洛克从荷兰流亡回来时，已经是56岁的老人了，但他只发表了几篇短文，在拉克尔克1688年的《宇内学志》中有他《人类悟性论》一文的摘要。除了几位好朋友外，还没有人知道他是一位哲学家。此后，他一口气印行了三篇作品，便在欧洲思想界中占有了重要地位。1689年3月，他的《论宽容》（Epistola de Tolerantia）出现在荷兰，到秋天已有了英译本。1690年，又续出了《论宽容的第二封信》（Second Letter concerning Toleration）。1690年2月，他写出两篇《政府论》（Treatises on Government），成为日后美英两国民主政治的奠基石。一个月后，他又出版了《人类悟性论》，这是一本在现代心理学上极具影响力的著作。虽然这在他离开荷兰时就已经完成，但在此之前他先发表了《政府论》，因为他想给1688年至1689年的光荣革命提供一个哲学的基础。《政府论》的主旨在第一篇的序言中说得很清楚，“建立起我们复辟君主威廉三世的王位，在人民的同意声中，将这个新君确立……使英国人民因爱他们自己的天赋权力和公正精神，而下决心保障这些权力，及在国家将沦于奴役或毁灭时，适时地拯救国家而得到世人的赞许”。
《关于赞成父权政治或君权神授论》（“The Natural Power of Kings Asserted”）是最早但较短的一篇论文，约1642年由菲尔默爵士写来拥护查理一世的神权，但这篇文章直到1680年，查理二世的王权到达全盛时才印行。并且，它不是菲尔默爵士最好的一篇，他于1648年曾匿名出版一篇叫《一个限制的混合王权的无政府状态》（“The Anarchy of a Limited Mixed Monarchy”）的文章，这篇文章内容近于霍布斯的观念，提出时间却较早。虽然他因为得罪要人被判刑，但他于1652年仍匿名写了一篇《亚里士多德政治论的研究》（“Observations upon Aristotle’s Politiques”）续加争辩，此后一年就去世了。
菲尔默爵士将政府视为家庭的扩大，上帝把权力给了人类第一个家庭的主人亚当，由他将权力遗传后世成为父权政治，那些人若是相信《圣经》的神圣启示，一定也得接受家庭的父权，赞同父权政治是上帝的旨意。由父权政治而使君主掌权，最初的君主不过是家族的族长，再追溯则最初的族长是亚当，而亚当又来自上帝。因此，君权除非明显与上帝的旨意违背，它是绝对而神圣的，凡是反叛君权的，不仅是法律上的罪犯，也是神的罪人。
反对人类生而自由的说法，菲尔默又指出人一生下来就要受团体中法律和习俗的控制，并受父母对子女天赋的权利左右，“天赋自由”是浪漫式的神话，实际上代表们不过是选区里面少数积极分子推举出来的。所有的政府都由少数人左右。政府是超乎法律之上的，因为设立立法机构，就是赋予了制定法律的权力。“如果我们希望没有另外的仲裁力量来管理我们，那都是自欺的。”又如果，政府的权力依于被治者的同意，那么就根本不会有政府存在，因为每个人或每个团体都将提出“凭良心”就可以有反叛的权利，那简直就是无政府或乱民政治，而且“没有一个暴君的暴政可以比暴民的暴政更暴虐”。
洛克觉得既然是为光荣革命辩护，他首要的工作是对付菲尔默的论点。他认为在菲尔默爵士的论述中，可以看见无数妙笔生花的满口胡诌。洛克开的玩笑很不文雅，讽刺地反问菲尔默所说的王权来自父权和亚当的理论根据。菲尔默的一些理论，在洛克的粗略批评后，仍留存下去。洛克的批评虽然在细节上有些错误，却试图从历史或是生物学中追寻政府的起源。
在《再论政府》（Second Treatise of Civil Government）中，洛克转移研究目标，欲替威廉三世在英国找到更多关于登基理论上的有力的论据，而不用詹姆士二世惯用的君权神授的理论。他认为威廉的王号来自人民的同意，不认为与历史上的事件有关。威廉来到英国并非出于人民的同意，接他回来的贵族也认为没有得到人民的同意，而只不过人民没有反抗而已。但在支持威廉政权的哲学基础上，洛克为人民主权作出了令人印象深刻的辩护。在他替威廉辩护时，他的代议政府的理论也陆续发展了出来，而且在提供辉格党人及其他拥有财产人士一些合理解释时，他建立起他的政治自由的论述。在英国哲学界中，由他压制住了声誉正上升的霍布斯。
继霍布斯之后，洛克也提出了国家出现以前的原始“自然状态”。正如霍布斯或菲尔默，他以历史为证，以达到他解释的目的。但与霍布斯不同的是，他想象的原始状态下的个人是自由而平等的，他表示在自然状态下，谁也不比谁有更多的权力，这些字眼为后人杰斐逊等引用。他也同意人们在“自然状态”下，也有一些特殊形态的社会天性，为以后发展出的社会心理做准备。偶尔洛克也会说一些很生动的假设：“每个人……天生就是自由的，而且，除非有他的同意，没有任何东西能使他臣服于世俗的权力下……”自然状态，在他的理论中，不是如霍布斯所说的每个人都互相敌对，因为“自然律”支持人权，一如他支持人是理性的动物一样。借着理智（洛克以为），人们达成一项协议——制订一份社会契约——交出他们自己的权力，不是交给君主，而是交给他们整个的团体，因此团体是真正有权力的。由其中大多数人选出一个主要的管理者，来执行团体的愿望，这个人可以称之为君主。但一如其他公民一样，他仍受该团体共同约定的法律约束，如果（如詹姆士二世）他想欺骗或压榨他们，这个团体就有权从他那里收回他们曾托付给他的权力。
洛克并不是真的支持威廉而反对詹姆士，而是支持（现在成功的）国会而反对一切君主。国家中的最高权力机构应该是立法院，它应由人民经投票选出，而且法律应对以金钱贿赂选民的人严加惩罚。洛克如此主张，但他没料到威廉三世被迫去买国会议员的选票，去买那些140年以来一直控制着“衰颓市镇”（rotten boroughs）的大家族的选票。立法机构的功能，应该与行政系统严格地分开，这些政府中的各个机构应该有制衡的作用。
“政府，”洛克说，“除了保护人民的财产外，没有其他的目的。”在这个世界上，当食物是自然生长出来，人们不必辛苦耕种，只靠野生的食物就可以维生的时候，才有原始的共产主义存在。但一旦有了劳工的出现，共产主义就自然地结束了，因为人的天性很自然地会要求他自己独立的财产，以及他的劳动所得。因此，所有成果“99%”都靠着工人。（在此，洛克提出了社会主义的一个基本的教条。）文明因劳工而进步，因此也因劳工产生的财产制度而进步。理论上说，没有一个人应该拥有他所用不完的财产，但钱的发明使那些收获产品有剩余时，他可以卖掉它们。从这方面开始出现了彼此不均的发展，我们可以看到关于针对财产集中的批评。但洛克不能批评它。洛克认为尽管财富分配不平均，为了文明的延续和社会秩序的安定，政府仍应该以保护财产为其首要目的。“人们在财产方面的最高权益，非经同意不可剥夺。”
在这个理论基础上，洛克不同意任何革命引起的财产没收或充公。但是，作为一个“光荣革命的先知和发言人”，他不能否认人民有权推翻政府。“当人民财产自由被非法地压榨时，人民就没有听从政府的义务。”因为，政府的结束对人类有好处。可是，对人类最有好处的又是什么呢？是人民应该永远生活在无所拘束的暴君统治下，还是只要统治者超出了他的权力范围或破坏了保护人民财产的诺言时，人民就推翻他呢？洛克认为只要为了财产的安全，革命就是神圣的。世俗化的推进使关于神圣的定义和内容都改变了。
洛克在政治思想上的影响，在马克思出现以前，一直都呈现巅峰状态。他的国家哲学与当时势力不断增强的辉格党相配合。它不但是1689年的光辉，也是1776年和1789年精神的先导。批评家们嘲笑洛克所说的政府由自然状态下自由人的同意而成立，一如当时洛克嘲笑菲尔默以父权亚当和上帝为政府的来源一样。“天赋人权”只是假说，只是理论上的东西，在没有法律的社会中唯一的天赋人权是过人的力量，一如今天国家之间一样。但在文明中的权力是个人以不妨害团体为原则。对自由的要求由多数党来统治，可以在小团体中适用，但通常团体都是由有组织的少数人控制，而且现在的政府也担负起保护财产外更多的责任。
洛克第二篇论文的成就仍是很大的，它扩大国会的胜利及使辉格党控制英国的君主制度，又使托利党成为代议和责任政府的理论中的一党，这种政府能激使人民不断要求自由。英国没有采用洛克主张的分权理论，没有将政府附属到立法机构之下，它的理论主要是制衡行政权力。在这方面，它可以说是完全成功的。他对人类的理性和尊严的深信，及他的使理论有节制地付诸实际行为，成为英国政治的标准程序，使革命变得真实而难以察觉。
洛克的观念于1729年由伏尔泰从英国传到法国，孟德斯鸠于1729年至1731年访英时也有了那些观念。在卢梭及法国大革命时代人的口中，都可以听到那些观念，在1789年法国立宪会议所拟的《人权宣言》（Declaration of the Rights of Man）中也有充分的表现。美国殖民者向乔治三世的王朝叛变时，他们用来表示独立宣言的观念的句子，甚至所用的词，几乎采自洛克。洛克提到的那些人权，后来成为美国宪法中第一次十条修正案的《人权法案》。他的政府分权理论，加上孟德斯鸠补充的司法权，成为美国政府的形式。他最挂念的财产问题也得到美国立法的保障。他论宗教宽容的论文，使政治与宗教逐渐分离，而且逐渐有了宗教自由。在政治哲学史中很少有人像他这样影响深远。
