形式上，瑞士仅仅是神圣罗马帝国的一部分，对抗神圣罗马皇帝和大公们赢得的光辉胜利，境内各州毫无忌惮地争斗。萨伏伊和西班牙在外交和军事上支持由卢塞恩（Lucerne）领导的天主教各州，意图将新教各州恢复为罗马教廷所有。耶稣会教士们以他们位于卢塞恩的学院为基地，于1577年开始一项教育、讲道和阴谋上的决战。教皇驻瑞士的使节们改革天主教教士的弊端，终止教士蓄妾，并阻遏那正由苏黎世、日内瓦、伯尔尼诸地向外蔓延的新教影响。
日内瓦正渐从加尔文手中恢复。西奥多利·贝兹（Théodore de Bèze）继承他的老师（1564年）成为威尼拉公司（Venerable Company，属于牧师）和教会议会（the Consistory，属于牧师和教外人士）两个团体的领袖。通过这两个团体，他以机智和殷勤，继续推展改革后教会的工作，只有宗教仇恨才能使之分裂。他前往法国，参加加尔文教派的宗教会议，而我们已经看过他在普瓦西会议中为新教提出的议案。在国内，他努力想维持加尔文规定的严肃道德，但不太成功。由于商业领袖们日益违反那项法规，贝兹因而领导僧侣们指责僭取、专利和贪图暴利。城市会议（City Council）建议传教士们的权责应仅限于宗教事务时，贝兹辩称人类事务中没有一件应该脱离宗教的控制。他是伟大的宗教改革领袖中唯一活到17世纪的一位。他死于1608年，享年89岁。
奥地利在神圣罗马帝国中扮演主角。奥地利是神圣罗马皇帝们的驻地，是西方文明对抗野心勃勃的土耳其人的堡垒，是反宗教改革的桥头堡，也是“三十年战争”中天主教势力的大本营。奥地利仍然有一段时间在天主教和新教，甚至基督教和不信教之间举棋不定。斐迪南一世在位时，路德派的教义问答被大部分奥地利教区采用，路德教派盛行于维也纳大学。奥地利国会允许用两种形式领受圣餐，并允许僧侣结婚。1567年，一位传教士估计：“成千上万住在城里的人——甚至乡下的——不再信仰上帝。”神圣罗马皇帝斐迪南因为惧怕奥地利政府和哈布斯堡王朝的权力失去宗教的支持，召唤彼得·卡尼修斯和其他的耶稣会教士前往维也纳大学。在他们的领导下，天主教开始恢复势力，因为这些受过训练的人不仅隐藏其智慧，而且过着一种予人深刻印象的简朴生活。1598年，罗马教廷再度取得优势。
一个同样的变化降临到信仰基督教的匈牙利。2/3的匈牙利自1526年以来即受土耳其的统治，土耳其的边界距维也纳不到100英里，与土耳其的和平仅靠神圣罗马诸帝每年向苏丹们进贡来维持，这种进贡一直维持到1606年。特兰西瓦尼亚也支付类似的贡款，但1606年，其王子斯蒂芬·波西凯（Stephen Bocskay）绝嗣而死，因此将该地区遗赠给哈布斯堡王朝。
由那些渴望侵占天主教教会财产的贵族控制的奥地利的国会，自1526年以来即赞成宗教改革。在他们支持的宗教自由之下，新教在知识阶级中赢得优势。不久新教即分成路德、加尔文、唯一神教诸派，而唯一神教派又因直接向基督祈祷是否适当的问题而分成更小的支派。那些已经笃定可以得到天主教教产的贵族觉得再没有理由支持新教，因此他们欢迎彼得·帕兹马尼（Peter Pazmany）和其他的耶稣会教士们，以身作则地改信天主教，驱逐新教牧师而以天主教教士代其职务。1618年，施蒂里亚的大公斐迪南成为匈牙利国王，更加积极地推展反宗教改革运动。1625年，国会中天主教又得到多数席次。帕兹马尼原为一位加尔文教信徒之子，现在成为天主教的枢机主教，也是当时匈牙利文笔最流畅的作家之一。
1560年，波希米亚及其属地大部分是新教徒，都承认波希米亚王是他们的最高统治者，但每个小邦都有自己的国会、法律和首都，它们的首都分别为布拉格、布尔诺、布雷斯劳、包岑。布拉格在当时已经是欧洲最兴盛、最美丽的城市之一。波希米亚国会中只有1400位地主能够投票，会员却包含城市居民和农民代表，因为他们控制了经济大权，影响力自然不在话下。大部分贵族是路德教信徒，城市居民以路德教和加尔文教信徒居多数，农民则大部分为天主教徒，小部分为酒饼同领派信徒。1587年，他们放弃他们的胡斯传统，只坚持可以两种方式接受圣餐，最后（1593年）终与罗马教廷讲和。这些宗教团体中最虔诚的是波希米亚弟兄教派——他们严格地遵守“登山宝训”，除了农业外，摒除一切其他生活方式，过着一种宁静的简朴的生活。
1555年，斐迪南一世将耶稣会教士带进波希米亚。他们在布拉格建立了一所学院，培育了一批赤诚天主教徒的核心成员，而且使许多与信天主教妻子结婚的贵族改信天主教。鲁道夫二世发布公告首先摒弃波希米亚弟兄教派信徒，然后是加尔文派信徒，但他缺乏执行这些命令的方法。1609年，新教各派说服他签署了一个著名的《皇室宪章》（Royal Charter），保证波希米亚境内新教皇的礼拜自由。两年后，鲁道夫将王位让给马赛厄斯，马赛厄斯将帝国首都迁往维也纳，任由布拉格不快和反对。1617年，波希米亚国会——虽然波希米亚全国仍是新教信徒占大多数，国会中则天主教徒日增——承认施蒂里亚的斐迪南大公为波希米亚之王，他曾接受耶稣会教士的教育，曾经誓言无论统治哪个地方，他一定要扑灭该地的新教。波希米亚的新教徒们准备作战了。
此时的德国异常混乱：它不是一个国家，只是一个名称，是由一群具有相同的语言、经济形态，但习惯、政府、货币、信仰各方面则互相歧异、互相猜忌的小公国所构成之大杂烩。每个部分除了神圣罗马皇帝之外，不承认有任何上司，而对神圣罗马皇帝通常都是不理不睬的。有些外国人对此感到快慰。“如果它完全臣服于一个君主，”托马斯·奥维巴里（Thomas Overbury）爵士1609年写道，“它将成为欧洲各国的一大威胁。”即使对德国而言，在很多方面这也是一个令人愉快的安排。它固然削弱了德国和统一国家在政治和军事上竞争的力量，但它给予地方上的自由，一个宗教上和文化上的多样性。这里没有暴虐繁荣的巴黎吸取整个国家的民脂民膏，有的只是一群著名的城市，每一个城市都有它自己的特色和活力。
尽管有这些千变万化的大城市和袖珍型的宫廷，但德国已不再享有马丁·路德之前在北欧掌握的经济优势。因西欧到印度的海上航线之发现和大西洋贸易的兴起，首先得利的是葡萄牙和西班牙，其后是英国和荷兰，而受损的则是以前统辖东方贸易的意大利。德国那些将商业由意大利传往北方的河流和城镇也随之衰落。北海沿岸的荷兰港口、波罗的海沿岸的丹麦和波兰的港口，夺走了大部分的贸易和赋税。汉撒同盟早已失去往日的优势。吕贝克在与瑞典之间的长期战争（1563—1570年）中惨遭摧毁。只有法兰克福保持它旧日的繁荣，它每年一度的博览会仍然是欧洲最吸引游人的活动，因而使这座城市成为德国国内商业和国际财政的中心。
货币像以往一样流行。禁止利率超过5%的命令到处都被规避着。“这目中无神的僭夺之罪，”1585年一位牧师说，“现在的基督徒比从前的犹太人更甚。”“一种违反基督教义的贪恋金钱之风，”一位传道者1581年抱怨道，“已经猛烈地袭击着每个人和所有的阶级。任何人只要有任何可作为赌注的东西，他就不会从事正直而劳苦的工作……想用一切投机的方法，像金钱兑换和巧取豪夺的合约等致富。”数以百计的工人将他们的储蓄投资到著名的富格尔（Fugger）、威尔泽（Welser）、霍克斯泰特（Hochstetter）等家族所经营的事业中，而在接二连三的破产中全部泡汤。1572年，洛伊特兹（Loitz）兄弟银行公司在吸收大量小户资金后宣布倒闭，那些投资的小户损失了他们的储蓄甚至他们的家。富格尔家族因为他们出钱资助的菲利普二世和阿尔瓦破产而被毁。威尔泽家族于1614年败落，负债达58.6万基尔德。或许对通货膨胀的惧怕，驱使人们走向这种投资，因为几乎每一个德国小邦的邦主都用降低货币成色的手段诈欺人民，而制造伪币和偷银盗两的人又特别多。1600年，德国的货币陷入一种可耻的混乱中。
人口增加而生产落后，穷困已濒临到爆发革命的边缘。除萨克森和巴伐利亚两地外，德国全境的农民都变成农奴。波美拉尼亚、勃兰登堡、石勒苏益格、荷尔斯泰因和梅克伦堡诸地于1616年或稍后以法律确定农奴制度。“在德国的那一片土地上，”一位作者1598年问道，“德国农民还能享受他旧日的权利？他还能拥有或者使用公地、牧场和森林的利益？对封建劳务和规费还有丝毫的抵制？农民还拥有自己的法庭？上帝可怜他们吧！”很多农民改行开矿，但由于美洲的白银进入德国，竞争使得矿业的利润和矿工的薪资都下降。城市之中，旧日行会之中的友谊因为店主剥夺零工而被破坏。有些行业从早上4点开始工作直到下午7点，铜匠行会于1573年要求每周工作92小时。
早在1579年，我们已经听到德国已有罢工反抗织布机的事件。
