菲利普任命帕尔马女公爵玛格丽特为他的摄政，她是查理五世与一个佛兰德斯女人所生的私生女。她在荷兰长大，虽然在意大利住了很长一段时期、虽然不懂荷兰语，她了解佛兰德斯语。她既不偏执也不顽固，但她是一个虔诚的天主教徒，每年在复活节的前一星期，她都要洗濯12个少女的脚，并给她们结婚妆奁。她是一个能干和仁慈的妇人，却不幸失落在革命的大旋涡里。
她的权力被菲利普任命的顾问牵制。虽然爱格蒙特和奥朗日都是她的阁员，他们发现其他3位阁员统一投票时，就很少出席内阁会议。其领导人物是安东尼·皮雷诺特、阿拉斯主教，即历史上著名的枢机主教格兰维尔（de Granvelle）。他是一位本着良心行事、具有高尚品德的人。与玛格丽特一样，他也赞成以和平的手段对付异教徒，但他极端忠于天主教义和君主政体，以至觉得很难谅解反叛国教的行为。他和摄政受到的阻碍，主要是菲利普坚持没有王室的同意，就不能采行任何重要的措施，而“批示”由马德里转达到布鲁塞尔则费时数周。枢机主教因服从国王牺牲了名望。他私下反对主教区的增多，却屈从于菲利普坚持的4个教区对于17个省而言是不够的主张。
1563年3月，身为天主教徒的奥朗日、爱格蒙特与霍恩，写信给菲利普，控诉格兰维尔侵犯各省的权力，这些权力是国王曾发誓要维护的。他们认为枢机主教应该对这些新主教负责，因而要求国王免除他的职务。玛格丽特本人对他的当权不高兴，她渴求与这些不满的贵族取得协调，因为她知道他们有助于社会秩序的维持。最后（1563年9月）她也认为格兰维尔应被遣送到其他教区。坚持了很长时间，菲利普屈服了，请这位仪态高雅的大臣去职。格兰维尔离开了布鲁塞尔（1564年3月13日），但他仍是国王最信赖的顾问。这些贵族又回到玛格丽特的内阁。他们任命的官员有些竟然出售官职、公理正义和赦罪令，玛格丽特似乎也从中渔利。
宗教裁判所四处蔓延。菲利普远在西班牙亲自监视督促，派玛格丽特侦办异教徒。几乎没有一天不执行死刑。1561年，格利恩·穆勒（Geleyn de Muler）在奥德纳德（Audenaarde）被执火刑；托马斯·卡尔伯格（Thomas Calberg）在图尔奈活活被烧死；一位再洗礼派教徒在他妻子面前被一把生锈的剑连刺7下毙命，她目睹此惨状惊恐而死。被这些残忍行为所激怒，贝特兰德·布拉斯（Bertrand le Blas）在圣诞节望弥撒时侵入图尔奈大教堂，闯入祭坛，从教士手中抢取圣礼，把它践踏在脚下，并对聚会的信徒大叫：“误入歧途的人，你们怎能把这个东西当作耶稣基督，你们的主与救世主？”
荷兰的第一位西班牙宗教裁判官是修道会长彼得·泰特尔曼（Peter Titelman），他的手段极为专横残忍，以至布鲁日全部由天主教徒组成的市议会向摄政揭发他的野蛮暴行。他把民众从屋里拖出来，未经任何法律程序进行审问，逼他们说出任何他希望他们说的话，然后将他们处死。佛兰德斯的法官们以诚恳的心向菲利普正式请愿，请求他终止这项暴行。玛格丽特胆怯地要求宗教裁判官行为要“明辨谦逊”，然而执行死刑持续不断。菲利普支持泰特尔曼，命令摄政加强执行最近由特伦特会议（1564年）颁布的法令，不必有丝毫仁慈与迟疑。内阁认为法令中有几条违反了经过认可的省特权而提出抗议，并延缓其公布实施。
奥朗日的威廉极欲维护传统的政治自由、保持荷兰的倡导宽容政策，远超越了他的时代。他告诉内阁说：“假使国王认为荷兰人能无限期地支持这些残暴的敕令的话，那他就错了。我坚信天主教，我却不能赞同王子们企图统治他们的子民的良心及剥夺他们的信仰自由。”天主教徒这时也加入新教徒的行列，攻击国王的敕令暴虐专横。爱格蒙特被派到马德里请求缓和敕令的内容，玛格丽特私底下也赞成这项请求。爱格蒙特在西班牙受到款待，却空手而归。伊普瑞斯、那慕尔、根特、圣奥默的主教们也共同呈上了一封请愿书给菲利普（1565年6月），请求他缓和敕令及“以温和慈爱，代替严刑峻法儆戒人民”。对所有这些抗议，菲利普的答复是，他宁愿牺牲10万人的生命，也不愿改变他的政策。1565年10月，他将这篇清楚的指令交给宗教裁判官：
关于宗教裁判所，我的意愿是必须予以执行……依照古老的方法及依照法令、人性和神性的要求来加以执行。我对此极为关切，我要求你们执行我的命令，将所有判罪的犯人处以死刑，而使他们不再因为法官疏忽、怯弱和信仰不坚定而脱逃。假如任何人太怯弱不执行敕令，我将以较忠心热诚的人来代替他们。
玛格丽特服从菲利普，下令全力执行敕令（1565年11月14日）。奥朗日与爱格蒙特再度退出她的内阁。奥朗日、其他贵族及许多法官都拒绝执行敕令。新教徒四处散发小册子与大幅标语，公开揭发宗教迫害。外国商人意识到革命的气氛弥漫，开始离开这个低地国。店铺关闭，商业萧条，安特卫普如死城一般寂静。许多荷兰新教徒逃至英国或德国。在英国，他们协助发展了纺织工业，使之在17世纪能与联合省竞争，在18世纪领导了工业革命。
许多地位较低的贵族秘密接受了新教的教义。1565年12月，其中一些人——拿骚的伯爵路易（威廉具有侠义气的弟弟）、菲利普·马尼克斯（圣阿德冈德的洛德）、他的兄弟让·马尼克斯（索鲁斯的贵族）、布雷德罗德伯爵亨德里克及其他的人——在布鲁塞尔科兰波切伯爵的大厦集会，草拟出一份《协议书》，指责将宗教裁判所带进荷兰，并组成一个联盟，誓言将它驱逐出境。1566年4月5日，约400位较次一等的贵族行军到摄政的宫殿，对她提出一个“要求”，请她要求国王终止荷兰的宗教裁判所与敕令，并停止执行所有敕令直至收到菲利普的答复。玛格丽特回答说，她会将他们的请愿书转呈给国王，她没有权力停止敕令，但她将尽力而为缓和执行的手段。她的一个顾问见她被请愿人数之众和决心之坚所惊骇，于是促使她恢复信心，对她说道：“夫人，难道殿下会害怕这些乞丐吗？”这些同盟者挑衅般地接受这个名称，他们大部分穿着粗俗灰色的服装，随身携带旅行袋和碗钵，十足地表现出当时乞丐的特色。“乞丐万岁！”变成了革命战斗的呐喊声。有一年的时间，这些年轻的贵族领导并酝酿叛乱。
玛格丽特把“请愿书”及其受到广大民众支持的事向菲利普报告，她再次努力使他采取中庸之道。他的回答很明显带有安抚的意味（1566年5月6日）：他希望能够压制异教徒，不要有进一步的流血事件，而且答应不久访问荷兰。内阁还派了蒙特莫伦西、蒙蒂格尼男爵、伯格昂侯爵去他那里强调摄政的恳求。菲利普慷慨地接待他们。他写信给玛格丽特（7月31日），允许废止在荷兰主教统辖的宗教裁判所，并提供大赦给所有摄政推荐的人。
在荷兰的加尔文教派、路德教派及再洗礼教派，都利用风暴间歇的机会，使他们的宗教由秘密转为公开。新教徒难民大量地从英国、德国和瑞士回来，各种的传道者——前僧侣、博学的神学家、有野心的帽商、鞣皮匠、制革者——对着热烈的善男信女发表演说。他们许多人都带着武器，所有的人都唱着赞美诗，并大叫着“乞丐万岁！”在图尔奈附近，曾跟从加尔文学习的安布罗西·威尔（Ambrose Wille）向6000人传道（1566年6月28日）。两天后，在同一地点，另一位牧师向1万人演说；一星期以后，增至2万人。半数的佛兰德斯人似乎加入新教。在星期日市民参加新教的集会时，教堂与市内几乎是空的。以雄辩出名的彼得·加百利要在接近哈伦的奥维利恩（Overeen）布道的消息传遍荷兰全省时，成千的新教徒汹涌而至，他们唱赞美诗的歌声震撼着大地。安特卫普附近新教徒聚集的人数计有1.5万人——有人说是3万人——几乎每人都有武装。摄政命令安特卫普的法官们阻止这类对国家有危害的集会，但他们的回答是：他们的民团是无能为力、不可靠的。西班牙卫戍部队离开后，玛格丽特就没有军队听其使用。安特卫普处在这样的混乱中，经济生活受到严重的阻碍。摄政要求奥朗日的威廉前往该地安排天主教徒与新教徒之间的一些和平解决方案。他平息了这些争吵，劝服传道者将他们的集会限制在城郊地区，并卸下武装。
同一个月（1566年7月）有2000名“乞丐”，在拿骚的路易伯爵领导下，在列日主教区内的圣特隆德（St.Trond）集合，于狂欢豪饮中，拟定计划传播他们的主义。他们决定联络德国新教徒，并在他们中间征募一支军队，以便荷兰新教徒遭受攻击时能够予以援助。7月26日，路易与12个人，打扮得像乞丐，向摄政提出一个要求，要她召集国会，同时接受奥朗日、爱格蒙特和霍恩的指导。由于她的答复含糊，他们威胁要求取外国的援助。（拿骚的）路易立刻行动，与他行事谨慎的兄弟威廉共谋，在德国募集4000骑兵与40个连的步兵。
8月9日，菲利普签署一项正式的法定文件，宣称他提出的赦免令是被迫的，违背了他的意志，因此不能约束他。8月12日，他向教皇保证，宗教裁判所的停止全视教皇同意与否。8月14日，一群新教徒因为传教士指责宗教的肖像是一种邪神而被触动，闯入圣奥默地区所有的教堂，捣碎圣像与祭坛，并毁坏所有的装饰品。在这个星期，类似的暴徒在伊普瑞斯、库特赖、奥德纳德、瓦伦辛等地如法炮制。在安特卫普，16日和17日两天，暴民闯入大主教总教堂，捣毁祭坛，砸碎彩色玻璃、十字架与其他的圣像，毁坏风琴、刺绣艺品、圣餐杯、圣体匣，打开坟墓，剥去尸体的装饰品。他们喝圣餐中用的葡萄酒，烧毁珍贵的弥撒书，践踏艺术杰作。他们拿来梯子与绳索，把雕像从壁龛上拖下来，用大锤子敲碎它。群众狂呼大喊着，横扫安特卫普，毁坏了30间教堂以及修道院的圣像与装饰品，烧毁修道院的图书馆，驱走修道院中的修士与修女。“加尔文教派的复仇女神”的消息传到图尔奈时，破除偶像的运动爆发了，每一间教堂都惨遭掠夺和破坏。仅佛兰德斯一地就有400个教堂的雕像被洗劫，科兰波切伯爵主持这次大破坏，并以被奉为神圣的圣饼喂他的鹦鹉。在别处，一些曾为牧师的人，用叉子烤圣饼。复仇女神从佛兰德斯进入北方诸省，到达阿姆斯特丹、莱登、代尔夫特、乌得勒支，最后到达格罗宁根与夫里斯兰。大部分新教徒领导者责备这些破坏，但有些人则认为与那些曾经施诸人民的暴政相比，这只不过是小小的暴动而已，因而判断破坏雕像和肖像比活生生地烧死“异教徒”的罪要小得多。
帕尔马的玛格丽特经此风暴之后退缩了。她写信给菲利普说：“此刻，这个国家除了天主教外，对任何一件事情都加以纵容。”菲利普想伺机报复，但摄政面对这些武装的暴民与大无畏的领导者，不得不让步了。8月23日，她与“乞丐”的代表签署了一项“协定”：根据此协定，早已实施的加尔文教礼拜仪式的地方不再受限制，唯一的条件是不得骚扰天主教的仪式；而且根据此协定，新教徒应该把武器放在家里。同盟的发言人宣称，只要政府遵守协定，他们同意解散他们的组织。于是，宗教上的迫害停止了，各处立即显得和平宁静。
奥朗日的威廉与西班牙国王都不满意让事情就此平息。威廉认为热烈的新教的扩展，是赢得荷兰独立的一种方法。虽然名义上是天主教徒，他辞去了所有的公职，组织了自己的间谍活动组织，到德国（1567年4月22日）招募士兵与寻求财源。5天后，阿尔瓦公爵接受菲利普的委托，离开西班牙，征召军队，对那些加尔文教徒施以报复，而且坚决采取武力，摧毁荷兰境内所有的异端、叛乱及自由。
