17世纪所有的欧洲人，除去极少数以外，都认为自然是神力的产物，或者是善神与恶神的战场。这些超自然的东西在人身上体现出来，就是灵魂，栖息在树木、丛林、河流或风上，就是灵气，有的进入有机体内，成为天使或恶魔，有的遨游在空气里，成为顽皮的小精灵。这些鬼魂没有一个受不可亵渎或能够衡量的法则管辖，又都能神奇地干涉石头、星星、动物或人类的行动，许多无法用身体心灵的自然或有规律的行为来解释的事件，都归之于这些超自然的力量，认为是它们在参与世事时所发出的神秘预言。一切自然界的东西，一切行星和它们的卫星，一切的星座和星系，都是些无法自助的岛屿，散布在超自然的大海里。
我们已经看过一些古代的迷信了，当近代科学来临时，它们大多数仍旧残存在哥白尼、维塞利亚斯（Vesalius）和伽利略的思想里，有些连牛顿本人也深信不疑。占星术和炼金术一直在衰落。但是在路易十四的朝廷里，星相家依然不少。根据蒙塔古夫人1717年的报告，在维也纳“炼金术士出奇的多”。顽固的英国人始终相信有鬼，他们寻求预兆，花钱占星，把梦当作预言，计算幸运与不吉的日子，少数顽固的英国人乞求国王碰碰他们，以治疗腺病。《观察者》第7号描述了在一个英国家庭里，如漏出一点盐，或把刀叉交叉放在盘子里，或有13个人在一间屋子里或一起聚会，就要引起骚动不安（注意某些20世纪的旅馆没有第13层）。在法国，艾梅（Jacques Aymer）是他那时候的英雄（1692年），借着一根颤动的榛树枝，（许多人相信）他能侦查出附近的罪犯。在德国，“魔杖”被用来止血、治伤与接骨。在瑞典，斯蒂恩海厄姆（Stiernhielm）因为用放大镜烧着了一个农夫的胡子，而被控行使巫术，由于克里斯蒂娜女王（Queen Christina）的干涉，他才幸免于死。
怀疑巫术的人不断增加，但仍远不及信仰巫术者的人数。查理二世的朝臣们不和任何妖魔鬼怪打交道，因为这可能妨碍了他的玩乐。可是“绝大多数人”和英国教士里的名作家们始终断定，人类可以借着和魔鬼结合，获得超自然的力量。格兰维尔（Joseph Glanvill），一个文采华美、笔端有力的英国国教教士，在《从哲学观点论巫师与巫术》（Philosophical Considerations touching Witches and Witchcraft，1666年）里说：“在其他方面机敏、灵巧的人，习惯于自负，以为世上没有巫师、幽灵这些东西。”他认为这是令人震惊的怪事，他警告，这类的怀疑可能导致无神论。另一个著名的神学家卡德沃思（Ralph Cudworth）在他的《真实理智的宇宙体系》（True Intellectual System of the Universe，1678年）里，指斥所有否定巫师的人是无神论者。剑桥的柏拉图信徒摩尔（Henry More），在他的《无神论一解》（Antidote to Atheism，1668年？）里，慷慨激昂地替某个“女巫”和撒旦结婚30年的故事辩护，他认为怀疑女巫能念咒来呼风唤雨或骑着扫帚飞行，都是亵渎神圣。
女巫受到的压迫渐渐减轻。然而苏格兰的教士们秉承他们的狂热，却和别人的作为有所不同。1652年，在利思（Leith），6名妇女被施以一连串的酷刑，要她们承认使用巫术，她们被绑住拇指吊起来鞭打，脚底下和被强力撬开的嘴里放着点燃的蜡烛，其中4个受不了痛苦而死去。1661年，苏格兰有14个审讯女巫的法庭。1664年，9名妇女在利思被一起烧死。1772年之前，这种处决散见于苏格兰各地。在英格兰，1664年有两个女巫被吊死在伯里圣爱德蒙；1682年有3个被处死；1712年杀了多少，则还不能确定。韦尔（Weir）和施佩（Spee）、霍布斯和斯宾诺莎以及其他人之间的辩论，逐渐把有关巫术的错误观念从受过教育的俗人的脑海里挖空。律师和法官们对神学家的反抗增加了，他们拒绝起诉与判刑。1712年，一个全由英国人组成的陪审团，判决韦纳姆（Jane Wenham）行使巫术有罪，而法官拒绝判刑，地方教士告发了他。但是从那年以后，英国就再也没有因为巫术而处决人的事了。在法国，柯尔伯从路易十四那里得到一个诏书（1672年），禁止宣判巫术罪。卢昂法务院抗议这项禁令侵犯了《圣经》上的戒律“不得允许一个女巫活着”（《出埃及记》22章18节）。同时1680年到1700年之间，有些地方当局计划烧死法国境内的7个男巫，可是1718年以后，我们就再也听不到这种死刑了。对巫术的信仰一直延续下来，直到18世纪启蒙运动的理性主义暂时得胜之前，巫术仍然到处存在。
检查制和不宽容的态度与迷信结合，抑制了知识的发展和传播。在法国，国王和教皇间，法国国教会和教廷间，詹森教派和耶稣会间，以及天主教和胡格诺派之间的冲突，阻止了整体一致、坚决周全的检查制度。在当时，它曾把西班牙孤立在欧洲人的心智运动以外。异端作家们找到了躲避检查人员的方法，也许这种需要过分机敏才能表达自己的意见以使政府官吏了解的情形，激发起来了法国人的智能。在信奉天主教的科隆（Cologne），大主教选帝侯（Archbishop Elector）检查一切有关宗教的演说与出版品。信奉新教的勃兰登堡（Brandenburg），选帝侯为了平息宗教争执，命令实行全面检查制。在英国，政府蔑视《宽容法案》（Act of Toleration，1689年），继续监禁其所厌恶的作家，焚烧异端书籍。然而，新教地区各种不同宗派的检查工作，未能像天主教国家那样有效，部分原因是17世纪的英国和荷兰在科学和哲学上比较杰出。
这些竞争的信仰正适合偏执政策，天主教会十分有力地辩称，既然几乎所有的基督徒都承认《圣经》是上帝说的话，又是上帝的儿子根据《圣经》建立了教会，那么显然，教会有权利和义务去制止异端。新教各派得出一个相似但却残忍的结论，由于《圣经》是上帝的话，任何背离它教训的人（依照官方的解释）都该被杀，并且该对自己被杀掉感激涕零。《威斯特代利亚和约》承认三种宗教在德国境内合法：天主教、路德派和加尔文派，每个统治者有自由选择三者中任何一个，同时强迫他的臣民信奉。新斯堪的纳维亚国家除了路德派之外，不准有任何宗教信仰。瑞士准许每一州有自己的教义。法国经由《南特诏书》（1598年），首先走向宽容的道路，但又因为废止了它（1685年）而重回旧路。英国，在1689年以后，放松了不奉国教者任公职的禁令，而仍然限制天主教徒，并且消灭了爱尔兰全部天主教徒的1/3。理性主义者霍布斯竟也同意教皇的看法，以为不宽容是必需的。
然而无论如何，宽容萌芽了。在这个时代，批评性地研究《圣经》解放了人们，使他们在怀疑其是否合乎科学的同时，把它当作文学来赞赏。又因教派的增多，如果没有相互的容忍，将增加维持社会秩序的困难。在新英格兰，威廉姆斯（Roger Williams）宣布（1644年）“上帝的意愿和命令”要“准许大多数异教、犹太、土耳其或反基督教的道德意识与崇拜仪节，在所有的国家里适用于所有的人”。约翰·弥尔顿为“没有执照的印刷业”辩护（1644年）；泰勒（Jeremy Taylor）声明保护“预言的自由”（1646年）；詹姆斯·哈灵顿（James Harrington，1656年）要求允许无限制的宗教自由：“一个人身自由齐全的地方，必定包括良心的自由。良心自由无缺的地方……一个人根据他自己良心的指挥，可以充分地实行他的宗教信仰，而不妨碍他在自己的国家里升迁与就业。”在商业国家像荷兰，甚或信天主教的威尼斯，贸易的需要迫使他们容忍各种不同宗教的外国商人。也就是在前进的荷兰，斯宾诺莎在他的《神学政治论》（Tractatus theologicopoliticus，1670年）里阐述观点，恳求对异端观念全部宽容。在荷兰，皮埃尔在他《论教义的哲学批评》（Philosophical Commentary on the Text，Compel them to come in，1686年）里替宽容辩护。还有约翰·洛克（John Locke）在荷兰住了好些年以后，发行了他的《宽容问题书简》（Letters on Toleration）。随着时间的流逝，心智自由的要求兴起，在17世纪末叶，没有一个教会敢做出他们在1600年对布鲁诺，或1633年对伽利略所做的事了。
