英国新君任命丹比为枢密院长，哈利法克斯为掌玺大臣，沙夫兹伯里和诺丁汉伯爵为国务大臣，波特兰（Portland）伯爵为皇家财政大臣，布涅为索尔斯堡主教。
这些新贵中最煊赫、最具影响力的是哈利法克斯侯爵萨维尔。他是被长期国会处死的斯特拉福德勋爵的侄子，他在大动乱那段时期损失了大部分财产，但他还是抢救出足够的财产，得以在克伦威尔政府时期在法国安享寓公生活。在法国，他研究蒙田的《论文集》而成为一个哲学家。如果说后来他是从政界中拔擢脱颖而成就治国方略，那是因为政治手腕和治国才略之间的区别即是哲学——能够知古鉴今、洞烛先机、综观全局的能力。哈利法克斯从未以一位事务人员自满。他曾写：“世界的统治（国家的治理）是一件大事。但若与纯理论知识的精妙相较，这是非常粗俗之事。”政治有时需要与群众打交道，哈利法克斯对此深为恐惧。“大多数人有一种后天累积的残酷性，虽然他们无一是性本恶……群众愤怒的嗡嗡作响之声是世上最血腥的噪音之一。”他曾经历过天主教恐怖期，那时僧侣们威吓着宫廷；目睹诸多宗教卷入贪欲冲突中，他摆脱了绝大部分的神学理论，伯内特如此说过：“他活着是一个勇敢粗鲁又坚决的无神论者，他经常向我抗辩说他绝非无神论者，但也常说他不认为世上不会有无神论者。他承认他无法囫囵吞枣地轻信加诸世上的神圣之事。他是一名谦恭的基督徒，他相信他能相信的一切。”
回到英国，他收回旧产业，财富之巨使他能过得极率性。他为查理二世服务，直到他获悉秘密的《多佛条约》。他为詹姆士继承王位的权利辩护，但他反对废除《甄试法》。经过一段短暂的天主教统治后，他寻求新教徒的统治。他主导将王权和平地由詹姆士二世手上移交给威廉三世时，他的愿望实现了。他循其自己以为的正确的看法行事，而不固执于任何党派路线。他在《沉思与反省》（Thoughts and Reflexions）中写道：“无知使多数人加入党派，羞怯心却使他们不好退出党派。”被诟骂破坏党派路线时，他在一本著名的小册子《骑墙者的特征》（The Character of a Trimmer）中为自己辩护：
骑墙者，这个无辜的字，意义即是：假设有一群人同在一条船上，其中一部分站到一边几乎把船弄翻，另一批人却要站到另一边把船弄翻。忽然，这里面有了第三种意见，这些人就是想把船弄平稳的人。
他偶尔也有不谨慎的地方，不过经常显露出能言善道而且伤人（锋芒毕露）的机智。威廉三世的宫廷里充斥着一大堆声称革命有功而欲获一官半职的人时，他因批评树敌。他说：“罗马被一群笨伯拯救，我却不记得那批笨伯出来执政。”
“会议”本身自动改组成为国会，进行其认为的政府首要之事——对威廉三世国家元首和国教会领袖的身份发表誓言效忠与信服，哈利法克斯一定在旁窃笑。这是一个历史上的讽刺：一个世纪以来压迫加尔文教派（长老会、清教徒和其他未奉国教者）的英国国教会，现在竟然必须接纳一名荷兰加尔文教徒为其领袖。
400名皈依君权神授学说的英国国教会僧侣，对威廉治国的权力表示怀疑，而拒绝立新的效忠誓词。这批“拒绝立誓效忠者”（Nonjurors）被解除圣职；而形成另一派反国教会者起誓归顺的僧侣，立誓之时“心理上有所保留”。这使留在英国的少数耶稣会牧师窃喜。伯内特认为，“太多人对这一神圣之事支吾其词、敷衍搪塞，使无神论大为滋长蔓延”。威廉三世对苏格兰境内压倒性的优势意见让步，废除斯图亚特王朝以武力在当地建立的主权统辖制度时，各种国教徒不由大为震惊。同时，许多国教徒发现威廉有意宗教宽容，更是大为担心。
威廉生长于宿命论的加尔文主义家庭，他无法同情国教徒认为长老会教派应被摒除公职和国会之外的观点。他曾在荷兰鼓励宽容，交友往来也无宗教敌视。宿命论的加尔文主义使威廉自信是神圣的代表人。基于这一信念，他对不奉国教者也能不带偏见地对待，同时把他们视为神的神秘力量的工具，而不是个人，他常称呼这一神秘力量即是“幸运”“上帝”或“神”。他认为境内各派信仰若不能和睦相处，则其力量可能会毁了这个国家。
枢密院由诺丁汉领衔向国会提出《宽容法案》的议案是明智之举。诺丁汉是英国国教会虔诚、忠心的信徒。他的拥护使死硬派除却敌意。因此，新政府的第一个成就在两院中以极少的反对而通过（1689年5月24日）。它允许接受三位一体理论和《圣经》启示说，以及明确驳斥“变体论”和教皇的宗教至上权的一切团体，均有公开信仰的自由。浸信会获准接受其父母的浸信会徒思想，而且依1696年《确承法》（Affirmation Act），教友派获准以一郑重的承诺代替誓言。唯一神派教徒和天主教徒则不受宽容。威廉和他的枢密院企图在1689年提出的《包容法案》（Comprehension Bill）中，让许多反国教团体接纳国教会信仰，但这项措施未能通过。反国教徒除非依国教会的仪式接受圣礼，否则既不许入大学，也不许入国会或任公职。反亵渎神圣的一项新法律（1697年）提出，若攻击任何基督教基本理论者皆下狱。1778年止，英国境内的宗教自由再无进一层的法定延伸。不仅如此，1685年后其宽容比任何其他欧洲国家要大（荷兰除外）。事实上，英国逐渐强大到其实力可以不再畏惧天主教国家入侵或内部倾覆时，其宗教宽容也逐渐扩大。
在威廉治下，甚至天主教徒也享有更高的安全。国王解释说，他若在英国钳制天主教徒，则他就无法与天主教国家维持盟友关系。10年来，天主教神父可在私房中望弥撒，而且他们如在公开场合能有缜密援护，也不会受干扰。在王权将结束时（1699年），托利党和死硬派在国会中占上风，反天主教的法律即告加剧。任何神父若被判定望弥撒或负责任何祭祀仪式（除非是在一个大使家中），则可能遭到终身监禁的处罚。为了执行此法，任何人若检举告发一桩罪案，在定刑后可得100镑赏金。从事青少年天主教公共教育者也将受同样的刑罚。父母们将子女送往国外接受天主教信仰的教育也在严禁之列。宣誓王室对宗教至上及反对三位一体说者方许买卖或继承土地。凡拒绝宣誓的人，一概剥夺参政的继承权。但威廉赦免了奥茨，并给他养老金（1689年）。
爱尔兰的天主教徒由于谋反使詹姆士二世复辟而受到新的迫害，泰康伯爵杜保（Richard Talbot）召集了3.6万名士兵，并邀请詹姆士二世由法国回来领军。路易十四把这位被罢黜的英王安置在他在圣日耳曼的一处别宫里，每年给予60万法郎的赏金。路易十四现在为他装备了一支舰队，陪着他到达布列斯特，辞行时说了一句名言：“我对你最好的祝福即是希望我们永远不会再见。”詹姆士率领1200人在爱尔兰登陆（1689年3月12日），由杜保护送到都柏林，召集一个爱尔兰国会，而且宣布全体效忠的臣民皆有信仰的自由。该国会于5月7日集会，废除1652年的《土地解决案》（Act of Settlement），并下令将1641年以来即取自爱尔兰地主的一切土地皆归返其业主。威廉派遣其法籍新教派司令雄贝格率军万名赴爱尔兰。路易十四也派遣7000名法国老兵增援詹姆士。威廉本人于1690年6月御驾渡海赴爱尔兰。敌对双方军队于7月1日在博因开战，一度骁勇的詹姆士眼见部属溃败大为恐慌，不久即潜回圣日耳曼。
威廉乐于与爱尔兰人恢复到先前和平的状态，但他属下的新教徒领袖和部队要求根除叛军，并进一步没收爱尔兰人的土地。威廉回到英格兰，把军队留给金克尔（Godert de Ginkel）用，此时由埃斯仑（Athlone）伯爵率领。雄贝格则已在博因一役胜战中阵亡。威廉训令金克尔提供自由大赦：信仰自由，免除反天主教的至上宣誓，并归返其产业给所有愿放下武器投降的叛党。金克尔即依此条件保证戈尔韦（Galway）和利麦立克（Limerick）的降者。1691年10月3日，爱尔兰叛党依《利麦立克条约》接受了威廉提议而和平停战。1692年3月，皇家赦令宣告爱尔兰战争已告结束。
爱尔兰新教徒谴责这一条约是向天主教投降，并向英国国会诉愿。国会立即于1691年10月22日通过一项法案，凡不曾宣誓至上及宣布三位一体说的人一概禁止加入爱尔兰国会。新的爱尔兰国会全是新教徒，它拒绝承认《利麦立克条约》。虽然威廉全神贯注于组织欧洲各国对抗路易十四，都柏林爱尔兰国会却课以爱尔兰天主教徒一系列的新刑法，公开蔑视威廉和玛丽签订的和约。天主教学校和学院概不合法；天主教神父被逐出境；天主教徒不许携带武器或拥有一匹价值超过5镑的马；凡是新教徒女继承人嫁给一名天主教徒，则其财产应予剥夺。对爱尔兰土地的没收充公继续进行，直到“再无土地可没收充公为止”。一名爱尔兰天主教徒想在爱尔兰法庭胜诉，几乎是不可能的。反爱尔兰天主教徒的犯人很少受罚。爱尔兰的毛织业一度发展到足与英格兰竞争，现在却因英国国会通过法律，严禁爱尔兰羊毛出口至英国以外的任何国家而告毁灭。甚至于1696年，以巧妙的禁止性关税（prohibitive tariff）使该业窒息，因此爱尔兰完全衰落。贫穷、赤贫、饥馑和极度的混乱遍及这个大岛。在光荣革命后的65年中，将近100万的天主教人口（1688年）中的半数移民国外，使人民中最优秀的人散居国外。
英国的每个经济阶级都繁荣起来，除了劳动阶级和农民外。纺织工人受到外国竞争和发明之苦。1710年，织袜业者进行罢工反对引用织袜机及雇用廉价薪资的学徒操作机器。全国产量却激增，由此可见：16世纪政府每年平均岁入为50万镑，17世纪却升到每年750万镑。这一增加固然部分由于通货膨胀、物价高涨，主要还是制造业发达、国际贸易增加之故。
即使如此，费用仍旧不足，因为威廉扩充大军以对抗路易十四。税金提高到空前程度，但仍需要更多的钱。1693年1月，第一代哈利法克斯伯爵，即查理·蒙塔古（Charles Montagu）出任财政大臣。他革新了政府财政，即劝使国会同意发行一笔90万镑的公债，政府保证每年付息7%。1693年年底，由于开支危险得远超过收入，一群银行家同意，以年息8%贷款120万镑给政府，并以对运货加额外税为保证。这个向公司财团借款的意见是三年前佩特森（William Paterson）建议的。蒙塔古现在给予正式支持，国会也通过这项计划。贷方依热那亚、威尼斯和荷兰的先例，于1694年7月27日经特许组成英国银行管理公司。他们从各处以4%至6%的利息借进款额，然后以8%借给政府，而且在行使银行功能时得到其他利益。由此开始，英国银行对政府贷款越来越多，1696年由国会获得这一贷款的独占权。很长一段时间，它成为自威廉和玛丽登基以来英国政府维持稳定的主要因素。早在1694年，该银行的期票若有存款支持，应存户要求即可支付黄金，这是英国最早的纸钞。
蒙塔古更以改革金属货币而确保其财政大臣的地位（1696年）。查理二世和詹姆士二世的好硬币已被人民贮藏、熔铸或出口了，而受损的伊丽莎白和詹姆士一世时代的硬币却被人们大量使用，在很多地方失去其票面价值的购买力。蒙塔古召集他的挚友洛克、牛顿和萨默斯（John Somers）为英国发明一种更稳定的钱币。他们设计一种新硬币，边缘压上齿纹，可防崩缺。他们又把旧硬币依其票面价值收回，国家负担这笔损失。英国于是有了稳定的货币，成为欧洲钦羡的典范。1698年，伦敦股票交易所开幕，而一个金融投机的时代遂告开始，立即产生了南海公司（South Sea Company，1711年）及其“骗案”（1720年）。1688年，劳埃德（Edward Lloyd）在一间伦敦咖啡铺里轻易地建立起现在极为闻名的劳埃德氏保险公司。1693年哈利（Edmund Halley）发表了首为人知的死亡率之表。凡此种种财政措施，不仅扩大了英国事务中的金融利益，而且提高了英国的资本家的地位。
在经济扩张之外，政治斗争也因地主阶级的托利党和商业阶级的辉格党之间的权力斗争、英格兰和苏格兰之间的权力斗争及阴谋行刺威廉计划使詹姆士复辟等愈发激烈。威廉对英国内政事务不感兴趣，他征服英国主要为了使它与其母国和其他国家联合对抗路易十四。正如哈利法克斯说的，他“把英国视为通往法兰西之路”。英国人民发觉这才是他全神贯注的热情目标时，他就失去了民心支持。他不是一名和蔼可亲的国王，他因为格伦科（Glencoe）的麦克唐纳德（Mac Donald）家族迟迟未提出效忠而下令将其铲除时，可以说是冷酷之至。他在众人前因讲英语结巴而“沉默、坚定”。他对女性不在意，在餐桌上礼仪也很差，因此伦敦的妇女称他是“一只下等的荷兰熊”。他四周全是荷兰卫兵和助手，而且毫不讳言地认为荷兰人的经济能力、政治判断和道德品质都比英国人高明。他知道许多贵族秘密与詹姆士二世接洽。他发觉他周围的贿赂风气如此炽热，他也加入此事。
他把内政事务交给他的大臣们，权臣时代开始了（1695年）。内阁联合负责与行动且受一人的支配，这人通常是财政大臣。1697年，威廉的敌人托利党在一次大选胜利中上台掌权，他们因此限制其权势，质询他的外交政策（1699年）。他佝偻、哮喘、患肺结核病的躯体安葬时（1702年3月8日），对内政上受挫尚可感到安慰的，是他最后终于使英国坚决地加入了大同盟（1701年）。经过12年的奋斗，这个同盟可使伟大的波旁王室屈膝，拯救了新教欧洲的独立，而且使英国可以自由地在全球扩张势力。
