1564年，神圣罗马帝国虽然如伏尔泰所言早已名不副实，仍是一个面积广大由半独立小邦拼合而成的杂烩，这些小邦包括德意志、卢森堡、法兰奇·孔特、洛林、瑞士、奥地利、波希米亚、摩拉维亚及部分的匈牙利。这些小邦都承认那位属于古老哈布斯堡王朝的神圣罗马皇帝马克西米利安二世为它们的领袖，这个王朝从1438年开始统治神圣罗马帝国，直到1608年。查理五世逊位后，该王朝将欧洲的一半划分成两个部分，分属它的两个支系：奥地利的哈布斯堡王朝统治着神圣罗马帝国，西班牙的哈布斯堡王朝则统治西班牙及其属地。历史上由一个家族君临如此众多的人民达如此之久实属罕见。
哈布斯堡王朝在神圣罗马帝国境内的统治较在西班牙境内的统治宽大得多，因为构成神圣罗马帝国的诸小邦在政府、经济、语言、宗教及种族特征上不同，甚至以哈布斯堡王朝的权势和威望，也不能制止这些离心力将神圣罗马帝国变成一个由骄傲的自治单位组成的松弛的联合。偶尔召开的帝国国会（the Imperial Diet）发现抑制神圣罗马皇帝的权力，比制定为各邦所接受的法律来得容易，而那7位选举神圣罗马皇帝的帝国选帝侯则利用手中的选举权来控制他。这些选帝侯是波希米亚之王、萨克森、勃兰登堡、巴拉丁挪的统治者和“教会选帝侯”——科隆、特里尔、美因茨诸地的大主教。神圣罗马皇帝直接统治的地区仅限于奥地利、施蒂里亚、科林西亚、卡尼奥拉和提洛尔，有时也及于波希米亚、摩拉维亚、西利西亚及匈牙利的西部。他独立的岁入也来自这些地区，如果需要更多的钱，他必须低声下气地和控制帝国财源的帝国会议打交道。
斐迪南一世于1564年去世后，选帝侯们将其子马克西米利安二世选为神圣罗马皇帝，在此之前他已接受了波希米亚和匈牙利的王位。他太随和而不大像一位皇帝，每个人都沐浴在他善良的本性、随和的脾气、对任何阶级的仁慈和礼貌及开阔心智的春风中。除此之外，他更有着智慧和容忍，对科学、音乐和艺术的鼓励及令人难以置信的绅士风度。由于他在路德派和天主教传教士之间更为偏爱前者及在接受圣餐时除了面包之外坚持要酒，这曾经危及他的即位，而且只有在重行改信天主教否则放弃帝位两者之中选择其一时，他才在表面上遵从天主教的规律。同时他却保护新教徒免受迫害。他指责圣巴托罗缪大屠杀是集体大屠杀，同时允许奥朗日的威廉在德国征集军队迎战荷兰的阿尔瓦。在一个偏执无容、战祸连绵的时代，他给予神圣罗马帝国境内各小邦和各教派一个不平凡的楷模，即容忍而不歧视、和平而不畏缩。1576年，他在垂危的病床上拒绝接受罗马教会替他举行的临终仪式，但整个神圣罗马帝国的人民都参加他的逝后祝福。
他曾说服选帝侯们接受他的儿子鲁道夫为继承人，虽然他已经看出他儿子性格上的一些特征。鲁道夫二世的性格是多疑而阴郁的。因为是菲利普二世的可能继承人之一，他曾被送往西班牙接受教育，那里的耶稣会教士们剥夺了他的宽容心。他继位后不久，即严格限制新教礼拜的自由和范围，他的理直气壮也并非全无道理，因为宣布宗教性辩论导致的暴乱及新教各派的互不相容，正在动摇神圣罗马帝国和平而稳固的根基。他并不完全缺乏他父亲那些令人喜爱的优良品性。他过着适度的简朴生活，没有帝王的架子。他的一个兄弟指责他和地位卑贱的人们过于亲近时，他回答说：“虽然我们的地位和出身使我们高出众人，但不要忘记我们和所有其他人一样具有我们的软弱和缺点。”
确实，他宁愿做一个学者而不愿居君主的高位。他学习好几种语言，对每种科学和艺术都有涉猎，收集珍贵的绘画和雕塑、植物学上的各种变种和动物学标本。他帮助诗人和历史学家们，而且建立了很多学校。他成为数学、物理、化学、天文学、医学上的专家，也精通冶金和占星术，曾资助蒂丘·布拉赫和开普勒等在天文学方面的研究，他们将他们的“星群表”呈献给他。在布拉格——他的国都——宫廷之中全神贯注于科学研究，他发现他无暇结婚，也没有太多的时间治理政事。1594年后他不曾出席过国会，1598年后他拒绝批阅公文，而将国事委诸无能的宠臣。他年事渐长时，心智衰退，但没有变得疯狂，而是陷于一种沉思的、抑郁的孤独中，被谋杀的恐惧缠绕着。他曾梦见——或蒂丘·布拉赫曾从星象上——发现谋杀他的人会是一位僧侣，因此他变得不信任一切天主教的教士，尤其是耶稣会教士。内外交迫之下，他于1608年将奥地利、匈牙利和摩拉维亚的统治权让给他的弟弟马赛厄斯，1611年又将波希米亚王位和他剩余的一切权力让出。1612年，他去世了。
马赛厄斯这时已55岁，太疲于征战，未能享受到实际的治国之乐。他将行政和政策全部委托给那位能干而正直的维也纳主教梅尔吉奥·克莱塞尔（Melchior Klesl）。克莱塞尔因为对新教让步而触怒了天主教，又因让步太少而触怒了新教。马赛厄斯的表兄弟斐迪南，也就是施蒂里亚的大公，拘禁了克莱塞尔（1618年），马赛厄斯死（1619年）后不久，他自己被选为神圣罗马皇帝。此时大的决战业已开始。
