1555年的奥格斯堡会议用“谁的领域，谁的宗教”的原则将宗教上的纷争带回一个地理上的停战——每个小邦中统治者的宗教信仰，将成为其臣民的宗教信仰，异教分子将被驱逐出境。这个协定代表一个小小的进步，因为它用迁出代替了死刑，但是它仅限于路德教派和天主教，而且很多家庭痛苦地离去，更增加了德国境内的混乱和苦难。当统治者的信仰发生改变时，人民也必须随之改变他们的信仰。宗教至此已变成政治和战争上的工具和牺牲者。
“三十年战争”之前的德国没有一个单纯的宗教地图。大体言之，北方是信仰新教的，南方和莱茵河以西地区是信仰天主教的。由于奥格斯堡原则不能彻底或迅速地实施，天主教地区中有很多新教徒，而新教地区中也有很多天主教徒。天主教徒得享传统和统一之利，新教徒则享受更多信仰上的自由，他们分成路德、加尔文、再洗礼和唯一神教各派的信徒，即使在路德派信徒中又有自由梅兰希顿的信徒和反对者之间的教义战争。1577年，路德派信徒将他们的信仰阐述在《信仰忏悔录》（Book of Concord）一，此后加尔文派信徒就被逐出路德派各邦。巴拉丁挪地区中，选帝侯腓特烈三世偏爱加尔文教，因而使海德堡大学成为加尔文青年信徒的一所神学院。1563年，该地的神学家们起草《海德堡教义问答》（Heidelberg Catechism），因为拒绝接受耶稣真正出现于圣餐的酒和面包中的说法，使天主教徒和路德教徒都震惊不已。天主教徒在巴拉丁挪被容忍，只要他们将崇拜活动局限在自己家中，而唯一神教信徒则被强力镇压。1570年，两个怀疑或者限制基督神性的人，在海德堡大学加尔文派教授们的坚持之下被处以死刑。腓特烈的儿子选帝侯刘易斯（Lewis）偏爱并推行路德教，刘易斯的兄弟约翰·卡西米尔（John Casimir）任摄政时（1583—1592年）又偏爱并推行加尔文教，选帝侯腓特烈四世重申此政策。他的儿子腓特烈五世娶伊丽莎白·斯图亚特为妻，要求波希米亚的王位，使“三十年战争”提前发生。
路德派信徒和加尔文派信徒之间的搏斗，和新教徒与天主教徒之间的搏斗同样尖锐，它摧毁了“三十年战争”中新教徒之间的合作，因为两派交替地成为迫害者和被迫害者，使他们之间有一种世代的仇恨。1585年，伊森堡·隆尼堡（Isenburg Ronneburg）的伯爵沃尔夫冈免除他领域中一切路德派官员的职务，而代之以加尔文派教徒。1598年，他的兄弟和继位者亨利伯爵不顾天气的严寒，通知境内的加尔文派传教士必须在数周之内离去。1601年，沃尔夫冈·厄尼斯特（Wolfgang Ernest）伯爵继位，驱逐路德派传教士恢复加尔文派。类似的路德派和加尔文派在安哈尔特（1595年）、哈瑙（1596年）和利佩（1600年）诸地反复互代。在东普鲁士（East Prussia），约翰·芬克（Johann Funck）因被控偏向于加尔文教，在民众欢呼声中于科尼斯柏（Knigsberg）的市场中被处死（1566年）。尼科拉斯·克里尔（Nikolas Krell）首相因为将路德派的宗教仪式向加尔文派方向转变及支持法国的新教徒，而在德累斯顿被砍头（1601年）。1604年，赫塞·卡塞尔（Hesse Cassel）的莫里斯伯爵信仰了加尔文教，1605年他在该地区和上赫塞（Upper Hesse）地区推行加尔文教，他的军队击溃了一群抵抗的路德派信徒，并捣毁教堂之中的宗教偶像，不愿意改信加尔文教的路德派传教士都被放逐。勃兰登堡选帝侯区中路德派教徒和加尔文派教徒就奉为“神圣的圣体”（the consecrated Host）是否为耶稣的问题争辩得非常激烈，最后政府宣布加尔文派是真正的宗教（1613年）。
在这些真理的波动中，梅兰希顿所谓“神学上的狂犬病”疯狂到历史上空前绝后的程度。路德派牧师尼万德（Nivander）于1582年表列了狼的40种特性，并称这些正是加尔文教信徒的特点。1590年印行的一本路德派的小册子说：“如果有人希望我们用简单的几句话告诉他，我们究竟为了哪些信仰条目，和那一窝残暴的加尔文派奸徒作战？答案是：全部以及其中的每一项……因为他们不是基督徒。”斯坦尼斯劳斯·雷斯丘斯（Stanislaus Rescius）于1592年写道：“（在法兰克福市集上）过去几年我们发现新教徒写来攻击新教徒的书，三倍于新教徒写来攻击天主教徒的书。”“这些愤怒的神学家，”1610年，一位新教作家叹息说，“已经扩大了新教徒之间不幸的争斗，以至于在末日（Last Day）降临之前，似乎没有希望使这些叫嚣、毁谤、谩骂、指责、诅咒等趋于结束。”
为了了解这个“神学上的狂犬病”，我们必须记着所有参加争论的各派都同意《圣经》是绝对可靠的神的语言，及生命的希望是寄托在来世的说法。值得一提的是，在狂热的宗教信仰后，仍然存有真正的虔诚，许多路德、加尔文和天主教徒怀着这份虔敬之心，表现出谦卑和狂喜。虔诚教派信徒避开神学辩论的讲坛，在退隐之中寻求恢复对神的信念。约翰·阿德特（Johann Arndt）的《天堂中的小花园》（Little Garden of Paradise）一书，仍在新教的德国被阅读着，当作虔诚冥想时的手册。雅各·伯麦将这种心境带进一个个人灵魂与被认为是宇宙泉源和万物根本之上帝神秘结合的境界，其中包含一切的矛盾，“善”和“恶”。伯麦声称曾经看见“万神之神、上帝、地狱及上帝、耶稣、圣灵三者的降生”。一个不相信神秘主义的人会觉得伯麦的《论万物之特性》（On the Signature of all Things，1612年）一书只是一派胡言。令人安慰的是，另外一位神秘主义者——约翰·韦斯利（John Wesley）——曾描述那是“高贵的胡言”。而耶稣会教士斯皮（Spee）的简单美好的赞美诗则在此之上。
像欧洲所有地区一样，领导天主教十字军收复失去领土的，是耶稣会教士们。他们从改革天主教教士着手。“祈求主，”来自沃尔姆斯的耶稣会教士彼得·费伯（Peter Faber）1540年这样写道，“这座城市中，哪怕只有两三个牧师不曾犯过私通罪，或现在没有犯其他已知的罪行也是好的。”但是他们主要的战略是把握青年，所以耶稣会教士们在科隆、特里尔、科不凌茨、美因茨、施派尔（Speyer）、迪林根、芒斯特、符兹堡、因戈尔施塔特（Ingolstadt）、帕德博恩、弗里堡（Freiburg）等地开办学院。彼得·卡尼修斯——此项耶稣会运动的首脑和灵魂——几乎步行走遍了德国全境，广设学院，指导耶稣会教士辩论，并且向德国的统治者们解释这种旧教的好处。他怂恿公爵阿尔伯特五世，以武力根除巴伐利亚境内一切新教。经过耶稣会教士、卡普辛教会本身改革、主教们的热心及历任教皇和教皇使节们的外交手腕，16世纪前半叶被新教所赢得土地中的一半，在16世纪的后半叶又被罗马教廷收复。某些地区曾使用高压手段，但这一运动大部分依靠心理和政治的因素：民众已经厌倦了不定、争辩和宿命论，他们的统治者则认为统一和传统的天主教比扰攘纷争、新奇无根的新教更能给予政府和社会秩序强有力的支持。
新教徒终于了解到他们内部的纷争无异于自取灭亡，因而将布道和笔锋一起转向罗马敌人。一场语言和文字的论战，成为铁血战争的前奏，而互相的谩骂几乎达到嗜杀的疯狂。粪便、垃圾、驴子、母猪、妓女、谋杀者等污秽的字眼加入神学的词汇之中。天主教作者约翰·纳斯（Johann Nas）1565年指责路德派信徒犯了“谋杀、抢劫、虚伪、欺骗、暴食、痛饮、乱伦、邪恶诸般恶罪而无所畏惧，他们说，因为信仰证明了这一切都是正当的行为”。同时他认为可能每一个路德派的女人都是妓女。路德派传教士兰格（Andreas Lang）在1576年也以同样肯定的态度写道：“天主教徒和其他的土耳其人、犹太人以及异教徒一样，在神恩、赦罪和得救的范围之外，他们注定要在地狱的熊熊烈火和冒着火焰的硫黄之中嗥叫、悲叹、咬牙切齿。”
耶稣会教士们是新教徒们喜爱攻击的目标。数以百计的讽刺画、小册子、书籍和诗歌，指责他们曾犯鸡奸、私通与残暴等罪行。1569年的一块德国木刻（仍然保存在魏玛的歌德收藏馆［Goethe Collection］）中，把教皇刻成一个母猪，耶稣会教士们是她所生的一窝小猪。1593年路德派神学家波利卡普·雷瑟（Polycarp Leiser）印行了一本拉丁文的《耶稣会历史》（Historia Jesuitici ordinis），描述耶稣会教士们在教皇完全放纵和宽恕之下犯出最淫邪的罪恶。1614年的《一本可信的新日志》（A Truthful New Journal或Eine wahrhaftige neue Zeitung）一书，告诉读者耶稣会的枢机主教贝拉尔米内（Bellarmine）曾经和1642个女子犯过2236次通奸罪，该书继续描述枢机主教的惨死，而当时那位主教在7年后才去世。
耶稣会教士们最初所做的答复相当抑制，卡尼修斯劝导使用有节制的语言，新教牧师约翰·马西修斯（Johann Mathesius）也主张如此，但是群众喜欢谩骂而不爱节制。新教的辩士们指责耶稣会教士接受玛丽安娜的教条，为诛杀暴君辩护，一位德国的耶稣会教士答辩说，这个教条正适用于那些强迫自己臣民信仰新教的邦主身上，但是其他的耶稣会教士向新教统治者保证他们被认为是正统合法的邦主，绝不会受到丝毫伤害。耶稣会教士康拉德·维特（Conrad Vetter）1594年至1599年印行了10本小册子。在那些册子中，他使用最粗俗的谩骂语言，借口这是跟随路德派神灵的领导，这些小册子一印出来即被抢购一空。科隆的耶稣会教士宣称，在天主教区域中到处散布纷争不和的顽固的异端邪说者：
应该像对待窃贼、强盗、杀人犯一样加以处罚，而且更重一些，因为后者仅伤害身体，而前者则将人们的灵魂掷于万劫不复的地狱中。……如果40年前马丁·路德曾被处死，或者在火刑柱上烧死，又假如某些人曾被铲除，我们今天就不会遭遇如此可憎的争论，或把这世界搅得天翻地覆了。
加尔文派海德堡大学神学教授大卫·帕伦斯（David Parens）以同样的气概呼吁（1618年）所有新教邦主们参加对抗教皇的十字军，在这次行动中他们应该“毫不顾忌地使用各种严酷的惩罚”。1618年，也就是“三十年战争”的第一年，互相攻击的小册子多达1800种。
由于天主教势力和气焰的升高，若干新教的邦主们组织了一个福音阶级同盟（Union of Evang elical Estates，1608年），或称“新教徒同盟”（Protestant Union）以互为保护。萨克森选帝侯避不参与，但法国的亨利四世似乎随时准备协助任何反抗属于哈布斯堡王朝的神圣罗马皇帝的行动。1609年，几个天主教的统治者在巴伐利亚公爵马克西米利安一世的领导下，组成了一个天主教同盟（Catholic Union），后来称为天主教联盟（Catholic League）。1610年，几乎所有神圣罗马帝国境内信仰天主教的小邦都加入了这个组织，西班牙提供军事上的援助。1610年2月，新教徒同盟同意帮助亨利四世占领朱里奇·克莱维公国，但那位法国国王被谋杀（5月14日），使新教徒们失去他们最强大的支持者。新教的德国充满恐惧，但此时天主教联盟攻击行动的准备尚未完成。1615年1月，赫塞·卡塞尔伯爵莫里斯警告新教徒同盟说：“在教皇、西班牙国王、布鲁塞尔宫廷及神圣罗马皇帝的保护之下，天主教联盟……已经订购军火……以根绝新教为目的。”卡斯帕·斯奇奥皮斯（Caspar Scioppius）火上浇油地警告天主教徒和路德教徒（1616年）说：加尔文教徒“意欲推翻宗教和公共的和平及整个的神圣罗马帝国，并将从帝国境内根除《奥格斯堡信纲》和天主教信仰”。或许这是一个进一步划分主要新教团体的尝试。1616年奥地利和巴伐利亚之间发生领土冲突，削弱了天主教联盟的力量，人们再次梦想和平。
但在布拉格，海因里希·冯·特恩（Heinrich von Thurn）伯爵祈求新教领袖们阻止激进的天主教大公斐迪南夺取波希米亚王位。神圣罗马皇帝马赛厄斯缺勤时，国事由5位副总督代理。那些总督在关于克罗斯特格拉勃（Klostergrab）兴建教堂的争辩中压制新教徒，并将反对者下狱。1618年5月23日，特恩领导一群愤怒的新教徒进入哈拉德斯琴（Hradschin）城堡，爬进房间，把两位公爵和一位秘书一起抛出窗外。3个人从50英尺的高空落下，他们掉在一堆污泥上，浑身污秽地逃去，没有受什么伤。那次著名的“掷出窗外”是对神圣罗马皇帝、斐迪南大公及天主教联盟的一次戏剧性的挑战。特恩驱除了那位大主教和耶稣会教士们，组织了一个“革命执政团”（a revolutionary Directory）。他没有想到这已惹起了一场战争惨祸。
