他称此书为《几何实证伦理学》，一来是他认为，所有的哲学是为正确的引导和睿智的生活而备的；二来与笛卡儿一样，他醉心于知识的禁欲主义及几何学的逻辑秩序，他希望以欧几里得的模式，建立起一个每一步都有逻辑前证可循的知识架构。这些（前证）最后一定会在普遍接受的公理中发现。他知道，这只不过是一种理想，而且也无法支持这项论证以驳斥谬误，因为他用同样的方法详释他不同意的笛卡儿哲学。然而，至少几何学的演绎，足以防止因情感而使理智为之失序、因滔滔雄辩而让遁词得以藏身的情形。他主张，应当像研讨圆形、三角形和矩形一样，冷静而客观地讨论人类的行为，乃至上帝本质之类的问题。他的推论层次虽未尽严整周密，却为他建立起一座外表宏伟而协调的理智大厦。虽然所用的是令培根为之蹙额的演绎法，他却认为这与其所有的经验相谐和。
斯宾诺莎先下定义，这些定义大部分取之于中古的哲学，他使用的好多词句，在当时早已和过去的意义有别，因此其中有些部分使他的思想暧昧不明。第三定义是其基本论据：“我理解实体，生之于其内，思之由其体。”意思是说，关于（实体）的概念，不必借助另一种必须被形象化的物体的概念来了解。他所谓实体的意思，并非以近代物质组合的观念而论，我们若将此词指为本质或根本，则其意义即与他的意向相近了。再如，我们若就字面上取其拉丁语意，则指的是“处于某某统辖之下”，或为“某某的基础”，或是“扶持”等义。在他的函札中，他说“实体即存在”。就是他以存在或实物来界说实体的例子。因此，他可以说：“存在与实体的本质相关联。”在实体中，本质与存在是合而为一的。我们或可以下结论：就斯宾诺莎而言，实体的意义是指最根本的物质，即万物之基。
这一实物，我们可以用两种形式理解：像总相或物质，像思想或心灵，这两类都是实体的“属性”，并非因为其内有许多特质，而是同样的一种实物，我们以感观，外在地认知它为物质；以意识，内在地理解它为思想。斯宾诺莎完全是一个一元论者：实物的两个形态，物质和思想并不是截然分立的实存体，它们是一个实物的内外二端，诸如身体与心灵、生理活动与对应的心理状态。严格来讲，斯宾诺莎比较近似唯心论者，而离唯物论者较远。他对属性下的定义是：“凡心智，对构成其本质的实体的认知。”他认为（早在贝克莱出世之前），不论是物质或思想，我们仅凭领悟或思考了解实物。他相信，实物明示于前，是假形态，由“无限量的属性”来完成，而我们那不完善的官能，只能感觉其二。简而言之，我们所知觉到的实体或实物，是物质或心灵而已。实体与其属性本为一：实物是物质和心灵的统合，而它们的分化，也仅由我们对实体的理解的情形而定。暂且不十分斯宾诺莎式地来说：实物的外在知觉是物质，实物的内在知觉则是心灵。如果我们能用知觉自己一样的双重方式——内在地与外在地——知觉万物时，斯宾诺莎相信，我们一定会发现“天下万物均处于生气蓬勃的状态之中”。各物都有其心灵或生命的一些形式或程度。实体恒动，物质恒运不息，心灵恒以知觉、感觉、思维、欲求、遐思、回想、醒悟甚或入眠。
斯宾诺莎以为，上帝与实体一样，只是实物的基源及物质与心灵的统合。上帝并非物质（因此斯宾诺莎并非唯物论者），物质只是上帝固有的、基本的属性或形态。上帝也非心灵（因此斯宾诺莎也非唯心论者），心灵只是上帝固有的、基本的属性或形态。上帝与实体与自然为一，是宇宙万物的总体（因此，斯宾诺莎为一泛神论者）。
自然有两种形态，即身躯运动的力量和孕育滋长与知觉的力量，此即“能产的自然”（natura naturans）——自然“创造”或赋予生命。所有个体，所有肉体、植物、动物及人类的总和，即是能产的自然——孕育或“创造”自然。斯宾诺莎将这些孕育自然的各个存在体名为模式——实体、实物、心物及上帝的瞬乎变异与化身。它们是实体的一部分。此石头、此树木、此人类、此行星、此恒星，凡此显隐生息、神妙万状的各个形式——构成了“须臾即逝的秩序”。在《智力的改造》一，斯宾诺莎以“永恒不息的秩序”与之相对，以较严格的观点来说，即实物与上帝的源泉：
除了一套恒向、恒常的物体之外，我不以为能以一系列的原因与实存体，去理解一连串单独易变的物体，因为以人类的孱弱，不可能追寻这一连串单独易变的物体（每块石头，每朵鲜花，每一个人）……其存在与本质并不相衔接（它们存在，但并非必须），或者……是一个永恒的真理……此（本质）仅能就恒向、恒常的物体内求之，仅能就铭刻于这个物体，其全真典本（true codes）的规律中寻找，所有单一物体，也据此组合排列。不仅如此，这些单独而易变的物体，须臾不离地依附于（可以这么说）这些恒向物。倘若没有这些，它们不仅无以存在，而且无从了解。
因此，一个单独特定的三角形，即是一个模式，或者它并非一定是该存在，只要它一存在，即将全面地遵循——并会具有力量——三角形的律则。一个特定的人是一个模式，他可以存在也可以不存在，但一旦他存在，他即拥有心物的本质与力量，并将遵循掌管躯体和思想运作的规律。这些力量与规律组成了“能产的自然”的自然律。套句神学上的术语，它们构成了上帝的旨意。物质模式的总和体就是上帝的躯体心灵，模式的总和体就是上帝的心灵，实体或实物的整个模式与属性，便是上帝：“上帝包容万物。”
斯宾诺莎与经院学派一样，认为上帝的本质与存在同一——上帝的存在融合于我们对上帝本质的概念中。他以为上帝是所有存在的本身，他同意经院学派所说的我们能理解上帝的存在，却不能就其所有的属性以熟悉他真实的本质。与阿奎那的见解相符，认为断言上帝为男性，不仅荒谬也不合适。也与迈蒙尼德的论调相合，以为我们用以描述上帝的许多特质是据人类特质而举的不实比喻：
我们将上帝形容为立法者或君王，是公正、慈悲的典型，这仅只是转用凡夫俗子的见解和世俗的市井知识……上帝既不受制于情欲，更不为任何哀乐的情愫所左右……用凡人的本性去含混神性，也将轻用凡人的情欲去归属上帝，如果他们根本不明白情欲为何产生，这会更甚。
上帝并非常人，因为那意味着特定与有限的心灵，而本质上，上帝是所有心灵和物质的总和，“人类的心灵是有限智能的一部分”。不过，“倘使智能与意志专属于上帝的永恒本质，那么有些事更该以这两种属性去了解，而不是以所谓常人的理解”。“实际的智能……包括意志、欲望、爱心等，应当视为所产的自然，而不是能产的自然。”此即，个人具有欲望、情感和意志的心灵，是模式也是变异，为万物总体的上帝所包容，却不属于作为天地生命和规律的上帝。只有在规律运作于世界的意义下，意志才存在于上帝中，他的意志就是规律。
上帝不是一位蓄着胡须、高坐云端、君临宇宙的大家长。他是“永在万物心中的本因，而不是一时性的”。除非在有限实物的意义下，否则并无所谓创造——心物——只当作新个体的形式或模式。“上帝非限于某地，而是普天之下，率从其本质。”诚然，“本因”一词用于此颇不恰当，上帝是一切宇宙的本因，而非效果是瞻的本因，除非就所有事物的行为都必须循其本质这一观点而论，上帝是所有事物的本因。同理，三角形的本质，是它特质和行为的本因。只有在他不受制于任何外在本因与压力的观点下，而且只有用他自己的本质决定时，上帝才是“自由”的。然而，他“并不是出于意志的自由而动作”。他所有的动作，由其本质来决定——也可以说，所有事件由万物的固有本质与特质决定。自然中并无所谓上帝渴望达到某目的的意向。他既无欲，也无意，只有统括全部模式和有机体的欲望和意向。自然中只有因先在原因与固有特质必然产生的结果。世间也无神迹可言，因为上帝的意志和“恒向不移的自然秩序”是合而为一的。任何“连续的自然事件”中的分裂，只是一种自我矛盾。
人类只不过是宇宙中的一份子。自然中立于人和其他形体之间，我们断不可以善恶、美丑等字加诸自然或上帝之上，那些是一种限定词，外在的力量使它们决定了我们的好恶。
万物的完美，由其本质与力量单独决定。它们完美的程度，并非因其有好、恶于人类感官，也不是因其有利、偏于人类本性……因此，我们观念中的狂诞、荒谬或罪恶，只是由于我们知之不全，并几乎全然漠视自然作为一个整体具有秩序并相互依存，以及欲将天下万物依人类理智的命令去排列。在实物之中，理智所认为之罪恶，并非混沌一体的自然秩序与规律方面的罪恶，而仅是我们理智规律方面的。
同样，自然中也没有美丑之分。
肉眼所见物体的美，并不足以涵盖此物体之特质，倘使我们视力远近不一，我们体质构造不同，则我们现在所认为美的，会反过来认作是丑……从显微镜下所见的玉手，会是恐怖异常的……我不将自然归为美丽或畸形、有序或混乱，只有在我们想象的关系上，万物才有美丑、严整或散乱之分。
只有当物体是附着于一个体系之下时，才有秩序，而且在该秩序中，一场毁灭性的暴风雨，就和阳光的艳丽或大海的壮阔一样自然。
有这样的“神学”论据，我们还称斯宾诺莎是无神论者，这能算公正吗？我们已经明白，他并非唯物论者，因为他并不以物质来认定上帝，他很清楚地说：“凡认为《神学政治论》是基于合自然而成的上帝之体——视自然为一群特定量的物质——是大错而特错。”他认为，上帝是心也是物，他并不会缩减心灵而成为物质。心灵是唯一能探知的实物，又认为与心灵同性质的，也与物质相糅合。就这方面而言，他是泛灵论者，也是泛神论者，认为上帝无所不在。皮埃尔、休谟等人之视其为无神论者，或是就斯宾诺莎的否认上帝有感情、有欲念、有目的而下的断言。但他亲口驳斥道：“泛泛者所加诸我的批评，一直不停且错误地非难我为无神论。”显然，他觉得将上帝归于心灵与心智足以使其免于无神论的谴责。不容否认的是，他也一再地以宗教的敬畏之词，那与迈蒙尼德和阿奎那对上帝的概念甚为契合之词来称述上帝。诺瓦里斯（Novalis）因而称斯宾诺莎为“沉浸于上帝的人”。
实际上，他沉浸于整个自然秩序中。对于他而言，这一永恒的一贯与运动，似乎是心仪神往和历久弥深的。在《伦理学》卷一，他完成了神学体系与科学形而上学。他觉得，在规律的世界中，任何典籍，无论再高贵、再华美，也不及神的启示伟大。科学家研究的规律，即便是最平凡的细节，都在阐明启示，因为“我们越了解单独的物体，我们也就越了解上帝”。斯宾诺莎似乎觉得，他已接受并出迎哥白尼潜存的挑战——以宇宙有价值的措辞，再去理解神性，而今已进一步地显示。斯宾诺莎的观点是，科学与宗教已不再抗衡，它们实为一体。
