沙夫兹伯里的决定却相反。科尔曼在受审时承认，詹姆士知情也赞同他跟谢兹通讯。沙夫兹伯里觉得詹姆士一旦登基，将实现“天主教的阴谋”的第一阶段，他极力怂恿查理和未能生育的王后离异，娶一个新教徒，她可能会为他生个新教徒儿子。查理拒绝让王后凯瑟琳重蹈前王后、另一个阿拉贡的凯瑟琳的覆辙。沙夫兹伯里又转向支持英王的私生子蒙茅斯公爵，他无法宽恕其父因未娶其母，使他无权继承王位。沙夫兹伯里散播一个看法，说查理曾正式娶了露西·沃尔特，而公爵是王位的合法继承人。查理宣称，他除了凯瑟琳之外，绝未娶过他人，以为驳斥。发现沙夫兹伯里无法修好，英王把他驱出枢密院（1679年10月13日）。
在这一连串危机中，查理几乎改变了他的个性。他放弃了生活上的乐趣和闲适，也抛开了他的安逸，全神贯注到行政和政治中，而且在对抗敌人时战略退却，直到他们过分骄纵而失败。在他最后的5年，他显得如此坚决和能干，甚至他的朋友都惊讶。他逐渐恢复信心后，又召开了他的第四个国会。
国会于1680年10月21日集会。11月，第二份排斥法案在平民院通过，并呈交贵族院。哈利法克斯在此以前一直支持辉格党，现在转向国王那一边，开始赢得“骑墙派”的头衔。他憎恶詹姆士，也不相信天主教信仰，但他赞同查理所谓世袭君主的原则应予维持，而且他担心沙夫兹伯里将领导英国进行另一场内战。在一次冗长的辩论中，他打动了贵族院，把这个法案否决了。平民院以拒绝拨经费给英王为报复，而且禁止任何商人或金融家把钱借给他。国会弹劾哈利法克斯、斯克罗格斯和斯塔福德子爵，后者是被关在伦敦塔中的5名天主教贵族之一。斯塔福德由于奥茨的证词而遭斩首（12月7日）。国王又一次解散国会（1681年1月18日）。
由于他极需经费，宁可牺牲其弟，查理决定再度向路易十四屈膝，以供政府开支。他同意袖手旁观，坐观法国的侵略政策，为了70万镑——足以使他没有国会的辅助也可独立3年。由此给予他力量召集了第五任国会。为使国会失去伦敦的僧侣和民团的支持，他命令国会在牛津集会。双方皆武装而来——查理率领许多卫士，辉格党领袖的随从皆携剑带枪，扬舞着“不要天主教，也不要奴役”的大旗。平民院立刻通过第三次排斥法案。在这个措施抵达贵族院之前，查理解散国会（1681年3月28日）。
许多人现在预料沙夫兹伯里会再次发动内战。同时舆论记起1642至1660年的历史，转为反对他而支持英王。国教会热心地辩论天主教徒的詹姆士有无继承王位权。沙夫兹伯里试图重组被解散了的平民院开一次革命会议时，查理下令逮捕他，陪审团宣告沙夫兹伯里无罪（11月24日）。他现在虽然病得几乎不能走路，还是加入蒙茅斯公爵的公开革命。英王把他们两人一齐下狱。沙夫兹伯里由伦敦塔中逃出，流亡到荷兰，精疲力竭，卒于当地（1683年1月21日），但他的友人洛克继续为他在政治上未能达成的目的在哲学理论上奋斗。
查理赦免蒙茅斯，但是他却饶不了对沙夫兹伯里宣告无罪的伦敦陪审团。这时他变得极端，他决定破坏城市的自治，因为在城市自治中，辉格党情绪上涨——甚至革命。查理下令检讨类似此等对皇家意旨熟视无睹的市特许状。由于它们被发现有法律漏洞被宣布为无效，随之颁布了新的特许状，规定所有市自治的选任官员，今后其任免可否应由英王决定（1683年）。言论和新闻自由现在受到新的限制。对反国教徒（不是天主教徒）的迫害又开始，因为他们大部分是辉格党。在苏格兰，詹姆士亲自领导镇压。王室特权超过国会权利的胜利似已完成，而且大动乱的成就显然也因全国恐惧再次发生内战，转而支持保皇派的反动而被牺牲了。哈利法克斯抛弃沙夫兹伯里，转而为英王效忠，担任掌玺大臣（1682—1685年）时，即反映了全国的这种感情。
沙夫兹伯里的追随者做最后的挣扎。1683年1月，蒙茅斯公爵、埃塞克斯伯爵、卡莱尔伯爵、罗素勋爵和西德尼，在汉普登的家中密议设计要陷害詹姆士，而且若有需要，连查理也暗杀掉。西德尼希望行动进一步到建立英国共和。他是骑士党主席菲利普·西德尼爵士的侄孙。在内战时，他站在国会这边作战，在马斯顿沼泽（Marston Moor）负伤。他被任命为审问查理一世的委员会委员，但他拒绝出任，并说，这个委员会未获人民授权去审讯国王。他在欧洲大陆时发现国内已经复辟，就留在欧陆，致力于研究及阴谋反对查理二世。第二次荷兰战争时，他力劝荷兰入侵英国，而且他说，若是法国政府供给他10万克朗，他愿为法国政府效劳，在英国境内发起一次叛乱。查理允许他回到英国（1677年）参加他父亲的葬礼，他留在英国，加入了在野党。在《论政府》（Discourses concerning Government，写于1681年，但1688出版）中，他提倡准共和的原则，早在洛克之前，攻击菲尔默为君权神授说辩护，而且坚决主张人民有权评断和罢黜他们的统治者。显然，他和罗素两人都接受法国政府的金钱，法国乐于让查理二世因内部麻烦手忙脚乱，无暇他顾。
这“六人委员会”决定扣押英王。他们获悉他3月要出席纽马基特（Newmarket）的赛马会，他回伦敦时，马车将通过伦敦市北边霍兹登（Hoddesdon）的麦垅厦（Rye House），另一辆干草车会把那里的路堵上。英王，或许再加上他的弟弟，将被擒，不论生死。但3月22日，赛马场内发生了一场大火，赛马比原定日程提早一周结束，查理在阴谋者未能提早发动之前已安全通过，返抵伦敦。6月12日，他们其中之一，因害怕真相暴露，希望获赦，竟把此阴谋向政府告发。卡莱尔被逮，认罪而获赦。蒙茅斯力辩无罪，虽然查理知道他儿子扯谎，却取消了逮捕的命令。罗素受审，定罪，被处死（1683年7月21日）。埃塞克斯在狱中自杀。查理说：“他无须对皇恩赦罪绝望，因为我欠他一命！”埃塞克斯的父亲曾为查理一世而死。有些较不显要的参与“麦垅厦谋反事件”的人都被吊死。西德尼在证据不足下被定有罪，他为自己极力辩护，而勇于就死有如罗马人（12月7日）。他的座右铭是“这只手是暴君的敌人”，但那是有双重意义的。他在断头台上发出名句：“上帝让各民族凭各自所好自由地建立各自的政府。”他临刑前拒绝任何宗教仪式，说他已和上帝平和相处了。
查理固然胜了，却也油尽灯枯。英国在他当政时曾经济繁荣，现在则政治安宁。詹姆士再度获胜，成为海军大臣，并积极对付其仇敌。1685年1月，詹姆士与奥茨在一场民事案中对簿公堂，获胜，获偿10万镑。奥茨付不出这笔巨款，被拘狱中。查理哀伤地说：“当我逝世，我将仔细地把我的王国和平地交给他，希望他能保其长久。我不晓得我弟弟会怎么做，可是我十分担心，他即位后，他将被迫再次流亡在外。这是我害怕出现的，但看不出有多少希望和理由会好转。”詹姆士因他不带扈从驶过伦敦而向他进言忠告时，他劝其弟不用担心，“没有人会杀了我，好让你成为国王的”。
他那样说没错，但应该把庸医除外，庸医会误他。1685年2月2日，他惊风（痉挛），脸扭曲，嘴吐泡沫。金医生（Dr.King）刺破静脉放血，效果良好。侍从们找了18名其他医生来诊断、开方。一连5天的折磨，他们把他的静脉开了洞，把放血杯放在他肩头上，把他头发理光，好让头皮上的脓疱长出来，还在他脚底板上涂上沥青和鸽粪。一位医药史家说，为了从他脑子里除去幻想，他们往他鼻孔里吹蒜藜芦，让他打喷嚏；为了让他呕吐，他们把锑和硫酸锌灌进他嘴里；为了洗他的肠，他们给他喂下强烈的泻药，并多次洗肠。
垂死的国王要召见他那位长年辛苦的王后，竟未察觉她早已跪在他的床脚，摩擦他的脚。2月4日，有些主教建议他施国教会的最后仪式，他请他们停止。他弟弟问他是否要一名天主教神父时，他答说：“是，是，我至为需要。”赫德尔斯顿神父受召而来，他曾在伍斯特战役救了查理一命，而查理在“天主教阴谋的恐怖时期”中也救过他一命。查理坦承有罗马天主教信仰，忏悔罪，饶恕其敌人，请求全数赦免，并接受最后涂油式和最后圣礼。他尤其要求太太恕他之罪，但也要求他弟弟好好照顾路易丝和他的儿女，“别让可怜的内尔挨饿”。他向围在病榻旁的人致歉说，他难过的是选了这个不适当的时候去世。
2月6日中午，约克公爵即位为王。
