前后历经19个世纪，犹太人被剥夺家园，被迫到满怀敌意的地区找寻避难所，饱受侮辱和压迫，承受突然而来的火灾、驱逐或屠杀，手中又没有半点防御的武器，所依赖的仅有忍受、委曲求全、坚韧不拔和宗教的信仰。他们经历的种种辛酸，在历史上再也找不到第二个了，他们的意志未曾崩溃过。在贫苦和厄运中，他们产生了不少诗人和哲学家，呼应着希伯来时代的立法者和先知们。这些人曾经为西方世界奠定精神上的基石。
在西班牙的犹太人早已消失殆尽，仅在西班牙血液里残留一些成分而已。1595年，一位西班牙主教可以大言不惭地说：“所有改信的犹太人，都因为通婚被同化，他们的祖先现在也是良好的基督徒了。”不过裁判所可不同意这种见解，1654年有10个人在昆卡（Cuenca）被烧死，在格拉纳达有12位被烧死。1660年，81个人在塞维尔被捕，其中7位被烧死，罪名是秘密举行犹太人的崇拜仪式。
葡萄牙的情形比较特殊，许多看来改信的犹太人，仍在私下继续信奉犹太教。1565年至1595年，约有100多人被裁判所逮捕。尽管有被发现并定罪的危险，秘密的犹太人仍以显赫的地位——作家、教授、商人、银行家，甚至僧侣和教士——生活在葡萄牙。最有名的几位医生都是不公开承认的犹太人。而在里斯本，孟德斯（Mendes）家族后来成为欧洲最大的银行企业之一。
葡萄牙归入西班牙后（1580年），葡萄牙宗教裁判所的活动越来越活跃，在其后的20年，一共举行了50次焚烧仪式，有162人被判死刑、2979人悔罪苦修。有一位圣方济会修士迭戈，年仅25岁，在承认皈依犹太教后，在里斯本被烧死（1603年）。许多改信教徒，发现葡萄牙的裁判所比西班牙的还要残酷，便设法移民到西班牙。1606年，他们以186万金币的代价贿赂菲利普三世，并以稍少的钱收买他的大臣，才劝使国王从教皇克莱门特八世那里得到一纸圣谕，命令葡萄牙宗教裁判所释放所有因为精神上的偏差而被捕的改信教徒。在一天内（1605年1月16日），有410人获得自由。但这次贿赂的效果并不长久，菲利普三世死后（1621年），葡萄牙又开始施行恐怖政策：1623年，有100位“新教徒”在新蒙德摩（Montemoro Novo）这座小城被捕；在帝国的文化中心科英布拉（Coimbra），被捕的人数在1626年有247人，1629年有218人，1631年有247人；20年中（1620—1640年），有230个葡萄牙后裔犹太人被烧死，另外逃走的161个人，其肖像也被焚烧，4995人罪状较轻，得以减刑。冒着失去生命和遗失财产的危险，成千上万的改信教徒从葡萄牙逃向世界的各个角落，就像以前逃出西班牙一般。
大部分流亡的后裔犹太人在伊斯兰国家寻找避难所。在北非萨洛尼卡、开罗、君士坦丁堡、阿德里安堡、士麦那、阿莱波、伊朗等地形成一个个犹太区。在这些地区，犹太人受到政治和经济的限制，不过很少危害到他们的生命安全。犹太人很快爬升起来，不仅在医界，更左右着国家政治。纳西（Joseph Nassi）为改信犹太人，深得塞利姆二世的宠信，受封为那克索斯公爵（1566年），每年在爱琴海约10个岛屿收税。一位德国犹太人阿什克纳济任1571年土耳其驻维也纳大使，签订和约，结束了与奥斯曼帝国之间的战争。
在意大利的犹太人，因为公爵和教皇们的需要及情势的发展，大受重用。在西班牙统治下的米兰和那不勒斯，犹太人根本无法生存。1669年的一道谕令把他们排除在西班牙领属之外。在比萨和里窝那，多斯加大公爵给他们最大的自由，因为他急于发展这些自由港的商业。1593年的一道谕令简直是对改信犹太人的邀请：“我们相信，这里将没有宗教裁判所、调查、迫害或控告事件对你或你的家庭不利，过去基督教曾伪装成其他名义对你们加以迫害，但我们相信在这里绝对不容许有这种事。”这个计划成功了，里窝那繁荣了起来，而那里的犹太人社区仅次于罗马和威尼斯，不仅以它的财宝，更以它的文化闻名于世。
害怕犹太人与土耳其联合的威尼斯议会，一再排斥他们，也一再允许他们回来。因为他们在商业和财政上很重要，在工业上更富有无比的潜力，犹太企业家在威尼斯聘用了4000个基督徒工人。住在德国和东方的犹太人及他们的后裔，都由当地的议会采取保护政策，他们几乎全部住在“犹迪卡”（Giudecca），或叫犹太人区，但没有加以限定。在这条犹太街，住着许多有钱人家，室内堂皇富丽，并有一处设备豪华的聚会所，建于1584年，1655年在建筑大师巴达萨尔·隆盖纳（Baldassare Longhena）的监督下，再予重建。威尼斯的6000名犹太人居住区，是这段时期所有犹太人社区中文化水平最高的地区。
1560年，曾有一群改信教徒从葡萄牙移民到费拉拉，后来教皇受到葡萄牙宗教裁判所的压力，于1581年下令加以遣散。在曼图亚，贡萨加大公虽然保护犹太人，却不时地向他们敲诈和“借贷”。1610年，所有此地的犹太人被关在一处绕以围墙的社区，傍晚关门，白天才把门打开。瘟疫来临时，便责怪是犹太人把它带进来的。在曼图亚继承战中，国王的军队占据此城，把住宅抢掠一空，获得金钱和将近80万件珠宝，并命令犹太人在3天内，携带拿得动的东西尽快离开曼图亚。在罗马，习惯上，教皇保护犹太人，但1565年后的历任教皇，除了西克斯图斯五世外，都保持敌对的态度。庇护五世（1566年）动用所有天主教的力量来限制和压迫犹太人。此后，他们便被限定在犹太社区中，行动上和基督徒是隔离的，他们必须穿着表明身份的袍子，不准占有土地，在任何城市都不准有一个以上的聚会所。1569年，在一道控告他们放高利贷、贪心、施行巫术和神秘法术的谕令中，庇护五世命令所有的犹太人离开教皇的属地，安科纳和罗马算是例外。格列高利十三世禁止基督教徒任用犹太医生，检查希伯来人的著作，并强迫他们聆听改信的讲道（1584年）。西克斯图斯五世上台后，暂时放松了一阵，他开放住宅区（1586年），允许犹太人在教皇国居住，允许他们卸下附有标志的衣服和记号，允许他们出版《塔木德》和其他希伯来人的文学作品，给他们信仰的自由，并呼吁基督徒以人道善待犹太人和他们的聚会所。但这种基督徒的容忍是短暂的。克莱门特八世重新发布排斥令（1593年），1640年几乎所有意大利的犹太人都住在限制区，一旦步出这些地区，就必须穿着特制的服装，他们被排斥在农业和行会组织之外。蒙田于1581年游历罗马，描写犹太人如何在犹太安息日尚须把60位青年送往佩斯基耶拉的赛阿特和安杰洛教堂，听取改信的讲道。伊夫林也在罗马见过类似的仪式（1645年1月7日），而且发现，改信的人相当少。许多不顺从的犹太人，在身体和人格上遭受长期的限制、侮辱，并导致贫穷。
在法国的犹太人理论上都受到庇护五世所要求的限制，但事实上，他们在工业、商业和银行上的重要性，使他们获得一种默许的容忍。柯尔伯在某次训令中，强调犹太人的商业对法国的好处。犹太裔难民在波尔多和巴约讷及法国的西南部献出的经济动力，使他们得以半公开性地举行犹太仪式。1675年某一队雇佣兵侵犯波尔多时，市议会害怕犹太人的外逃将会粉碎全城的繁荣，“没有他们，”一位副州长说，“波尔多和全省的贸易将会陷入瘫痪。”路易十四把梅斯的犹太人区纳入他的保护之下，一位地方官控告一位犹太人秘密举行残害儿童仪式而判以死刑时（1670年），这位国王反而谴责判决不公，并下令此后对犹太人的控诉改在皇家议会举行。在路易晚期，西班牙王位继承战弄得法国面临破产之际，一位犹太金融家伯纳德（Samuel Bernard）把他的财产献给国王。这个骄傲不可一世的王朝对这位“欧洲最伟大的银行家”的资助，真是感激肺腑。
