君主也必须控制人民的宗教，因为宗教一旦深入人心，就成为破坏的力量。霍布斯提出了一个概括的定义：“自故事中得到一种心灵的错觉，而对无形力量产生恐惧，如果该故事被公众允许即成宗教，否则则为迷信。”他如此贬低宗教为一种恐惧、想象、假装，但在别处又称其为对事情和事件发生原因的追寻，追求事情原因的结果，使人必须相信“这里一定有（即使是异教徒中的哲学家也同意）一个第一因，一切事件发生的第一个及永久的原因，这就是一般人所称的上帝”。人们很自然地想象出这个第一因就像他们自己一样是一个人，有灵魂、有意志，只不过比他们更有能耐。他们将一切自然发生的事而不为他们了解的都归因于此，即神意的前兆：
有四件事是宗教形成的自然因素：鬼怪的意见，对第二因的无知，皈依人们所恐惧的，认为一切有原因的事都可以预知。这些宗教借着一般人不同的想象、判断、感情因素而形成不同的仪式，而某些人熟悉的仪式在他人看来，大多是荒诞可笑的。
霍布斯是自然神论者而非无神论者，他承认有一位极聪明的神，但又说“人们……熟知的上帝，并非真的上帝”，我们不该认为上帝有形象，因为一有形象就固定了，有了在此或在彼的限制，“因为不管怎样，一占有地方就被限制、被固定了”，一有形象，就既不能动又不能休，更不能表现忧伤、后悔、愤怒、慈悲、需求、嫌恶、希求及其他欲望。霍布斯总结说：“上帝的个性是不可揣测的。”他也不愿视上帝为无形的，因为我们不会相信任何无形的东西，也许“精神”就是微妙的有形体的东西。
既已说明了何为宗教、何为上帝，霍布斯主张以宗教作为政府的工具或仆人，因为他仍强调政府的重要：
名门大族中，首先建立起共荣体的人或共荣体的立法人，他们的目的在于使人民服从及平安。果真如此，他们就须常常记住：首先，在人民心中造成一个印象，他们信仰的宗教，不是他们自己想出来的，而是受命于某个神，并使他们觉得君主们不似平民大众，而具有更多的天性，使政府的法律能较容易被他们接受。因此，庞皮利乌斯在罗马假装自己在埃吉丽娅女神主持的仪式下就职；古秘鲁王国的缔造者，也假装自己和妻子是太阳的儿女；其次，他们必须注意去造成另一种印象，就是凡不悦于神的都将为法律不容。
霍布斯唯恐有人会据此推论摩西以同样方法定下他的法律及他对火的敏感，因此又说，犹太人的宗教，是“上帝本身借着超自然的关系而创立的基督教”。
但是，他在历史事件中寻找支持自己视宗教为政治工具的史实。因此，宗教的理论和仪式必须受政府的控制，如果教会独立于国家之外，将会有两个君主或者说没有君主，而人民也将被这两个君主撕碎：
鬼神有权力确定什么是罪恶，这就与法律的权责相冲突了（罪恶不过是违反法律罢了）……这两个势力（教会与国家）互相冲突时，共荣体如何存在？反而会陷入内战和崩溃的危险中。
在这种冲突中，教会机会较好，“因为凡有一点聪明的人，都会在相信他自己已经被定罪或拯救的情形下，绝对地服从”，当精神的力量能“借着它能惩罚的恐怖及对酬劳的希望”去影响一个人，并“借着奇怪又生硬的字眼使人们不解，以此迷惑群众，因此就能压迫共荣体使之倾覆，或者使之陷入内战”。唯一能避免这种混乱的方法，霍布斯认为，就是要让教会屈居国家之下。天主教会持有相反的方案，霍布斯在《利维坦》第四部分将之视为其哲学中最大、最顽强的敌人而反击它。
他进入对《圣经》的一些“高级批判”，怀疑摩西是否是《摩西五经》的作者，并将该书的历史年代考订得较正教传统中的为晚。他建议基督教只应该以有“基督耶稣”的信仰为足，其余的部分则应以公意而作出改变，使之能在公共的秩序中存在。这样的限制教条，实际上不仅支持了政府，而且帮助政府宣传这种观念。他也同意教皇说的，在一个国家中只能容忍一个宗教存在。他劝告公民们不要踌躇，不要批判，接受君主信仰的宗教，把它当作对道德和国家的一项责任。因为宗教中的神秘，有如药之于疾病，如果一口吞下就能治愈病情，而如果咀嚼它，它会一点效果也没有。他这个论断使一般英国人都以为基督教只能成为国家的法律中的基督教。
