对生物科学最强烈的刺激来自医药的需求。在雷依之前，植物学已经是药学的仆从。据奥布雷说，有一个医生在开药方之前，“到私室里祈祷”，最后，“他的膝盖”因为祷告而“长出硬茧”。占星术始终在医学中占据一定地位，路易十四的侍医劝他只在上、下弦月时放血，“因为这时体液已回到身体的中央”。笛福认为花在庸医身上的钱可以偿付全部国债。佛拉姆斯蒂德这位皇家天文学者，走几英里路去找一个有名的江湖郎中瓦伦丁·格雷查格斯（Valentine Greatrakes）替他捶背，而这位医生也打算如此简单地治好瘰疬。弗拉姆斯蒂德也许是被查理二世碰过，以求医治瘰疬——“国王病”——的十万人之一。1682年，这位亲切的统治者触摸了8500个病人。1684年，包围过来想接近他的人群因为太拥挤，6个病人被踩死。威廉三世拒绝继续这套把戏，群众包围住他的宫殿时，他大声喊道“这是一种愚蠢的迷信”、“给那些可怜的人一些钱，打发他们走”。另一次有人再三要他把手放在一个病人身上时，他屈服了，但他说：“愿上帝赐给你更多的健康和常识。”人们因此骂他是异教徒。
个人卫生知识和公共卫生设备的缺乏，使疾病一再出现。娼妓在城市和帐篷中散播梅毒，我们可以从塞维涅夫人的一个敏感的故事中推断出，此病特别流行于男女伶人之间，“一个演员虽然受到某种危险疾病的困扰，却决定要结婚了，他的一个同伴对他说：‘他妈的！难道你连治好都等不及吗？你会把我们全部毁掉的。’”法国的旺多姆将军上朝时没有鼻子，那是梅毒螺旋菌的牺牲品。癌症正在路上前进，蒙特维尔夫人曾叙述过乳腺癌。黄热病的记载首先出现于1694年。天花在英国特别流行，当时无法救治，玛丽女王死于此病，马尔勃罗公爵的儿子也死于此病。各种流行病，特别是疟疾，在各个国家中四处传播。根据威利斯的报道，1657年，几乎全英国只有一家医院治疗疟疾的发热。鼠疫在1665年蹂躏伦敦，1679年在维也纳杀死10万人，1681年在布拉格杀死8.3万人。职业病随着工业增加而增加：帕度亚大学医学教授拉马齐尼（Bernardino Ramaini）于1700年发表一篇论文《人为病害》，讨论油漆中的化学物质对漆工、锑对玻璃着色工人、尘肺病对石匠和矿工、眩晕对制陶工人、用眼过度对排字工人及触摸水银对医生的损害。
在无知和贫穷的包围中，医学缓慢地发展着。赚钱心切更阻碍了医业，有些医生治好了病人，却拒绝把他们的秘方透露给其他医生。皇家学会成员不但毫不吝惜，反而更热切地把他们的发现和同伴分享。在莱顿、波伦亚、蒙彼利埃等地的率先倡导下，又新又好的医科学校成立了。一个合法的医生必须有政府承认的学校的学位，这种要求在西欧也普遍起来。教医学的老师仍然把治疗法分成两派，波里利支持“自然”疗法，假设疾病是身体机械错乱的表现。西尔维斯（Sylvius）发挥帕拉塞尔苏斯（Paracelsus）和海耳蒙特的理论，鼓吹“化学”疗法，用药制止“体液”中的混乱，他认为这种混乱大多起因于酸过多。比这些普遍性的理论更有成绩的，是发现了某些特殊疾病的原因。西尔维斯首先记载肺部的结核，并主张这些病态的东西和痨病有关。
这个时代最基本的发明之一，是福尔达的耶稣会士、数学家、物理学家、东方通、音乐家和医生基歇尔所从事的工作。他是首先用显微镜来研究疾病的人。借助于此，他发现死于疬疫者的血液里中“无数”肉眼看不见的“虫”，他在化脓的组织中也找到相似的微生物，而把化脓和许多疾病归因于它们的活动。他曾于1658年在罗马公开报道他的发现，这是继弗雷卡斯特罗（Fracastoro）于1546年提出的观点——有害的有机体从一个人或动物传给另一个，是传染病的原因——后，对这个学说第一次清楚的叙述。
治疗技术落在医学研究之后。一些中古的治疗法仍被采用。奥布雷曾记载一次阴差阳错的成功：“一个女人……竭力想毒死她丈夫（他是水肿病人），她把一只蟾蜍煮在肉汤里给他喝，却治好了他，这是发现水肿药的由来。”17世纪下半叶，一些新药出现在处方书里：吐根、美洲洋鼠李皮、洋薄荷……荷兰医生为了赞助荷兰的贸易，把茶叶开作万能药。
两个荷兰人是这个时代最伟大的教师：西尔维斯和布尔哈弗（Boerhaave）。两人都在莱顿，布尔哈弗教化学、物理和植物学，整个北欧的学生都到他门下求教。他每天巡视病床时，都带着几个学生，用直接的观察和对每个病例的特殊处理来教他们，因此提高了临床医学的地位。他的著作被译成欧洲主要的文字，甚至土耳其文。他的名声远播到中国。
临床医学在英国有一个最好的代表人物托马斯·西德纳姆（Thomas Sydenham）。他两度待在牛津，中间被军中服役隔开，然后卜居伦敦，职业为全科医生。靠许许多多的经验而几乎不用理论，他得出了他的疾病哲学，他为其下定义：“自然用除去有害物的方法，尽全力奋斗，以恢复病人健康的努力。”他认为由外来物质引起的症状是“实质的”，有别于因身体的抵抗而引起的“附属的”症候。所以，发烧不是一种病，只是组织的自卫方法。医生的职责是帮助这种防卫过程。西德纳姆赞扬希波克拉底，因为这位医学之父“发现自然能单独停止身体的异状，又能借着一点简单的药物的协助把它治好，有时甚至什么药都不用”。
西德纳姆的伟大贡献在于认清每种重要的病都有很多种类。他研究每个病例的临床报告以诊断各疾病的特殊形态，他依照不同的病情对症下药。他把猩红热从麻疹中分出来，赋予它现在的名字。他因他的医术赢得“英国希波克拉底”之名，因为他把理论放在观察之下，把普遍性的观念放在特殊的个案之下，把药物放在自然医疗之下。他的作品《医学观察》（Processus Integri），一个世纪来一直是英国专业医生的疗法宝鉴。
外科手术仍然努力使人明白这是一种值得尊敬的科学。这门技术受到两个方面的压力：医师的敌意和理发师的嫉妒——理发师们仍然从事一些小手术，包括牙科。巴黎大学医学院院长巴丁（Guy Patin）不能原谅外科医生冒用专业医生的服装和礼仪，他斥责所有的外科医生是“一群魔鬼，留着八字胡、挥舞着剃刀的纨绔子弟”。但1686年，外科医生费利克斯（Félix）替路易十四的瘘管开刀成功，法王大为高兴，赐给费利克斯1.5万金路易（约合20法郎）、一份乡下的产业和贵族身份。这次擢升提高了法国外科医生的社会地位。1699年，外科手术被列为高级技艺之一，而从事外科的人在法国社会上开始得到较高的地位。伏尔泰称外科术为“一切技艺里最有用的”、“法国优于其他各国的东西”。
这个时代的英国外科术至少拥有两项光荣：1662年梅杰（J.D.Major）第一次成功地完成人体静脉注射；1665年至1667年，洛厄成功地把血液从一个动物输到另一个动物的血管；佩皮斯在他的日记中提到了后一件事。从中我们可以推测这些手术通常只用轻微麻醉，甚至完全不用：佩皮斯开刀取出他的膀胱结石时，麻醉剂和防腐剂都没有用在他身上，他只喝了“一口镇静剂”。
与每个时代一样，对医生的讽刺继续存在。人们不满他们的收费，身穿长袍、头戴假发和尖帽的豪华服饰，夸大的言论和有时犯的致命的错误。玻意耳说许多人怕医生甚于怕生病。在莫里哀的漫画中，这个伟大的职业大部分是一种温和的游戏，专供随时注意和自己的医生保持亲切友谊的人玩。综上所述，17世纪在医学上有值得称赞的进展，自然不会被抹杀：有上百种解剖学、生理学和化学的发现；国际医学知识交流增进；著名教师正把能干的学生派到西欧各地，外科手术改进了它的方法和地位；专科医生在建立伟大的知识与技术的同时，对促进公众健康给予更多的考虑。城市政府立法改善卫生。1656年，瘟疫在罗马出现时，教皇国卫生官员加斯特尔蒂（Gastaldi）大主教下令清扫街道和阴沟、定期检查下水道、预备消毒设备、对每个进城的人检查健康证明。随着健康的增进，人们建筑了比较坚固的房子，能把老鼠挡在一个不受侵扰的距离之外，因此减低了黑死病的传播。更好的供水设备——水是文化的第一条件——使爱干净的身体有条件洗漱。
