·波希米亚的局面（1618—1623）
马赛厄斯向执政团表示愿意举行大赦和进行谈判，但被拒绝。斐迪南大公无视神圣罗马皇帝派遣两支军队进攻波希米亚。巴拉丁挪地区的选帝侯腓特烈五世怂恿反对哈布斯堡王朝的萨伏伊公爵伊曼纽耳，遣送一支由一位干练的雇佣兵队长曼斯菲尔德领导的军队，前往协助波希米亚。曼斯菲尔德占领了波希米亚境内天主教的堡垒皮尔森（Pilsen），斐迪南的军队随即撤退了。布兰兹维的克里斯蒂安——腓特烈的首相——建议那些执政官加强防御，而且如果他们属意腓特烈五世继承王位，则最好排除斐迪南。1619年3月20日，马赛厄斯死了，斐迪南成为波希米亚合法的国王和神圣罗马皇帝的假定继承人。8月19日，波希米亚国会宣布废除斐迪南二世为该国之王；27日，国会宣布以巴拉丁挪地区的腓特烈为波希米亚之王；28日，神圣罗马帝国的选帝侯们推举施蒂里亚大公成为神圣罗马皇帝斐迪南二世。
腓特烈犹豫着是否该接受这项新的荣誉。他知道身为加尔文派领袖，他不可能获得路德派的支持，而神圣罗马皇帝、教皇和西班牙又都是反对他的。他请他的岳父英国的詹姆士一世派遣一支军队给他，那位俭省的国王不曾派遣军队，却送给他一个忠告——拒受波希米亚王位。腓特烈愉快活泼的妻子伊丽莎白不曾怂恿他接受，但她答应不论他的选择会带来何种命运，她都将泰然地与他共享，这个诺言她是遵守了。布兰兹维的克里斯蒂安劝告他接受。1619年10月31日，这对新的国王和王后进入布拉格，受到国会和民众的热诚欢迎。
腓特烈当时还是一个20岁的年轻人，具有良好的品德和任侠的性情，但就作为一个政治家而言，他太不成熟了。进驻布拉格后，他首先清除国家圣所圣维图斯教堂中所有的祭坛和偶像，不久他的跟从者也将其他波希米亚神龛搬移一空。少数的天主教徒指责这种行动，波希米亚的路德派信徒也感到不满，信仰路德教派的德国冷眼注视着这位热心的加尔文派信徒。1620年4月30日，斐迪南宣称腓特烈是篡位者，命他于6月1日之前离开神圣罗马帝国，如果他拒不遵行，则将遭到被放逐的命运，财产也将被没收。这位神圣罗马皇帝表示：若德国境内的新教小邦保证不攻击天主教诸邦，他愿意提出类似的保证。在1620年6月3日所订的《乌尔木条约》（Treaty of Ulm）中，这个建议被采纳了。新教的邦主们认为腓特烈公然反抗斐迪南已经危及他们的自由。萨克森选帝侯约翰·乔治使他的路德派邦国与这位天主教的神圣罗马皇帝合作。
8月，一支2.5万人的神圣罗马军队在巴伐利亚的马克西米利安的将军约翰·特瑟克拉（Johan Tserclaes）率领之下，由奥地利进入波希米亚。约翰·特瑟克拉（蒂利）伯爵从耶稣会教士那里学得对上帝的虔诚，从帕尔马公爵那里学得作战的艺术。在布拉格之西靠近白山（White Mountain）的地方，这支军队遭遇并击溃了波希米亚军队（11月8日）。腓特烈、伊丽莎白和他们的随从逃往西里西亚，他们在那里募军失败之后放弃了随从者，而到加尔文派的勃兰登堡避难。战争过后的第二天，巴伐利亚的马克西米利安占领了布拉格。不久天主教恢复了，偶像被重新放进教堂，耶稣会教士们被召进来。一切教育置于天主教的控制之下，除了天主教和犹太教外，一切宗教都被禁止。圣餐中用酒和面包的规定取消了。从前是国定节日的胡斯（John Huss）日，现在成为一个哀悼的日子，那一天所有的教堂都关门。30名反叛者的领袖被捕，其中27人被处死，12个被砍下的头颅在摩尔多河（Moldau）查理桥（Charles Bridge）的高塔上露齿而笑了10年。所有反叛者都禁止迁出。他们的财产被斐迪南国王没收，他又以低廉的价格卖给天主教徒。在农奴基础上，一个新的天主教贵族阶级建立了，中产和商人阶级几乎消失。
巴伐利亚的马克西米利安在波希米亚大肆驳斥加尔文教派时，斯皮诺拉借着荷兰境内的停战，率领一支大军从佛兰德斯进取巴拉丁挪地区。有些新教小邦主兴兵抵抗，腓特烈也把他的妻子留在海牙，参加他们的阵营。斯皮诺拉因与西班牙之间的荷兰战争重新开始而班师回国时，蒂利接替他在巴拉丁挪的作战，击败新教徒（1622年），占领并劫掠了海德堡。海德堡大学的图书被装进50部车子运往罗马，作为巴伐利亚地区的马克西米利安送给教皇格列高利十五世的礼物。马克西米利安胜利地从波希米亚回来时，他获得巴拉丁挪地区和该地区的选帝权，作为他对神圣罗马皇帝服务的报酬。现在天主教各邦在选帝会议（Electoral Diet）中已经占有多数席次。
天主教广泛而彻底的胜利，不仅使天主教邦主忧虑，也使新教邦主们惴惴不安。斐迪南二世日渐增长的声望和权力，威胁了德国境内邦主们的“自由”。马克西米利安忧虑地发现，他被允许保有巴拉丁挪和巴伐利亚，仅仅成为神圣罗马皇帝的附属。教皇乌尔班八世同意法国的看法，认为哈布斯堡王朝的过分强大，对法国的利益和教皇的自由都有不利的影响，因此他示意黎塞留征法国天主教徒的赋税，以助德国新教徒——其后并协助一位瑞典国王——反抗信奉天主教的神圣罗马皇帝。1624年，这位令人吃惊的枢机主教用一连串的外交手腕，突然改变了政治局面。6月10日，他与新教的荷兰签署联盟，以对抗天主教的佛兰德斯和西班牙；6月15日，他说服新教的英格兰加盟；7月9日，瑞典和丹麦相继加入；7月11日，他怂恿萨伏伊和威尼斯助他切断西班牙和奥地利之间的补给线及由瓦迪林隘口进入意大利、瑞士之间阿尔卑斯山的增援。1625年，丹麦的克里斯蒂安四世率领2万人加入曼斯菲尔德在下萨克森境内的4000人队伍中。马克西米利安感到惊恐，他催促神圣罗马皇帝派兵增援蒂利，他的1.8万名军队因气候、饥饿和疾病已降至1万人。斐迪南于是将华伦斯坦从波希米亚召回。
·华伦斯坦（1623—1630）
他的真名是阿尔布雷特·华伦斯坦（Albrecht von Wallenstein），通常以华伦斯坦签名。他的家庭是波希米亚最古老的贵族家庭之一。他生于1583年，最先接受波希米亚兄弟教派的教育，然后接受耶稣会的教育。他和一个富孀结婚，不久她去世，财产都留给了他。波希米亚货币贬值，他便以极低的价格购置了68处被斐迪南没收的地产，而使这笔财产倍增。他是一个聪明而前进的地主，他改革农业方法，增进农产产量，资助工业，筹组学校、医药服务和贫民救济；他储存剩余粮食，以在饥荒时救济人民。他给当时人们以深刻印象的，不仅是他的军事天才，还有他高而瘦削的身材、苍白而严峻的表情、神经质的纷扰、骄傲自大及火暴的脾气。他“不变的贞节”使他看起来个是超人。他对星象的信赖比他对基督的信仰更为积极。在斐迪南赢得权势的每一个阶段他都全力支持，因而使自己成为这位大公的亲信。1619年以后，他借给这位神圣罗马皇帝大量的金钱，几乎足以支持帝国的整个开销——1621年20万金币，1623年50万金币。对于这些借款，他不需要任何保证，因为他拥有1/4的波希米亚，可以随意地组织军队，而且以最优越的技术领兵作战，这已足够保证一切。1624年，瓦迪林隘口已落入法国和威尼斯的控制之下，西班牙的军队和补给无法再由意大利抵达奥地利时，华伦斯坦建议动员5万人将他们置于神圣罗马皇帝的差遣之下。斐迪南犹疑不决，因为他知道华伦斯坦热衷于权力，但1625年蒂利大声疾呼要求增援。斐迪南只好授权华伦斯坦动员2万人。这支新军以惊人的速度开进下萨克森，装备齐全，训练优良，崇拜他们的统帅，蹂躏四野以自养。
华伦斯坦在德索（Dessau）击退了曼斯菲尔德，蒂利也在鲁特（Lutter）打败了克里斯蒂安（1626年）。曼斯菲尔德阵亡，而克里斯蒂安发现他日益衰减的军队外无救援、内生叛逆。黎塞留组成的伟大同盟由于古斯塔夫·阿道夫对克里斯蒂安四世的嫉妒，由于英格兰对法宣战及白金汉宫支援拉·罗契尔的法国新教徒而瓦解，黎塞留不得不从瓦迪林隘口撤退他的兵力，该隘口因而又成为奥地利和西班牙之间的通路。兵力与日俱增的华伦斯坦，将军队开进勃兰登堡，强迫该地的选帝侯乔治·威廉赞助神圣罗马皇帝斐迪南。他继续推进，一直进入克里斯蒂安自己的荷尔斯泰因公国，轻而易举地征服了一切抵抗。1627年年底，整个丹麦大陆都在他的势力支配之下。
波罗的海咸湿的空气膨胀了华伦斯坦的计划。现在，几乎所有的德国北方海岸和大部分丹麦都臣服于神圣罗马皇帝，为什么不建立一支神圣罗马帝国海军重振汉撒同盟，而且，与天主教的波兰联合，将波罗的海和北方诸海置于神圣罗马帝国的控制之下？如此则丹麦和英国不再能从波罗的海诸港运进木材，由波罗的海海峡建立他们的舰队以控制北方诸海及其商业，或对西班牙封锁该海峡。神圣罗马帝国拥有巴拉丁挪使神圣罗马皇帝得以控制莱茵河，因此荷兰人将被阻于河海之外，他们的势力、他们的财富及他们固执难驯的叛乱都将瓦解，古斯塔夫·阿道夫也将被封闭在斯堪的那维亚半岛之上。1627年，华伦斯坦已自称为“大洋和波罗的海海军上将”。
德国的小邦主们对他的一连串胜利并不十分高兴。他们注意到巴伐利亚的马克西米利安和蒂利伯爵麾下的天主教联盟军队减少至约2万人时，华伦斯坦却指挥14万大军，而且只对神圣罗马皇帝负责。只要神圣罗马皇帝有这支军队支持，他可以迅速破坏邦主们的“自由”。的确，华伦斯坦可能当时正孕育着一个结束封建君权、将全德国联合成一强有力国家的想法，就像当时法国黎塞留、240年以后的俾斯麦（Bismarck）将在德国实行的一样。
1627年至1628年冬，帝国选帝侯们聚集在穆尔哈森（Mülhausen），商讨他们的希望和畏惧。天主教的选帝侯们倾向于支持华伦斯坦，相信他将从新教的诞生地中把新教扑灭。但斐迪南将新教的梅克伦堡公爵废除，而将该公国转移给华伦斯坦（1628年3月11日）时，即使天主教的邦主们也对神圣罗马皇帝的滥用权力、凭私意任免公爵感到惊慌。选帝侯们有一张对付斐迪南的王牌。当时他正准备要求他们提名他的儿子为罗马王，也就是说保证他儿子继承神圣罗马帝国王座。3月28日，他们通知皇帝，他的军队继续置于华伦斯坦指挥之下时，他们将不保证那个继承。而巴伐利亚的马克西米利安也警告他，如果不迅速减缩华伦斯坦的军队和力量，帝国的政策将为之左右。
似乎针对这个警告，华伦斯坦——显然是独断独行地——开始和克里斯蒂安四世秘密谈判，而于1629年5月22日订立《吕贝克和约》（Peace of Lübeck）。令欧洲大感惊奇的是，他将日德兰半岛（Jutland）、石勒苏益格及荷尔斯泰因的王室部分还给丹麦国王，不要求赔款，仅仅要求克里斯蒂安放弃在德国境内的教皇职位和军权。他如此慷慨的动机是什么？部分是惧怕西方诸国联合起来反抗神圣罗马帝国对波罗的海及其海峡的控制，部分是他相信古斯塔夫·阿道夫正计划进攻德国。华伦斯坦预测，最后和他相争的将是古斯塔夫而不是克里斯蒂安。
斐迪南可能已经因为他的将军在外交上的擅作主张而感到不安，但他必须隐藏他逐日渐增的怀疑和嫉妒，因为他正在计划他事业上最大胆的行动，而在这个危险游戏的每个阶段，他都需要华伦斯坦军队的支持。他的耶稣会顾问们长久以来一直请求他利用他新得的权势和帝国的敕令，尽可能地将天主教会自宗教改革以来，或者至少将1552年以来，被夺去的教产和岁入恢复给天主教会。斐迪南是一位虔信天主教的人，他认为这个请求是合理的，但他低估了实际的困难。1552年以来，很多以前属于教会的财产，是被它们现在的主人花钱购买得来的。可以预见，为了推行教产复原，数以千计的财产所有者将被迫失去他们的财产，随之而来的混乱可能使整个德国陷入叛乱。巴伐利亚的马克西米利安一度赞成这个想法，现在被它的范围之广和牵连之多而吓倒，他劝神圣罗马皇帝把这事先搁置下来，待国会对此仔细考虑后再做定论。斐迪南担心国会会反对这件事。1629年3月6日，他公布了教产复原的敕令（Edict of Restitution）。这是一次报复性的反宗教改革。它也是帝权至上的肯定表示，这种表示即使查理五世可能也不敢轻易僭称。
这一敕令遭到广泛而激烈的抗议，但仍被强迫实施。只要有人企图反抗，华伦斯坦的军队就被召来，每个地方的反对都被击溃，只有马德堡成功地抵挡了华伦斯坦的包围。所有的城市——奥格斯堡、罗森堡、多特蒙德——30座小镇、5个主教区及100座修道院，都落入天主教手中。数百个天主教的教区重新组织起来。新的领主采行“谁的领域，谁的宗教”的原则，要求臣民们接受统治者的宗教信仰，成千的新教徒被迫背教，否则迁徙，仅奥格斯堡一地就有8000人被放逐，包括刚为该城市建成一座庄严市政厅的埃利亚斯·霍尔。被放逐的新教牧师们四处流浪，为生活乞讨，代替他们的天主教僧侣请求政府对他们给予救助。直到古斯塔夫·阿道夫的出现，才阻止了这项敕令和德国境内反宗教改革的最后成功。
已经利用华伦斯坦的军队推行了那道命令，同时发现战场上再也找不到新教徒的军队，斐迪南就不再坚持他的去留。1630年5月，他要求那位将军遣调他的部下3万人往意大利服役。华伦斯坦反对，辩称瑞典王正准备入侵神圣罗马帝国。他被批驳，3万人被调走。7月，选帝侯们再度建议解除华伦斯坦的职务。神圣罗马皇帝同意了。9月13日，他通知军中官员，他们将军的最高指挥权已被巴伐利亚的马克西米利安取代。华伦斯坦平静地退隐到他在波希米亚的家中，他深知古斯塔夫已经踏上了德国的领土，神圣罗马帝国不久将再度需要一位将军。
·古斯塔夫的英勇事迹（1630—1632）
我们一定不能把这位伟大的国王想象成加拉哈特（Galahad），前去从偶像崇拜者手中挽救真正的宗教。他的工作是维护并强化瑞典的政治独立和经济发展，为了这些目的，他和天主教的波兰、东正教的俄国及新教的丹麦作战，如果现在他敢于以他有限的资源对抗神圣罗马皇帝、教皇与西班牙的联合阵营，那并不是由于这些敌人都是信仰天主教的，是由于他们威胁要使他的国家臣属于异国的敌对统治者之下。他感觉对抗这些威胁最好的防卫，就是在大陆上建立瑞典的堡垒。新教的萨克森犹豫不决，而天主教的法国却和古斯塔夫联合，因为他们知道所争的不是神学上的法则，而是为国家安全而奋斗。宗教虽然只是这些领袖一个次要的动机，却是人民之间一个热切的刺激，通过将宗教热情加诸爱国精神中，唤起人民的斗志。
古斯塔夫率领他的1.3万军队在波美拉尼亚登陆后，就向北德诸邦宣称他自己是新教的救星，对法国则宣称是对抗日益扩张的哈布斯堡王朝的一把利剑。他等候来自瑞典、苏格兰、勃兰登堡和波兰各地的援兵，直到他拥有约4万名训练优良、装备着新式燧发枪（flintlock）和毛瑟枪，而且携带轻便大炮、具有迅速机动力的军队。这位指挥官仍很年轻，只有36岁，他长年征战，却已经发胖了，不仅对他的敌人成问题，对他的马更是一个问题。虽然如此，他经常亲自披挂上阵，领军作战。他的兵士们爱戴他，不是由于他的仁慈，而是由于他的公正。德国的士兵背后跟着成群的妓女、数目多到要派特别官员维持她们的秩序时，古斯塔夫不准他的兵营中有妓女，只有妻子们被允许服侍她们的士兵丈夫。每天早上和傍晚，每一个军团都要参加祈祷，而每一个星期天要听一次讲道，这曾是克伦威尔训练他的铁军的方法。古斯塔夫和克伦威尔一样，不以武力强迫信仰，无论他征服什么地方，他听任宗教自由。
在1630年剩下的时间，他由波美拉尼亚扩展他的控制，并寻求同盟者。如果他能将哈布斯堡王族所有的敌人集合成一支十字军，他可能有一支10万人的军队，足以对付华伦斯坦的大军。1631年1月13日，法国和瑞典签署了一项条约，规定瑞典王古斯塔夫负责募集人员，而法国的枢机主教黎塞留则为这一预计5年的战争每年供给40万泰勒的经费，不经另一国的同意，任何一国将不得单独议和，而且古斯塔夫不得干预天主教的信仰。黎塞留邀请马克西米利安参加这次联盟，这位公爵选帝侯不但不参加，反而派遣蒂利阻挠瑞典的推进。1631年3月19日，蒂利攻克纽布兰登堡（Neubrandenburg），屠杀了3000名守城士兵。瑞典王致力于使萨克森的约翰·乔治加入他的同盟时，蒂利和朱·帕潘海姆（Zu Pappenheim）伯爵包围了仍在抵抗教产复原命令的马德堡。5月20日，经过6个月的抵抗，该城终被攻克，胜利的军队肆无忌惮地大掠4天，2万人被杀——其中包括3000卫城部队和3.6万居民中的1.7万人——全城除了教堂外全部夷成平地。一位当时的作者描述那个景象：
然后，除了殴打、放火、掠夺、拷问、谋杀以外，再没有别的了。尤其是每一个敌人都想满载而归……利用殴打以及枪毙、刺死、吊死等威胁，可怜的老百姓被如此惊吓，如果他们有任何东西留下，即使是深藏在千层古堡中，他们也会拿出来。在这疯狂的暴乱之中，那座伟大壮丽像一位美丽女王婷婷玉立在地上的都市，现在……深陷在火焰之中，在一个令人心碎的尖叫和哭喊的恐怖洞穴之中，数以千计的无辜男女老幼被如此残酷和可耻地拷打和处死，真使人欲言无辞，欲哭无泪。
当时已经71岁高龄的蒂利曾尽力阻止屠杀，他正确地预言对这座美好城市的破坏，将“毫无疑问地只会加强新教各邦的怨恨”。
1631年7月22日，勃兰登堡选帝侯献出他的一切资源，任由古斯塔夫处置；7月30日，约翰·乔治以萨克森与瑞典联盟；9月17日，瑞典和萨克森的联军在莱比锡附近的布雷坦费尔德（Breitenfeld）大败蒂利的优势兵力。这是作战以来新教徒取得的第一个重大胜利，它再度鼓舞起新教居民的精神，而那位瑞典国王在战役当中不穿盔甲、浑身布满了尘埃和汗水、仍无畏地领导他的士兵作战的雄姿，成为那新近分裂、毫无防卫而深受华伦斯坦大军恐吓之人民的一个激励的象征。梅克伦堡被收复了，被废立的公爵恢复职务。一个一个的小邦先后加入和瑞典的联盟，不久，古斯塔夫控制了一条横贯德国，从奥得河直抵莱茵河的战线。他将他的总部设在美因茨——一个通常为天主教地区的心脏。11月，约翰·乔治带领着他的萨克森军队未遭遇任何抵抗进入布拉格，他小心翼翼地在行进中避开了华伦斯坦的产业。
这时，斐迪南除了贫穷的西班牙外没有一个盟国，除了年迈的蒂利外没有一个将军，于是卑躬屈膝地转向华伦斯坦（1631年12月），请求他兴兵救助波希米亚并保护奥地利。这位骄傲的将军同意了，但附有几个很特别的条件：他对整个神圣罗马帝国的军队将握有最高统治权，除了对阿道夫外，他有权与其他的人谈判签约，他征服的土地他将有权没收或赦免。1632年4月，所有条件斐迪南都答应了。华伦斯坦召集了一支军队并筹措给养这支军队的经费，他与约翰·乔治单独议和，因而不费一兵一弹地又占领了布拉格。萨克森军队退入萨克森境内。
此时，古斯塔夫出战蒂利并将之击败于雷恩（Rain，4月15日）。14天后，蒂利伤重去世，古斯塔夫占领了慕尼黑。华伦斯坦将军队开出波希米亚，并将他的军队和马克西米利安的军队会合。古斯塔夫现在在人数上大大不及他的对手，他的同盟者又怀疑他有称帝的野心，而显得不定和不可信赖，他的军队开始挨饿，掠夺并疏远了天主教徒和新教徒。醉醺醺的约翰·乔治透露出他渴望和那位瑞典王断绝关系。古斯塔夫本想占领维也纳，但现在因为惧怕约翰·乔治和华伦斯坦联合兵力，转而北去。在纽伦堡，因为意识到时局对他不利，他发出最后一道训令给乌克森谢尔纳，嘱他继续领导瑞典的政府和战争。在欧福（Erfurt），他和他的妻子郑重道别。1632年11月16日，在莱比锡附近的吕岑，这两位当代最伟大的将军终于正面相逢：古斯塔夫率领着2.5万人，华伦斯坦率领4万人。两军血战竟日，阵形散乱了重新部署。华伦斯坦被迫让步，但帕潘海姆使情况整个改变，他被射中肺部，血液阻塞呼吸而去世。古斯塔夫眼见他的中心溃退，自己置身在一个骑兵团的前锋，领导一次疯狂的反击。一颗子弹击中他抓缰绳的手臂，另外一颗打中了他的马，他落马坠地，又一颗子弹射进了他的背部，神圣罗马帝国身着胸甲的士兵围进他的周围，问他是何人，他答道：“我是用血保卫德国民族宗教和自由的瑞典国王。”他们用剑一次又一次地刺进他的身体，并喊出他已死亡的消息。萨克森·魏玛的公爵伯恩哈德接过指挥权，瑞典士兵因为失去了他们的国王而愤怒疯狂，拿起他们面前任何可以作战的东西，赢得一次代价惨重的胜利，夺回古斯塔夫遍身剑孔弹痕的尸体。那天晚上战败者欢欣，而战胜者反而悲哀，因为“北方之狮”已经逝去。
·堕落（1633—1648）
此后，这不再是一场伟大的战争了。黎塞留领导德国境内的新教徒，乌克森谢尔纳以明智的外交继续他逝去主人的遗志，萨克森·魏玛的伯恩哈德领导法国人，巴纳（Banér）和托尔斯滕松（Torstensson）领导瑞典人迈向新的胜利，但光荣消逝了，剩下的只是恐怖。古斯塔夫的死使新教各邦主解除了一半的负担，他们抱怨他为了从斐迪南手中解救他们付出的沉重代价及在战争进行中他们的农田受到敌对双方军队的蹂躏。他们的城市被毁坏，而一个外国君主领导德国人对抗德国人，造成数10万人的死亡。
首次尝到失败滋味的华伦斯坦，似乎已丧失了勇气。吕岑之战后，他退隐到波希米亚，慢慢地组成了另一支军队。他现在也已经50岁了，厌倦了战争，希望有闲暇治疗他的痛风症。他擅自和新教徒领袖们，甚至和黎塞留谈判，而斐迪南必然已经知道波希米亚的流亡者在乌克森谢尔纳的赞成之下，正阴谋想以华伦斯坦登上波希米亚的王位。萨克森·魏玛的伯恩哈德领兵进入巴伐利亚时，马克西米利安和斐迪南要求华伦斯坦前往解救，华伦斯坦回应称他没有多余的士卒可以应命。他将他闲散的军队驻扎在波希米亚境内神圣罗马帝国的所有土地上，神圣罗马皇帝斐迪南要求他减轻加于这些帝国土地上的衣食征逐，华伦斯坦拒绝了。
1633年12月31日，斐迪南和他的议会决定罢黜他们最伟大的将军。而华伦斯坦将自封波希米亚国王及以路易十三为罗马人之王的谣言传遍华伦斯坦的军中。2月18日，神圣罗马帝国的命令贴遍了华伦斯坦军中，解除了华伦斯坦的指挥权。4天后，他带领1000人逃离皮尔森。25日，在艾格（Eger），几个利欲熏心的士兵冲入他的房中，发现他单独一人未带武器，即以剑刺进他的身体。“不久，”一位当时的人记载，“他们把他倒着拖出来，他的头随着每一个阶梯而点颤。”谋杀者很快逃到维也纳，在那里他们获得升迁、金钱和土地。日夜生活在恐怖和祈祷中的神圣罗马皇帝斐迪南，此刻深深感谢上帝和他的合作。
这次战争又拖延了14年，斐迪南26岁的儿子代替华伦斯坦成为神圣罗马帝国军队的总司令。他是一位可爱的青年，有教养、仁慈、慷慨，爱好哲学、作曲、雕刻象牙，但在战场上绝非愚者。在资深将军们的协助下，在神圣罗马帝国最具决定性的一次胜利中，他在诺丁根（Nrdlingen）大败伯恩哈德。新教徒的力量近乎崩溃，乌克森谢尔纳签订《康白尼条约》（Treaty of Compiégne，1635年4月28日）以挽救这种局面，该条约委托黎塞留全权参与这次斗争，但德国的新教邦主们并不喜欢由一个法国枢机主教来决定他们的命运。他们一个一个地随萨克森的约翰·乔治与神圣罗马皇帝议和，皇帝欢迎他们，因为他看出自己同时面临着法国强大的军队和富厚的财力。在《布拉格条约》（Treaty of Prague，1635年5月30日）中，他同意搁置教产复原命令40年，而大部分新教邦主则承诺帮助他和他的盟国恢复自阿道夫进入德国以来他们失去的全部土地。由于这些土地之中包括洛林，所以这个条约实际上除了对付瑞典外，还针对法国，它是德国联合抵御外侮的重新肯定。宗教问题已从战争中消失。1635年年底，新教的萨克森的军队与新教的瑞典军队在北德国作战，巴纳和托尔斯滕松在此展现出与古斯塔夫相近的军事天才，为了瑞典的安全，竭力想保有一些大陆上的地盘。
在西边，伯恩哈德勇敢地避开神圣罗马帝国日益扩张的军队。1638年，法国以经费资助他，更送给他一支由颇负盛名的蒂雷纳将军率领的2000人的军队。如此增援之后，伯恩哈德发动了一次战争，这次战争因为坚定的目标和出奇制胜的战略，得以在战史上流传不朽。他在威顿威尔（Wittenweier）击败了帝国的军队，而且迫使伟大的布雷萨奇（Breisach）要塞投降。34岁时他即身心交瘁而亡（1639年），他的军队和他的征服地，包括亚耳沙斯，都入了法国之手。
那位年老的神圣罗马皇帝于1637年永别了这战祸连绵的舞台。继承了一个无税可课的贫穷帝国的斐迪南三世，发现简直无力与黎塞留再战，因为后者仍可从破落的法国榨出法郎。1642年，托尔斯滕松率领瑞典军队进入距维也纳不及25英里的地方，在第二次布雷坦费尔德之战中赢得一次主要的胜利，在此神圣罗马帝国军队丧失了1万名士兵。战败的大公利奥波德·威廉（Leopold William）——年轻神圣罗马皇帝的兄弟——用军法审判他部下的畏怯之罪，将那些军阶高的砍头，军阶较低的绞死，生还的士兵每10名中有一人予以枪毙。
这位新的神圣罗马皇帝连年遭受新的打击。1643年，恩格西恩（Enghien）公爵在罗克罗伊的胜利使他的盟国西班牙崩溃；1644年，恩格西恩和蒂雷纳征服了莱茵地区以北远至美因茨；1645年，托尔斯滕松再次席卷而来，几乎抵达维也纳的大门，法军在阿勒海姆（Allerheim）赢得一次血战，而一支瑞典军队在汉斯·克里斯托弗·科尼格斯马克（Hans Christoph von Knigsmarck）伯爵的率领之下侵入萨克森，占领了莱比锡，并强迫约翰·乔治退出战争。巴伐利亚的军队曾于1634年被逐出巴拉丁挪；1646年蒂雷纳入侵，蹂躏及于巴伐利亚本土，一度骄傲的马克西米利安卑声求和，并要求神圣罗马皇帝与法国达成协议。斐迪南三世不像他父亲那么阴沉坚强，听到被征服帝国的哀号之后，即派遣他最能干的谈判者到威斯特伐利亚，谋求在信仰和国家之间取得一些调和。
他太年轻，不知道这次战祸中的残杀和破坏可能超过以前任何一个时代、任何一地人类的记录。参加战争的不是两个国家的军队，而是6个国家的军队——德国、丹麦、瑞典、波希米亚、西班牙和法国——军队大部分由雇佣兵和外国人组成，他们与德国人民、土地和历史毫无关联，而且只要给钱，他们可以跟随军事冒险家替任何教派作战。这些军队吃的是从当地掳掠来的米谷、水果和牲畜，住的是老百姓的民屋，他们用以报答人民的则是劫掠和奸杀。对那些最初不降、后来不得不降的守城部队的杀尽灭绝，是所有战斗人员都遵守的原则。士兵们把平民当作合法的猎物，他们在街上任意射杀行人，强征他们为奴隶，绑架他们的孩子勒索赎金，放火烧他们的干草堆，焚毁他们的教堂取乐。一名新教牧师阻挡他们破坏教堂，结果被砍去手足。他们将教士们绑捆在货车下面，强迫他们用手足爬行，直至力尽晕厥。
“三十年战争”期间德国人口锐减，虽然人口减少是暂时的，而且程度也被夸张，但仍是一场大劫。保守的估计认为，德国和奥地利境内的人口由2100万降至1350万。卢特朱（Lützow）伯爵估计波希米亚境内的人口从300万降至80万。1618年，波希米亚境内的3.5万个村落中有2.9万个在“三十年战争”中变得荒无人烟。神圣罗马帝国全境数以百计的村落变成空无一人。有些地区纵横60英里看不到一个村庄和房屋。1618年，19座图林吉安（Thuringian）村庄中共有房屋1717间，1649年时仅剩下627间，而且很多无人居住。
缺乏人力、兽力或种子，或者农民担心播下去的种子将来未必有收获，数千亩肥沃的土地荒芜、无人耕种。农产品除供给军队食用外，剩下的均烧掉以免为敌人所获。很多地方的农民无粮可吃。运输工具受到严重的破坏，以致无法运物资以济不足，道路因战争而毁坏，沿途又有盗匪之险，再不然就是被逃兵或难民所阻塞。
城镇遭受的破坏仅次于乡村。很多城镇的人口降到从前的一半。大的城市——马德堡、海德堡、符兹堡、尼斯塔德特、拜律特——成为废墟。工业因缺少制造者、购买者和交易而衰落，商业萧条，一度非常富有的商人现在以乞食或抢夺为生。自治区宣告破产而拒付债务。财主因为怕债款收不回来而不愿借钱。除了将军、收税员、高级教士和国王外，所有的人都为赋税所困。街上的垃圾和腐尸使空气污浊不洁。伤寒、斑疹伤寒、赤痢、坏血病等各种流行病症蔓延在落魄丧胆的人群之中，而且从一个城市传到另一个城市。西班牙军队通过慕尼黑时留下了一场瘟疫，4个月中夺去了1万人的生命。曾使这些城市高贵不群的艺术和文学，此刻也在战火中憔悴枯萎。
道德和风纪同样崩溃。绝望的宿命论导致野蛮的犬儒哲学。经过一个时代的暴力后，一切宗教的理想和爱国的情操化为乌有。现在，老百姓们在为饮食或仇恨互斗，而他们的主人则还在动员他们争夺收税土地和政治权力。某些地方也显示出一些人性的特征：耶稣会教士们收养无家可归的儿童，传教士们要求一切政府停止流血和破坏。“神说这一切终必结束，”一位农民在他的日记里写道，“神说和平会再降临。天上的神送给我们和平。”
