在征服知识的战争中，最重要的一仗便是生与死的对抗——那是一场个体永远输、集体永远赢的战役。在对抗疾病与痛苦方面也遭遇许多人为的阻挠：个人的不洁、公共的污秽、恶臭的监狱、身怀神奇药水的庸医、“科学”的神秘主义者、放疝者、融化结石者、拔牙者、业余验尿者，等等。新的疾病也和新疗法竞相出现。
麻风已绝迹，通过预防措施梅毒也得以减少。法罗皮奥曾发明（1564年）一种麻布护套防止梅毒的传染（这种护套很快被用作避孕工具，由理发师和鸨母出售）。但当时斑疹伤寒、肠热病、霍乱、白喉、败血病、流行性感冒、天花和痢疾在几个欧洲国家，尤其是德国出现。据可能有些夸张的数字，1563年至1564年，巴塞尔一地有4000人死于瘟疫；1564年，弗莱堡25%的居民死于瘟疫；1565年，罗斯托克（Rostock）死了9000人，法兰克福死了5000人；1566年，汉诺威（Hanover）死了4000人，布兰兹维死了6000人。惊恐的公民把某些瘟疫归因于有人故意下毒。西里西亚的弗兰肯斯坦（Frankenstein）地区有17人因为涉嫌“放毒”而被烧死。1604年，美因河上的法兰克福黑死病伤害力极大，以致竟没有足够活人来埋葬死者。这些报道显然有些夸张，但根据权威报道，1629年至1631年意大利屡遭黑死病侵袭期间，米兰地区就有8.6万人丧失生命，而且“威尼斯共和国死亡人数不下50万……1630年到1631年间单单意大利北部就有100万人死于瘟疫”。新生命的诞生仅能填补死亡的大量攫取。生育因为生命的无常而痛苦倍增。2/5的儿童活不到2岁。家庭是大家庭，人口却很少。
公共卫生日渐改善，医院也增多了。医学教育渐渐采取了一种更严格的方式——没有学位仍可行医。博洛尼亚、帕多瓦、巴塞尔、莱登、巴黎等地区都有著名的医学院，招收来自西欧各地的学生。圣克托留斯（Sanctorius）曾做了30年的实验，试图把生理过程简化成量的测定。他大部分工作都是坐在桌边大秤上完成。他记下自己在吸取、放出固体和液体时体重的变化，甚至秤自己的汗液。他发现人体每天由正常排汗而放出几磅的汗水，因此断定这是代谢的必要形式。他发明了诊断用的温度计（1612年）和帮助诊断的脉搏跳动计。
治疗已由蟾蜍进展到水蛭。某些知名的医生以干蟾蜍为药方，缝入袋中，挂在胸前，以捕吸身体四周的毒气。用水蛭或杯吸法放血的人必须饮用大量的水，依据的理论是新入的液体可以形成未受感染的新血。机械医学派由笛卡儿身体过程机械化的教条而来；化学医学派源自帕拉塞尔苏斯，由海尔蒙特加以发展，认为一切生理都是化学现象。水疗法很受欢迎，治疗的水得自英国巴斯、荷兰史巴（Spa）、法国布隆比利莱茵河和意大利的十余个地方。我们曾听说蒙田试验这些水。拔地麻根（约1580年）、锑（约1603年）、吐根（1625年）和奎宁（1632年）等新药被介绍到欧洲。1618年的伦敦药典曾列出1960种药品。蒙田曾谈起少数医生用来医治病人的特殊方法：
龟的左足、蜥蜴的尿、大象的粪、鼹鼠的肝、从白鸽右翅取下的血，等等，对我们有结石的人来说……老鼠身上掉下的粉末及其他蠢物，更暗示了魔术和符咒，而不是严肃的科学。
这些珍品特别昂贵，而17世纪的人抱怨的往往是药剂师的收费，而不是医生的账单。
牙医术还是理发师的事，而且当时的牙医术只包括拔牙。这种“理发师手术”包含了几位娴熟的从业者，如安布罗西·帕雷（AmbroiséParé）、弗朗索瓦·鲁塞特（Francois Rousset），及用塑胶重造耳朵、鼻子和嘴唇的专家塔格里亚格齐（Tagliacoi）。塔格里亚格齐被道德家指为干预上帝之手。“德国外科手术之父”威尔海姆·法布里（Wilhelm Fabry）首先建议切除患处以上的肢体。帕多瓦之乔万尼·科利（Giovanni Colle）写出了第一篇输血说明（1628年）。
每一时代的病人都抱怨医生的收费过高。喜剧家则嘲笑他的长袍、红鼻子和严肃的表情。如果我们信任喜剧家的讽刺的话，医生的社会地位并不高于教师。但我们若注意伦勃朗的《解剖课程》，我们就可以看出他们是受社会尊敬的，而且可以在一幅名画上占一席之地。当时最有名的哲学家像我们一样憧憬更美好的人类前程，认为这有赖于人类性格的改善，而医学是倡导这一革命最可能的途径。笛卡儿说：“即使心灵也大大取决于身体器官的脾气和性格，因此若想找出使人类变得更聪明、更能干的方法……我相信医学便是寻求的目标。”
