领袖威廉的去世使这些在佛兰德斯和布拉班特的部属们士气低落。帕尔马攻取了布鲁日、根特、布鲁塞尔、梅赫伦、安特卫普，1585年年底，马斯以南所有的荷兰领土除了奥斯坦德和斯卢伊斯外——都归入西班牙。但“乞丐”仍控制港口海域。
北方诸省再三求援于伊丽莎白，直到现在她才采取行动。她深知荷兰的叛乱防止了西班牙对英国宣战，她不能坐以待毙，而且荷兰人民控制英国的羊毛市场。1585年12月，她派遣一支由莱斯特及菲利普·西德尼爵士率领的精良部队到荷兰。莱斯特因为是叛乱诸省的总督，掌握至高无上的权力。看到南方诸省从北方输入生活必需品，他禁止与任何西班牙属地交易。但荷兰的商人以这种贸易为生，他们与西班牙战争时，依旧输出货物到西班牙，拒绝服从莱斯特的禁令。在聚特芬战败（1586年9月22日）后，莱斯特在羞愤交加的情况下离开了荷兰。在以后的一年中北方仍呈现混乱的局面，这个小共和国能继续存在实得力于下列几个原因：菲利普正专心致力于入侵英国的计划，又分心攻打法国的那瓦尔的亨利；荷兰人控制了海域以及荷兰商人的财富和坚毅；奥尔登巴内费尔特的政治才能及拿骚的莫里斯的军事才干，拿骚的莫里斯是威廉一世之子。
莫里斯在父亲死后不久，就被选为荷兰和西兰两省的行政长官。1588年，21岁时，他被任命为联合省的总司令和舰队总司令。1590年，乌得勒支、奥维里塞尔和吉德兰省颁布他为行政长官。西蒙·斯蒂文（Simon Stevin）在莱登教授的数学课程使他受益匪浅。莫里斯就把这最新的科学应用于弹道学、工程学及围攻术方面。他训练荷兰军队加强团结和整顿纪律。在一连串的战役中（1590—1594年），以快速的机动力和出其不意的战略，收复了聚特芬、代芬特尔、奈梅亨和格罗宁根。菲利普突击攻打英国及亨利四世则遭受失败。帕尔马技穷财尽，身体负伤，心力交瘁，死于斯巴（1592年2月20日）。
菲利普派遣奥地利的大公厄尔内斯特继承帕尔马，他不久就死了。枢机主教阿尔伯特大公代之，阿尔伯特辞去教皇的圣职，娶了国王的女儿伊莎贝尔·克莱拉·尤金妮娅。在菲利普死前不久（1598年），他赐给阿尔伯特和伊莎贝尔在荷兰的君权，附加条件是：假如他们过世了，而又无子女可以继承，则君权应复归还西班牙。他们是有才干、很仁慈的统治者，不能征服北方诸省，但在南方建立了一个文明的政体。在此政体下，教会的艺术和鲁本斯的裸体画在愉快与和谐中蓬勃发展。
1603年，出现一位新人物。阿尔伯特围攻奥斯坦德，两年未获成功。一位意大利银行家斯皮诺拉（Ambrosio de Spinola），以他的财产帮助西班牙，筹组一支8000人的部队，给予最优良的装备，参加围攻而取下了奥斯坦德。但是他巨大的财产也比不上荷兰商人的富有。他们继续不断建造舰队，而且提供经费，去侵扰西班牙船只、威胁西班牙与美国之间的黄金航线。阿尔伯特和伊莎贝尔疲于封锁和屠杀，急于与荷兰谈判。菲利普三世也因厌倦破产，同意这项建议。奥尔登巴内费尔特不顾莫里斯的反对，说服荷兰人民与西班牙和解。双方终于在1609年签订了休战协定，这项协定带给荷兰12年的和平。
外部的和平反而使内部不协调。莫里斯怨恨奥尔登巴内费尔特干预共和国的事务。在技术上来讲，荷兰省财政首长的权限应只限于该省之内，但荷兰省如此富有，其所付给国会的税额，等于联合省其他省份的总和。因此，奥尔登巴内费尔特很能结合他的智慧和财富的支持，适当地运用其影响力。此外，统治诸省的地主和管理地方行政区的富商都倾向奥尔登巴内费尔特，因为他和他们一样反对民主政体。他说：“由君主统治比由暴民统治好。”莫里斯转而求助于人民，他发现假如他结交加尔文教的牧师则能赢得民心。
现在共和国内的宗教问题有三部分：日益尖锐的教会与政府之间的对立，天主教徒与新教徒之间的冲突，新教教会内部的教义之争。加尔文教派会议谋求决定政治的政策及利用政府执行他们的教条。国会不信任加尔文教的集会，视其为一种危险的例子和民主政体的温床。奥尔登巴内费尔特命令牧师离开政府到民间去的行为，也为他树立了更多的敌人。说也奇怪，即使地方诸省，1609年，绝大多数的人仍然信奉天主教。法律虽然禁止天主教的礼拜仪式，但并没有认真执行，有232位教士主持天主教的仪式。乌得勒支的省议会命令牧师娶他们的管家，但归顺者寥寥可数，根本毫无服从的气氛。
在新教徒宗教团体内部，有加尔文教徒与少数的“怀疑论者”之间的斗争。后者被如此称呼并不是因为生活放荡不羁，而是热衷于宗教自由——甚至对天主教徒也不例外——及他们主张从一种宽容人道的观点来解释新教神学。这些伊拉斯谟传统的继承人（奥朗日的威廉也曾是其中之一）被坚信宿命论和认为他们的信仰应在联合省各地强制执行的清教徒，或正统的加尔文教徒指斥为秘密的“天主教徒”。科恩赫特·狄克曾做过奥朗日王子的秘书，著文力主宗教信仰自由，并建立了荷兰的文学。一位阿姆斯特丹的传道者雅各·阿米纽斯（Jacobus Arminius），被指派去反驳科恩赫特的观点，但他研究这些观点以准备答辩时，却被说服，因而改变了原来的想法。他在莱登教授神学时，即因怀疑宿命论说和反对路德与加尔文的论点，主张行善和虔信上帝一样能使人得救，而得罪了清教徒。他认为有品德的异教徒也可以免入地狱，并臆测所有人最后均将得救。他的同事弗朗西斯克斯·格马鲁斯（Franciscus Gomarus）教授称他为狡猾的异教徒。
阿米纽斯死于1609年。那时他赢取了一些有势力的党羽，包括奥尔登巴内费尔特和雨果·格劳提斯（Hugo Grotius），后者是鹿特丹受年金者。在1610年，这些“怀疑论者”草拟了一份抗议书，反对宿命论、选民论、定罪论等教条，并建议召开一个由教士与俗人共同参加的国家宗教会议，以重新定义基督教改革派的信仰。而清教徒则有系统地发表一篇反驳的抗辩书，用来再次肯定加尔文教的神学理论：
在亚当堕落之后，上帝保存了一部分人类，使免遭毁灭的命运，而且……注定他们将由耶稣基督来拯救……在这些选民中，上帝并不考虑他们的信仰或改变信仰，只是单单依照他的意愿。上帝派他的儿子基督拯救这些他所选定的人，而且仅是这些人而已。
格马鲁斯一派的人则坚持这样的问题只能由牧师来处理，他们称雷蒙斯特兰兹（Remonstrants）为天主教徒，使大多数新教徒站在清教徒一边。拿骚的莫里斯最初对神学的辩论采取一种轻视不理会的态度，后来转变为暂时加入正统宗教的一方。因为他这样做，可以获得人民的爱戴，为他企图重新获得国家的领导权奠定基础。
一场布道和印发小册子的战争随之而来，其激烈实不亚于兵戎相见。激烈的骚动破坏了停战的和平。在海牙，“怀疑论者”（Libertine）的住宅被袭击。鹿特丹正统的加尔文教徒被驱逐出境。荷兰召集一支军队保卫它的神学，其他各省也照样行事。内战似乎即将毁坏这个最近才诞生的共和国。1617年8月4日，荷兰省议会通过奥尔登巴内费尔特的《斯切普改革方案》（Scherpe Resolutie）——莫里斯认为它确实严厉——宣称国家在宗教事务上有至高无上的权力，并命令各省、各城市武装起来以抵抗加尔文教徒的暴乱。经过乌得勒支，他劝服其省议会招募军队支持荷兰。1618年7月25日，一些人率领一支武装部队进入乌得勒支，强迫该省解散新军团。8月29日，联合省的国会命令逮捕奥尔登巴内费尔特、格劳秀斯及其他的雷蒙斯特兰兹的领导者。11月13日，改革教派的宗教会议在多德勒克（Dordrecht）集会，给雷蒙斯特兰兹神学家一个申述论点的机会，随即判定他们为异教徒，并免除所有雷蒙斯特兰兹的传道者教会与教育的职位。阿米纽斯派的教徒像天主教徒一样被禁，并不得举行公开的集会和礼拜仪式。他们之中有许多人逃到英国，在那里他们受到国教徒的热情接待，并强烈影响了英国国教自由主义的信仰。
奥尔登巴内费尔特受到一个特别法庭的审问，不准他请律师。他被指控曾阴谋分裂和危害联盟，并企图在国内另设国家。庭外纷飞的小册子向群众宣传他私生活上的污点，他以强有力的滔滔雄辩为自己辩护，使他的儿女产生很大的信心，认为他必将被释放，于是在监狱前竖起一支五月柱，准备庆祝他即将到来的释放。1619年5月12日，法庭宣告他有罪，在次日执行死刑。格劳秀斯被判终身监禁，由于他妻子的巧妙安排，他逃脱了，后来写了一本值得纪念的书。
尽管这次不宽容主义获得了胜利，宗教自由仍在各省滋长着。天主教徒太多了，根本无法压抑，多德勒克宗教会议有关教义的法令又不能执行。同一年（1619年），门诺再洗礼派教徒自由地在里恩堡（Rijnsburg）设立他们的似教友派（Quakerlike）的学会。有了他们，斯宾诺莎将找到安全的避难所。1629年，笛卡儿称颂他在阿姆斯特丹享受到的学术自由。而17世纪末，荷兰省成为来自各国异教徒的避风港。
1621年8月9日，与西班牙之间的战争又开始了。阿尔伯特大公死而无子，南荷兰又归于西班牙。斯皮诺拉攻击荷兰的边境城市。莫里斯驱军抵抗，但长年的奋战使他疲倦不堪，在57岁时猝然逝世（1625年）。斯皮诺拉攻陷布雷达，并乘胜直驱阿姆斯特丹，这成为委拉斯开兹画中的一个主题。
荷兰顽强地重整旗鼓。腓特烈·亨利（Frederick Henry）继承他的兄弟为荷兰行政长官，表现了至今隐藏不露的政治家与将领的才能，使他的朋友和敌人同感惊愕。由于弗朗西斯·艾尔森（Francis Aerssens）的外交手腕，他从黎塞留那里得到每年1万里弗的津贴。他筹募了一支新兵，经过长久的围攻，取下了塞托肯波、马斯特里赫特、布雷达。斯皮诺拉当时被幸运地召回伦巴底去了。
同时，荷兰的商人把金钱投资到建造船只，因为每一次海上的胜利都扩展了贸易。1628年，一支荷兰的舰队在皮耶特·海恩（Piet Hein）的率领下，俘获一支从墨西哥运载黄金的西班牙舰队。另一支荷兰的舰队在斯拉克河攻击一支有13只船的西班牙舰队，把它击毁并虏获5000名战俘（1631年）。最辉煌的一次海上大捷是由海军中将马尔顿·哈皮兹朱恩·特罗普在位于多佛（Dover）和迪尔（Deal）之间的美国海峡赢取。西班牙人决心从荷兰人手中重新夺回荷兰港口的控制权，便召集了一支有77艘船的舰队，备以2.4万人。特罗普在海峡看见此舰队，便召来增援船舰。1639年10月21日，他以75艘船舰，驶近前去与敌人交战，击沉、摧毁或俘获大量西班牙的船舰，除了7艘逃逸，1.52万名西班牙水手在战争中被杀或溺死。这场战役在荷兰的历史上，与英国历史上击败西班牙“无敌舰队”占同样的地位。这次战役使西班牙丧失了海上所有的海域控制权，截断了西班牙与殖民地之间的生命线，并与法国在罗克罗伊（1634年）战胜西班牙军队，一同结束了西班牙在欧洲的权势时代。
深深地卷入“三十年战争”的战火中，西班牙决定放弃荷兰，以便全力以赴与法国作战。1648年1月30日，在芒斯特，西班牙的全权大使签署了《威斯特伐利亚和约》，结束了荷兰的“八十年战争”。联合省宣布脱离西班牙，他们的胜利得到承认。莱茵河贸易仅能经由荷兰港口进出北海，荷兰的商人在东西印度得以自由贸易。在人类历史上为争取自由最长、最勇敢、最坚忍的奋斗，就这样胜利地结束了。
