在《利维坦》的最后一段，霍布斯说：“因此，……没有偏见，没有完整、成熟的一套计划使人民一面服从，一面受到保护，这件事引起我对民事和教会政府的推论，至此结束。”
他对宗教和政治不平等的看法并未被广泛地接受。在查理二世周围的法国人，当然欢迎霍布斯的理论，为王权辩护，但他们指责他的唯物论，认为纵使不是有辱神明也是轻率之举。而且他们颇以为悔，认为这位哲学家在他们最需要一位天主教国王的帮助的时候，居然费了偌大的篇幅攻击天主教教会。在清教徒和英国国教徒中也掀起了鼓噪声，反对霍布斯的著作，“不许霍布斯再回朝廷”。霍布斯发现自己在法国没有朋友、没有保障时，他决定从英国的克伦威尔处得到平安，因此又回到英国。伯内特大主教说，霍布斯在《利维坦》一，放了一些字句，“以取悦革命党人”。这不能确定，但有一事可以确定，即不论如何，革命开始时一定不合法，成功时却有其地位，再胡乱杂凑以对绝对君主的绝对服从这一基本原则来规范社会。最终的“检讨与结论”部分，看起来像是一种追忆，解释人民如何才能从对一个国王的效忠转为对另一个新政权的效忠。该书出版于伦敦（1651年），当时霍布斯住在巴黎。同年年底，他渡海到英伦，并在德文夏伯爵处找到安身之处。德文夏伯爵很早就属于革命议会，霍布斯也曾投身其中，而且被它接纳。这位哲学家借着由伯爵处得来的一些养老金过活，并搬到伦敦，因为在乡下，“与博学的人谈天的愿望很难达成”。此时，他已是63岁的老人了。
渐渐地，他的书有了读者，批评的人也蜂拥而至，教士们一个接一个地来替基督教辩护，并询问谁是那位反对亚里士多德、牛津国会及上帝的“怪兽”。霍布斯虽然胆子小，但仍是一个斗士。1655年，在《哲学的要素》（The Elements of Philosophy）一，他重申唯物的、决定论的意见。德里饱学的主教约翰·布拉姆霍尔（John Bramhall）在《利维坦的感人性》（“The Catching of the Leviathan”，1658年）一文中，替霍布斯除去了钩子，因为别的教士仍认为“钩子仍然挂在霍布斯的鼻子上”，但对他的攻击几乎到他死方止。克拉伦顿伯爵失去权力后，曾出版一书名为《霍布斯先生之书：利维坦中论宗教与国家部分的危险与有害的谬误的鉴定与要点》（A Brief View and Survey of the Dangerous and Pernicious Errors，in Church and State，in Mr.Hobbes’s Book Entitled Leviathan，1676年），以掩饰他的被逐。在322页中，他行文颇有系统，以流畅而堂皇的词句逐一辩驳别人的论点。克拉伦顿的言辞表现出他在官场中有过足够的经验，他讥笑霍布斯，认为霍布斯没有负起将理论与实际政治调和的工作，而且他希望：“霍布斯先生应该到国会一趟，或到枢密院一坐，在地方法院和裁判所列席，使他因而能发现他的思虑和他的论断，不管多么深刻，或是根据哪些哲学观念，甚至根据哪些几何定理，都已经引导他走入对政治的错误观察。”并非所有对他的批评都这样温和。1666年，下院曾命令它的一个委员会收集有关无神论、死神、亵渎神明、反对神的本质、特性等的资料，特别是怀特的书和霍布斯的《利维坦》。奥布雷说：“有一份报告（确切真实的）……在国会中……一些主教推行一项运动，将一些老好绅士以异端之名焚死。”霍布斯毁掉这些没有出版的报告，以免使自己陷入更多的困扰，他又写了三本对话录。以学术的立场，英国没有一个法庭能判他为异端。
他得到复辟国王的救援。在他到达伦敦不久后，查理二世在街上见到霍布斯，认出他是以前的家庭教师，便迎他入宫。当时，复辟的宫廷中已经有怀疑宗教的倾向，保卫绝对王权以对抗国会，正好与霍布斯的哲学相投。他点缀着稀落白发的秃头和清教徒的装扮惹人嘲笑，查理称他为“熊”，而霍布斯凑上前去说：“让你作弄的熊来了。”查理就是喜欢霍布斯这样对答敏捷，他找画匠替霍布斯画了一张像，放在自己卧室，并给霍布斯一年100镑的养老金。虽然这不是固定地支付给他，但他从卡文迪什家族那里每年收入50镑，仍可以维持哲学家最低的生活。
奥布雷形容他年轻时多病，老来却又健康又有生气。75岁时他还玩网球，网球场不堪用时，他就走一段长路，让自己“流大汗，然后付点钱给仆人要他们擦干净”。他饮食适当，70岁以后就不食肉、不饮酒，他说：“在他生命中过度的事已经太多了。”但奥布雷继续说：“纵使他一年有几次过度的话，那也不是太过度。他一生未娶，但好像有个私生女，他常为她准备东西。晚年他很少读书，他常说‘如果我读的书跟别人一样多，我就不会知道那么多了’。晚上，他上床，门都关牢了，并肯定没人听见时，他就大声唱歌（并不是他有一副好喉咙，而是为了他的健康的缘故）。他以为大声歌唱对肺有好处，可以活得久些。”1650年初，他的手仍患了急中风。1666年，情况恶化，他写的字都令人难以辨认。
然而，他仍不停地写，由哲学到数学，他不小心陷入了与一个叫约翰·沃利斯的人的论战中，被评为不知就里。1670年，他82岁时，出版了一本叫《布希茅斯》（Behemoth）的书，是有关内战的事。另外，他写了一些对批评者的反驳，将《利维坦》译成漂亮的拉丁文。1675年，他以韵文写成自传，并翻译《伊利亚特》和《奥德赛》，因为“我没有其他事情可做”。
在他87岁那年，他从伦敦回到乡下，在德比郡的卡芬地斯封地度其晚年。此时，他的中风加剧，而且膀胱排尿的困难打击着他。伯爵要从查斯毕斯到哈威克宫（Hardwick Hall）时，他坚持与伯爵同行，这一次出行证明他的垂老与精力枯竭。一个星期后，瘫痪扩延到全身，他甚至不能说话。1679年12月4日，他接受虔诚的英国国教徒的圣餐礼时去世了，只差4个月就92岁。
