尽管经过中世纪的十字军东征和千百次的变迁，1564年，在德国，特别是法兰克福、汉堡和沃尔姆斯地区，仍有不少犹太人居住。不过，宗教改革不仅没有减轻，反而增强了基督徒对那些不信仰的陌生人的憎恨。在法兰克福的犹太人除了必要的商业外，不得随便离开住宅，而且未得官方允许，不得接纳城外的客人。他们的服装有一种特别的记号或颜色，他们的房屋必须涂以特别表征，经常是一些怪异的图案。有时收买官吏也许可以少受屈辱，可是一般平民的敌意对犹太人的生命和财产还是构成相当大的威胁。因此，1614年9月，大部分法兰克福的犹太人在做礼拜时，一批基督徒随便冲进他们的住宅，扰乱和破坏了一整夜，有1380个犹太人被迫离开城市，浑身上下只剩身上穿的衣服。一些基督徒收留了避难者，美因茨大主教强迫市政当局恢复他们的住房，补偿他们的损失，并绞杀乱党领袖。一年后，在沃尔姆斯，一个同样的暴动强迫犹太人出城，并破坏他们的礼拜堂和墓地。不过，沃尔姆斯大主教和赫斯·达姆斯泰特（Hesse Darmstadt）伯爵起来保护放逐者。巴拉丁选帝侯倾向于容忍，但低级教士和百姓太容易被憎恶情绪煽动，每天都可搬走犹太人的脑袋，每天都有伤亡的可能。一些激动的基督徒从犹太母亲襁褓中抢走婴儿，并给予强迫受洗。
“三十年战争”对德国的犹太人为害甚少，清教徒和天主教徒彼此激烈相斗，几乎忘了迫害犹太人，即使后者曾经借钱给他们。斐迪南一世曾经拿重税来压迫奥地利的犹太人，并把他们逐出波希米亚（1559年）。不过，斐迪南二世保护、容纳他们，在天主教气息颇浓厚的维也纳建造集会所，而且允许他们返回波希米亚。波希米亚犹太人在战争时期，每年提供4万金币给国库。后来斐迪南二世（1630年）为了平息基督徒对他的容忍政策的非难，要求布拉格的犹太人必须在星期六聆听基督讲道，如果闲荡或中途睡觉便处以罚金。
《威斯特伐利亚和约》后，在德国的希伯来人急速增长，过多的战争多少减轻了偏激和迫害，成千上万的犹太人在1648年哥萨克人叛变的大屠杀后，从波兰涌入。1675至1720年，平均每年有648名犹太商人参加莱比锡的贸易会。德国各地觉得犹太人对财务经营和军队与法庭的补给组织甚有帮助。因此，塞缪尔·奥本海默（Samuel Oppenheimer）在16世纪末的战争中主管皇家库藏，韦特海默（Samson Wertheimer）在西班牙继承战中监督皇家的军需。虽然在玛格丽特·特蕾莎，这位西班牙出生而受耶稣会感染的女王的影响下，利奥波德一世曾经下令把犹太人逐出奥地利，选帝侯腓特烈·威廉却欢迎放逐者来到勃兰登堡，而柏林的犹太人社区也变成欧洲最大的。
12世纪以来，中欧犹太人已经用自己的意第绪语（Yiddish）对话，主要由德国语再混以希伯来和斯拉夫语，以希伯来字母书写。受过教育的犹太人继续学习希伯来语，但一般东欧世俗的出版都以意第绪语为主。于是，意第绪语文学逐渐兴起，充满幽默和家乡情调。经过几个世纪流传和边远地区的民间传说的影响，内容上也有描写春祭野宴的短剧和古老智慧的谚语（如“一个父亲养育十个子女，但十个子女不报养一个父亲”）。1715年以前，这种文学只有一位大家波虚（Elijah Bochur），他是一位希伯来语学者，意第绪语诗人，曾以八行节诗描写热情洋溢的爱情，并把赞美诗润饰成通俗的讲词。1544年，出现了一本以意第绪语写成的《摩西王书》，只比路德的德文《圣经》晚15年。1676年至1679年，意第绪语的《旧约》也出版了，德国犹太人慢慢成为他们民族中文化界的领袖。
犹太人曾经于10世纪由德国迁到波兰，除了偶然的残害外，在政府的保护下慢慢繁荣并成长着。1501年，波兰有将近5万名犹太人，1648年有50万人。那些控制议会（Sejm）的绅士们大都保护犹太人，因为地主们发觉他们在收租缴税和经营田产上特别有用。除了某些例外，16世纪和17世纪的波兰，算是当时最富自由的王朝了。
巴陶里（Stephen Báthory）曾发布过两次保护犹太商业利益的命令，并把残害祭典的人当作野蛮的“诽谤者”看待，不准他们进入波兰法庭（1576年）。不过，一般人仍然抱有敌意，在这道谕令的一年后，便有一群乱民攻击波兹南（Poznan）的犹太人区，摧毁住屋，杀死许多犹太人。巴陶里对未能制止暴乱的官吏课以罚金。西吉斯蒙德三世继续施行容忍政策。
后来，两个因素结束了这种善意政策。波兰的德国人反对犹太人的竞争，他们鼓动波兹南和威尔诺（Wilno）暴乱，毁掉了犹太人的集会所和住宅。1592年，他们又向皇帝呈递一份请愿书《不对犹太人宽容》（1619年）。由巴陶里引进的耶稣会士，不久成为波兰天主教的首脑人物，也参加了反对容忍的阵营。此后，控告祭典的谋杀得到政府的首肯。
反犹太人的文学便如火如荼地发展起来。1618年，克拉科夫的米京斯基（Sebastian Michiński）出版了《波兰国王的一面镜子》（A Mirror of the Polish Crown）。在这本，他控告犹太人是儿童杀害者、巫师、强盗、欺诈者和叛逆者，而且要求议会把所有的犹太人逐出波兰。这本小册子引起极大的反响，使西吉斯蒙德不得不强加压制。一位波兰医生控告犹太医生毒害天主教徒（1623年）。国王命令地方长官保护犹太人免受暴乱的干涉，而且借限定犹太人不得与基督徒为邻、不得官方许可不得兴建新的集会所和确定新的节日，来减低国人对他们的敌意。1643年的议会规定所有基督徒商人最高可赚取70%的利润，而犹太商人只可赚30%利润，结果基督徒从犹太人那里买东西。基督徒心中的仇恨反而增加了。尽管受到憎恨、限制、愁苦和贫穷，波兰犹太人还是继续繁衍着，他们建立教堂和学校，传播他们稳定的传统、道德和法律，并培植于充满信心的信仰中。初级学校由私人教师组成，按照学生人数和年级，由父母付薪水，无法缴纳学费的儿童则由公共基金来维持。6岁至13岁的儿童必须接受强迫性的初级学校教育。高级教育由学院来培养，而由犹太教士管理。当时，一位教师把这个系统形容如下（1653年）：
每个犹太区维持大学学生（bahurs），每周给他们固定的金钱……每个大学生至少督导两位小孩……50户的犹太住区约要维持30名这种年轻人和小孩，每个家庭供应一个大学生和两个学生。前者坐在家庭桌上，好像是家族的一分子一般……很少有家庭不读《圣经》，不管是家长、儿子，还是女婿，或者是跟他们吃住的大学生，个个都是犹太语言专家。
以我们后来和较世俗的眼光来看波兰的教育和文学，也许会觉得他们太受限制于教师，所读的无非是《塔木德》、《圣经》、神秘学（Cabala）书籍和用希伯来文写的书籍。然而，由于《塔木德》包括了犹太法及犹太的宗教和历史，它也可以用来当作一种深刻而严肃的心灵教育。而只有通过种种深切的宗教信心及对传统和部族规范的研读，才能有力量抵抗经年累月的迫害、困苦和不安全。
1648年一直提醒着他们在基督教国家所受的待遇，随后由于哥萨克人对波兰或立陶宛地主的叛变，那些曾经充任田产收税和管理的犹太人也饱受叛变的冲击。在佩雅斯拉夫、皮尔亚廷、卢布林和其他城市，成千上万的犹太人惨遭屠杀，无论他们是否为贵族效力。一些因改信希腊正教而获免，也有一些人逃到鞑靼人的地区，被当作奴隶贩卖。声势汹涌的哥萨克人叛变，激起了极大的火花。一位俄国历史学家说：
杀戮总是伴随着野蛮的拷问，受害者被活剥裂尸，乱棍打死。在火炭上烤，或在热水中泡，最可怕的酷刑总是轮到犹太人身上，他们注定要饱受屈辱，任何人如果略表同情，便有叛逆罪的可能。哥萨克人自犹太教堂拿出一卷卷的律法卷，他们在喝酒中蹂躏犹太人。犹太人成堆地躺在地上，无情地遭受屠杀。几千几万的犹太婴儿被丢到河井或活活烧死。
单拿尼米诺夫（Niemirov）来说，就有6000名犹太人在这次叛变中被杀。在杜城（Tulchyn）的1500名犹太人，只有两个选择，改变信仰，或者死亡，结果这1500人全部选择死亡。据说在波朗洛（Polonnoye），有1万名犹太人被哥萨克人所杀，或被鞑靼人监禁。其他乌克兰城市也有类似的屠杀。哥萨克人不能抵御波兰军队，只得修好于俄国时（1654年），俄国军队也参加驱逐或屠杀立陶宛或波兰各个城市——莫吉廖夫、维捷布斯克、威尔诺等地的犹太人。
1655年，由瑞典查理十世率领的反攻为犹太人制造了另一个问题。与许多波兰人一样，他们毫无抵抗地接受瑞典，把瑞典人当成从俄国人手中解放他们的恩人。后来，另一支新兴的波兰军赶走瑞典人后，再度屠杀波兹南、卡利什、克拉科夫和彼得库夫等省的犹太人，仅波兹南幸免于外。所有这些，1648年至1658年，在波兰、立陶宛、俄国等地的这些灾难，仍是欧洲犹太人最凄惨的一页。它造成的恐怖和流血远甚于哥萨克的屠杀和黑死病的损害。最保守的估计，共有34719名犹太人丧失生命，531个犹太人社区被毁。正是这血腥的10年，使大批的犹太人由斯拉夫迁徙到西欧和北美，极大地改变了犹太人的比例。
残存下来的波兰犹太人回到他们的家园，耐心地重建他们的社区。约翰二世卡西米尔国王宣布尽可能地补偿犹太人的损失，他给他们新的权利和保护方案，在受害最大的地区暂时免税。但民间和宗教上的敌对仍然存在，犹太人不时要看基督徒的脸色。1660年，两位拉比被控以祭杀罪。1663年，克拉科夫的一位犹太药剂师在证据不足的情况下，被控撰文攻击圣母，结果在法庭的判决下加以残害，割下他的嘴，烧焦他的手，割掉舌头，他的身体则被放在烈火中焚烧。方济会的首脑从罗马写了一封信（1664年2月9日），呼吁克拉科夫会员保护犹太人免受无谓的干涉。在罗佛，耶稣会的学生侵犯了一处犹太人社区，杀死近百名犹太人，毁坏住宅，拆散集会所（1664年）。不过，威尔诺的耶稣会士保护犹太人免受暴民的杀害（1682年）。慈悲的苏毕斯基（1674—1696年）曾往波兰平息犹太人的愤怒，他重新申明他们的权利，使他们免受地方长官的剥削，并给予犹太人深切的同情。至少在他任内，波兰犹太人的数目不断地增长。这段惨痛的日子，即使经历几代，也无法在他们的记忆中抹去。
就法律而言，1772年以前的俄国是没有犹太人的。“恐怖者”伊凡在回答西吉斯蒙德二世请求让犹太人进入俄国的信中说（1550年）：
让犹太人带着物品前来俄国是不利的。因为他们将为俄国带来各种麻烦，他们将带来有毒的香料，而且引导俄国人走出基督教。因此请你不要再提有关犹太人的问题。
俄军占据波兰边境的城市波罗兹克（Polotsk）时，伊凡下令犹太人只能在改信或死亡中选择其一。在1654年的俄波战争中，俄国人很惊奇地看到立陶宛和乌克兰的许多城市尽是犹太人的天下，他们屠杀了一些“危险的异端”，另外带了一些回到莫斯科，后来成为非法的小的犹太人区。1698年，彼得大帝在荷兰接到阿姆斯特丹的一些犹太人请求进入俄境时说：
亲爱的威森，你知道犹太人，你当然也了解他们的性格和习惯，你也懂得俄国人，我对此都了解。相信我，联合这两个民族的时机尚未成熟，告诉犹太人我很感激他们的提案。我也了解他们的好处，但要让他们住在俄国，就非我所愿了。
这种驱逐犹太人的政治纷争，一直持续到波兰第一次被瓜分才有所改变（1772年）。
