从画家凡·戴克所绘的那幅约克公爵2岁时的美丽的金蓝色画像，谁会想到这位天真烂漫、敏感又害羞的小男孩，竟会使斯图亚特王朝倾覆，终于在“光荣革命”中，继踵其父，又把国王的权力移交给国会？但在赖利为同一个人所绘的詹姆士二世的画像中，羞怯畏生变成了昏庸糊涂，敏感也成了刚愎顽固。这种个性决定了悲剧的命运。
我们已提到他的某些优点。他服役海军时，经常身先士卒、奋不顾身。拿他和他兄长相比，人们喜欢他管理产业，他的开销耗费也较俭省，也比较信守诺言。他遵守查理二世的遗命，照弗其情妇——帮她付清债务，并为她购置别墅，使她能安度余生。登基后，他与最亲近的凯瑟琳·塞德利仍保持了一段时间。但在彼得神父的谏诤下，他付给她一笔钱，劝服她离开英国。因为他承认若是再见她一面，必将情难自禁，无以抗拒她魅力的影响。参与推翻他王位的伯内特主教评价他是“天生的公正和真挚，虽然有时也浮躁和睚眦必报，直到他的宗教信仰腐化了他原先的原则和方向之前，他一直是坚贞的友人”。他自奉甚为俭朴，保持币制诚信，对人民也轻徭薄税。麦考利费了800页的篇幅描述他在位3年的治绩，其结论是：“如果他是一个新教徒，不，他只要是一个温和的罗马天主教徒就好，具有这么多优点，他可能会有一个繁盛、光荣的治绩。”
他的过失植根于他的权力。他在登基前即傲慢自大，他接受他父亲的理论，认为国王应具有绝对权威，因此受到大多数人轻蔑，只有少数人和他亲近。他又缺乏他哥哥那份幽默，而不明白实际上的限制。我们必须尊重他对其宗教信仰的热诚及他给英国天主教徒信仰自由和政治机会平等的诚意。他热爱他信奉天主教的母亲和姐姐。过去15年，他在私邸中受到天主教徒的包围，而且他对一个产生这么多善良男女的宗教竟然受到英国人如此地限制和憎恨的现实，实在惊异。英国新教徒对“火药案”的印象鲜明，他们深恐信奉天主教的国王将倾向于（或迟早会被说服）接受切莫得罪意大利教皇的政策。他对此事却没有深刻的记忆。信奉新教的英国认为其宗教、学术和政治的独立，将会受到其信奉天主教的国王的危害。
詹姆士二世登基后的第一个行动，稍稍祛除了这种恐惧。他任命哈利法克斯为枢密院院长、森德兰为国务大臣、第二任克拉伦登伯爵亨利·海德为掌玺大臣——3人全是新教徒。他对枢密院发表首次演讲时，保证要维持既有的教会和国家体制。他对英国议会支持他继承大统敬申谢忱，而且保证他会特别照顾国教会。加冕时，他采取近代英国国王通行的誓词——维持并保卫国教。几个月中，他享有意想不到的民心支持。
他第一桩亲天主教的措施并未直接攻击新教。他下令把拒绝宣誓效忠及接受国教至上而遭禁锢的人，全部释放。因此，数以千计的天主教徒得以自由，也有1200名教友派和其他许多不信奉国教的人士被释放。
他严禁任何宗教信仰的告发与诉讼。他赦免了丹比及被奥茨起诉而囚禁伦敦塔的贵族天主教徒。在一件新审案件中，奥茨承认犯伪证罪而使数名无辜者遭处刑。法庭对无法判处他死刑深表遗憾，仅判处他罚款2000马克，绑于马车背上，两次公开鞭刑——一次由埃尔门（Aldgate）到纽门（Newgate），两天后，再由纽门到泰邦（Tyburn）——而且终身每年要五度受枷刑示众。他受完苦刑后，幸保生命，又被押入监牢（1685年5月）。詹姆士二世拒绝赦免他第二次鞭刑的要求。
然而，和平的氛围因两次叛乱而破裂。5月，第九任阿盖尔（Argyll）伯爵坎贝尔在苏格兰登陆；6月，蒙茅斯公爵詹姆士也在英格兰西南岸登陆，欲联合推翻这位天主教徒国王。蒙茅斯檄文谴责詹姆士二世是一个篡位者、暴君、凶手，指控他纵火焚烧伦敦、信仰天主教并毒害兄长查理二世的阴谋企图。同时誓言除非他们拯救了新教信仰、国家和国会的自由，否则绝不言和。阿盖尔于6月17日被敉平，6月30日被处死，叛军北翼遂告失败。但多塞特郡的人民，大多是清教徒，都认蒙茅斯为救星，许多人投入他的叛旗之下，而他也径自僭取詹姆士二世的头衔。贵族和富人阶级没有支持他，他纪律欠佳的军队也于1685年7月6日在塞吉沼泽（Sedgemoor）被王室部队击溃——这是二战前在英国本土上进行的最后一场战争。蒙茅斯败亡，祈求国王宽赦，但遭拒绝，并被斩首。
玻西上校率领的皇家军队追捕叛军残部，而且不经审判即将人吊死。詹姆士二世任命杰弗里斯大法官为首的一个委员会到西部乡区，审判参加叛乱或协助叛军者。这些被告虽有陪审团审判，陪审团却受杰弗里斯的恐吓胁迫，因此很少有被告于这段“血腥巡回裁判”（Bloody Assizes，1685年9月）期中获得幸免。 将近400人受绞刑，800人被判入西印度群岛的农场强制劳动。伊丽莎白一世于1569年、克伦威尔于1648年皆曾犯下同样残酷不仁的罪，但杰弗里斯远超过他们，他威吓胁迫证人和陪审团，将被告屈打成招，若被告想要行贿欲求脱罪，必须厚币贿赂。詹姆士二世也有一些温和措施以缓和此等暴政，但大惨案一过，他擢升杰弗里斯，授以贵族爵位，并任命他为司法大臣（1686年9月6日）。
这种报复行为使举国上下与国王疏远。他要求国会废止《甄试法》、修正《人身保护法》、设立一支直辖王室的常备军时，国会拒予通过。詹姆士二世勒令国会休会（11月20日），径行任命天主教徒出任公职。哈利法克斯反对这种侮慢国会的行为，詹姆士二世将他解职，而以森德兰取代他出任枢密院主席。森德兰此时已宣称皈依天主教（1687年）。詹姆士二世对法王路易十四废止《南特诏书》大表赞扬时，英国认定如果詹姆士二世的权力和波旁王室一样绝对至上，他也可能采取同样的措施对付英国的新教徒。詹姆士二世毫不讳言其看法，他认为他的权力已经绝对至上了，而路易十四是他心目中理想的君王。一度他接受路易十四给的津贴，但他拒绝让路易十四指令英国政府的政策，因此该津贴取消了。
路易十四明乎英国却不智于本国，他一面因迫害法国的胡格诺派教徒而削弱法国，一面又警告詹姆士二世不要立即将英国天主教化。教皇英诺森十一世也给他同样的忠告。詹姆士二世致函给他，允诺英格兰将及早归顺罗马教会。教皇劝英王抑制其措施，只要让天主教徒在英国获得容忍即可。他摒除政治野心而提此警告，命令耶稣会长老责难彼得神父竟在英国政府中居于高位。英诺森十一世未能制止其天主教信徒，但他担心路易十四的力量对他展开包围，并希望英国能摆脱开法国人的束缚，成为一位与法国人对抗的补充者。教皇派遣一名教廷大使赴英国——都铎王朝玛丽女王治下以来第一次——向詹姆士二世说明，国会和国王之间若决裂势必伤害罗马教会的利益。
詹姆士二世对此劝告未曾在意。他认为，他52岁才即位，要使他衷心珍视的宗教变革实现，已来日无多。他的子嗣已少有希望：一位信奉新教的女儿将继承他，而且除非他在死前稳固地建立其工作，不然必将被她推翻。彼得神父和教皇压制了所有深思熟虑的诤言。国王不仅驾车煊赫地去做弥撒，而且要大臣们陪他一齐去。一大群神父经常在宫廷中走动。他派任天主教徒出任军职，并说明法官（法官的任免权皆在他手中）认可其权力可以赦免这些膺受王命者免除《甄试法》课诸其身的刑罚。他建立一支1.3万人的军队，大部分由天主教徒军官统领，仅听命于他，此举显然已威胁到国会的独立。他停止法律对公开参加天主教礼拜仪式的刑罚的规定。他颁布一项赦令（1686年6月），严禁牧师们宣扬教义争端。夏普（John Sharp）宣传改宗信仰的动机时，詹姆士二世以英国教会法定领袖的地位，命令伦敦大主教康普顿（Henry Compton）将他在国教会中的职务停职。康普顿拒绝从命。詹姆士二世蔑视1673年的一项法律，任命一个新的教会委员法庭（Ecclesiastical Commission Court），受森德兰和杰弗里斯的指挥。该法庭以康普顿违抗王命的罪名，将他免职。传扬绝对服从的英国国教会开始转向反对国王。
他曾希望赢取英国国教会与罗马修好，但现在他的轻率举动排除了这一可能。他代之以采取联合天主教和反国教会者对抗英国国教会。威廉·佩恩劝国王说，他可以废止全部禁止反国教会各宗派公开礼拜的法律，借此不费吹灰之力赢得英国国教派以外的全体英国新教徒的热烈支持。1687年8月4日，詹姆士二世颁布他第一次《宽容宣言》。不管他的动机如何，这个文件在宽容史上占有一席之地。该宣言停止了对宗教所加的一切刑法，废除全部的宗教誓言，允许人民自由信仰，严禁干扰和平的宗教集会。它也将因宗教上未承认信仰国教而入狱的人们释放。它的宽容度超过了查理二世的同名宣言，查理的宣言对要任官职者尚须誓证信仰国教，而且只准天主教徒在私宅中礼拜。它向英国教会保证，国王将继续保护其所有的合法权利，可惜的是这个措施是对国会宣战的暗示。国会此时已被敕令为无能而遭解散，如果国会承认国王有权废止国会立法，内战就不会再次展开。
当时英国最杰出的智者哈利法克斯发表一篇匿名的《致反国教会者一封信》（Letter to a Dissenter）——当时最成功的小册子（1687年8月）——介入争执。他向新教徒们进言，他们今天得到的宽容是来自一位向教会效忠的亲王，该教会曾声言绝对正确与明白地拒斥宽容。在良心的自由和绝对无误的教会之间，能否永葆和谐？反国教会者焉能信任他们的新友人，他昨天犹曾污蔑他们为异端！不幸的是，英国国教会就堕落的人一事与罗马取得协议，而在过去的27年中，反国教派分子即使在一位天主教国王治下，也可能无法有自由的信仰，且其身将受迫害甚至会遭绞刑。英国国教会当局急欲与长老会、清教徒、教友派等修好。它要求他们拒绝目前的宽容律令，而且保证国会与国教会即将批准采取一种容忍宽谅的态度。反国教会者致谢函给国王。大多数人对此事明哲保身，不表意见，而直到决定性的日子到来时，他们背弃了国王。
詹姆士二世继续其工作。英国各大学多年来即一再要求其教员和学生必须皈依英国国教会。不过，路德派的学位候选人的学位颁授和国教徒的荣誉学位颁授例外。但是，英国国教会当局认为牛津大学和剑桥大学是以替国教会僧侣提供人选为主要任务的组织，因而它又决定，天主教徒不应准许入学。詹姆士二世打破障碍，送了一封谕令函给剑桥大学副校长，指示他免除国教会的誓言限制，允许一名本笃会僧侣获得硕士学位。这位副校长拒绝从命，被教会委员会停职。剑桥大学派遣一个代表团，牛顿也是代表之一，向国王表明其立场。该本笃会僧侣随即退出，解除了对立情势（1687年）。同年，国王又向牛津大学马达兰学院推荐一名天主教徒出任该院院长，院士们拒绝选举他。经过一段长久的争执后，詹姆士二世建议一位较不受反对的候选人，牛津出身的国教会主教派克出任该职。选举权在手的院士们又拒绝他出任。他们被国王下令去职，派克主教以强力就职。
詹姆士二世对天主教徒的顾问倚畀愈深，怨怼之情愈告滋长。他对彼得神父极其宠信，因此不断请求教皇将他擢升为主教，甚至大主教。英诺森拒绝其请。1687年7月，詹姆士二世任命能干却鲁莽的天主教耶稣会员派特为枢密院一员。许多英国的天主教徒谴责此举明显是愚蠢的措施，但詹姆士二世急欲将此问题获致结论。因此，已有6名天主教徒在枢密院中了，国王对他们宠信有加，亦使他们大权在握。1688年，4名天主教主教奉命掌理英国的天主教教会，詹姆士二世也为他们每人提供每年1000镑的津贴。事实上现在天主教与国教会已居于同样的地位，同为国家支持的教会。
1688年4月25日，詹姆士二世重新颁布已有一年的《宽容宣言》，又加上一条，以重申他保障所有英国人民“永久的良心自由”的决心。此后，升迁与派职皆视功勋而定，而非宗教信仰。他预料宗教敌视的减少将为英国贸易打开新市场，也将为国家增加财富。他要求其臣民抛开一切怨恨，不以宗教信仰来选举下届国会。为了确保增加后的新的宣言能够广为流传，枢密院训令各地主教与其神职人员安排该宣言于5月20至27日，在英国的每个教区的教堂中宣读。过去有许多先例，使用神职人员向人民宣布政令，但尚无一项谕旨使教会如此不快。5月18日，7名国教会主教向国王提出一份陈情书，说明他们的良知无法允准他们向其下属神职人员推荐，他们不愿向信徒宣读这个宣言，因为该宣言违背国会的敕令。国会敕令称国会的立法只有在国会同意之下，方得中止。詹姆士二世回答说，他们自己的神学者已经不断违抗了须向其教会领袖国王服从的要求，而且在《宽容宣言》中没有与他们的良知抵触之处。他允诺考虑其陈情书，但他们若是翌日未获其答复，他们也须听命行事。
翌晨，该陈情书有数千份抄本在伦敦街头发售。这时，王室方面尚在考虑此事。詹姆士二世认为它已与所有议定书相违。他将此陈情书提交12名法官组成的皇家法庭，他们建议国王在其法定权力范围内行事，他将此陈情书搁置不复。5月20日，伦敦4所教堂宣读这一陈情书，其余96所教堂则未曾置词。国王认为其权威受到冒犯，他命令这7名主教到枢密院。他们来到时，国王告诉他们说，他们将以刊登煽动性的毁谤文字的罪名提交审判。然而，起诉期间若欲暂免下狱，他愿接受他们的书面保证，随传随到。而这7名主教说，身为国家的贵族，他们除了口头表明外，无须提出任何书面保证。枢密院判他们下狱伦敦塔。他们的船驶经泰晤士河时，民众夹岸为其欢呼喝彩。
6月29至30日，这7名主教在王座法庭（Court of King’s Bench）——4名法官，1个陪审团——受审。经过两天的激烈辩论，陪审团在挤满了上万名激动的伦敦居民的大厅中，判决他们无罪。英国的新教徒大为欢喜。街头上闪耀着焰火，群众簇拥着教皇、大主教和耶稣会员的蜡像游行，并在狂欢中将这些蜡像焚烧。从表面上看这一判决显示了天主教信仰不应予以容忍；但实质上它显示了国会的立法权已经不受国王左右。因此英国，即使在理论上不是，在事实上已是一个立宪君主国，而非绝对王权国家。
詹姆士二世在反思其失败中，也因王后比原定日期早了一个月，于6月10日为他生下一个婴儿而略获安慰。他要把这个珍贵的儿子养育成一名忠心耿耿的虔诚的天主教徒。日复一日，父子俩将应对每次的反对和挫折，向神圣的目标逐渐迈进。神圣的目标即是与旧教会和谐，英国和睦太平。欧洲也后悔其变节改宗，而再度结合在一个神圣、普遍的信仰真理下，与其旧的王权至上并存。
