安茹公爵登上波兰王位后不久即回国，时年24岁，成为亨利三世—法国瓦洛伊斯的最后一个国王。巴黎的卢浮宫内有一张未具名的画像，显出他身材修长、脸色苍白、表情玄默——一个性情善良而掺杂着不良遗传的人。他身体孱弱，情绪不稳，容易疲劳，不得不避免骑马和狩猎，动辄便在床上休息数天。他皮肤常发痒，无药可治。加上头痛、胃痛、耳鸣，年未36岁即已齿牙脱落，白发皤皤。他表面上的傲慢其实是缺乏自信，他冷酷表情之下隐藏的是恐惧，通常他是温和而谨慎的。不幸的是，他有异装癖。有一次他出现于舞会中，穿着低领的服装，颈上挂着一串珍珠，耳带有珠宝装饰，双手套上了手镯。他在身边召集了12个娇小妩媚的男孩子，卷曲着长发，脸上涂抹脂粉，穿上化装的服饰，再洒些香水，使之摇曳生香。他有时候装扮成一个女人，由这些不男不女的人前呼后拥，于晚间逐街嬉游并戏弄市民。在国家财政濒临破产而政治几成无政府状态之时，他竟不惜耗费巨资以1100万法郎用在一个男宠的婚礼上，并将法官的捐俸加倍为另一个男宠购买结婚礼物。不过他也将民脂民膏用在公益的方面——建造新桥，装修卢浮宫，整顿脏乱，使巴黎数个落后地区楼阁林立，焕然一新。他推动文艺活动和戏剧，励精图治，为了偿付他所有的借贷，他步行到沙特尔（Chartres）和克莱里（Cléry）朝圣。他走遍巴黎的教堂，手中不离大串的念珠，热心地收集主祷文和圣母颂。他参加了“蓝色苦修僧”（Blue Penitents）幽灵似的夜间游行行列，将麻袋套在身上，只开几个洞供眼睛看和脚活动。他没有孩子，他母亲将双亲孱弱多病的体质又传给了他，伤心地眼见她的子嗣即将凋零灭绝。
当时政治环境的混乱，远非亨利所能了解。他天生不善战，凯瑟琳年纪大了，渴望的是和平。胡格诺教徒虽失势，但未屈服，他们继续起来反抗。他的弟弟阿朗松公爵这时正在和英国信仰新教的女王互通款曲，参加荷兰境内新教徒的叛变，并加入那瓦尔的亨利在贝阿恩的势力。一小部分被其批评者称之为“政治家”的天主教领袖，采纳奥皮塔尔的意见（他于1573年抑郁而死），建议双方在敌对的信仰中互相宽容，并力主国家在宗教不统一的情况下才能够继续生存，显然这个意见在双方阵营中都不受欢迎。他们争辩说，如果教皇不容许这样的妥协，则法国应终止其与罗马的宗教关系。慑于“政治家”和胡格诺教徒的联合及增援新教徒的德国军队的入侵，亨利于1576年在博略（Beaulieu）签订《蒙塞尔和平条约》（Peace of Monsieur），并公布了和平诏书——《博略诏书》（Edict of Beaulieu），结束了第五次宗教战争。《博略诏书》赋予胡格诺教徒在法国各地充分的信教自由，适任各种公职，并允许胡格诺教徒在8个城市享有政治和军事的完全独立自主。
大部分天主教徒，尤其是巴黎那些顽固守旧的民众，都对这次向那些本以为可被铲平的新教党徒所做的让步感到震惊。1562年，洛林的枢机主教曾提议筹组“神圣同盟”，其会员须宣誓不惜运用任何手段和代价来保护教会，亨利·吉斯于1568年在香槟即曾筹组类似的组织，此时很多省份也已成立类似的机构。1576年，吉斯公爵公开宣布“神圣同盟”的组织，并誓师出征，决心彻底消灭胡格诺教徒。
我们自应避免赘述第六、七、八次宗教战争的前因后果，除非其能影响法国国情或思潮。此时，哲学再度介入这个纷争之地。1579年，一位未经指明的作家——很可能是菲利普·杜普利西斯·摩那（Philippe Duplessis Mornay），那瓦尔的一位议员——从瑞士西北的巴塞尔城，发出一则激动人心的宣言，名曰《人民有权反对暴君的辩白》（Vindiciae Contra Tyrannos）。它以拉丁文写成，但马上被译成各国文字。它的影响达一个世纪之久。在法国，胡格诺教徒以它为工具，荷兰人则用它来对抗菲利普。清教徒用它来反抗查理一世，英国的辉格党利用它为废立詹姆士二世辩护。往昔国家与统治者之间默许的“社会契约”理论（Social Contract），至此定型。而日后的托马斯·霍布斯、约翰·洛克、卢梭等政治学者也提出了同样的主张。第一，政府是上帝、人民与君王三者组成的盟约（Covenant）以维护和服从“真正的宗教”（True Religion）——新教；任何国君未能遵行这些原则，均应遭废立。第二，政府是介乎国君与人民之间的一项协定：国君治世，凡百庶政，大公无私，臣民在野，恭驯服从。国君与人民均须服从自然法则——理智和天生的正义的法则，类似神圣的道德律，而超乎所有“成文的”（人制定的）法则之上。国君的职责即在维护这项法则，使之具有积极的、自然的、神圣的性质。他是推行这一法则的工具，而非其主宰。“人民……是一个整体，应被视为王国绝对的主人和所有人。”但国王是否为暴君将由谁评定呢？不是群众可以决定的，“那就像万头的怪物”，宁可由地方长官来决定，或是像法国国民代表大会一类的议会来决定。
阿朗松公爵于1584年逝世、亨利三世承认那瓦尔的亨利为假定王位继承人后，双方武力和思想的冲突更加尖锐。一夜之间，胡格诺教徒闭口不谈暴政和废位问题，他们成为亨利继承王位的热烈赞助者，盼望着体弱多病的瓦洛伊斯王早日驾崩，把法国让给他们新教的波旁王朝。胡格诺教徒最近公布的宣言——《辩白》不再受欢迎，而霍特曼则宣称凡反对那瓦尔的亨利继承王位的都是罪人。但大部分法国人一想到胡格诺教徒国王来统治他们，就不寒而栗。一个新教徒怎能在兰斯接受教会的涂油仪式呢？而不经这种涂油仪式，谁又能成合法的法国国王呢？保守的教会人士在激昂的耶稣会教士领导之下，指斥这项王位的继承，并召集所有的天主教徒加入神圣同盟。亨利三世在局势驱迫之下改弦更张，加入神圣同盟，并命令全国的新教徒改信天主教，否则即须离开法国。那瓦尔的亨利向欧洲各国控诉，要各国承认他的继位是正当的。但教皇西克斯图斯五世将他逐出教会，宣布他是一个固执的异教徒，无权继承王位。波旁枢机主教查理现在宣布自己是假定继承人。凯瑟琳再度为和平奔忙，表示如果那瓦尔放弃新教的话，她愿意支持他，但那瓦尔拒绝。他率领一支包括部分天主教徒的军队首先发难，在数月内攻陷了6座城市，并在库特拉斯（Coutras）击败一支两倍于他的“神圣同盟”的军队（1587年）。
胡格诺教徒的数目约占全法国人口的1/12，现在占有法国主要城市的一半。巴黎是法国的心脏，该城热烈支持神圣同盟。神圣同盟不满亨利三世暧昧的态度，由来自16个区的代表在巴黎组织了一个革命政府。这一“十六人当局”（The Sixteen）即与西班牙磋商，要求西班牙入侵英国和法国，并计划捉拿国王。亨利迫于局势，召来了瑞士禁卫军团。“十六人当局”即要求吉斯公爵控制巴黎，但被国王阻止。此时吉斯抵达巴黎，民众夹道欢呼，拥他为法国天主教领袖。亨利三世遭此羞辱，发誓要报一箭之仇。他逃亡到沙特尔。后来又失去了勇气，排除了那瓦尔的亨利，任命亨利·吉斯为统帅，并下令全国代表大会在布卢瓦召开。
代表们集会时，国王愤愤然注意到几乎所有的皇族荣耀都为吉斯一人占尽。一日，他做了疯狂的决定，要他的助理谋杀吉斯公爵。他邀吉斯参加一个秘密会议。这位年轻的贵族接近国王的房间时，9个刺客拥上将他刺死。国王开了房门，满怀兴奋地注视着这一场景（1588年12月24日）。他下令监禁“同盟”的领袖们，宣判吉斯公爵的弟弟吉斯枢机主教死刑。怀着骄傲和恐惧的心情他向母后报告自作主张的行动，她绝望地搓着手说：“你已经把法国毁了。”
12天后太后驾崩，享年69岁。她因责任、焦虑、阴谋或懊悔而心力交瘁，几乎无人为她的去世哀伤。她下葬于布卢瓦的一个普通的墓中，因为提出把她的遗骸安葬于她预先准备好的圣丹尼墓地时，“十六人当局”马上宣布：若她的遗骸被运回巴黎，他们便把它投入塞纳河中。半数的法国人指责亨利三世是谋杀者，学生沿街示威，要求他退位。在教皇的支持下，巴黎神学院的神学家解除人民对国王的效忠。各地的教士们呼吁进行武装叛变。国王的亲信一一被捕，担心被认为是保皇党的男女，大群挤入教堂内寻求保护。神圣同盟政治宣传小册子的著者接收了胡格诺教徒的政治理论：人民被视为统治者，可以通过议会或官吏行使他们的主权废立暴君；未来任何一位君王都须受宪法的限制，而君王主要的职责是推动真正的宗教——天主教。
此时亨利三世与一些贵族和士兵，在图尔城受到两大可怕势力的夹击：“同盟”的军队在马耶纳公爵率领下，正从北方南下；攻城略地的那瓦尔大军，也从南方直上；两军都志在捕获他。胡格诺教徒的亨利把握机会，派遣杜普利西斯·摩那晋见国王，表示支持与保护，并请国王加盟。1589年4月30日，两个亨利在普罗西斯尔斯—图尔会师，誓言互相忠信。他们会师，一举战败马耶纳，大军继续向巴黎推进。
在这个疯狂的首都，有一位叫雅各·克莱门特（Jacques Clément）的圣多米尼克教派僧侣，热情地倾听着有关亨利三世被指控为刺客的事。他确信，一次神圣伟大的壮举可以使他消除业障。同时被杀的吉斯公爵的妹妹，蒙庞西耶（Montpensier）公爵夫人凯瑟琳的悲伤和美丽——也激励了他。他身藏一把匕首，摸索潜入国王营帐之内，然后将匕首戳入国王腹中。他当场被卫兵杀死，死时怀着灵魂升入天堂的信心。亨利·瓦洛伊斯于翌晨逝世（1589年8月2日），临终时嘱其部属要投效他的表亲那瓦尔。这时军心大乱，士气低沉，进攻巴黎的计划只好暂搁一旁。消息传到巴黎时，“同盟”及其部属欣喜若狂。有些教堂的祭坛上挂着这位僧侣的遗像。虔信的徒众为这次暗杀喝彩，他们认为这是自基督降生以来，上帝最伟大的行动。克莱门特的母亲被人从乡下请到巴黎的各教堂传道，人们以一首赞美诗欢迎她：“怀汝之胎有福了，赐汝吸吮的乳头有福了。”
