年复一年，反抗彼得改革的声浪始终不息。俄国人早已习惯于贫穷、受苦和专制，即使在“恐怖者”伊凡时代，他们也未曾负担过如此的重担，纳过这么多的税；即使在战场上，也不曾因为劳役、饥饿、寒冷、困穷、疾病而死去这么多人。“苦难与日俱增，”受彼得宠爱的勒福尔于1723年如此写道，“街道上，许多人想出卖子女来求生存……政府对军队、海军、官僚甚至任何人，都没有发放任何的薪饷。”彼得面对着这些因他的改革而使贫穷普遍增长的现象，感到非常为难。他又不屑于施舍，因此，只得组成60个团体来布施慰劳品。
哀求之声仍然不息，罪犯随之增多，农奴逃避工作，士兵和征集的工人冒着生命的危险逃离管区，横行各处。有时，他们自己组成团体，有数百人之多，攻城略地。“莫斯科，”一位将军于1718年报告说，“是土匪的温床，劫掠遍地，盗匪横行无忌，目无法纪。”一些莫斯科街道为市民阻塞，有些人家用高墙围起，以防盗贼出入。彼得想用严刑峻法来压制盗匪：逮到土匪就地吊死，破门抢掠者削鼻至骨，罪犯仍然累累不断。穷人觉得生活越来越苦，即使杀头，也不过和终身监禁或强迫劳役相差不远。因此，在他们的脑海中，早把生死置之度外，随时铤而走险。
彼得各处招怨，很多人怀疑为何没有人把他杀死呢？贵族们憎恨他强迫他们为国服务，给了商人各种名利；农人恨他把他们由家园中征用到劳役工程；教士把他看成启示录中的动物，因为后者曾经命令救世主变成国家的仆人。几乎所有的俄国人都不信任他，因为他时常与外人接触，并传播异端的思想。不过，全国上下都怕他，因为他操纵着生死大权。俄国人并不想西化，他们无疑是痛恨西方的。要保持民族精神，就必须斯拉夫化。由绝望而引起的反抗，陆续爆发于1698年的莫斯科、1705年的阿斯特拉汗、1707年的伏尔加河沿岸。其他零星的叛变，传遍了整个帝国。
彼得的两度西行更使这种冲突尖锐化。1711年秋天，他到德国托尔高（Torgau），参加他儿子的婚礼。在那里，他接见了莱布尼茨，后者允诺为他设立一间俄国学院，并自愿为校长。沙皇原来计划于1712年1月回到圣彼得堡，不过在10月，和瑞典发生一场争战，他只得取水道到达卡尔斯巴德，兼道访问维滕贝格。有些路德派教士引导他到路德曾经向罪恶摔过墨水的房子，并指出他掷在墙上的位置，他们请求他也在墙上写几个字。他写道：“墨水颜色非常鲜明，这表示整个故事不是真的。”彼得于1713年4月回到新都。1716年2月，他再度前往西方，拜访德国和荷兰。1717年5月，他到达巴黎，想把女儿伊丽莎白嫁给路易十五，在与这位7岁的皇帝见面时，彼得把他举起来拥抱他。几天后，路易在皇宫前面接见他，彼得把他像小孩子一般抱起来，越过阶梯，放到他的宝座上。他在巴黎住了6周，观光、吸收这个城市在政治、经济、文化生活等方面的特色。里戈和纳捷两位画家分别为他绘像。他在圣西尔修道院访问年迈的门特隆夫人，然后由巴黎前往斯巴，住了5周，喝着当地的水，因为他这次患了不少疾病。他的太太凯瑟琳在柏林与他会合，发觉他有一位情妇，她以欧洲最良好的忠诚教养宽恕这件事。抵达圣彼得堡时（1716年10月20日），彼得面临他一生中最恶劣的危机。
他的儿子亚历克西斯——原来彼得希望他能继承王位，继续进行自己的改革工作——此时，却对许多的革新不满，也不喜欢他们的方式。就身心来说，亚历克西斯是尤都西亚的儿子，而不是彼得的儿子，矮小、怯弱、爱好书本、浸信东正教，这些都是彼得出外打仗时他在虔诚之下成人的结果。9岁时，他亲眼看着母亲被黜，进入修道院（1699年）。11岁时，他听过教士埋怨把教堂的钟拿去铸制大炮。他问过父亲，为什么俄国人必须远走异邦，为争取纳尔瓦那么远的地区打仗？彼得对这位不爱流血的儿子深感不悦。
在彼得忙着建造圣彼得堡时，亚历克西斯留在莫斯科，浸淫在教会和古老的生活方式中。他反对国家破坏教会制度和管理教会的财产。他的神父总是告诫他，要他不惜任何代价来保护教会。亚历克西斯成为信徒和贵族阶级的偶像和希望。他们都痛恨彼得的世俗化和西化政策，早就迫不及待地等候这位笃信宗教的王子继承王位。彼得很少看到他，后来经常责骂他。有时，他发觉这个孩子秘密地探望修道院中的母亲时，便加以一番毒打。这位年轻人的不满几近于愤恨了。他向神父伊格纳季耶夫（Ignatiev）告解说他希望父亲早死，伊格纳季耶夫向他说这并不算罪过。“上帝会宽恕你，”他告诉亚历克西斯说，“我们都期望他死去，因为百姓已经无端地背负太多的重担了。”
1708年，彼得把亚历克西斯送往德累斯顿学习几何和筑城术。1711年，亚历克西斯娶了布鲁斯威克·沃尔芬布托尔（Brunswick Wolfenbüttel）公主索菲亚为妻，他对她的坚持信仰路德教派而不改信东正教一直耿耿于怀。于是他到处寻求情妇，甚至到妓院酗酒狂欢。在索菲亚生下儿子后不久，他便带着一名妓女去慰问她。一年后，索菲亚死于难产（1715年）。彼得在一封满是愤怒语气的信里要他回到圣彼得堡：“我不伤害我自己的太太，也不损害属于我的东西。你这件事，我也不例外。你好自为之，设法使自己有利于国家，否则，你只好放弃继承权利。”亚历克西斯自求免职以使父亲息怒，他说他会满意于平淡的生活。彼得觉得这不是解决问题的方法。1716年1月30日，他写信给亚历克西斯说：
我不相信你的誓言……大卫说每个人都是说谎者。即使你愿意遵守，你身边的长胡子也将设法劝阻……每个人都知道你痛恨我的功业，而我是为了国家才做这些事情。为了这个理由，让你远离是不可能的。因此，你最好改变你的作风，毫无伪装地成为有用的继承者；否则，你只好到修道院去了。立刻给我答复……如果你不这样做，我将把你当犯人看待。
亚历克西斯的朋友们劝他干脆去修道院算了。“一件僧衣并不限定一个人，”其中一位说，“你可以再把它摆在一旁。”亚历克西斯于是回信说，他宁愿为僧侣。彼得心怀不忍地告诉他好好考虑半年再做出答复。接着，沙皇到西方访问（1716年2月）。6月29日，彼得的妹妹纳塔莉娅（Natalia）劝亚历克西斯逃离俄国，请求神圣罗马皇帝的保护。9月，彼得从哥本哈根写信回来，告诉他半年的期限已到，亚历克西斯必须准备进修道院，或是跟他到丹麦参战。亚历克西斯假装前往与父亲会合，他从梅尼希科夫和议会那里得到补助，然后跑到维也纳，而不是到哥本哈根（11月10日）。他请求副总督为他取得查理六世政治庇护的许诺。“我的父亲，”他说，“非常愤怒，急思报复，他将不会宽恕任何人。如果皇帝把我送回，那无异让我送死。”副总督把他送到蒂罗尔（Tirol）附近的埃伦伯格（Ehrenberg），在那里，他受到监视，却可以有任何舒适的要求和招待，并带着打扮成小女仆般的情妇阿夫罗西尼亚（Afrosinia）。彼得的密探跟踪而至。受到警告后，他立即逃往那不勒斯，躲在桑艾摩堡里。彼得的密探随即找上来，保证父王一定会原谅他。他同意，不过要求彼得必须允许他与情妇一同过乡村的退隐生活。彼得在1717年11月28日的信中允诺了。亚历克西斯把阿夫罗西尼亚安排到意大利待产，在他前往俄国的旅途中，不时以最亲爱的语气去信问安。
他于1月底抵达莫斯科，2月3日，彼得率领国家和教会代表组成庄严的接待会。亚历克西斯含泪跪下要求宽恕，彼得答应，但剥夺了他的继承权，并宣布凯瑟琳年仅3岁的儿子彼得·彼得罗维奇（Peter Petrovich）为法定继承人。亚历克西斯请求与这位新沙皇联合治理国政，彼得允许。不过，他必须先承认反对他父亲改革的阴谋。亚历克西斯供出许多人员，这些人俱被逮捕，进一步拷问细节，许多人被流放到西伯利亚，一些人被以最野蛮的方式处死。释放的亚历克西斯，之后被安置在圣彼得堡，靠近沙皇行宫的一间房子里，每年有4万卢布。他写信给阿夫罗西尼亚说父亲待他尚好，曾经与他共餐。他盼望她能回来，一同享受农村生活的宁静。
她于4月抵达，马上被捕。她不是接受拷问，而是一项严肃的检验。中途崩溃后，她俯首承认亚历克西斯雀跃于反抗他父亲的新闻，宣称只要他掌权，他便要放弃圣彼得堡和海军，并减少陆军到守卫能力的程度。这与彼得已经知道的相差不太多。因此，他允许亚历克西斯有两个多月的自由。然后，不知什么原因，他突然宣布他对亚历克西斯的宽恕是出于亚历克西斯的认罪，现在有证据证明亚历克西斯的认罪是不真的，而且不完整，他要撤销他的原意。6月14日，亚历克西斯被捕，监禁在彼得堡的保罗堡（Paul Fortress）中。
1718年6月19日，经过最高法院的判决，亚历克西斯第一次受到拷问，鞭笞25下，他承认希望父亲早死，而且，他的神父也告诉他，“我们都期望他的逝世”。他被带去面对阿夫罗西尼亚，听她重复以前的口供。尽管如此，他还是宣誓他对她的爱至死不渝。他承认“多多少少，我不仅对父亲的一切，也对自己感到相当厌烦”。他声明曾经“想靠神圣罗马帝国的协助，运用武力来征服王朝”。6月24日，又被鞭打，不过，这次问不出什么东西了。最高法院以蒙骗为由判他死刑。亚历克西斯请求在行刑前能够抱着他的情妇，这项请求是否批准，我们就不得而知了。彼得没有签字。亚历克西斯再度接受拷问（6月25—26日），第二次是在彼得和朝廷官员面前举行。后来勒福尔记载说：“虽然我不知道这件事的来龙去脉，不过，我敢肯定是他的父亲首先打下第一鞭的。”那天下午，亚历克西斯死于狱中，显然是笞伤致死。有个传说声称凯瑟琳曾经要求医生检验他的血管，我们不知道这个举止是出于怜悯或是为着她的儿子着想。阿夫罗西尼亚得到亚历克西斯的一份财产，嫁给禁卫军的一名军官，安静地在圣彼得堡附近度过30多年。
彼得希望凯瑟琳的儿子能够继承他，可是，这位男孩早死于1719年。凯瑟琳又生下两个儿子，彼得和保罗，不过，两位都比沙皇早死。与瑞典签订和约后，他接受人民给他的皇位尊称。1721年，议会和宗教会议加冕凯瑟琳为皇后。他向全国许诺，在他的实际统治下，俄国将会享受和平。但一年后，他就率军攻打波斯。他希望能在中亚到印度间开辟出一条商路。他的情报人员告诉他，一路上将可获得满载的黄金。他派先遣人员调查开采高加索和中东石油的可能性。1722年，他指挥一支舰队渡越里海，攻打波斯。这支舰队攻下了巴库（Baku）和波斯在海峡的港口，但暴风雨摧毁了大半的船只，疾病困扰着军队。彼得于1724年率军北返，疲惫近乎沮丧。
他患梅毒已有好几年了，吃药打针，不胜其苦，酗酒只是把事情弄得更糟。战争、革命、叛变的刺激和可怕的横劲，终于打垮了他结实的躯体。1724年11月，他从靠岸的船只跳下结冰的涅瓦河，拯救受伤沉溺的水手。整个夜晚，他浸在水深及腰的冰河里，隔天他便伤风感冒，不过很快便痊愈了。接着又是一连串操心的工作。1月25日，他躺在床上，饱受膀胱膨胀的苦痛，一直到2月2日，他才肯承认死亡为期不远了。他告解了几项罪过，并接受洗礼。第6天，他下令赦免所有的罪犯，阴谋颠覆的政治犯除外。他那痛苦的哭声，吓呆了身旁的随员们。他要求在石板上写下遗嘱，不过，他只写下了“把全部”几个字，笔便由他手中掉落下来。经过36个小时的昏迷沉睡，他再也没有醒过来。1725年2月8日，官方宣布死讯，他享年52岁。
俄国终于喘了一口气，好像是一场长久而可怕的梦魇终于结束似的。瑞典与波兰重新交好，他们希望俄国陷入无政府状态，从此不再威胁西方。古老的封建俄国又抬起了它的骄傲的头，祈求美好的过去重新再来。整个国家曾经饱受狂暴的压迫，它的灵魂和荣耀由于毫无选择他模仿西方而遭受严重的打击。反动势力广泛地扩展，摆着胜利的姿态。许多改革工作由于缺乏支持而自生自灭。行政官僚大量削减，不过，它的构架还是延续到1917年。贵族们重新拾回古老的传统权力，他们恢复土地中的树林和矿产。商人阶级曾经受到彼得的大力提拔，如今回到从前的附属地位。许多的新工业因缺乏机器或缺乏劳工和完善的管理而夭折。新兴的资本主义萎缩了，俄国停留在彼得革命以前的经济阶段将近有200年之久。商业上的改革算是比较成功的，与西方的贸易继续增加。随着与西方接触的频繁，某些方面的仪态进步了，但古老守旧的服饰，在凯瑟琳二世手下恢复了。长胡子在亚历山大二世任内，又成为俄国的标志。贪污继续蔓延着，道德并无多大的改进。也许，彼得的酗酒放荡和残暴，只有使道德更加败坏。只有这些改变，适时地埋下根基，因而残存下来了。
彼得是近代史上比较不受人爱戴的人物，但他的成就是广泛的。他的失败证明天才在历史上的影响是有限的。可是，他留给俄国的种种标志，使人了解到性格作风在改变历史上的力量。他留给俄国一支陆军和海军。他开辟港口，打开与西方贸易和交换观念的门户。他建立了煤矿和冶金工业。他设置了许多学校和一家学院。他的大力一推，使俄国走出亚洲、进入欧洲，构成后来欧洲发展的一大影响力量。从此，欧洲必须更加慎重地接触那片广大的心脏地带，小心对付那些强壮、坚韧而刻苦的大众和他们那些专横而不容忽视的目标。
