科学与哲学中，次于宇宙的本质和运作的最大难题，是心灵的本质和运作。如果无法使全能的善与自然的无所为和痛苦的灾难相调和，则很难理解空间明确的外在物体何以能成为体内的活动；再如，何以观念在不可思议的意识中能达成理想。
斯宾诺莎企图否定笛卡儿心与体是两种不同实体的假定，来避开一些问题。他相信，心体为一，并同为实物，在两种不同的形态和属性之下被感知，犹如总相与思想混一于上帝一样。因此，躯体如何影响心灵，或心灵如何影响躯体，将不成其为问题，每个动作是心灵与躯体二者同时发生并协同一致的运作。斯宾诺莎界定心灵为“躯体的观念”，如心理学（不必是意识）与生理学的程序相关、相依即是一例。心灵是躯体感之于内，躯体是心灵展现于外。心理状态是肉体活动的内部或内在形态。“意志”的活动是肉体欲望的心理依属，而趋向于生理的表现。躯体中并无“意志”的活动，只有心理官能的一个单独活动。“意志”并非原因，它是活动的意识。“心灵的决定，及躯体的欲望和决断，是同一之物，就观念的属性而思考时，我们称其为决定；就全相的属性及就静与动的律则去推演时，则名其为决断。因此，我们活动的秩序和躯体的激情，其本质上与心灵的激情和秩序相同。”心与体包含的种种内在活动，其实际的过程并非两个分立实物、实体或动因的交互作用，而是一个实体的单独活动。躯体的每个过程，都与心灵的过程调和，“若不通过心灵的理解，则躯体无法发生任何作为”。但是，这一心智并不必一定要与思想发生关系，其或仅是一种感觉，但未必是意识。
在此基础上，斯宾诺莎着手知识过程的一种机械化阐释，或许是依从霍布斯，他以物理词汇来界定感觉、记忆与想象。他据此作为印象中许多知识根源是成之于外界物体的证据，但他同意理想主义者的说法：“除非借其体内变化的观念，人类的心灵感觉不出外在躯体为一种实际存在。”理解和理智，知识的两个形式，得之于感觉；而第三个及较高的形式“直觉知识”，则得之于（斯宾诺莎认为）观念或事件的一种简明、分隔、直接和综合的理解。这是规律的宇宙系统的一部分，而不得之于感觉。
先于洛克和休谟，斯宾诺莎反对心灵为支配观的动因或存在体之说，“心灵”是为理解、记忆、想象、感觉及其他连续的普通或抽象词。“心灵的理念与心灵自身”在任何时刻，“是同一同然之物”，其间并无任何分立的“机能”，诸如智力或意志。同时，这些也是认知或意欲总量的抽象语词，“智能和意志，会以相同的态度与观念或意识相关系，犹如‘石堆’之于石，或‘人类’之于彼得或保罗”。观念和意志均不相同，“意志”的意欲或动作，仅是一己“肯定自身”的观念。
换言之，我们所谓的意志，只是欲望的总和和运动。“论及欲望……我认为，人类所有的努力、冲动、欲念和意图，并非经常与忽此忽彼、游离不定的另一者相对立。”深思熟虑是躯体和思想对于不同欲望的交叠支配，直至其中一欲望证明是强有力的，继续维持一致的心理状态，以转移至动作。显然（斯宾诺莎说）并无所谓的“自由意志”，任何实际的意志，只是最高的欲望而已。我们无外在阻碍，而得以表明本性和欲望的程度时，我们才是自由的，我们是我们自己的欲望。恰如一颗飞跃于空中的石头，心想依自己的意志而运动。
可能加尔文派宿命论的“意见特殊区”在笛卡儿与斯宾诺莎所居住的荷兰，已分享了伽利略的力学（牛顿的《数学原理》尚未问世），而且塑造了笛卡儿的机械论和斯宾诺莎决定论的心理学。决定论是不含神学的宿命论，其取代了上帝的原始轮回。斯宾诺莎深深接受机械论的逻辑，他不像笛卡儿，只限定于人群与动物，他也将之用于心灵，正如他一直以心灵和躯体为“一”一样。他论定躯体为一机械，却反对决定论认为道德无效或不真。道德家的告诫、哲学家的理想、公众谴责的耻辱及法庭的处罚等，不但仍具有价值而且是必需的，它们深深嵌入到每个人的生命和经验中，也深入造成其欲望及决定其意志的原因中。
