宗教战争伤害了法国人的宗教信仰，英国的内战也引起了神学上的怀疑，对清教徒统治时期的记忆，使战后胜利的保皇党不信宗教，并使复辟的查理二世宫廷中出现了无神论。沙夫兹伯里第一伯爵、白金汉第二公爵、罗切斯特第二伯爵都有无神论思想的嫌疑，尤其是后来的哈利法克斯和博林布鲁克两人。
历史、地理、科学知识的扩展，加强了人们对宗教的怀疑。每天都有一些旅行家或历史学家说远方国家有着与基督教完全不同的宗教与精神，却十分有美德而且不嗜杀人。提倡机械宇宙观的虔诚的笛卡儿和牛顿，更使基督的见证变得无影无踪，在自然界找出的定律也使神迹变得难以让人接受。哥白尼理论渐渐获得胜利、伽利略戏剧性地继续推展，使信仰逐渐崩溃。许多基督教神学家大胆地用理性证明教义，反而使教义愈显脆弱。安东尼·柯林斯说：“在玻意耳试图证明上帝不存在的演说之前，没有一个人会怀疑上帝的存在。”
对无神论的驳辞可以证明它本身传播之广，1672年，沃尔斯雷男爵也提到：“不信教的情形在每个时代都曾有过，但公然主张似乎是这个时代的特色。”根据派克执事长1681年的话：
……我们中不学无术的人也都假冒了怀疑主义和不信教的名义……无神论和反宗教到最后，终于如邪乱、放荡一样普遍……平民或工匠们以哲学来为自己不信神辩解，并在街上和马路上大读其无神论的讲稿，也能由《利维坦》证明上帝的不存在。
知识阶层试图与一神论妥协，即“自然宗教”或自然神论。一神论者怀疑基督与教父的平等性，但他们一般相信《圣经》的神圣权威。拥护自然神论的宁愿将《圣经》孤立而限制信仰于上帝和不朽。无神论者主要的活动在英国，他们只要求单独信仰上帝，而将上帝作为自然的同义词，或笛卡儿学说和牛顿学说中宇宙大机械的原始推动者。自然神论者（deist）一词首先于1677年，由斯蒂林弗利特执事长的一封“致自然神论者的信”（“Letter to a Deist”）中提到，但自然学的文字早在1624年赫伯特爵士的《论真理》（De Veritate）即已开始。
赫伯特爵士的门徒查尔斯·布朗特（Charles Blount）又写了一本《生命》（Anima Mundi，1679年），认为所有的教会组织争论不休，不过是冒着教会之名以从事政治权力和物质的争夺；天堂和地狱都是聪明人虚构的故事，用以控制和压榨人民；灵魂是随身体一起死去的，人与野兽毫无不同。在《偶像崇拜的源起》（The Origin of Idolatry，1680年）一，布朗特将教士看成是那些依赖人类轻信的弱点及劳苦工人而生活的特权阶级的工具。他以恶作剧的态度译出了菲洛斯特拉图斯（Philostratus）的《阿波罗尼奥斯传》（Life of Apollonius），并指出异教徒与基督徒所有的奇迹有相同点，又温和地指出两种奇迹同样都不可信。在《自然神论者的宗教概略》（A Summary Account of the Deists’ Religion，1686年）一，布朗特主张一种没有任何祭祀和仪式的宗教，只在精神生活中做崇拜神的活动。在《理智的谕旨》（The Oracles of Reason，1693年）一，布朗特指出基督教的神学理论一开始就建立在一个错误的基础上，即期望世界末日的早日来临。他嘲笑夏娃由亚当的一根肋骨变成的故事、原罪、太阳因约书亚而停止运行，这一切他认为如孩子般无知，而且说：“相信我们现在的地球（宇宙中盲目而卑下的一颗微粒）是如此巨大的身体的心脏，或最高贵的或最主要的部分，是非理性的、与事物的本质相抵触的。”布朗特又匿名写了另一《不违背自然法则的奇迹》（Miracles No Violations of the Laws of Nature，1683年），试图将奇迹解释为简单的心智对自然事件及其原因产生的一种诚实的错觉。他又说，《圣经》的写作不过是“激起虔诚的爱心”，而不是教授物理学，因此它要解释“无论什么，违反了自然，就是违反了理性，而一切违反了理性的都是荒谬的，该遭到反对”。如果我们相信他因为英国法律不许他与已故妻子的妹妹结婚而自杀的话，就知道布朗特自己并没有始终信仰理性。
约翰·托兰（John Toland）随后继续争论。他出生于爱尔兰的天主教家庭，少年时期改信新教。他曾在格拉斯哥、莱顿和牛津求学。26岁时，他匿名出版一书，名叫《不神秘的基督教》（Christianity Not Mysterious，1696年），他评价该书为“一篇论述，证明《福音书》中没有任何地方是与理性相违背的”。他接受了洛克所著的《人类悟性论》一文中所说的“一切知识源于感觉”后，渐渐成为一个彻头彻尾的理性主义者：
我们认为理性是我们能确信事物的基础，并认为没有任何一件事比自然现象更值得讨论……不用理性去证明或用证据来支持，就相信《圣经》的神圣性和其中的内容，那是愚妄的轻信……通常都是基于无知或一种意向的结果，或更基于对某些事的企求。
这些言辞简直就是战争的宣言。他的挑战当然不会没有反应。米德尔塞克斯郡和都柏林的大陪审团前来指控该书。该书被官方正式在爱尔兰国会门前焚毁，托兰也被判有罪。他逃往英格兰，在那里找不到工作，又移居欧陆。经过一段时期，他终于受到汉诺威的女选帝侯索菲亚及其女儿普鲁士女王夏洛特的欢迎。
后来，他写了两封“给塞莉娜的信”（“Letters to Serena”），其中一封试着去追溯他对不朽的信仰的起源和发展，这封信是他写超自然信仰的自然史的首次尝试。另外一封信驳斥“物体本身是不动的”这一看法，他说一切行动都已蕴存在物体中，没有一件东西是绝对静止的，一切客观的现象都是物体运动造成的，包括动物的行为，人也一样。然而，托兰没有公开这样的想法，因为无知的大众早已被正统思想当作道德与社会控制的工具。对受过教育的少数人来说，自由思想应该是一种责任，也是一种特有的权力。对这些少数人不应该再有检查制度，“让人们自由地发表他们想到的，不要受到任何束缚或惩罚”。显然，托兰将自由思想者与泛神论的信仰者视为一体。
他在1718年的论文《基督徒》（“Nazarenus”）中认为，基督当初并无意要使他的门徒脱离犹太教，仍遵守着摩西法典的犹太基督徒，才代表“基督教真正的原始的计划”。另一本小册子名叫《泛神教》（Pantheisticus），是解释一个虚拟的秘密团体的仪式，也许托兰就是1717年在伦敦成立的一个名叫“母亲之家”（Mother Grand Lodge）互助会的会员。托兰描写的那个秘密团体，拒绝一切超自然的启示。该宗教与当时的哲学吻合，而且将神与宇宙结合在一起。那个团体允许其成员按着自己的方式崇拜神，只要在政治的影响下，使人民的宗教狂热不致有所贻害就可以。
过了多年安适而多彩多姿的生活，托兰退休时又回到英国，靠着莫尔斯沃思爵士和沙夫兹伯里的支持而免于冻饿。他容忍他人对其著作的炽烈的批评（60年中54次），他仍说哲学给了他“完全的宁静”，而且使他免除了对“死亡的恐惧”。1772年，他52岁时，受了一种无法治愈的疾病的侵袭，写下他颇感骄傲的墓志铭：
约翰·托兰安息于此，生于……伦敦附近。精通十种以上的语言，写作各种文体。是真理的斗士、自由的捍卫者，不曾巴结、逢迎任何人。而所有的威胁和厄运也没能影响他朝向目标的道路，在这条道路上，他始终不渝，并将自己的兴趣与对追求至善的心配合在一起。他的灵魂已与在天之父结合。毫无疑问，他愿意活到永远永远，然而，托兰将永不见于此世了……其余的事迹请参阅他的著作。
柯林斯更温和、更有技巧地说明了自然神论的原因。他颇有钱，在乡下和城里都有房子，不受饥饿的威胁。他是一个很有礼貌，性格上几乎没有瑕疵的人。与他相知甚深的洛克，在给他的信中说：“为真理而爱真理，是世上人类美德的一大部分，又是其他美德的苗圃。如果我没看错，你是我所见过的人中最有这种美德的了。”柯林斯1713年的《自由思想的讨论》（Discourse of Freethinking）替自然神论在当时被广泛接受做了最佳的解释。
他将自由思想定义为：“利用人类的理解力，致力于寻找任何见解和看法的意义，无论什么，都考虑到自然证物对该见解是支持或反对，然后根据这些证物的有力或无力再下判断……除此之外，没有其他方式可探究真理。”信条的繁芜及对《圣经》内容诸般不同的解说，使我们不得不依靠自己理性的判断。我们怎样决定何种解说是正确的呢？非用武力才能解决吗？除了用理性和证据，我们怎能决定哪一本《圣经》的注疏可以信得过，哪一本我们又该弃之如伪书？仅仅是有关《新约》原文的批评，学者们就写出了3万多，柯林斯一一加以评价，并认为西蒙对《圣经》原文的评注最佳。
他又试图解释人们反对自由思想的原因：绝大多数人没有能力自由或无害去思考根本的问题，这样的自由只会引起意见与教派的无休止分歧，导致社会陷入混乱。自由思想在宗教中会引起无神论和道德上的淫逸。他以古希腊和当时土耳其为例，说明社会秩序的维持必将损害到意见的自由和信仰的分歧，他否认自由思想会导致无神论，他赞成培根的意见并引用他的格言：若思想自由了，有一部分思想会使我们倾向无神论，但有更多的思想会使我们避免它。他继续说，无知加上表面的诚恳，“才是无神论的根本，自由思想倒是它的药石”。他又列出自由的思想家，“他们在每个时代中，都是最善良的人民”，苏格拉底、柏拉图、亚里士多德、伊壁鸠鲁、普鲁塔克、瓦罗、卡托、西塞罗、塞涅卡、所罗门、先知们（the Prophets）、奥利金、伊拉斯谟、蒙泰涅、培根、霍布斯、弥尔顿、蒂洛森、洛克，加上现在提及的托兰，就可以作为孔德（Comte）编制在日历上的那些实证主义的圣人名单。而且（柯林斯主张），可以列出另一个名单，那些人是自由思想的敌人，已借荣耀神的名义用野蛮而残酷的行为玷辱人性。
各地教会和大学的反应如雨点般到来，因此，柯林斯做了一次巡回旅行。他停留在荷兰时可能受到了皮埃尔和斯宾诺莎的影响，回到英国后，他出版了另一，又掀起一场风暴，书名为《人类自由的探讨》（Inquiry concerning Human Liberty，1715年），其中明显地充满了决定论的观念。柯林斯觉得他自己是没有自由意志下的自由思想家。9年后，他在《论基督教的理性和基础》（Discourse on Grounds and Reason of the Christian Religion）中，引用使徒们和帕斯卡等人以《旧约》中的预言多半已实现作为基督教明证的基础，他又说那些预言与基督教和基督都无关，当时就激起了35位神学家写了35篇宗教论文回答他。这场论战直到1726年伏尔泰访英时仍然存在，伏尔泰也以恶作剧的态度欣赏它，并将这事传入法国，也将法国带入了怀疑的启蒙时代。
自然神论的运动在英国仍被人不断推动着，诸如威廉·惠斯顿、廷德尔、托马斯·查布和米德尔顿，又通过博林布鲁克和哲士沙夫兹伯里，最后到了吉本和休谟。自然神论因被指为助长民主观念，所以不受统治阶级的欢迎，它最直接的影响是使当时的宗教信仰日趋没落。1711年，在坎特伯雷开的英国教士会议上，拟了一份正式的关于自然神论的报告，指出人民广泛的无信仰、不敬神，否认《圣经》的启发，视神迹如寓言，又嘲笑三一律，对不朽滥予怀疑，视教士为骗子。在18世纪初的英国，“宗教沦为自然神论”，就在这个紧要关头，一些有知识的英国人奋起为基督教辩护。
