如果哲学将人们的信仰摧毁，人们在此不幸、痛苦的人世中，没有了一个以神力为基础对公平的信仰，那么人们又怎会有勇气和希望呢？什么能促进朝着民主理想国的方向进步呢？而且，在那个民主的理想国中，就会没有天生的贪欲，没有人们的不幸，也不会形成新的弱肉强食吗？
他首先注意的是“在信仰与理智之间，立下度量与范围”。关于这个方面，他在该书第4册第18章中讨论了，“我发现在每一种情形下，只要理性可以帮助他们，他们就乐于用它，如果理性的方法失败了，他们就会大呼，那是信仰的问题，是超乎理性的事”。“上帝启示的不论是什么，都是真理”。但是，只有在确切的证据上推论，才能知道《圣经》是不是上帝的圣道。而且，“如果与我们直觉的知识有明显的冲突，神力的任何启示都不能相信”。当一件事能由我们直接观察就能决定，我们的知识就要超乎启示之上了，因为观察远比神圣的启示明确多了。然而，“有许多事情，我们对它们只有一些不完整的观念，甚至一些观念也没有。而其他，关于它的过去、现在及将来的情形，若凭我们的能力，我们可能一无所知。这些被称为……超乎理性的，它们显现出来时，就是信仰的事了”。洛克总结说：“通常有权将与理性的明晰陈述相反或不合的事，纳入或归之于信仰之流，在此，理性毫无用武之地。”“爱真理的一个正确的标志，就是不要持有超出确切证明以外的假设”，“理性必须是我们每件事最后的判断与指导”。
因此，1695年，洛克出版了《圣经中显示的基督教的合理性》（The Reasonableness of Christianity as Delivered in the Scriptures）。他重读《新约》，好像读一本新书一样，将（他认为的）教条和注释搁置一旁。他深为基督的可爱和高贵折服，而且基督的教诲，几乎成了人类最好、最光明的希望。任何事，如果是神的启示，那么有关它的叙述或教律也就被视为神圣的。洛克同意视它为神圣的，但还是要去求证它的一切本质都与我们的理性深切吻合。
那些神启示的本质，在他看来似乎要远比一些神学理论，诸如《三十九条条款》（“Thirty-nine Articles”）、《威斯敏斯特条约》、《亚他那修信条》（“Athanasian Creed”）繁杂得多，他从《新约》中一条一条地引证，说明信仰上帝与基督的基督教是他的救世主。洛克又说，有一个宗教，适合任何一个人，并独立于所有学术和神学之外。关于上帝的存在，他感到“自然的运行及它每个部分，都足够证明有神祇的存在”。由他自己的存在，他又追溯至第一因（造物者），而且发现自己的知识和思想也总归于神的赐予，神是“永恒的心灵”。批评洛克的人申诉说，洛克已感觉出灵魂的不朽及永恒的最后审判时，洛克回答说，在接受了基督的同时，他已接受了基督的教诲，而在基督的教诲中，灵魂与审判的说法都包括其中。因此，洛克又从他进去的那扇门里走了出来。
然而，他坚持除天主教以外的任何形式的基督教，都应该在英国享有自由。早在1666年，他曾写了一篇《论宗教宽容》的论文。他于1683年逃亡荷兰时，发现那里的信仰比英国自由多了，而且在荷兰时他也一定注意到皮埃尔对宗教宽容的有力主张（1686年）。他见到法国胡格诺教派受到的迫害和外移的情形（1685年），于是他写了一封信给他的朋友林柏克。这封信后来由于林柏克的怂恿，1689年以拉丁文出版，名为《宽容书》，并在该年年底也有了英译本。一位牛津教员著文痛斥它，洛克回到英国后，在第二、第三封《论宗教宽容的信》（1690年、1692年）中，再加以反驳。1689年的《宗教宽容法》在他草拟下，很快成立，其中包括天主教、唯一神教、犹太教和异教，但规定非国教徒不许担任公职。但是，洛克独对无神论者不能容忍，因为他们对神无所畏惧，又没有宗教约束他们。他觉得他们的话不可信。他公开要求长老教派、独立教派、浸信教派、亚米念教派和教友派的容忍，但他不敢把统一教派包括在内，虽然1683年死于阿姆斯特丹的沙夫兹伯里第一任伯爵曾说，他曾自他的秘书洛克那里吸收了一些阿里乌斯教义和统一教派教义。
洛克认为法律只应该注意社会秩序的维持，它有权镇压一切破坏国家的动乱，但对人类灵魂没有裁判的权利。任何教会都没有权利强迫别人信它，如果在丹麦一个人因为不属路德教派就要受罚，在日内瓦因为信加尔文教就要受罚，在维也纳不是天主教徒就要受罚，那简直荒谬。总之，哪有一个人或一个团体，能将人类一切生命和尊严的真理包括殆尽？洛克告诉大家说，所有宗教在它们衰弱时都需要宽容，但它们坚强时丝毫不宽容。在他看来，宗教迫害都来自权力欲，或来自冒充为宗教狂热的一种嫉妒。宗教迫害只会引起人们的虚伪，宽容却能产生知识与真理。而且，我们怎么能保证迫害一位基督徒是一种善行呢？
洛克为宗教宽容大声呼吁，不断与人争辩，至死方休。他死前正着手写《论宗教宽容》的第四封信。1704年，他安详地静听马沙姆夫人诵读《赞美诗》时，死神悄悄降临。
在他死前，他的哲学地位已经达到如牛顿在科学中的地位，人们称他为“哲学家”。他在正统的虔诚状态中结束生命时，他的书随着时代的改变，经过许多翻版和译版，传入欧洲高阶层的思想界。“西方的启蒙，”斯宾格勒（Spengler）说，“起源于英国，而欧陆的理性主义完全来自洛克。”当然不是全部来自洛克，但谁又能受得起别人如此夸大的称誉？
