查理二世是否有任何宗教信仰？他的一生显示出我们在当时许多法国人身上可以发现的相同态度——生时有如无神论者，死时却似天主教徒。似乎是为了从天人两界中获得最佳利益，也是帕斯卡“赌注”说的最大改进。“他的宗教意识很少，”伯内特主教说，“因此他也不似伪君子般矫揉造作。在祈祷和圣事中，任何人都能从他粗心大意的无所谓的态度中看出他是多么不注意这些事情。”一位传教士在一次聚会中告诉一位瞌睡的贵族说：“爵爷！你的鼾声太响了，会吵醒了国王。”与查理二世非常熟悉的圣埃夫勒蒙（Saint Evremond）形容他是一位自然神论者——承认有一最高主宰，多少是非人性的，而且把宗教信条解释得有如得人欢心的诗篇一般。白金汉伯爵和哈利法克斯侯爵也同意圣埃夫勒蒙的看法。伯内特说：“有一回他告诉我，他不是一个无神论者，不过他也无法相信上帝会令一个人悲惨，因为这么做实在没有多大意思。”查理喜欢与唯物论者霍布斯为友，同时保护他，使他不因其信持异端邪说而遭神学家之害。伏尔泰认为查理二世“极端不重视一切通常使人群分裂对立的宗教争端，对保持其国政和平宁静，贡献匪浅”。
或许他是一个倾向天主教信仰的怀疑论者。也就是说，虽然怀疑天主教的神学理论，却因为它多彩多姿的仪式、与艺术的结合、对肉欲的宽宏及支持君主制度种种原因，而偏好天主教。他可能忘记天主教联盟和若干耶稣会神父曾认可杀害其父王查理一世。他记得英国的天主教徒曾为其父王效命疆场：为查理一世捐躯的贵族，有1/3是天主教徒；爱尔兰天主教教徒曾经对斯图亚特家族坚决效忠；也有一个天主教国家在他长期亡命国外时支持他。他这种普遍同情的精神，使他倾向于希望能缓和英国的反天主教的法律。这些法律依哈兰姆（Hallam）的判断，“非常严厉，甚至有时是血淋淋的”。他不曾和英国的新教徒一样记住“火药阴谋”（Gunpowder Plot，1605年），也不曾因害怕而向宗教裁判所和罗马屈服。他对他弟弟——若无更亲近的继承人，他弟弟就是王位的继承人——公开皈依天主教信仰未曾反对。我们从他临终时改变宗教信仰这件事来看，若有政治实效，他也可能立刻会宣誓信仰天主教。
因此，身为一名和蔼可亲的政客，他接受并支持英国国教会。国教会曾经效忠他的父王，查理一世也因国教会反对而死。国教会曾受克伦威尔的迫害，但也曾致力于复辟大业。查理二世认为某些宗教接受国家的管束和补助、担任教育与社会秩序的代理机构，是理所当然的事。他在宪法上受制于清教徒思想，而且它们在政府中也有相当力量，因表现太严苛而失民心。他无法忘怀，长老会曾囚禁其父王，清教徒则把他父亲送上断头台，而他本人也被迫接受他们的信仰，而且要为其父母亲的罪恶道歉。他签署了会议国会恢复英国国教会在共和政府下被解散的教区制。不仅如此，他也曾保证“给予温和的信仰自由”，而且没有人将因为和平的宗教信仰歧视而“不安”。1660年10月，他提议普遍宽容一切基督教，甚至减轻反天主教的法律。但长老会和清教徒惧怕这种弛禁，便与国教会携手反对这项计划，为了与长老会和国教会修好，他建议一项妥协的祈祷文和一种有限制的主教制度，主教将受选任的长老会祭司的协助与忠告。国会否决了这个构想。由12位主教和12位长老会圣职人员组成的萨伏依会议（Savoy Conference）于1661年向英王报告，“他们无法获得一致协议”。
这是白费时间的努力，因为新国会绝大多数是国教徒。它重启旧创，在苏格兰与爱尔兰重建主教制度。它恢复宗教法庭以惩戒“亵渎神祇”及不付什一税给英国国教会的人。它强迫英国人接受《英国国教会共同祈祷书》（The Anglican Book of Common Prayer）。根据1661年11月20日的《自治法案》（Corporation Act），把凡在选举前未曾依照国教会仪式领受圣餐者，一律摒弃于公职之外。根据《信仰律》（Act of Uniformity，1662年5月19日），要求全体牧师和教士宣誓不反抗英王，而且宣称完全接受《共同祈祷书》。拒绝这些条件的牧师们将于8月24日去职。约1200人拒绝，因而去职。这些人，再加上800名被复职的国教徒取代的牧师，联手许多聚会，即日益扩大的“反国教会者”共同努力，终于在1689年迫使国会通过了《宽容法案》（Act of Toleration，1689年）。
查理二世试图修正《信仰律》，要求国会允许他赦免那些只是因为拒绝穿圣衣或是在浸礼时用十字架而失去圣职的传教士。贵族院同意，平民院拒绝。他为了缓和这个打击，延宕3个月才实施这个法案，但这也受到挫折。1662年12月26日，他发布一项公告宣称，凡因为其良知阻止他发表该法要求的誓言，因而遭受惩罚的善良百姓，他有意赦免他们。但国会不通过，并驳回这个议案，不认为英王有默认权利可以“豁免”人民对法律的服从。查理于1662年8月22日释放狱中的教友派信徒，在他颁给罗德岛和卡罗莱纳的特许状中批准宗教宽容，在他给予牙买加及弗吉尼亚总督的训令中也同意宗教宽容，这些都表现出他的感情。
国会认为这种宗教宽容绝不容许在英国出现。为了结束教友派的“非法聚会”，它规定说，凡除屋主家属之外有5人以上的聚会概属非法。1662年，又规定：任何人参加这种聚会，初犯者罚款5镑或囚禁3个月，再犯则罚款10镑或囚禁6个月，第三度犯禁就流放到殖民地。被告若付不出前往殖民地的交通费，应接受5年期契约的苦役。被流放的犯人若在刑期未满前逃亡或潜返英国，将处以死刑。1664年，这些措施扩及于长老会与独立派。1665年的《五英里法案》（Five Mile Act）禁止不肯宣誓效忠英王的牧师们居住在任何市周围五英里之内的城镇，或在任何公私学校内任教。这些法律后来被称为《克拉伦登法典》（Clarendon Code），因为它们是由查理的首席大臣克拉伦登不顾英王表达的意旨而一意孤行予以执行的。查理接受这些严酷的立法，因为他要向国会要求钱财支援，但他从未原谅克拉伦登，而且对那些在复职后立刻就表现出严酷报复而殊少仁慈心肠的主教们大大失去敬意。查理的结论是：长老会信仰不是绅士的信仰，而国教会信仰也不是基督徒的信仰。
英国国教会认识到它要依靠国王，因此比过去更坚决主张国王的神圣权利，并认为反抗当前存在的皇家政府是道德罪恶。1680年，菲尔默（Robert Filmer）爵士的《君主决断权力论》（The Natural Power of Kings Asserted），在他死后27年出版，成为这个学说的标准辩护书。英国国教会的首要领导牧师在《牛津判决与宣告》（Judgement and Decree of Oxford，1683年）中宣称，主张“权力源自人民，如果合法的统治者成为暴君，他们就丧失统治的权力。国王只有与其他两个阶级——贵族与平民协调合作的权利”的说法，是“虚伪、煽动、亵渎甚至是异端邪说，大不敬”（因此是大逆不道的死罪）。又说：“唯命是从是英国国教会的标记与特点。”两年后，詹姆士二世想使英国成为天主教国家时，这个说法成为一种极不舒服的学说了。
复职的英国国教会牧师们虽然不宽容异教，却有许多可敬的品质。他们允许自己的信徒有一种广泛的神学意见的自由，从高教会派（High Churchmen）的接近天主教祈祷文和理论到广教会派（Broad Churchmen）的主张同情一种自由神学。强调道德而非基督教信仰中的理论成分，不主张宗教迫害，而且力谋使清教徒、长老会和国教会修好，均受宽容。查理支持这些“有见解的人”，而且欣赏他们比较简洁的训诫。这些自由派神学家中最伟大的当推蒂洛森（John Tillotson），查理二世委派他做私人牧师，威廉三世于1691年封他做坎特伯雷大主教。蒂洛森是一个“头脑清晰、脾气柔和的人”，他反对罗马天主教义、无神论及以同样的热心进行迫害的行为，而且敢于把基督教精神置于理性之上。他说：“一个人犯了错，我们只要听到他宣称反对理性，就不需要再听其他证明了，而且如此就可知道理性也是反对他的。”低级的国教会教区牧师现在变成地方贵族，甚至是乡绅的圣职仆人，甚至还跌到几乎庸俗的地位。可是在都市里的国教会牧师和圣禄较丰的国教会牧师，由于饱读经书，具有写作能力，获得重要地位，后来还产生一些欧洲最好的史籍。一般而言，英国国教会比反国教会各派更具有理论上的温和精神，反国教会各派方面，由于屡遭迫害反倒加强了其专断性。
清教徒现在不仅遭受政治迫害，也受到社会上的侮慢。那些在清教徒政府时代因为道德比较松弛而颇为不便的人，现在反过来嘲弄清教徒。他们勇敢地忍受时代风尚的转变。有些人移民到美洲，许多人迫不得已立下誓言。这个时代最好的人物是巴克斯特（Richard Baxter），他是一个理智的人，他愿意接受任何不会伤害到他狂热神学的折中方案。虽然他一生信服清教徒的意识形态，谴责把查理一世处死的做法，但也反对克伦威尔的专断统治而赞同王政复辟。1662年后，他被禁止传道，而且屡次因违反禁令被捕。他是清教徒中最开明的一个人，但仍为马萨诸塞的“塞勒姆火焚巫妇”而鼓掌，而且认为他的上帝这么做也使火神莫洛克（Moloch）看来可敬。谁是被救者？巴克斯特说：“他们是一小部分迷失的人，上帝从永世里注定要他们得救。”他写道：“被咒罚的痛苦必是极端可怕的，因为它们是上帝报复的结果。天怒可畏，复仇却难消。”他严禁性交，除非是为了与合法配偶有子嗣。如果这种清规需要清心寡欲的自制，他推荐冷水浴和素食，以减轻色欲之念。我们看到他以70高龄（1685年）站在残酷的杰弗里斯（Jeffreys）法官面前，因为对国教会的虚伪略有微辞而遭受审判时，我们几乎可以原谅他的神学了。他被剥夺所有为自己辩护或解释的机会，被判处罚款500马克或下狱直到这笔罚款付清为止。18个月后，他获释，但健康情形再也不能恢复。
教友派不断因为拒绝立誓或逃避国教会礼拜或召开非法集会等罪名被捕下狱或被没收财产。1662年，英国监狱中有4200多名教友派信徒。“若干教友派信徒被成群地下狱，以致牢房里人满为患、无处可坐……他们既无稻草可供躺卧，也无食物可吃。”他们的忍耐和坚毅，最后赢得了这场战争。迫害在事实上而非法律上消失了。1672年，查理二世开释1200多名教友派信徒。1682年，他弟弟詹姆士（约克公爵）赐予苏格兰籍教友派巴克利、富有的教友佩恩和其他人，一份在美洲东泽西（East Jersey）传道的特许状。
佩恩是替英国占领牙买加的海军大将威廉·佩恩的儿子。他12岁时经历了各种阶段的宗教骚动。这时他“突然惊讶地发现有一种内心的舒坦……及外界的光荣：从此，他一再诉说他得到了神圣不朽之玺”，深信“上帝的存在，而且人类的灵魂也能够享有与上帝交感的能力”。1661年，他在牛津大学因拒绝参加国教会礼拜被罚款、开除。回到他父亲身边后，他因坦承具有教友派思想而遭受鞭挞，并被驱出家门。气愤难平的父亲把他送到法国学习“巴黎风仪”，或许他在当地学来一些谦恭的行为。1666年，他与罪恶妥协，在爱尔兰从军。但一年后，他在考克参加一个教友派聚会。内战爆发，他因开除一名惹是生非的士兵被逮捕。他在狱中致明斯特市市长一封请愿书，盼能允准信仰自由。回到英国后，他自绝一切后路，义无反顾地成为一名教友派宣教师，因而再次被捕。1669年，他的审案在英国法律史上写下一页。陪审团宣告他无罪。法官把陪审团以抗命之名罚款、下狱。陪审团员向平民上诉法庭诉愿，该法庭一致宣称他们被非法逮捕，侵犯了英格兰陪审团的权利。然而，佩恩因拒绝在法庭上脱帽之名下狱。他及时被释以出席其父亲的葬礼（1670年），他父亲遗留给他每年1600镑的财产以及查理二世欠他父亲的1.6万镑债务。由于传教，他再次下狱。在狱中，他写了最精辟的宽容的辩词《良心自由的大业》（The Great Case of Liberty of Conscience，1671年）。在一段自由的时间中，他娶了一个富家女，并买下今天被称为新泽西州的西半部的一片财产。1677年，他为这块殖民地写了一部保证宗教宽容、陪审团主审、民选政府的宪法。但控制权由他手中交出，这部宪法的条款皆未实施。
1677年，佩恩、福克斯、巴克利和吉斯渡过海峡赴欧洲大陆宣传教友派思想。有些来自科奇海姆（Kirchheim）因佩恩而改信教友派的人，在宾夕法尼亚建立德国城（Germantown），他们是第一批宣称基督徒拥有奴隶是不对的人。佩恩回到英国，他领导教友派不要加入对“天主教阴谋”的天主教徒的迫害。他的《对新教各派教徒的讲话》（Address to Protestants of All Persuasions，1679年），是主张宗教完全宽容的最有力的书之一——1681年英王接受他的议案，即他放弃对英王的债权要求，以交换赐予我们今天名为宾夕法尼亚州的地方。他建议以西法尼亚市（Sylvania）命名这块广袤而高耸的树林区域。查理二世再冠以佩恩之名，以纪念他父亲。虽然最后臣属于英王，这个新殖民地的政府却是民主的，与印第安人的关系友好、公平，而且掌握全部大权的教友派移民，也听任宗教自由。佩恩在当地工作两年。1684年，他得知英格兰发生了新的暴力事件压迫其教派，因而回到伦敦。一年后，他的朋友约克公爵即位成为詹姆士二世，佩恩成为政府的势力人物。
在这个不宽容的时代里，教友派顽强反抗迫害是造成宗教宽容最强大的力量。一位反国教会者估计，1660至1688年，有6万人因宗教上不肯服从国教被逮捕，其中5000名死在牢中。国会的不宽容比宫廷和舞台的不道德更糟。一名著史而且在历史上有重要地位的人说：“在这残忍的时代，英王几乎是唯一新思想和慈悲的声音……他的整个政权，不断地为宽容而努力。”1669年，3人因未参加国教会仪式而依一项古老的伊丽莎白时代法律，被判处向王室付大笔罚款时，查理宽宥了这笔罚金，并宣布他今后将不再实施这项法令，“他判断，人不应仅因信仰的缘故受刑”。
如果不是怀疑他想增强英国天主教的力量，会有更多的英国人赞同他。英格兰依然对天主教支配、西班牙式宗教裁判所和牧师统治深怀恐惧，因此长老会和清教徒宁可使自己的信仰非法，也不愿允许天主教信仰在英国出现。英国天主教这时候约占全人口的5%。就政治而言他们固然无权，但王后是一名天主教徒，而且国王的弟弟也毫无意思要取消其变教（1668年）。此时英国境内有266名耶稣会神父，其中一名就是查理的私生子，他们正开始有信心地出现在公开场合，而不顾最严苛的法律。天主教学校被设立在私宅中。英国忧心忡忡。每年一度，新教徒庆祝一项反天主教的游行，而且把教皇和红衣主教们的肖像抬到史密斯菲尔德，高高兴兴地火焚。他们尚未忘掉福克斯的往事，天主教徒却抱着希望等候着。现在，随时都可能有天主教徒成为英王。
