无论变好变坏，欧洲的气氛逐渐从超自然主义变成现世主义，从神学变成科学，从对天堂的冀望和对地狱的畏惧变成扩充知识、改善生活的计划。高层人士继续他们享乐主义的生活方式，他们认为宗教信仰对那些被拒于高门华第的乐园以外的不幸大众有益，所以对它几乎毫无异议。虽然如此，在少数几个世家大族中仍有人学科学，玩他们的平衡方程式，在实验室里烫着了指头，皱起鼻子想闻出点什么，或迷惑地凝视着夜空里的繁星。在巴黎，时髦的贵妇挤着去听莱默里（Lémery）演讲化学，去看迪韦尔内（Du Verney）解剖实物；孔德邀请莱默里到他不对外公开的沙龙，路易十四派迪韦尔内加强皇太子的教育。在英国，查理二世有一间私人的化学实验室，男爵们、主教们和高级律师们设计了许多试验，高雅的夫人们坐着马车来参观磁力的奇景，伊夫林曾涉猎物理，也计划成立一所科学补习班。
就社会大众的新兴趣而言，大学显然落后了，但私立学校处理了这个问题。首先，很明显是那不勒斯的自然科学院（1560年）；然后有罗马的林塞学院（1603年），伽利略就属于这所学校，再后来是西蒙托学院，由伽利略的学生维维亚尼和托里切利在佛罗伦萨创立（1657年）。这所学校是以试验的名义建成的，从开始就采取笛卡儿的怀疑方式：跟信仰有关的事，没有一件被接受；研究每一个问题而不考虑任何现在的宗派或哲学。这种学校有些非常短命，但它们结束时，都留下了继承者：施温福特（1652年）、阿尔特多夫（1672年）、乌普萨拉（1710年）等地，都有学校设立。1700年，经过莱布尼茨30年的主张，柏林学院（Berlin Academy）建立，我们也必须把圣彼得堡学院（Academy of St.Petersburg）成立的功劳，归与莱布尼茨。
在法国，科学学院的成立，是梅森（Mersenne）、罗贝瓦尔（Roberval）、德萨内格（Desargues）和其他的科学家在巴黎帕斯卡父亲家中或在梅森的修道院小房间中聚会的结果。这所学校有系统地公布了一项计划，要“为科学和艺术的十全十美而努力，广泛追求一切对人类有用或有利的事物”，它还决定“要破除长久以来被视为真理的一切通行的谬论，以开导世人”。但它又劝告其成员避免讨论宗教和政治。1666年，学校得到一张皇家特许状和一间在皇家图书馆的房间。在凡尔赛，今天我们还可以看见一张泰斯特林（Testelin）的巨幅油画，画中路易十四把这张特许状授给以惠更斯和佩罗为首的一群人。这21个人都从政府拿到一份年俸，并有一笔学校开支的基金。实际上，这个学校变成政府的一部分了。路易对天文学家特别关注，他从意大利请来了卡西内、从丹麦请来了罗默、从荷兰请来惠更斯，也为他们造了一座壮丽的天文台。但泽市以研究月球出名的海佛留斯（Johannes Hevelius）在一场火灾中失去了宝贵的图书馆时，路易送给他一份丰厚的礼物，以弥补他的损失。兰佩雷斯（Laplace）把法国的科学进展归功于这所学校。但它依赖一个和教会密切联系的国王，这终于证明对法国科学的进步是有害的，而英国人渐渐赶上来了。
英国的科学学院有一大特征——它们的基金都是私人的，只是偶然向政府告贷。约1645年，据沃利斯自己说，他在伦敦认识了“各种高尚人士，他们都希望了解自然科学和其他方面的学问，特别是……实验哲学”。他们同意每星期见面一次，讨论数学、天文学、磁力学、航海术、物理学、机械、化学、血液循环和其他题目。像后来人们给它的称呼一样，这个“隐形学院”从培根的书《新大西岛》中“所罗门的家族”得到了灵感。沃利斯转任牛津大学教授时，这个组织分成两个部分，一个在博伊尔牛津大学的宿舍见面，另一个在伦敦的格雷沙姆学院，雷恩和伊夫林是那里早期的成员。克伦威尔之死和查理二世复辟造成的政治混乱，打扰了这些在伦敦的集会，但查理二世即位后，很快恢复了。1662年7月15日，英王颁发一张特许状给“改善自然知识的伦敦皇家学会”。该会98个最初的成员，不仅包括像玻意耳和胡克（Hooke）这些科学家，也有约翰·德莱登、沃勒等诗人，雷恩、伊夫林等建筑家，14个贵族和几个教士。1663年至1686年，约300人入会，他们之间没有阶级的区别，公爵和普通人在此谈笑风生，穷的会员免费。1673年，莱布尼茨被准许入会，他声称皇家学会是欧洲最受尊敬的学术权威。早在1667年，斯普拉特（Thomas Sprat）就出版了他卓越的著作《皇家学会沿革》（History of the Royal Society），虽然他当了罗切斯特主教，但也被那吹遍全英国的培根式清风（Baconian breezes）感动了。
有些神学家抱怨说，这个新组织会暗中损害人们对大学和国教教会的尊敬，但学会的温和与谨慎很快平息了教会的反对。它奇异的实验逗乐了朝廷和国王，国王在听到他们秤空气的重量、策划用机器飞行后，不禁大笑。斯威夫特《格列佛游记》用拉加多的大学术院来讽刺它，这个学院的成员制订从黄瓜里榨出阳光的计划，又想用先建屋顶的方法造房子。又有《休笛伯拉斯》（Hudibras）一书的作者巴特勒（Samuel Butler），叙述一个科学家的俱乐部，如何因在月亮上发现一只大象而兴奋若狂，最后发现那不过是望远镜里的一只老鼠罢了。就在皇家学会的支持下，伊夫林改良了英国的农业，威廉·佩蒂（William Petty）创立了统计学，英国的科学和医药获得了当时法国或德国梦想不到的进展，玻意耳几乎开创了化学，约翰·雷（John Ray）对植物学、伍德沃德对地质学、牛顿对天文学，都起了革命性的影响。皇家学会做了数以千计的物理和化学实验，它接收、解剖、研究死刑犯的尸体，成为全国医师诊断报告的贮藏所，它收集新技术的报告，和国外的科学研究保持联络并强调自然作用与规律。
1665年，学会的秘书奥尔登堡开始出版《皇家学会哲学汇编》（The Philosophical Transactions of the Royal Society），这个刊物一直发行到现在。它邀请、接受外国的投稿，是最早出版马尔切洛·马尔皮吉（Marcello Malpighi）和列文虎克的发现的刊物之一。1653年，奥尔登堡到英国来为他的家乡不来梅交涉一项商业协定，他成为弥尔顿、霍布斯、牛顿和玻意耳的朋友，他与世界各地的科学家和哲学家积极通信，他说皇家学会的人“已经着手要为整个宇宙做苦工了”，他写信给斯宾诺莎说：
我们肯定地认为，事物的形式和性质可以用机械的原理来做最好的解释。同时，大自然的一切功能，都是由运动、形状、纹理及这些东西各种不同的组合造成的，实在没有必要依靠一些无法说明的形态和神秘的性质作为无知的托词。
通过《哲学汇编》、《学人学报》、《学者学报》和《博学学志》这些书刊，欧洲的科学家和学者们有能力突破自然的疆界了。他们的工作和发现也能互相保持联络，为发展一项伟大的事业组成一支联军。他们几乎都躲在书房、实验室和探险队，对政治上的喧嚣、军队的行动、教条的鼓噪、迷信的雾团和政府或教会特务的刺探，都不闻不问，有的还能在里面幸存下去。他们盯着试管和显微镜，细想他们的题目，好奇地混合化学物质，度量各种力量和光的亮度，计划出方程式和图形，凝视细胞的神奇，钻洞进入地层，把星球的移动制成图，直到一切事物的行动似乎都归入定理。井然有序、广大无边、不可抗拒的宇宙似乎也服从了人类心智提出的无与伦比的预言。在法国，费马、帕斯卡、罗贝瓦尔、马里奥特、佩罗和卡斯尼家族；在瑞士，贝尔努利家族；在德国，盖里克、莱布尼茨、奇思豪斯、华伦海特；在荷兰，惠更斯和列文虎克；在意大利，维维亚尼和托里切利；在丹麦，斯泰诺；在苏格兰，詹姆士和戴维·格列高利；在英格兰，沃利斯、马丁·利斯特、玻意耳、胡克、约翰·弗拉姆斯蒂德、哈利、牛顿，还有许多其他的人，在欧洲历史上的1648年至1715年，或孤军奋斗，或协力合作，夜以继日地工作，终于创造了数学、天文学、地质学、地理学、物理学、化学、生物学、解剖学和生理学这些引起人类灵魂中决定性革命的学科。奥尔登堡感觉到这种科学的国际主义，他从来没有想过民族主义会使科学本身成为一种党派和灾难性的工具，在这种振奋人心的协作中，他只看到了一种美好生活的预兆。“我希望，”在写给惠更斯的信中，他写道，“有一天，所有国家，即使是不那么文明的国家，最终都能像亲密的伙伴一样彼此拥抱，并在知识和物质两方面都联合起来，消除无知，让真正的有用的哲学统领世界。”这仍然是世界的希望。
