钟，其走动和报时完全一致，却无任何相互作用或相互影响。同样地，生理和心理的过程，虽然十分独立，从不互相作用，只能借着一个“神圣的、预先设定的巧妙设计，在一种先定的和谐中并行”。
我们可以认为，莱布尼茨设想却不喜说出的道理是：机械结构与生命、活动与思想之间表面上分开而却同时发生的过程，是同一的过程，从外面看来是物，从里面看来便是心。但这么说等于重复了斯宾诺莎，也将和他接受同样的命运了。
