约翰·伊夫林与坦普尔都主张“一国之内如党派林立和深植其根，则它们必会以为好人参政是疯狂之举”。当内战纷扰之际，他认为即是远行之时。1641年7月伊夫林离开英国，但是受到良心的谴责，又于10月返国。他在布伦特福德（Brenford）参加王军，适逢王军败退。从军1月后，他退隐萨里郡沃顿镇（Wotton）其双亲之田庄。1643年11月11日，他再次越海至欧洲大陆。他信步游历法国、意大利、瑞士、荷兰，然后又回到法国。在巴黎，他娶了一位英国女子。有一段日子他就在英法间来来往往。最后，内战终于结束，他才回到英国定居（1652年2月6日）。他付款给克伦威尔政府，才得保全自由。他仍与流亡的查理二世保持联系，1659年曾尽力促成复辟之举。查理登基以后，他是宫中受欢迎之人，虽然他极力谴责宫中的腐化风气。他曾任政府某些小职务，但是大致说来，他所喜欢的是栽树种花，并在乡间写下30。他论述甚广，包括论卢克莱修以至论泽维（Sabbatai Zevi）在内。其《除烟谈》一文虽无法澄清伦敦的空气，但是《森林》（Sylva）一书（1664年）却有效地促成英国的再造林木，他还促使政府在伦敦到处栽树，这些树木如今成为伦敦最大的光荣及讨人喜欢之处。其《戈多尔芬夫人之一生》（Life of Mrs Godolphin）是暴乱的复辟时代表现妇德的田园作品。
自1641年21岁起至1706年2月3日死前24天止，他将其在英国及欧陆所见所闻均写入日记。他自视为“品格”高超的人，故所记述的并无佩皮斯较长的日记里包含的那类罪过及内心的见解，但是他对欧洲各城的描述，帮助我们了解了当时的景观。他亦有某些栩栩如生的记述，如《辛普伦隘记》（on the Simplon Pass）。有时候亦会留下感人极深的文章，如记述其5岁儿子之死的文章。这些日记要到1818年才得以出版。
伊夫林的日记中曾提到佩皮斯，因而才有人检查佩皮斯遗交剑桥大学马达兰学院（Magdalene College，Cambrige）的6册手稿，这些手稿均是速记写成的。经过3年的努力，共有3012页译成普通文字。1825年，它们才出版成书，并经缩短和净化。如今它们虽仍不完整，却有4巨册之多。它们使佩皮斯成为历史上最涉及个人秘密和受人误解的作家。就涉及个人秘密这点说，他的日记如果要出版，显然要等到他死后，因为里面包含他生前本应守密的许多材料，而且其中某部分至今仍然“无法付印”。就误解来说，因该日记仅是佩皮斯一生中不超过10年（1660年1月1日至1669年5月31日）的记述，故他在海军部——英国海军大本营——的工作并未完全加以记录。实际上他自1660年至1689年曾在该部担任日益重要的职位。
佩皮斯的父亲是伦敦的裁缝师。因为只有乡绅的长子才有权独自继承全部财产，其父既非长子，只好从事商业。佩皮斯依赖奖学金进入剑桥读书，并取得学士及硕士学位，唯一受到公开谴责的不良记录，是一度曾“被看到酗酒”以及写下情诗《爱情是欺骗》（Love is a Cheat），后来，他又将这篇诗稿撕毁。22岁（1655年），他娶了胡格诺派教徒之女伊丽莎白。1658年，他因结石而到医院手术，手术极为顺利，故以后每年他都要感恩地庆祝手术成功。
他的远亲蒙塔古爵士召他当秘书（1660年），当蒙塔古率领舰队把流亡的查理迎回英国时，佩皮斯亦追随于左右。当年，佩皮斯即被任命为海军处的作战书记员。他于追求女人之余，亦勤勉地研读海军事务，因为他的上司也喜欢追求女人，因此不久他就比两位海军大将（蒙塔古及约克公爵）更知海军大势。在对荷兰战争中（1665—1667年），他设法供给舰队补给，一时以干练著称。而在瘟疫流行期间，政府中多数官员均已离职，但是他仍坚守岗位。当海军处受到国会攻击时（1668年），佩皮斯受命代为辩护，他在平民院中3小时的演说使海军处得到本不应得的无罪判决。然后，佩皮斯又为约克公爵撰述两本报告，揭发海军官员之颟顸无能，这些报告对于海军舰队的改革，大有功焉。他一向工作勤奋，通常早晨4时即已起床，但是他知道年俸350镑的薪水外，还有赠予、佣金、津贴等收入，足以补其不足。今日这类收入有的可称为贿赂，但是在当时，这类收入被视为合法的补助。其上司蒙塔古爵士曾说：“不是职位本身的薪水会使人致富，而是担任职位才有机会赚钱。”
佩皮斯在日记中极为坦白无伪，而且相当完整地揭露自己的全部缺点。为何他会如此坦白，我们不清楚。在世时他藏好这些日记，而且用自己的速记系统加以记述，共用了314种不同的符号，且对其死后的印行问题根本没有预作安排。显然他很高兴检讨每天的各种活动、生理烦恼、婚姻争吵、调情及与人通奸等事。在他秘密重读其日记时，可能引起类似对镜自怜的那种暗中自满。他曾说，他的妻子为他理发，“竟发现在我头上及身上共有大约20只虱……我相信那比过去20年中发现的总和还要多”。他学会爱他的妻子是经过许多争吵后的事情，有些争吵令他“发怒”至“大动肝火”。据他自己的说法，通常他对她极为卑劣。有一次“他竟拧她的鼻子往下拉”，另一次“我往她的左眼狠狠地揍了一拳，使得那个可怜的人痛极哭叫，她情绪激动得要来咬我抓我，但我对她稍假辞色她就不哭了”。他用膏药糊其眼睛，然后就到情妇那里去。回家吃晚饭后，他又出去，“找到拜威尔（Bagwell）的妻子……把她带到酒店去，尽情从她身上取乐，然后又到另一家酒店，想要拥抱她。但是，她不专心尽情，那真令我厌烦”。
此人精力之丰真令人惊奇——每几个月就有一次恋情。他追逐女人，直到她们用胸针逐退他为止。他供认“我对于美人极为奴颜婢膝”。在威斯敏斯特“我听一次讲道，因而费了一多半时间（上帝宽恕我）来注视巴特勒夫人”。他带着特别期望的神色，几乎显得高雅，看着卡斯尔梅因夫人，与她在白厅相见，“我只觉得她秀色可餐”。他看着她那悬成一线的衬裙很觉满足，“看着它们我感到很舒服”，“因而回到家里吃晚饭及上床睡觉，都会幻想自己正很舒服地和史都华夫人（卡斯尔梅因夫人）在一起玩乐”。但是他的嗜好不限于追求美人而已。邻居戴安娜夫人（Mrs.Diana）经过他的家门，他把她“带到我家的楼上，然后在那里调笑了好一段时光”。他带一位兰尼夫人（Mrs.Lane）至兰巴思区（Lambeth）去玩，但是在玩腻了她以后，他决心“终此生不再干这种事”。有一次他的妻子目击他拥抱一位少女，就威胁要与他分居。他利用誓言安抚了她，很快又到最近结交的情妇那里去。他拐诱妻子的女仆戴伯拉·威勒特（Deborah Willet），他喜欢让她梳头发。但是他的妻子又抓到了他，他又发了新誓。戴伯拉旋即被解雇，佩皮斯却每天都访问她，成为了例行事务。
即使眼力退化后，他仍然一样好色。自1664年起，他就有在烛光下读书和写作的习惯，以致损害了视力。但是在其后重要的数年中，他却用力愈勤，不顾日益严重的毛病。1669年5月31日，他记下了最后一则日记：
就这样我疑心我已无法治好我的眼睛，来继续作我的日记……不论结果如何，我都得忍受；因而决心自此以后，只有找人用一般的文字来记述，这样只能记下能让他们和世界知道的事情。或者，假如还有特别值得记的事——不会有很多了，或许我与戴伯拉的恋情已成明日黄花，而我的眼睛已不容许我再去寻欢——那么我该在书上留下一些空白，不时亲自以速记符号写下我的笔记。就这样我正在走向那条路，那几乎就等于看我自己渐渐走向坟墓。仁慈之上帝已替我安排好，随着我的失明而来的就是那条路和各种不幸——佩皮斯。
他还有34年的生命。他很小心地照顾着仅存的视力，公爵及英王赐准他一段长假，然后他又回去工作。1673年他成为海军大臣，同时，他的妻子成为天主教徒。当天主教阴谋在英国爆发时，佩皮斯立刻因参与谋刺戈弗雷之嫌疑被捕，并被送往伦敦塔（1679年5月22日）。他当庭证明控诉不实，故经9个月的监禁后终获释放。直到1684年为止，他一直没再任职。然后他又受聘为海军大臣，继续其改革海军的工作。当詹姆士二世登基为王时，佩皮斯事实上就是海军的首脑。但是当詹姆士逃到法国后，佩皮斯又遭受下狱的噩运，不久再获释放。而后14年，他退隐林下，成为“海军长老”。1703年5月26日，他终于告别人间，享年70岁，死时已完全恢复名誉，洗刷一切罪名。
此人一生有许多事令人喜爱。我们已知他热爱音乐，也研究科学，做物理实验，成为皇家协会的会员，并在1684年被选为该学会会长。他同所有男人一样爱好荣誉。他收受贿款。他毒打仆人至其手臂受伤。他对妻子很残酷，而且还是一位声名狼藉的浪子。但是被人模仿、较他更无耻的王公贵族多的是，这些人又如何？何况任何人若留下这样坦白的日记，瑕疵也是值得原谅的。
