亨利披荆斩棘，发现国家重建的工作比权力的征服更为艰难。32年的宗教战争使法国的景象萧条混乱，几乎像100年前“百年战争”后一样，法国商船已从海上消失。30万家园惨遭摧毁。战争的仇恨使道德坠落，复仇的狂欲已经毒化了法国。复员的士兵横行于道路和乡间，到处抢掠、谋杀。贵族们以效忠为条件阴谋敲诈，要求恢复封建领主的主权；各省长久以来自谋发展，使法国分割成一些自治政府；而胡格诺教徒叫嚣着政治独立与宗教自由。神圣同盟仍有一支仇视的军队继续作战。亨利以金钱收买该军指挥官马耶纳同意休战，最后于1596年1月达成全面和平。在签订议和条件时，亨利让这位胖公爵步行得气喘如牛精疲力竭，然后告诉他这是给他唯一的惩罚。这时亨利手下一位将领比龙公爵查理·贡托阴谋叛变，亨利愿意给他一个悔过的机会。比龙公爵加以拒绝，被处以极刑（1602年）。至此全法国才意识到那瓦尔是法国国王了。厌倦无政府混乱状态的法国人开始拥护他——商人阶级请求他——奠立新波旁君主专制政体。王室的专制政治是英国内战的起因，却是法国内战的结果。
政府首要之需既为金钱，亨利下令征税。现在的法国财政委员会因贪污声名狼藉，亨利以不畏任何势力的索利公爵主管财政，并授以全权来清除纳税人与收税者之间沆瀣一气的污浊气氛。马克西米利安·贝苏尼（Maximilien de Béthune）是与亨利交往达25年之久的知己，随他南征北讨已有14年，现在（1597年）才37岁，他采取铁腕措施攻击盗用公款和腐败无能的官吏，使自己成为法国内阁中最重要但不受欢迎的阁员。挂在卢浮宫内一张杜蒙斯蒂尔（Dumonstier）所画的人像显示：他大头浓眉，有一双锐利而表示怀疑的眼睛。对辅助一个风流成性的国王——像卡萨诺瓦（Casanova）一样忙于女人的事情，因此无法做出查理曼那样的伟业，他是所需要的真正的天才。索利以政府的守望者自居。他身兼财政、公路、交通、公共建筑、防御工事、炮队的监督者，巴黎巴士底监狱狱长，巴黎总检察官。他无所不在，无事不管，坚持做事要有效率、节约及正直。他从起床一直工作到就寝时，生活在一间朴实无华的房间中，墙壁上仅挂着加尔文和路德的画像。他维护胡格诺教教友们的利益，稳定金融货币，重新整顿官僚，并加以训练，强迫盗窃公款公物的官吏如数退还，要求老百姓将战时据为己有的国家财产和岁收退还给政府，并强迫4万个逃税者缴税。他上任后，发现国家财政负债达2.96亿里弗，他不仅偿清了这些债务、平衡了预算，而且积存了盈余达1300万里弗之多。他保护、鼓励开创各种经济的新局面，如筑路、建桥、计划开凿大运河以沟通大西洋和地中海之间的航运，并使法国内部的卢瓦尔河衔接塞纳河。他宣布所有可资航行的河川均属于王室领土，禁止任意封锁，重新舒畅陆上货物的流通。
得益于这几位精选的贤能部长的辅助，亨利才能着手重建法国的工作。他使朝廷和议会恢复其合法的职权和威信，如他批准官吏把职位让给他们的儿子，不仅可收集一笔款项，还可稳定政府，使中产阶级抬头——特别是合法的团体或法官等高贵阶级，以与敌视的贵族阶级互相抗衡、抵消。亨利平时忙于享受生命和工作，很少有时间看书，但对奥利维·塞尔斯（Olivier de Serres）的《农业剧场》（Les Théatre d’Agriculture，1600年）细心研读。该书详介更科学的耕种方法，他将这些改良的方法用于皇家土地，作为忙碌度日的农人耕作的鞭策和榜样。他曾说，他渴望看到每个家庭星期日用餐时锅中都有一只鸡。他下令禁止贵族们狩猎时在葡萄园或稻田上骑马奔驰，也严禁军队践踏农田。他取消农民欠缴的2000万里弗的税款（可能是因为他知道他永远收不回这笔款项），将人头税从2000万减至1400万里弗。在柯尔伯（法国政治家、财政家）之前，就实施以关税来保护本国现存的工业，并将制造精致陶瓷和玻璃、丝织等新工业引进法国。他在土伊勒里皇宫和枫丹白露两处的花园种植桑树，要求每个主教辖区必须种植1万株桑树。他帮助并扩展巴黎戈布林工厂（The Gobelins）的织挂毛毡。为使工人免受同业公会中工头们法律规章的束缚，他重组法国的工业，使其建立在一个共同的基础——各行业的雇主与受雇者联合而受国家法律的约束。但贫穷继续存在，部分是由于战争、瘟疫、税捐，部分则因各人才能不等，但贪欲则一，使大多数的物资历代都被少数人占取。国王本身生活俭朴，只在情妇身上挥霍无度。为了辅导失业者就业并清除乡间成群好吃懒做的老兵，他筹资兴建一系列公共工程：铺平并拓宽街道，开凿运河，沿着公路栽培树木；开放公园和广场——如皇家广场和多芬广场，好让巴黎有足够的活动空间。国王还为残废的穷人创设慈善医院。这些改革在他突然去世以前虽未能一一实现，但终他统治之期，法国确已享受到弗朗索瓦一世以后未有的繁荣。
最重要的是他结束了宗教战争，而且教导天主教与新教徒和平相处。双方并不友善，因为虔信的天主教无法容忍胡格诺教徒权利的存在，而狂热的胡格诺教徒也视天主教的崇拜为异端的偶像崇拜。1598年4月13日，亨利冒险颁布历史性的《南特诏书》，赋予除17个天主教徒占绝大多数（如巴黎）的城镇外法国800个市镇信仰自由。自此胡格诺教徒担任公职的权利已经确定，国会中已有两名胡格诺教徒担任要职，而胡格诺教徒蒂雷纳（Turenne）将出任法国元帅。政府将支薪予新教徒部长和每一所新教教会学校的校长。新教徒的子女与天主教徒的子女享受同等待遇，得以进入小学、学院、大学和医院，由胡格诺教徒控制的城镇——如拉·罗契尔、蒙彼利埃和蒙托邦将保留原状，其城堡和驻军将由政府维持。像这样已经放宽的宗教自由仍未臻完美，因它仅针对天主教和新教而已，其他宗教则未受惠，但它已在欧洲创立最进步的宗教容忍范例。唯有这么一个对信仰充满怀疑的人才能改变“笃信基督教的国王陛下”成为一个基督徒。
法国各地的天主教徒呼吁反对这个诏书，认为这是背叛了亨利支持他们信条的诺言。教皇克莱门特八世指责“这是人们能够想象的最不幸的事件，人人享有良心的自由，那是世界上最坏的事情”。天主教作家再次宣称异教国君应被废或被杀死，而像霍特曼之流的新教作家，在亨利三世时曾为民权论辩护，现在对新教国君专制的德政大加赞扬。巴黎议会在很长的时间中拒绝给予该诏书官方的登记，依照惯例，如果没有这项登记，任何皇家谕令均无法成为被接受的法律。亨利召集该会会员，解释其所作所为是法国和平重建不可或缺的。议会终于让步，并接受6位胡格诺教徒为会员。
1603年，亨利允许耶稣会会员重返法国，可能是平息天主教反对势力和抚慰教皇的一种手段。索利坚决反对这一措施。他辩称，耶稣会教士都是“天才人物，但巧言令色，诡计多端”；他们为哈布斯堡王族效力，是法国之敌——西班牙和奥地利的人；他们宣誓无条件效忠教皇，而教皇地理上是哈布斯堡王族的阶下囚，财政上是其依赖者；他们迟早会左右亨利的政策，此计未能得逞，他们将会说服几个狂人“以下毒或其他方法取你性命”。亨利回答，如获耶稣会教士的支持，对法国的统一工作是一大助益，若继续予以放逐和敌视，对于他的生命及政策而言，可能比让他们回到法国更危险。他以耶稣会教士皮埃尔·科顿（Pierre Coton）为听他告解的神父，后来发现他忠诚、人缘好、热心于法国的行政和慈善运动。
