但亨利的母亲会同意吗？让娜从里到外完全是一个胡格诺教徒。1561年，她到王宫时，曾宣称：“即使他们以性命要挟，我也不去做弥撒。我宁可马上将我的儿子与国家丢入海中，也不愿屈服。”相反，她要她的胡格诺教派牧师公然向她布道，而且大胆忽视巴黎民众的指责。1562年，她的丈夫改信天主教时，她就离开宫廷回到贝阿恩，替孔代招兵买马筹募粮饷。在她丈夫死后，她强迫贝阿恩地区民众信奉新教，天主教的教士被排除，其职位由胡格诺教派牧师取代。在以后的50年，贝阿恩再没有听到弥撒的声音，教皇庇护四世开除她的教籍，并希望能废除她，但被凯瑟琳劝阻。让娜同意瓦洛伊斯与波旁王朝联姻时，她或许对此仍有记忆，同时也想起凯瑟琳长期为和平所做的奋斗。此外凯瑟琳几个儿子体弱多病，或许有一天他们全部死去，而把法国王位让给那瓦尔的亨利？占卜者诺斯特拉达姆斯（Nostradamus）不是曾预言瓦洛伊斯王朝很快就要结束了吗？
凯瑟琳最体弱多病的儿子查理九世，除偶尔大发雷霆、神志不清外，还算是可爱的年轻人。他像风中的芦苇，很少有自己的主意。也许他是因纵欲过度而致身体虚弱，他与神圣罗马帝国马克西米利安二世的女儿伊丽莎白结婚，但他与胡格诺教徒玛丽私恋甚久。他对艺术、诗歌、音乐极为敏感，喜爱背诵皮埃尔·龙沙的抒情诗，他也能写出像龙沙那般优美的诗句：
我俩都拥有王冠，
身为国王，我接受加冕；身为诗人，你赐封他人。
你的诗，以柔和的韵律令人销魂，
你屈服了人们的心灵，而我只能屈服人们的躯体。
你的诗令人心酥神醉，而令世俗之美黯然无光，
我能带来死亡，你却给人永生。
科利尼在布卢瓦（Blois）入朝掌权时（1571年9月），查理对待他犹如弱者欢迎强者相助一般。至此，科利尼简直是一人之下万人之上，他无视百官的殷勤，他是绅士、贵族，但文静而沉着，半个法国臣服在他的号令之下。年轻的国王称呼这位年老相国为“我的爸爸”，任命他为海军舰队司令，并从国库内拨发10万银币以偿还他在数场战争中的损失。科利尼参加了枢密院，国王缺席时即由他主持会议。查理对菲利普二世一直又妒又怕，而天主教法国依赖西班牙之事，也使他愤怒不已。科利尼建议他向西班牙开战，如此，可使整个法国团结一致，同时也可更正目前正受西班牙侵占的东北部的国界。现在时机已经成熟，奥伦奇的威廉正领导荷兰人反抗他们的西班牙领主，只要稍加推动，佛兰德斯就将归入法国的版图。查理听了颇以为然，即于4月27日写信给拿骚的路易伯爵，他此时正在埃诺（Hainaut）领导新教徒的叛乱。他信上说他“已下定决心……运用上帝赐予的力量，解救‘低地国家’人民于水深火热之中”。路易和他的弟弟威廉奉献佛兰德斯和阿图瓦两地给法国，以报答他们在对抗西班牙时所给予的决定性的帮助。同年秋天查理与萨克森选帝侯奥古斯都一世商讨法国与新教徒德国之间共同防御的问题。
凯瑟琳指责科利尼的建议虚浮、不切实际。既然她已获有法国迫切需要的和平，若因此而使战火重燃，岂非愚不可及？西班牙虽如法国一般破败，但仍是基督教世界中最强的国家，因在莱潘托战胜土耳其，西班牙刚恢复往昔荣光。如果法国加盟新教国家，西班牙很可能在所有天主教欧洲（以及天主教法国的大部）的支持下对抗法国。如果战争一旦爆发，科利尼将会担任总司令的要职，加之无主见的查理对他言听计从，他将成为实际上的君王。到那时，凯瑟琳即使未被放逐到意大利，也会被放逐到切诺凯（Chenonceau）。国王的弟弟——吉斯公爵亨利和安茹公爵亨利——获悉查理正批准科利尼派遣胡格诺教徒军队加入拿骚的路易之大军后颇为惊恐。但阿尔瓦事先受到他在法国宫廷内的朋友的警告，于1572年7月10日击败了这支部队。御前会议便召开大会（1572年8月6日至9日）听取科利尼就他向西班牙开战的计划提出辩护，遭到一致的反对。科利尼继续坚持说：“我为了个人因素而答应援助奥伦奇亲王（The Prince of Orange），希望在我借助朋友之力或亲身实践这项诺言时，国王不要为此不悦。”他又向太后进谏：“夫人，今天国王正想躲避一场对他非常有利的战争，但愿上帝不再让另一场他避不开的战争爆发。”面对这似乎是另一场内战的威胁，群情怨尤，御前会议因此散会。马沙尔·塔内尼（Marshal de Tavanne）提出警告说：“让太后晓得她儿子的密谋策略和言论；她要是不提高警觉，胡格诺教徒将会控制他。”凯瑟琳把查理带到一旁，责备他不该对科利尼言听计从。如果他再坚持对西班牙的战争计划，她将请他和他的一位弟弟退回到佛兰德斯。国王听了这话，即请求母后原谅，并表示此后将会孝顺，但仍与科利尼维持知己之交。
在这种情况下，让娜来到布卢瓦准备那场为促使天主教和新教团结的联姻。她坚持枢机主教查理·波旁要以亲王身份而不以教士身份主持这项婚礼，地点应选择教堂以外的地方，同时亨利不可陪同他的妻子进入教堂望弥撒，凯瑟琳同意了，虽然此举会引起和教皇之间更多的麻烦，教皇本已不允许玛格丽特和被逐出教会的新教徒的儿子结婚。让娜即到巴黎购物，突发肋膜炎病逝（1572年6月9日）。胡格诺教徒疑有人下毒，但这个假设并未引起一般人的兴趣。那瓦尔的亨利在伤心和怀疑之余，8月从布卢瓦赶到巴黎，同行的有科利尼及800名胡格诺教徒。接着有4000名武装的胡格诺教徒跟着他们进入巴黎，一则为参观结婚庆典，一则保护他们年轻的国王。天主教的巴黎被这次新教徒的大量流入及新教徒煽动性的布道唤醒，指斥这次婚姻为政府向新教徒势力的屈服。然而8月18日，婚礼在未得教皇特准的情况下仍照原定计划举行。凯瑟琳特采取一些措施，以防止教皇的干预。亨利陪着他的新婚夫人到巴黎圣母院的门口，自己并未进入，巴黎仍不值得他做弥撒。他和玛格丽特临时住在巴黎的卢浮宫。
巴黎一直很少有这样热闹的场面，科利尼极力呼吁法国公开赞助荷兰人的反抗运动，这时一般人相信科利尼正准备开赴前线。某些天主教徒借此机会向凯瑟琳提出警告，称新教徒正阴谋绑架她和国王。而巴黎城内到处传来一片打铁的声音，显示出正在赶制兵器。这时候凯瑟琳应其子亨利的要求，同意谋杀科利尼。
8月22日，科利尼从卢浮宫回到寓所时，突然窗口两次枪击，射断了他的左手大拇指，并将左臂到肘之间撕裂。他的左右护从立即冲入该幢建筑内搜索，只发现一支火绳枪，枪口还冒着烟，暗杀的人已从后门逃之夭夭。国王闻讯后大为震怒，说：“我就永远不能有一点安宁吗？”他派私人医生——胡格诺教徒派尔治疗科利尼的伤势，命令御林军到他的寓所保护他，并下令邻近的天主教徒迁到别的地方，允许胡格诺教徒迁入。太后、国王及亨利亲身慰问这位伤者。查理发了“最可怕的重誓”，决定报复这次攻击。科利尼趁机一再敦促他发动战争，以取得佛兰德斯一地。他把国王带到一旁，低声地说了些机密。回到卢浮宫时，凯瑟琳坚持要国王说出那些秘密，国王答道：“很好！我就对上帝发誓，因为你就会知道，下面是他讲的话：‘权力在你手中粉碎，罪恶则将归之于我。’”在疯狂状态中国王关门独处私室，凯瑟琳则在极可怕的愤怒中沉思。
那瓦尔的亨利来访科利尼，商讨防御之策，科利尼几个手下情绪激动，立刻要去暗杀吉斯家族的领导者，但被他所阻。那些胡格诺教徒说：“如果此事公理未彰，他们自己可能会采取行动。”当天胡格诺教徒整日在卢浮宫附近徘徊，其中有一个人告诉太后说，如果不马上主持公道，他们自己便要动用私刑了。成群结队携有武装的胡格诺教徒一再地经过吉斯家族居住的洛林旅社（Htel de Lorraine），大声恫吓要杀死他们。吉斯家族向国王求援，要求保护，并在房屋四周设防。查理怀疑他们藏匿行刺的罪魁，逮捕了几名家仆，威胁吉斯公爵。亨利和他的弟弟奥玛尔公爵请求离开巴黎，获准后即远走高飞到遥远的圣安东尼港，随后又回到巴黎，秘密潜入洛林旅社。
8月23日，枢密院召开会议审问罪犯。与会人士获悉凶手开枪的那栋建筑属于吉斯公爵夫人所有，她曾誓言要为被谋杀去世的丈夫复仇。本案的凶手即从吉斯官邸的马厩中夺马逃逸，凶器则属于安茹公爵的一名卫兵所有。凶手一直未逮获归案。依据安茹后来的叙述，他和吉斯决定科利尼及胡格诺教徒必须被铲除。正当凯瑟琳和枢密院数名院士在土伊勒里皇宫集会时，安茹的代表波查瓦尼（Bouchavannes）奔入报告说，住在科利尼寓邸的胡格诺教徒正酝酿暴动，时间可能是在次日晚间。凯瑟琳对这位总司令最感不满的事，是他诱使她的儿子脱离她的领导，她深信与西班牙重启战端只会给法国和她控制的王朝带来不幸，眼下她又获悉生命有危险，而且大权可能很快就落入科利尼及其党徒之手。于是她赞同铲除胡格诺教徒的领导分子。
国王对科利尼被人袭击一事仍耿耿于怀，要求严办一切牵连在内的人，铲除胡格诺教徒领袖虽然不一定要获致他的同意，但最好能经他认可。约8月23日晚上10时，太后派遣雷斯伯爵（Count de Retz）向查理警告可能发生的暴动。凯瑟琳和她的咨询大臣们随即包围在国王的四周，他这时的激动几达疯狂的程度。凯瑟琳肯定地对他说，3万名胡格诺教徒图谋在明晨捉拿他，将他带到某个新教徒碉堡内软禁，如此，国王即变成阶下囚，听人摆布。以前新教徒不也曾发动过两次类似事件吗？他们如果胜利，可能一口咬定凯瑟琳曾下令批准对“总司令”袭击为借口而杀死她。他们告诉这位23岁的大孩子，要在他母亲的性命和6名胡格诺教徒的性命之间做一选择。他若是不同意，天主教巴黎一旦荡平暴乱，他可能因愚懦而遭放逐的命运。国王对这些理由不以为然，他问难道逮捕胡格诺教徒领袖并遵循法律途径加以审讯还不够吗？大臣们答称现在采取这项行动来避免战争暴动，已经太迟了。凯瑟琳威胁要迁回意大利，让查理独自面对恶劣的情势。最后，约午夜时分，狂怒交集的查理几临精神崩溃边缘，一阵发作后他突然叫嚣说：“天啊！既然你们一定要杀‘总司令’，我同意！但你们必须杀死法国所有的新教徒，免得留有活口跑来责备我……杀吧！统统把他们杀光！”他口出秽言，躲开了他的大臣们，把自己关在房中。
如果本来阴谋者只计划谋杀少数几人，现在他们更利用国王疯狂的命令尽可能将胡格诺教徒赶尽杀绝，凯瑟琳坚持保全那瓦尔的性命，而年轻的孔代亲王亨利一世和蒙特莫伦西则得助于他们高贵的出身而幸免于难。派尔医生被国王所救，这时巴黎各区的队长已接获命令，武装其部下准备在8月24日，即圣巴托罗缪节，凌晨3点，教堂钟响时采取行动。全权委任状已下达吉斯家族，准许他们执行延缓多时对“总司令”的报复行动。吉斯传话给民兵队军官说，教堂钟响时，他的部下应四处搜捕胡格诺教徒，见者即杀。为防止逃逸，巴黎的城门将关闭。
夜晚时分，吉斯亲自率领300士兵前往科利尼下榻的寓所，在科利尼身边的，有他的私人医生派尔、秘书莫林和仆人尼古拉斯。他们被士兵行进的声音惊醒。接着是一连串的枪声和喊叫——科利尼的卫士被杀了。科利尼的一位友人冲入他的房间喊道：“我们完了。”“总司令”回答：“我对死亡已早有准备。你自己逃命要紧。我不希望你们的亲人因你们的死而见责于我。我已把灵魂交给仁慈的上帝。”他们看时机紧迫，各自逃命去了。吉斯公爵的士兵破门而入，发现科利尼跪在地上祈祷。一个士兵冲上前去打他耳光，其余的人用剑刺他。他仍未死去，被掷出窗口，刚好落在站立人行道上吉斯的脚边。他确定科利尼已死后，即传令士兵到巴黎各处，散布“杀！杀！国王下令杀！”的口令，到处喊杀。科利尼的头被砍下来送至卢浮宫——但有人说是被送至罗马。
这时候，太后突然感到一阵懊悔或恐惧，即下令吉斯家族停止屠杀，但他们回答已经太迟，因为科利尼一死，胡格诺派教徒必须根除，否则反抗必随之而起。凯瑟琳屈服了，命令敲打警钟，开始屠杀胡格诺派教徒。有些城市的屠杀行动惨绝人寰，几至空前疯狂程度，即使真正残酷的战争中也很少有这种情形。一般人因久受压抑，获此解放，也欢欣地参加了屠杀的行列。他们搜杀了2000—5000名胡格诺派教徒或不相干的人。一些以前尚心存顾忌的凶手，现则目无法纪，放胆杀人；苦恼的男子或变心的妇人趁机抛开了讨厌的伴侣；商人被竞争的对手所杀；老而不死的长辈被其继承家产的子孙指控为胡格诺派教徒。在一名嫉妒的教授的唆使之下，一人杀死了哲学家拉莫斯。人们闯入每一个涉嫌藏匿胡格诺派教徒的房中进行搜索。胡格诺派教徒和家属被人拖到街上杀死，信天主教的瑞士籍的御林军冲进嘈杂的人群，皂白不分，逢人便杀，纯粹以此为乐。拉罗什富科（La Rochefoucauld）公爵前日曾陪国王打网球，今日则被一位他以为是来邀请他参加皇家娱乐节目的蒙面人所杀。住在卢浮宫的那瓦尔国王随员中的胡格诺派教徒、贵族和官员，被召唤到庭院一一被杀，亨利于当天黎明时分即往网球场打球，查理把他和孔代召来，问其选择“弥撒或死亡”。孔代选择了死亡，但太后赦免其罪。那瓦尔表示归顺，才免于一死。他的新娘子玛格丽特睡得焦虑不安。她在一位受伤的胡格诺派教徒闯入卧房，并钻到她的床上时惊醒，她说服追逐者放过他。“在我执笔之时，”西班牙大使的报告中说得很详尽，“他们正在把新教徒彻底杀光、剥光……即使婴孩也不能免。上帝可怜可怜他们吧！”法律规章此时已不生效力，抢劫作奸犯科则不受拘束。这时有人告诉国王：某些朝廷官员居然也参与了抢劫首都的勾当。中午时分，一些受惊的市民联名请求国王遏阻这场屠杀，并有一群警察自愿帮助恢复秩序。国王即下令停止残杀的行动，他命令警察拘捕新教徒入狱，以免再遭攻杀。一部分人因此幸免于难，另一部分人则在这道命令下投入塞纳河身亡。一时之间杀戮已然稍减。但在25日（星期一）那天，一棵山楂树在无辜者公墓（Cemetery of Innocents）上突然开花。因为这不是山楂开花的季节，天主教教士为这一奇迹欢呼。巴黎各教堂的钟声再度响起，以宣告此事。民众误认为这是屠杀的钟声，残杀之事再度发生！
26日，国王统率百官威风凛凛地经过仍然堆满尸体的街道，抵达了司法宫，骄傲地对巴黎议会证明他曾下达屠杀的命令。议会主席即以长篇演说表示祝贺。议会投票表决：将科利尼之子孙放逐，其在沙提永（Chatillon）的故居应予拆毁，其家产被安茹公爵没收。28日，国王、太后及朝廷百官访问了数家教堂，为法国免于异端之害及王室得以保全性命举行宗教感恩仪式。
其他省份也多少响应了巴黎的行动。里昂、第戎、奥尔良、布卢瓦、图尔、特鲁瓦、摩城、布尔日、昂热、卢昂、图卢兹等地获悉巴黎事件后也受到感召，于8月24日至26日展开疯狂的屠杀。依雅克的估计，里昂一地有800名受难者，奥尔良则有1000名。国王先鼓励他们的响应，但后来即下令禁止杀戮。他于26日口头下令各省总督杀死所有的新教徒领袖，27日又下诏书，保护恭驯守法的新教徒。
同时他写信给驻在布鲁塞尔的代表洽邀阿尔瓦的合作：
公爵辖境内有不少我国叛逆，望他能攻夺蒙斯城并惩罚城内俘虏。若他回答说，此无疑是要求他杀害蒙斯城的战俘，并碎尸其居民之事，你可向他进言：此为他必须做之事。
阿尔瓦公爵拒绝这项邀请。他攻陷蒙斯城时，他让法国驻军安全撤离。他私下斥责，圣巴托罗缪节大屠杀事件是引起战争的一种卑鄙的手段；但在公开场合，他下令举行庆祝会，颂扬这次大屠杀为唯一真正的基督精神的一大胜利。
有些省份的行政长官则有效控制民众，防止野蛮杀戮。香槟、皮卡迪、布列塔尼等省没有残杀事件，奥韦涅、朗格多克、勃艮第、多芬等地也只有少数几起。里昂的天主教徒斥责屠杀的行为，当地的士兵则拒绝参与这项行动。维也纳的主教给予胡格诺派教徒庇护，而当地的天主教徒把有生命危险的胡格诺教徒藏匿起来。奥尔良和特鲁瓦两地的主教则纵容屠杀。波尔多一位耶稣会会员宣称天使米歇尔下令屠杀，他指责地方官迟迟不下令执刑。各省在这个事件中被杀者约5000人，巴黎几达2000人。但据一般估计，被杀者总数为5000至30000人。
天主教徒通常诿称这是多年来胡格诺教徒压迫天主教徒，积怨日久终致宣泄复仇的惨案。菲利普二世一反日常严肃态度，笑道：现在可不必再担心法国干预荷兰了。教廷驻巴黎大使向教皇报告说：“余谨以至诚恭贺圣驾之荣邀天主圣宠，圣驾登基以来，由于诸事因应得体，致使法国国王及太后得受恩宠，慎谋能断，适时一举捕捉叛逆，铲除恶根。”消息传到罗马，洛林主教欣喜若狂，立即赏赐传令者1000克朗。顿时，整个罗马灯火通明；圣安吉罗城堡发射礼炮庆祝，教堂钟声大作，教皇格列高利十三世率领枢机主教们参加庄严的感恩弥撒，感谢“这次对基督子民的恩赐”使教廷和法国免于一场浩劫。教皇并下旨订制一种特别的奖章以纪念新教徒的战败或屠杀——同时命令意大利画家瓦萨里在梵蒂冈的雷古亚厅绘画一幅大屠杀图，刻上“教皇特准杀死科利尼”等字。
欧洲的新教徒把这次大屠杀事件视为卑鄙野蛮。奥伦奇的威廉告诉法国特使：查理九世永远无法洗清他血腥的双手。在英国，伊丽莎白女皇接到许多复仇的要求而感困扰，主教们进谏称安抚民愤的唯一方法是，立即处死那些拒绝宣誓效忠王室而被捕下狱的天主教徒，至少苏格兰王后应即刻处死。伊丽莎白不为所动，她一大早即整装上朝接见法国大使，她对法国大使所称胡格诺教徒阴谋叛变，致被屠杀一事颇表怀疑。但她继续联法抗西，并对阿朗松（Alenon）的求婚加以戏弄。11月，她答应做查理九世女儿的教母。
凯瑟琳满怀欣悦地脱离屠场，国王再度成为她的臣属，而胡格诺教徒的问题也似乎获得解决了。但她错了。虽然很多法国的新教徒见风转舵以免被杀，但这种反悔，日后被证明是一种权宜之计。大屠杀后不到两个月，胡格诺派教徒发动第四次宗教战争。拉·罗契尔以及其他几个市镇闭门禁止御林军入内，随后陆续负隅顽抗。1573年7月6日，查理签订了《拉·罗契尔和平条约》，保证新教徒的宗教自由，就政治方面言，这次大屠杀并无任何成就。
胡格诺派教徒知识分子以前曾表示效忠国王，现在对查理九世感到恐惧，并怀疑诸侯的权力和君主政治的体制。胡格诺派教徒法学家弗朗索瓦·霍特曼（Franois Hotman）于大屠杀后逃亡瑞士，一年后他著书大胆攻击查理。在他说：“国王的罪恶已使人民失去了对他的忠诚。他是一个罪人，应予废位。”那年年底以前，霍特曼又在日内瓦出版他的《法国—高卢》（Franco Gallia）一书，该书为宪政史上最早尝试的论著。他认为高卢—法国的君主政体，皆由选举而来；至路易十一以前的历代君王均向国民大会或其他类似机构负责；目前卑鄙的议会及久经忽视的全国代表大会即为选举权被削弱的剩余物；而该选举权即由人民授权上述机构而来的。“仅人民有权选举和罢免诸王。”他要求全国代表大会定期召开大会，该会有权制定法律，宣战或媾和，任命主要官吏，规定承继权，并废除庸君。此为1789年法国大革命的肇端。
死神不久劫走了查理九世，其内心善恶交战的紧张心情，终使先天不佳的身体不支倒地。他有时注视着他心黑手辣的斑斑罪迹，有时则谴责自己不该同意那场屠杀，有时被杀的胡格诺派教徒的哀号一直在他耳际回绕使他难以成眠。于是他开始责备他的母亲：“你就是罪魁祸首。上帝的血，你就是罪魁祸首！”她抱怨她的儿子精神不正常，他渐渐郁郁寡欢，形容枯槁，脸色苍白。他常有患肺病的倾向，现在抵抗力更加薄弱，1574年咯血，病况一再恶化。近春天时咯血不止，病中他仿佛又看到那些被屠杀的胡格诺派教徒，他对着护士大喊：“溅血啦！残杀啦！我就是听信谗言！上帝啊！饶了我吧！……我完了！”在他去世的1574年5月30日那天，他召来了那瓦尔的亨利，深情地抱着他，说道：“弟弟，你马上要失掉一位好友了。如果我相信别人跟我说的话，你可能活不到现在了，但我永远爱着你……我相信你会好好地照顾我的妻女的。为我祈祷吧，再见了。”说完后不久他便断气，时年不到24岁。
