莱布尼茨本人是不是基督徒呢？表面上当然是的。一个像他这样热衷于由哲学进于政治的人，外表当然得披上与他的时代和地位相配的神学作为外衣。“我竭尽一切努力，”他在《神正论》序中说，“考虑建设的必要。”他生前发表的著作在信仰上都是典型的，它们为三位一体、神迹、圣恩、自由意志及永生辩护，它们攻击当时的自由思想家，认为他们是在彻底毁坏社会秩序的道德基础。然而，“他很少上教堂……有好几年之久没领圣礼”，汉诺威的淳朴居民戏称他为“什么也不信”。有些学者认为他同时具有两种相反的哲学：一种是供一般人消遣、博取公爵夫人们高兴用的，另一种则是“对斯宾诺莎学说中所有根本原理的明白肯定”。
他调和天主教与新教的努力引起了人们的指责，说他持“信教无差别论”。他的神学中充满了对和解与统一的热诚，他虽然回避传教士，却努力把他们拉拢在一起。因为他看得很深刻，他尽量不在乎表面的差异。如果基督教是一种政府形式的话，那么在他看来，教条上的差异似乎不是获致虔敬和善意的工具，而是秩序与和平的障碍。
1677年，神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世派遣克罗地亚的挂名主教斯宾诺拉到汉诺威的宫廷，建议约翰·腓特烈公爵加入一个旨在使新教徒与罗马重新结合的运动。也许这一计划有其附属的政治意义：选帝侯此时很希望得到皇帝的支持，利奥波德则希望能有一个更坚强的德意志联邦以对抗土耳其人。有一阵子，斯宾诺拉风尘仆仆地奔走于维也纳与汉诺威，使这件事有了进展。1682年，波舒哀制定了《加利亚宣言》（Gallican Declarations），依此，法国僧侣公然反抗教皇。此时，莱布尼茨或许已希望法国能和德国结合在一个充分独立于教皇权限的天主教下，以缓和新教徒对古老教条的敌意。1683年，土耳其人进攻维也纳之际，斯宾诺拉在汉诺威召集了一个新教与天主教神学家会议，向他们提出了“所有基督徒宗教大结合原则”。
也许是因为这个会议，莱布尼茨匿名写了一篇文章，这是他死后人们在他的遗稿中发现的最奇怪的文章之一。这篇文章名为《神学系统》（“Systema Theologicum”），声称它陈述的是任何怀有善意的新教徒都能接受的天主教教义。1819年，有一位天主教的编辑把它发表出来，作为莱布尼茨已私下皈依的证据。这篇文章更可能只是一个外交努力，以减少两教派之间在神学上的鸿沟。但这位编者说这篇文章天主教倾向极大，这并没错。此文以一段简短无偏的话开始：
在以长而虔诚的祈祷求请天助之后，我尽人类所能，撇开所有成见，去看宗教争端，如同我刚来自其他星球，是一个谦虚的学习者，对任何教派都一无所知，也不受任何义务羁绊一般。如此在适当的考虑后，我已获致了下面所要提出的结论。我认为我有义务执守这些结论，因为依我看来，无论是《圣经》还是古老的宗教传统，或理性的领导与事实的确切印证，都赞同让任何无偏见的人建立这些看法。
接着他公开宣示他对上帝、创世、原罪、涤罪所、化体论、修道誓愿、祈神、香料使用、宗教造像、法衣及国家对教会从属的等等信仰。这种对天主教宽大为怀的情形，或许会使人们对此文件产生怀疑，但一般都已相信这确是莱布尼茨的作品。也许他是希望借着支持天主教观点而在维也纳的天主教皇帝面前为自己开方便之门。莱布尼茨也和任何优秀的怀疑论者一样，喜欢天主教仪式的景象、声音与气氛：
音乐的旋律、优美的和声、赞美诗的诗意、祈祷文的美妙、灯光的闪烁、气味的芬芳、还有美丽的法衣、装饰着宝石的圣瓶、珍贵的献礼、引发高贵思想的雕像与图画，艺术天才的光辉创作……群众行列的宁静优美、装饰街道的华美的帏幔、钟声的旋律等，总而言之，所有这些人类的虔敬本能，催促他们慷慨奉献，以表崇拜的礼物与表征，我认为都不至于像某些人纯然天真地要我们相信的那样，引起上帝的轻视。这无论如何是理智与经验同样确认的事。
但所有这些论点都未能使新教徒动心。路易十四废除了《南特诏书》，对法国新教徒发动了残酷的迫害，打破了这个局面。莱布尼茨也离开了宗教问题而专心他事。
1687年，他为了替他的《不伦瑞克王室年鉴》（Annals of House of Brunswick）搜求四散的档案，起程经历德、奥、意三国，做了一次长达3年的旅行。在罗马时，有关当局以为他会皈依，便向他提供了梵蒂冈图书馆管理者的职位，结果他谢绝了。他曾勇敢设法取消教会方面不利于哥白尼和伽利略的敕令。回到汉诺威后，他开始了（1691年）与波舒哀之间3年之久的通信，以期重启统一基督教世界的运动。难道罗马教会不能召开一个包括新教和天主教领袖的真正全基督教大会，以重新考虑乃至废除特伦特会议视新教徒为异教徒的苛刻烙印吗？这位主教此时正以他的《新教会的转变》（1688年）轰击这些“异教徒”，他毫不妥协地回答说：如果新教徒希望重回神圣的教会来，叫他们自己改变信仰以结束争端。莱布尼茨请求他重作考虑。波舒哀给了他一点希望，说：“我研究一下这个办法……我不久会告诉你我的想法。”1691年，莱布尼茨以其惯常的乐观写信给布里尼翁夫人，说：
国王的意思对此事甚为有利。教皇英诺森十一世和许多红衣主教、皇家将军……及严肃的神学家，在仔细考虑了这件事后，都做了极令人鼓舞的表示……只要法国国王和那些在这件事上得到宠顾的高级主教能采取相同的步骤，那么这件事便不只是做得到而已，简直可说是成功在望了。这话一点也不夸大。
波舒哀给了他一个毫无通融余地的答复：特伦特会议的决定不能撤回，判定新教徒为异教徒是对的，教会方面绝无错误，除非新教徒在争论中的问题上事先采取教会的决定，天主教和新教领袖之间的会议并不能产生任何建设性的结果。莱布尼茨答复说教会曾屡次改变其观点与教诲，曾自相矛盾，曾毫无正当理由地判人罪名，驱逐人出教会。他声称他将“不管目前的分裂可能给教会带来的任何更进一步的害处”，他转而致力于表面上看来较有希望的调和新教路德派与加尔文派的工作。但他碰到了跟波舒哀一样高傲而令人难堪的顽拒。最后，他私下把所有这些敌对的神学派系都咒骂了一顿，声言只有两种书有价值，一是报告科学证明或实验的，一是包含历史、政治或地理的。到死为止他一直是个路德派信徒，但只是表面上的、马马虎虎的。
