爱尔兰境内对大动乱（Great Rebellion）的反应，促使境内的新教徒与天主教徒暂时结合起来。甚至在查理一世被处死前，爱尔兰副总督奥蒙德伯爵巴特勒（James Butler），即在基尔肯尼（Kilkenny）与天主教联盟签订一项条约（1649年1月17日）。条约规定，天主教联盟同意为他装备1.5万名步兵和500匹马，以酬报宗教自由和爱尔兰国会独立自主。奥蒙德立即致函被拥立为查理二世的威尔士亲王，邀请他到爱尔兰，领导一支新教徒和天主教徒的联军。查理二世决定奔赴苏格兰，克伦威尔却决定先处理爱尔兰的威胁。
他8月登陆都柏林时，奥蒙德已在莱斯米被效忠于共和政体的部队击溃，偕其残部2300人退往博因，坚守德罗伊达城。克伦威尔领军1万人围困该城，于1649年9月10日强力攻克该城，并下令屠尽全城幸存的守兵。有些平民也一起遭害；城里的牧师也被乱刀砍死；全部约有2300人死于这次胜利的大屠杀中。克伦威尔向上帝誓言：“我希望以全心全意的挚诚，将这一光荣献予主，献予确可承受荣耀的主。”他希望“由主的仁慈，这次剧痛将可免除来日更多的血腥迸流”。我们或许可以相信他的诚挚念头是：他要以类似的一件恐怖行为，迅速地敉平乱事，拯救双方的许多生灵。
但战争进行了3年之久。克伦威尔由德罗伊达转进，包围了韦克斯福德。韦克斯福德旋即陷落，1.5万名守军及平民遇害。屠杀政策并未奏效。邓肯南和沃特福德两城击败了克伦威尔的围困。基尔肯尼城有条件地投降了，其他各地过去则绝无条件可言。克朗梅尔城固然攻陷了，却也折兵损将2000人。克伦威尔获悉查理二世已抵达苏格兰，立即把爱尔兰战争留交给女婿艾理顿（Henry Ireton），自己则兼程赶回英格兰（1650年5月24日）。
艾理顿是一位能干的将校，1651年11月26日死于疫病。屠杀政策被废弃，叛党获得宽恕，而且根据《基尔肯尼条款》（Articles of Kilkenny，1652年5月12日），几乎全部叛党在获准不受阻碍的移居国外的条件下，向克伦威尔投降。又据8月12日的《爱尔兰土地解决案》（Act for the Settling of Ireland），凡是未能证实确曾效忠于共和国的爱尔兰人，不论其信仰为何，其财产全部或部分充公。因此，爱尔兰约有250万英亩土地，落入曾在爱尔兰境内支持克伦威尔的英格兰和爱尔兰士兵或平民之手，爱尔兰2/3的土地沦于英国人之手。基尔代尔、都柏林、卡洛、威克洛、韦克斯福德等郡，皆被纳入新的英国统治下；而且企图把爱尔兰业主全部驱出这些地方，其后又把爱尔兰人全部逐出这些地方。爱尔兰成千家庭因此被迫流离失所，直到1655年3月1日，方在他处卜居。成百家庭则被控游荡之罪而被发配往巴巴多斯或其他地方。
佩蒂爵士（Sir William Petty）估计，1641年爱尔兰人口总数为146.6万人，至1652年，其中61.6万人因战争、饥馑和瘟疫而死亡。一位英国官员说，在有些郡，“一个人可能走了二三十英里路，还见不到一个活生生的动物，无论是人、兽或鸟都见不到”。还有一个人说：“太阳从未照射过这么一个悲惨的国度。”天主教信仰被列为非法；全体天主教教士奉命在20天内离开爱尔兰；匿藏一名教士可处以死刑；星期日若未出席新教礼拜仪式，依律将受严厉处分；执法者有权把天主教徒生下的儿子送往英格兰，接受新教信仰的教育。法国的新教徒于1680至1690年，身受天主教徒横加于身的人道待遇，爱尔兰的天主教徒早在1650至1660年，已自新教徒处备尝其中辛酸了。爱尔兰教会与人民已因一致遭受苦难折磨而结合在一起，所以天主教信仰成为爱尔兰爱国主义不可分割的一部分。这些悲惨的岁月永留在爱尔兰人的记忆中，成为不可磨灭的仇恨遗产。
