把查理一世解交给英格兰国会的苏格兰人，对他受刑被斩大为震惊，突然想到，查理一世的父亲也是苏格兰人。他们认为把长老会教徒从长期国会中整肃出来，已经违背了《苏格兰信奉规约》（Solemn League and Covenant）。根据其规定，国会曾誓言维护苏格兰及其长老会信仰。他们担心获胜的清教徒会强迫苏格兰人也和英格兰人一样，接受他们那套新教信仰。1649年2月5日，距查理一世被处死尚不及7天，苏格兰国会宣布，当时还在尼德兰的查理二世为大不列颠、法兰西及爱尔兰的合法君王。
他们在允许查理二世进入苏格兰以前，就要求他先签署《国家规约》（National Covenant）和《苏格兰信奉规约》，而且宣誓在其一切领土和采邑内，都要维持或树立长老会派的新教信仰。查理二世早已是一个天主教信仰和怀疑主义皆有的人物，他对长老会派的教义素无了解，对王位却十分热衷。1650年5月1日，他在布雷达（Breda），心不甘情不愿地签字，接受一切要求。当时苏格兰最显赫的蒙特罗斯（Montrose），从奥克尼（Orkneys）率领一小支军队进入苏格兰，希望能为查理二世组织一支不受盟约派（the Covenanters）节制的军队。但他兵败被俘，于1650年5月21日被处以绞刑。6月23日，查理二世登陆苏格兰，急欲领军对付把他父亲斩首的清教徒共和政体。苏格兰人在为他效命作战之前，说服他发布一项宣言。他声称“为了他父亲违背了《信奉规约》，及他母亲曾犯偶像崇拜（信奉天主教）之罪，他愿意在主之前，深深地卑躬认错”。苏格兰牧师为了救赎查理一世和查理二世父子的罪孽，规定军民进行庄重严肃的斋戒，同时向军队保证，现在幼主既已向上帝悔过，修正其信仰，则军队必成披坚执锐的常胜之师。由于大臣们的坚持，凡是把对国王的忠诚置于对《规约》及对苏格兰长老教会忠诚之上的军官，均自军中罢黜。因此，有80名最精干的将佐被解职。
克伦威尔向英格兰国会建议，毋待苏格兰人来攻，即由他挥兵进击苏格兰。拒绝参加审判查理一世的费尔法克斯，现在辞去其共和政体部队最高统帅之职。克伦威尔奉命接替他的职位。他以素来具有的决心和速度，把部队动员起来，身先士卒，率领1.6万名军队，进入苏格兰（1650年7月22日）。8月3日，他写了一封措辞强硬的信函，给苏格兰长老教会大会委员会。他说：“你们所说的，是否就绝无谬误地合于《圣经》呢？我谨以基督的仁慈恳请各位想想，你们或许真的错了。”9月3日，他在邓巴与苏格兰主力大军相遇，大胜，俘获1万人；随即又攻爱丁堡和利斯。苏格兰牧师颜面大失，也再未受到绝对的信任；被罢黜的军官立即再受起用。查理二世在斯昆正式加冕。克伦威尔在爱丁堡染病静养，但战事仍进行了数月。
后来，查理二世亲率重新整顿的苏格兰大军开入英格兰，希望全体保皇派和长老会派投到法统和真理的大旗下。克伦威尔在背后追击他们，并在大军经过英格兰城镇时，即纠集地方民团。1651年9月3日，两军在伍斯特爆发大战，共和政体大胜，查理二世再度出奔国外。克伦威尔的劣势兵力以优越的战略和高超的勇气，击败了苏格兰的3万大军。查理二世固然骁勇，却非将才。他努力重整溃兵，但苏格兰军凛于克伦威尔常胜不败的盛名而战栗难战。许多人丢盔弃甲，潜逃而去。查理二世乞求军官们把他杀了，他们不从。少数最忠实的亲随，领着他暂时匿居在一名保皇派分子家里。他把头发剪得奇短，手、脸涂黑，换上工人服装，开始一段长途跋涉，一路上或以马代步，或步行，不时地由一地向另一地逃亡，睡的是阁楼、谷仓和树林。有一回他躲在勃斯科贝尔（Boscobel）的一棵“皇橡树”（Royal Oak）上，而共和军就在树下搜寻他。他和亲随们多次被认出来，却未被出卖。经过40天的逃亡，终于在萨离克斯的肖雷汉姆找到一艘船。船长同意冒生命之险，把他们送到法国（10月15日）。
克伦威尔授命蒙克将军继续敉平苏格兰乱事。1652年2月，乱事终告平定。苏格兰向英格兰臣服，其独立的国会被解散，但苏格兰获准派30名代表前往参加伦敦的国会。苏格兰长老教会被罚以禁止公开集会和宽容一切和平的新教教派。经济上，苏格兰因为与英格兰的新贸易自由而大蒙其益。政治上，它却期待、祷告有朝一日，斯图亚特家族会复辟成功。
