亨利·那瓦尔正面临生命的危机，突然之间，他因法律和传统而成为法国国王，但几乎同样突然地，他的部队有一半背弃了他。先前效忠亨利三世的贵族离他而去，归返家园，他部队中大部分天主教徒也不见了。法国有2/3的人表示坚决反对新教徒当国王。两次暗杀事件暂时使“政治家”沉默下来，巴黎议会承认波旁枢机主教为法国国王。西班牙国王菲利普向神圣同盟保证倾美洲的黄金为后盾，维持法国为天主教国家。这时令菲利普稍感快慰的是：法国生产和贸易的瓦解使法国到处荒芜寥落，人怨沸腾，民不聊生。
巴黎反对那瓦尔甚为激烈，以他目前骤然大减的兵力和杂乱无章的军队，进攻巴黎实在大有问题。那瓦尔统帅指挥受到情妇的阻挠多于敌人的阻挠，这时他谨慎地撤回北上的部队，以接受英国方面的援助，而马耶纳公爵乘机快速追赶。在迪耶普（Dieppe）之南的阿奎兹（Arques）两军遭遇，亨利兵力只有7000人，马耶纳公爵则有2.3万人之多（1589年9月21日）。我们可从亨利致他的指挥官克里朗的信函中得知战果：“你自己上吊好了，勇敢的克里朗，我们曾在阿奎兹奋战，而你却溜到别的地方去了。”这次的胜利使各地暗中支持亨利的人受到鼓舞，好几个城镇大开城门欢迎他进入；威尼斯共和国承认他为法国国王；伊丽莎白女王为了使法国免沦为西班牙的统治，也和威尼斯同样急迫地派遣了4000多士兵前来支援他，赠送他2.2万金镑，7万磅火药，数船的鞋子、食物、酒、啤酒等。菲利普则从佛兰德斯派遣一支部队增援马耶纳以为报复。援军于1590年3月14日在厄尔（Eure）的伊夫里大战。他在头盔插上一根装饰用的白翎——几乎不能称为白色的羽毛，并对他的部下说：“若你们在战事最激烈时被冲散了，赶快在我右方的梨树下集合……如果你们失去了军旗，就以我头盔上的白翎为准——你们会永远发现它在荣耀的道路上迈进，我希望我们旗开得胜。”他和平常一样，总是身先士卒。他的右臂因搏杀而青肿，宝剑变形。他仁慈的美名对他非常有利，因为马耶纳属下数千名未获薪饷的瑞士兵归降于他。亨利在此役中大获全胜，“同盟”战败，已无可战之兵。他一路无阻，再度向巴黎围攻。
1590年5月至9月，他那支又穷困又饥饿的军队，迫切地想攻入巴黎抢劫一顿，但为亨利所阻。他拒绝下令屠杀，担心造成比圣巴托罗缪惨案更坏的局面。巴黎被围一月后粮食不继。巴黎人仅以马、老鼠、狗和草糊口。亨利顿生怜悯之心，下令让粮食入内。菲利普命令驻荷兰总督帕尔马公爵率领装备精良、久经战阵的西班牙精锐部队前来救援。亨利使出谋略，大军退至卢昂诱敌来犯。帕尔马尾追不舍，两军展开策略决战。帕尔马因病魔缠身无能为力而溃败，亨利大军再度把巴黎团团围住。
现在，他面临一个根本问题：身为新教徒，他能在这个90%都信奉天主教的国家赢取并保有王位吗？甚至他的兵士多半是天主教徒。另一个困扰他的难题是他现在财政短绌，已无力给他的兵士发饷。他召进重要幕僚，坦承有意改信天主教。有些幕僚赞成，认为这是通向和平的唯一途径。另一些人指责该计划，认为对于曾经提供血泪和金钱以期能有一位新教徒当国王的胡格诺教徒来说，这无疑是一次残酷而丑陋的背弃行为。对此，亨利的回答是：“如果我照你们的意见继续战争，法国很快就没有皇帝，也没有国王了。我希望把和平带给我的臣民，也让我的灵魂得到休息。你们好好商量，看什么才是你们需要的，我将永远准备满足你们。”他补充说：“这两个宗教之间差异之所以扩大，或许因传道者的仇视而起。有一天，我将借我的权力设法解决这件事。”然后他给自己的基本信仰下定义：“那些坚信不疑不违背良心的人，就是我的教友，所有勇者和善者信仰的宗教也就是我的宗教。”杜普利西斯·摩那、阿格里帕·德奥比格尼（Agrippa d’Aubigné）及其他的新教领袖纷纷离开他，但亨利最忠诚的顾问索利公爵仍坚信新教，却同意了他的决定：“巴黎很值得做弥撒。”
1593年5月18日，亨利派人告知教皇和巴黎的天主教当局，说他愿学习天主教的信仰。教皇格列高利十四世重申破门律，但法国天主教当局不盲从罗马的决定，准备辅助这位新的忏悔者成为虔诚的国王。但他不是一个很听话的学生。他不愿保证对异教开战，他拒绝签字或相信“他十分清楚，他们大多数人也不信的无价值的东西”。他婉转地接受赎罪的教条因为“这是你们收入最好的部分”。在7月25日他写信给他当时的情妇说：“我即将尝试一次危险的跳跃。”他到圣丹尼修道院忏悔，接受赦罪，并聆听弥撒。
两大阵营中成千上万的人谴责他是伪君子。耶稣会对他改信天主教之事加以否定，神圣同盟的领导分子继续反抗。但自帕尔马公爵和波旁枢机主教死后，神圣同盟势力大为减弱，而“十六人当局”因支持菲利普促成其女为法国王后之事，已失去法国爱国人士的拥护。很多贵族投奔亨利，视亨利为能够阻止西班牙侵略的一位将领，他们认为他是一位仁慈的统治者，他能使濒临四分五裂边缘的法国恢复原来健康的面貌。这时有一份构想精巧的刊物《梅尼普斯讽刺诗》（Satyre Ménippée）道出了“政治家”和中产阶级的心声，以机智讽刺的文章调侃耶稣会会员和“同盟”，并宣称：“从来没有和平是如此不公正的，甚至它连最公正的战争都比不上。”连有宗教狂热的巴黎也呼吁和平。小部分人的敌视持续8个月之久。1594年3月22日，亨利在几乎无人阻挡的情况下，受到热烈的喝彩和欢呼，他必须被抬着穿过人群，进入巴黎圣母院。22年前，他在卢浮宫当阶下囚时，几乎性命不保，如今他在同一个地方登上王位，心中乐不可支，发布大赦，甚至连吉斯王族及“十六人当局”也包括在内。他对一部分敌人以宽恕礼遇争取过来，另一部分则以借贷得来的款项加以贿赂。
虽然如此，人心并未全部归向他。在里昂，皮雷·巴里耶雷买了一把刀，把它磨得锋利后，即动身前往巴黎，声称此行的目的是要刺杀国王。他在麦兰被捕，立刻被处以绞刑。“啊！”亨利说，“如果我知道这件事，会饶恕他的。”教皇克莱门特八世颁召赦免国王之罪，但耶稣会教士继续传道反对他。12月27日，年仅19岁的让·查特尔（Jean Chatel）以匕首向国王行刺，但仅割破口唇和打碎一颗牙齿。亨利又建议饶恕这个狂徒，但有关当局认为查特尔须受弑君罪应得的刑罚制裁。查特尔傲然坦承刺杀这一异教皇帝的意愿，并供认为其本身的超脱，他准备进行另一次暗杀。他承认是耶稣会的学生，但不愿意以自己的所作所为牵连到他们。西班牙耶稣会教士马里安纳曾说过赞成昏君被弑，亨利三世尤其该杀。法国耶稣会教士圭格纳德（Guignard）曾经撰文评论亨利四世，认为他在圣巴托罗缪大屠杀中即应被杀，而现在应该“不惜任何代价和运用任何手段”加以铲除。1595年初，巴黎议会应巴黎神学院世俗教士的请求，下令耶稣会教士们离开法国。
