1635年以来，各国统治者和外交家们一直寻求和平的机会。1635年，教皇乌尔班八世建议成立一个会议，商讨停战条件，代表们在科隆集会，但没有结果。1641年，法国、西班牙、瑞典和神圣罗马帝国的代表们会于汉堡，替将于1642年在威斯特伐利亚召开的第二次会议起草了一个初步的协定：法国和神圣罗马帝国将在教皇和威尼斯的协调下在芒斯特进行谈判。而在距芒斯特30英里的奥斯纳布律（Osnabrück），法国和神圣罗马帝国将在丹麦的克里斯蒂安四世的斡旋下与西班牙进行谈判。采取这个预防性的分离措施，是由于瑞典的使者们不愿意在教皇使节的主持下开会，而教皇使节又拒绝和“异端邪说者”坐在一个房间。
安全通行权和条约草案等问题造成一再延迟。托尔斯滕松在布雷坦费尔德的胜利，促使神圣罗马皇帝应允他的代表将于1643年7月11日抵达。而后，法国准备与联合省联盟以对抗西班牙时，法国代表又稽延不进。威斯特伐利亚会议于1644年12月4日正式揭幕，与会代表135人，包括神学家和哲学家。即使这个时候，又花了6个月来决定代表们应该依照什么样的优先秩序进入会场和就座。法国大使说：如不给他“殿下”的名义，他将不参加谈判。西班牙大使抵达后，即规避法国大使，因为他们两人谁也不愿将优先权给予对方，结果他们由第三者居间传话。法国拒不承认菲利普四世为葡萄牙国王和加泰罗尼亚亲王的头衔，而西班牙则拒绝承认路易十四为那瓦尔国王。瑞典代表们争论和迁延时日，直到那位果决的年轻女王克里斯蒂娜断然命令他们停止自争，与敌议和。代表们争论不休，无数人则正在战火中死去。
得胜一方的代表们拖延不谈判，失败一方代表则希望赶紧谈判，法学家们则忙着制造困难或协调，一次又一次地系铃复解铃。法国的将军们在战场上正有重大进展，所以法国坚持所有的德国小邦都应派代表参加会议（虽然大部分小邦早已和神圣罗马皇帝议和），开会的时间暂停，一直等到所有的选帝侯、邦主、神圣罗马帝国境内各城市都派遣代表为止。为了削弱法国，西班牙于1648年1月7日和联合省单独签订和约。虽然后者才刚应允法国不单独签订和约，但荷兰人抵抗不住几笔一挥就能得到他们血战80年所希望得到的一切的诱惑。法国的报复是拒绝与西班牙议和，他们之间的战争一直继续到1659年《比利牛斯和约》签订。
如果不是巴伐利亚受到法国元帅蒂雷纳的蹂躏、瑞典对布拉格的攻击（1648年7月）及西班牙在兰斯的挫败（8月2日）促使神圣罗马皇帝签署和约，而法国境内投石党的暴乱迫使马扎然在和会上让步以便全力对内，则这次和会可能还会拖延而无结果。《威斯特伐利亚和约》终于在1648年10月24日，分别于芒斯特和奥斯纳布律两地签订。消息传至前线，流血战斗延续了9天，谦卑和快乐的赞美诗从千百座村庄和城镇中升起。
我们承认，这些谈判曾经面临比20世纪之前任何和平会议协调的更复杂的问题，它们在仇恨、骄傲和权势所能允许的情况下，用最聪明的方法解决了那些争论。这个重建欧洲的条款必须加以概述，因为它们浓缩了、也制造了很多历史：
一、瑞士和联合省的独立得到正式承认。
二、巴伐利亚得到上（南）巴拉丁挪地区及该地区的选帝权。
三、1/8选帝侯区的下（北）巴拉丁挪地区，交还给已故腓特烈的儿子查理·路易斯。
四、勃兰登堡获得东波美拉尼亚、民登主教区（Bishoprics of Minden）、哈柏城（Halberstadt）和卡明（Cammin），而且得到马德堡主教区的继承权。法国帮助日渐壮大的霍亨索伦（Hohenzollern）王朝得到这些好处，着眼于扶助另一个力量以对抗哈布斯堡王朝，法国当然没有想到勃兰登堡日后会变成普鲁士，将在腓特烈二世大帝（Frederick the Great）的领导之下向法国挑战，而且，将在俾斯麦的领导下打败她。
五、主要归功于其战胜的军队，部分也由于法国在会议中的支持，瑞典得到不来梅和沃登（Verden）两主教区，维斯马（Wismar）和斯特丁（Stettin）两城市及奥得河口的地区。因为这些是神圣罗马帝国的领地，所以瑞典现在在神圣罗马帝国国会中获得一个席位，又由于她已领有利沃尼亚、爱沙尼亚、英格里亚、卡雷里亚（Karelia）和芬兰诸地，她现在已成为强国之一，在俄国彼得大帝之前，瑞典一直是波罗的海的霸主。
六、德国境内诸王侯之国，保有并重新肯定了它们战前对神圣罗马诸帝的自由权。
七、为了安抚神圣罗马皇帝，承认他在波希米亚和匈牙利两地仍保有王权，因此奥匈帝国（Austro-Hungarian Empire）变成神圣罗马帝国范围之内一个实际的帝国。这个再造帝国的经济支柱折断了，部分的原因是由于“三十年战争”所导致的人口减少和工商业的瓦解，但也由于大河出口地区的沦于外国之手——奥得和易北两河沦于瑞典，莱茵河口则给予联合省。
八、获利最多的是法国，因为她的金钱资助了得胜的瑞典，而她的将军们又促成了这次和会。亚耳沙斯实际上已为法国所有，此外还有梅斯（Metz）、凡尔登（Verdun）、图尔（Toul）诸主教区以及莱茵河岸靠德国这边的布雷萨奇要塞，路易十四现在已可乘便占取法兰奇·孔特和洛林两地。现在已经去世的黎塞留的愿望达到了，他的愿望包括打破哈布斯堡王朝的势力，扩张法国的疆域，加强法国的统一和防御以及继续保持德国境内的混乱：各邦主与神圣罗马皇帝的冲突，北德新教和南德旧教的对立。这种纷乱可以免除法国面对一个统一德国的危险。法国已经取代了西班牙——波旁王朝已经代替了哈布斯堡王朝——成为欧洲主要的强国。不久，路易十四就要自比为太阳之王了。
这次战争中暗中受害的是天主教。罗马教廷必须放弃教产复原的命令，回到1624年的财产状况，而且每邦邦主再度有权决定其臣民的宗教信仰，然而，这次战争使教廷得以把新教从胡斯改革宗教的地方——波希米亚——驱除出去。反宗教改革运动受到了抑制，举例言之，波兰现在想在实力较前倍增的新教国家瑞典境内建立天主教是绝对办不到的事情。芒斯特的教皇使者拒绝签署这个条约，教皇英诺森十世描述这个条约是：“无效的、错误的，对过去、现在和未来没有一点影响和结果的。”（1648年11月20日）欧洲并不重视这个抗议。从那时起，教皇已不再是一个主要的政治力量，而宗教在欧洲也衰落了。
有些新教徒也对这一条约抗议，尤其是那些家室陷在波希米亚和奥地利境内的人。但就大体而论，这个条约——一位死去的和一位活着的枢机主教的心血结果——是一个新教的胜利。德国境内的新教得救了，南德和莱茵河流域的新教势力虽然被削弱，但在北方新教的势力较前更盛。加尔文派在这个条约中得到正式的承认。1648年建立的宗教派系基本维持不变，一直到20世纪，才因出生率不同的差异，使天主教的势力开始一个渐进的、和平的膨胀。
新教虽然得救了，但它和天主教同样受到怀疑主义的伤害，而粗鲁的宗教辩论、野蛮的战争和残酷的信仰，助长了这种怀疑主义。在“三十年战争”这个大屠杀期间，数千名“女巫”被处死。人们开始对那些满嘴基督仁爱而专行大规模兄弟相煎勾当的教派产生了怀疑。他们发现隐藏在宗教信条之下的，是政治和经济上的动机，因而怀疑他们的统治者并没有真正的宗教信仰，有的只是权力的欲望。虽然斐迪南二世曾一再为他的信仰而不顾他的权力。即使在这段最黑暗的时期，仍有日渐增加的人转向科学和哲学中去探索人生的答案，这答案不像各教派曾经如此强暴推行的那样充满血腥之味。伽利略正将哥白尼在科学上的革命戏剧化，笛卡儿正对一切的传统和权威发出质疑，布鲁诺正从火刑柱上的极度痛苦之中向欧洲大声疾呼。《威斯特伐利亚和约》终止了神学对欧洲心智的统治，而为理性实验留下一条虽然障碍重重，然而可能通过的道路。
