教皇国和罗马天主教世界的首都如今已成为二流的城市，1558年约有4.5万人，西克斯图斯五世时增加到10万（1590年）。蒙田曾在1580年来过，认为此地比巴黎广阔，房子却只有巴黎的1/3。罪犯和妓女（西克斯图斯五世之前）占了人口中相当可观的比例，很多贵族都有常备的打手。贫穷很普遍，但不严重，由于教皇的慈善、宗教仪式及宗教带给人民的抚慰而得到缓冲。古老的贵族大户——奥西尼、科洛纳、萨维里、盖塔尼、基吉等——虽然自视与骄傲不减当年，收入和权力早已衰落。新兴家族——阿尔多布兰第尼、巴尔贝里尼、伯吉斯、法尔内塞、罗斯皮格里奥斯——在财富和影响力上渐渐取得领导地位，他们通常都与教皇有关。教皇的族阀主义再度达到全盛：阿尔多布兰第尼因克莱门特八世，卢多维西因格列高利十五世，巴尔贝里尼因乌尔班八世，伯吉斯因保罗五世，由于他们当选为教皇而得到利益。保罗的侄儿枢机主教伯吉斯，享受双份的圣俸和15万斯库迪的年金，因此投资盖了别墅，建了乡村俱乐部。伯吉斯（1615年）收集丰富的艺术珍品，因受他资助的贝尔尼尼为他雕的大理石像而赢得盛名。很多枢机主教都曾以财富支持文学与艺术。
虽然德国、尼德兰、斯堪的纳维亚半岛和大不列颠都落入宗教改革派之手，一连几位强有力的教皇总算帮助罗马教会生存下去。特伦特会议已巩固并增加了教皇对各地宗教议会的主权，年轻而有力的耶稣会——保证并效忠于教皇。圣多米尼克修会的修士、宗教裁判所首席法官安东尼·贾斯利里（Antonio Ghislieri）于1566年以62岁高龄成为庇护五世。他私生活的圣洁似乎与他追捕异端的严格完全一致。他收回以前对波希米亚天主教以酒与面包接受圣餐的许诺。他将英国的伊丽莎白女王逐籍，使英国天主教徒不再对她效忠。他怂恿法国的查理九世和凯瑟琳·美第奇对法国的胡格诺教派展开宗教迫害的战争，直到他们受到彻底无情的毁灭。在尼德兰，他支持阿尔瓦的恐怖手段。他倾尽全力支持西班牙的舰队，使它在莱潘托击败土耳其人。他从未发布减轻惩罚的判令，他还鼓励宗教裁判所加强执行教条和处罚。
他同样强迫教职人员改革。不认真留住在教区的主教会被免职；僧侣和修女要完全离开群众；教会人员中的任何恶行都会被查出，并受到惩罚。某些被免职的人抱怨说，他们会死于饥饿。庇护五世回答道，死于饥饿总比失去灵魂好。他任命或提名人员都以其是否合适为前提，从来不徇私、不讲族阀关系。他自己努力不懈，像法官一样，经常长坐数小时，每天睡眠很少超过5个小时，俭朴的私生活给予教职人员很好的榜样。他经常斋戒，袍服下总穿着粗糙的羊毛教士服。他因为严谨而使自己精疲力竭，68岁看起来却像78岁的样子——干瘦，枯槁，眼睛凹陷，头发花白。他虽然几乎不能行走了，还坚持到罗马的7个长方形会堂朝圣，而且大部分路程是步行。他忍受了一个月的痛苦而去世，穿着圣多米尼克修会的僧袍。一位伟大的新教徒历史学家写道：“天主教对教皇很少像对庇护五世那样感激。他无情地迫害异端时，仍能认识改革的需要并坚决实行，使教会重新得到已丧失的敬意。”庇护五世在1712年被封为圣徒。
格列高利十三世以较温和的精神继续改革教会。我们想起他，只记得他是给我们现代历法及用感恩弥撒来庆祝“圣巴托罗缪大屠杀”的人，然而他是一个品德良好、适度、性格和善的人。他获得圣职之前曾有一个私生子，但是那件小过错已被好色的罗马人原谅。他在慈善方面慷慨大度，在行政方面毫不懈怠。他任命的人员都能赢得新教徒的称赞。蒙田曾在1580年见过他，认为他是“一个很英俊的老人，有一张威严的脸、长长的白胡子，年龄已经超过78岁，仍然健康、精力充沛……本质温和，很少为世俗事务而兴奋”。
然而，他的事业——财政支援耶稣会学校、镇压法国的胡格诺教徒、罢黜伊丽莎白——都需要钱。为了筹钱，格列高利命令法律条文应用于教皇领域内的地主和地契之上。很多不应该归于教产的产业因为没有直系继承人或无力支付教皇领地所需的税而被教皇没收了。实际受害或将要受害的人武装起他们的家臣，抵抗征收，并以盗匪行为来报复。贵族后裔如阿方索·庇柯罗米尼（Alfonso Piccolomini）、罗伯托·马拉泰斯塔（Roberto Malatesta）等人则占领城市、控制道路。税款无法征收，黄金不能流入罗马，不久教廷行政陷于混乱。格列高利延迟没收财产，和庇柯罗米尼讲和，在失败的屈辱中死去。
时势造英雄，这次危机造就了费利斯·佩雷蒂（Felice Peretti），他成为西克斯图斯五世（1585—1590年），是那一时期最伟大的教皇之一。他出生于安科纳附近，那间茅屋糟糕到太阳可以从屋顶照下来。后来他开玩笑说他出生于一间光线良好的房子里。他在蒙塔尔托（Montalto）的一间圣方济各修会的修道院求学，在博洛尼亚和费拉拉得到神学博士，又因他讲道的雄辩和行政能力而迅速崛起。64岁时他被选为教皇，因为秘密选举教皇的会议发现他有果决的性格，那是恢复教皇国安全与清偿债务所需要的。
他的亲友们伸长了手臂围绕着他，使他无法抗拒。族阀主义又复活了。不过在与他家族无关时，他很固执。他的外表使人无法亲近：矮小、粗野、强壮，前额很大，胡子白白厚厚的，鼻子和耳朵都大，眉毛很粗，眼睛锐利得不发一言就能使敌人安静下来。他鲜红的脸与狂野的脾气相配，巨大的额头暗示了不屈的意志。他很严苛，却颇具幽默感和深刻的机智。他预言亨利四世会击败马耶纳（Mayenne），因为亨利花在床上的时间都比马耶纳花在三餐上的时间少。他自己也睡得很少，工作得很辛苦。
首先他决定要镇压胜利的盗匪。他先加强执行现有的禁令，不准人民携带杀人的武器。在他加冕前一天，4个青年违犯这个命令而被捕，西克斯图斯下令当场将他们吊死。他们的亲属要求饶恕或延期，他回答道：“当我活着，每一个罪犯都必须死。”不久，他们就被处死了。在加冕宴中，他们的尸体挂在圣安杰罗桥附近的一座绞台上。这就是西克斯图斯的就职演说——一种处置犯罪政策的陈述。
教皇命令贵族们解除他们的武装。他答应原谅并酬赏任何一位盗匪，只要他交出另一位盗匪，死活都行，而这份酬金要由那位被捉盗匪的家人或自治村来付。若有一个盗匪违抗，西克斯图斯就命令他的家人找到他并交出来，否则他们就要替死。乌尔比诺公爵把下了毒的食物放在骡子背上，要赶骡子的人经过盗匪窝，以博取教皇的欢心。盗匪抢下这个包裹，中毒而死。他对宗教职位和社会阶级毫不做特殊考虑，属于“最高家族”的被告一样有罪，毫不仁慈或拖延。教士犯罪照样和其他人一样吊死，不久乡间就布满随风摇摆的尸体。罗马的知识分子说，钉在圣安杰罗桥上的头颅已多于市场摊上的瓜果。人民抱怨教皇野蛮残忍，但大使们告诉他：“道路所通过的任何一片教皇国的土地都充满和平与安定。”这位骄傲的教皇在钱币上铸着“不可亵玩”（Noli me tangere）的铭言。在愤怒中，他下令烧死同性恋的一个教士和一个男孩，并强迫一个年轻女人眼见卖她为娼的母亲被吊死。所有被查出的通奸案都受到死刑的重罚。很多人因为很久很久以前的罪行被捕。有一份海报引用圣彼得发抖的景象，说他害怕西克斯图斯会因他在基督被捕时割下马尔修斯（Malchus）的耳朵而判他的罪。
他在疯狂追捕之余仍有时间治理与改革。他中止了格列高利十三世对贵族发动的没收之战。他使奥西尼和科洛纳两大世仇联姻而得到和解。他在10群新的、4群旧的“会众”之间分配枢机主教，也在其中分配了罗马教廷的行政权。他下令教职人员研究特伦特会议中的所有改革法规，并要求主教们定期访问、纠正各修道院。与修女通奸则双方都将被处死。他使罗马大学完全复苏。为了适应书本的增加，他任命多米尼克·丰塔纳（Domenico Fontana）为梵蒂冈图书馆设计了一个华丽的新家。他亲自督导“拉丁语《圣经》”的改良版本——《圣经》译成拉丁文的最佳译本，就像詹姆士一世的英译本一样。
他不像他的文艺复兴时代先辈们，对异教艺术的遗迹也予以尊敬，他拆毁塞维鲁斯建的建筑而为圣彼得教堂准备柱子。他建议夷平西西利亚·梅特拉（Caecilia Metella）的坟墓。他威胁说，如果丘比特、阿波罗、密涅瓦等神像不除去，他就拆毁神殿。他准许密涅瓦留下来，但对她的罗马的姓再施洗礼而换名，而且以十字架换下她的矛。他还在图拉真和马可·奥勒留的廊柱之上放置圣彼得与圣保罗的雕像，并依此为廊柱重新命名，以便驱邪。为了进一步象征异教臣属于基督教，他聘了多米尼克把卡里古拉从赫利奥波利斯（Heliopolis）带回罗马，而将尼禄立在西科斯·阿西莫斯（Circus Maximus）的方尖石碑移到圣彼得广场。这座红花岗岩碑高83英尺，重量超过100万罗马磅。安东尼·桑加罗（Antonio da Sangallo）和米开朗基罗等大建筑家都曾声言，移动这座石碑非文艺复兴工程师力所能及。多米尼克和他的兄弟花了一年才完成这件工作（1585—1586年）。巨大的机器用来搬运这座碑铭。800个行过圣礼的人及140匹马拉着44条绳索，每一条都像男人的手臂一样粗，把它高举到新位置上。多米尼克成功了，他成了罗马的英雄。西克斯图斯铸了纪念勋章，并向外国政府致送官方的公告。顶上的圆球被换成一个十字架，里面包含着基督去世的那座“真十字架”。西克斯图斯觉得基督教文明曾一度受文艺复兴干扰，如今已重获势力。
这位不屈不挠的教皇，在他短暂的5年内，重修了世俗的罗马。他重建已废的阿奎·亚历山德里亚（Acqua Alessandria），带来良好的供水系统——供应27个新的喷泉，把它依照自己的名字定名为阿奎·费利斯（Acqua Felice）。他以财政支援湿地的排水，以清新空气。9600英亩的土地得以开发，不过这项事业在他死时被荒弃了。多米尼克在他的吩咐下根据古典的修路计划新建了一些林荫大道。西斯蒂那（Sistina）路被延长为费利斯路。桑塔·玛丽亚·马焦雷（Santa Maria Maggiore）教堂成为几条辐射状通衢的中心。罗马开始具有现代化的雏形。国库已空，为了提供供应各种措施的经费，西克斯图斯只好连生活必需品也抽税，贬低币值，出卖官位，开出年金支票以酬谢别人送给教廷国库的礼物。他很称职、很小心地支配他的资金，死时府库中还留下500万克朗。
他最伟大的事业体现在外交上。他从未放弃重获英、德及联合基督教世界对抗伊斯兰教的希望。他仰慕伊丽莎白的政治手腕，却帮助别人阴谋罢黜她。他答应支助西班牙“无敌舰队”的费用，却不信任菲利普的拖延时间，所以很精明地以西班牙军队实际登陆英国为援助的条件。法国是他最大的问题。法国的胡格诺教徒本当在1572年被灭除，却在不屈的亨利的领导下进军巴黎。为了天主教，菲利普二世以金钱资助“联盟”以拯救法国——也是为西班牙。西克斯图斯面临抉择，是该让法国成为新教国，或帮助菲利普将法国变成西班牙的属地。然而，为使教廷免受世俗的控制，法国与西班牙之间力量的均衡是不可缺少的。1589年，西克斯图斯表示要参加对抗亨利的战争。亨利答应成为天主教徒，西克斯图斯便撤回计划。菲利普以西班牙脱离教廷势力为威胁，一位西班牙耶稣会修士也指责教皇协助异端，而西克斯图斯坚持立场，并欢迎亨利的来使。最后他对亨利的信心得到了证明：法国被挽回依旧效忠教会，继续作为对抗西班牙的均衡力量。
这是他最后的胜利，也许这次的操劳使他精疲力竭。主教、贵族和人民都不悲悼他的死亡（1590年）。主教们曾为他的严苛而退避，贵族曾被迫违反时尚的风俗以遵守法律，人民被抽税已至极限，又被训练成罕有的温驯，如今他们试图拆毁神殿上的西克斯图斯雕像。但在他给予的打击不再疼痛以后，后代终于把他的成就与他的残酷、他的骄傲与他的追求权力平衡了一下。一个理性主义历史学家莱基（Lecky）判定他“在所有曾坐上教皇宝座的诸人中，虽不是最伟大的人，却是最伟大的政治家”。
这段时期，他的后继者中有两位特别值得一提。克莱门特八世几乎是一个基督徒。“在过去这么久以来曾坐上罗马教皇坐椅的人中”，胡格诺教徒索利说，他“最没有党派偏见，最具有《四福音书》规范的温和及同情精神”。然而，他不肯对桑西·比阿垂斯（Cenci Beatrice）仁慈（1599年），准许宗教裁判所将布鲁诺烧死在火刑柱上（1600年）。乌尔班八世起初在“三十年战争”中帮助西班牙和奥地利，不过，他试图侵吞曼图亚时，因害怕被包围，便把外交策略转向，与法国的黎塞留合作，使用古斯塔夫·阿道夫的新教军队削弱哈布斯堡王族的势力。受到当时军事精神的传染，他将其统治扩大，相当于一个世俗的君主。他得到乌尔比诺，并重重抽税——对其他州也如此——以金钱支助教皇军队对抗帕尔马公爵。这支军队被证明是毫无价值的，他的死又使教皇国陷入“衰败和疲竭的惨境”。一位梵蒂冈使臣说：“简直不可能兴起或恢复。”这位大使错了。教会到处存在着恢复的基本要素，教皇地位再次提高。意大利的平民，以强烈而富于想象的虔诚来安慰亘古以来的艰辛，仍拥挤到他们神圣的殿堂，庄重地参加宗教游行，互相传告神迹，痛苦而狂喜地跪爬到斯卡拉·桑塔（Scala Santa）。菲利普·内里（Philip Neri）、塞尔斯的弗朗西斯、维琴特·保尔（Vincent de Paul）等圣人也显露出古老教会的潜力，激起他们虔诚的信仰。耶稣会修士阿洛伊修斯·贡萨加（Aloysius Gonzaga），在罗马为瘟疫病人讲道而去世时，年仅23岁（1591年）。面对新教改革家的攻击，圣人的力劝、米兰的博罗梅奥·圣查理等高级教士的激励，罗马教廷终于放弃它的腐败与俗世化。经过一代代教皇的努力，自我改革运动即使迟缓，至少也在增长中。古老的宗教教团重新茁壮，新教团逐渐增多——出现了司祭祈祷会（1564年）、圣安布罗西教团（1578年）、小牧师团（1588年）、拉扎利司会（1624年）、慈善修女会（1633年）及其他更多的教团。神学院遍设于整个天主教世界，以便训练受过教育的（不行宗教誓约的）世俗僧。天主教传教士远及每一寸非基督教土地，面对艰苦与危险，照顾病人，教育青年，传讲信仰。
