克伦威尔的才干使第二次内战很快结束。费尔法克斯在肯特扫荡保皇党的暴动时，奥立弗西进并在威尔士地区夺取了保皇党的大本营。苏格兰军队于7月8日渡过特韦德河（Tweed），以惊人的速度向前推进，进入距利物浦只有40海里的地方。在兰开夏的普勒斯顿城（Preston），克伦威尔的9000名士兵于8月17日击败了两倍于他们的苏格兰军和保皇党。
克伦威尔和他的将士们正在拯救国会时，国会图谋利用重启安排国王复辟的方法来保护自己，但仍坚持他应签署与执行该宪章。查理不同意。回师的军队提出对王室特权的严格限制，以作为支持他复位的条件。他也于11月17日拒绝。为了预防他被国会拥戴复位，军队再度逮捕他，并使他宿居于赫斯特城堡。此地位于怀特岛的正对面。国会谴责他们的行动，投票决定以国王是否接受其条件为解决问题的基础。军队的领袖们预知，若查理复位，他们将被处死，因此宣称除非继续“忠诚于公共利益”的人，否则任何人皆不许进入平民院。12月6日一早，托马斯·普赖德（Thomas Pride）上校率领军队包围并侵入平民院，迫使140位保皇党与长老教会议员离去，40位抵抗的议员，全被下狱。克伦威尔赞成这项行动，亲自参加投票，赞成迅速审判，并处死国王。
1640年，由500名议员组成的平民院，现在仅幸存56位。这个“残余的国会”（Rump Parliament），以6票的绝对多数通过一项法令，指责国王对国会的开战是叛国。贵族院不理会平民院的权威，拒绝其法令。1649年1月4日，平民院强调人民是“在上帝之下，所有正义力量的源头”。平民院是由人民代表组成，具有“国家最高的权力”，因此它所定的法律，不需要贵族院或国王的同意，便具有法律效力。1月6日，他们任命135位委员审判国王。其中一个委员，阿尔杰农·西德尼（Algernon Sidney）向克伦威尔说，他们没有审判国王的合法权利。克伦威尔因而大发雷霆，咆哮道：“我告诉你，我们将砍掉他戴着王冠的头。”军队的领袖们做了避免弑君的最后努力，他们提出，假如他同意出售主教们的土地，并放弃对国会法律的否决权，便宣告其无罪。查理说他不能如此，因为他已宣誓向英格兰的教会效忠。他的勇气是可嘉勉的。
1649年1月19日，审判开始。60或70位事先毫无准备的法官，同意坐在威斯敏斯特大厅一边尽头的隆起座位上，士兵们直立两旁，旁观者挤满了走廊，查理单独坐在中央。主审官约翰·布拉德肖（John Bradshaw）朗读指控文，并要国王回答。查理否认法庭审判他的权力，并否认法庭是英格兰人民的代表，宣称：由军队统御下的残余国会来统治政府，远较他过去的统治更为专制。走廊的旁观者高喊：“上帝拯救国王！”教士们谴责该审判，布拉德肖担心自己的安全。查理王子从荷兰送来一封仅有他署名的短函，他以其名义保证，假如法官能宽恕其父，则他可以承诺任何条件。4位贵族要求代替查理被处死刑，但都被拒绝。59位法官，包括克伦威尔在内，签署了死刑判决，1月30日，在浩瀚汹涌的人群前，国王安静赴死。他的头被行刑者的斧头砍下。一位目睹者说：“当时，在场的数千群众同声一叹，是我以前从未听过的，我希望以后也永不再听到。”
处死是合法的吗？当然不。就现有法律而论，前进的与鲁莽的国会据有了皇家特权，而被100年中的一些先例认可。查理真诚地护卫他从伊丽莎白和詹姆士继承来的权力，他犯了罪而对抗以至继续犯罪，但其致命错误是否定为了社会安定，财富须重新分配，政治力量也须重新分配的意见。
被处死合乎正义吗？是的，像战争一样公正。以前法律可因军事审判而摒弃，失败者只可要求恩惠，但胜利者须预防新的反抗，为吓阻其他事情的发生，或为其自身与追随人员的安全，便可处以最高的刑罚。假定国王胜利了，克伦威尔、爱利顿、费尔法克斯和其他许多人都会被吊死，或对那些被判有叛国罪者处以酷刑。
处死是聪明的措施吗？可能不是。克伦威尔显然相信，一位活着的国王，无论他是多么安全地被监禁，将会再度刺激保皇党叛变。而如此将使国王的儿子，在远不可及的法国或荷兰，不因其父亲的错误而染有瑕疵，不久又会浪漫地发放光彩。查理一世的悲剧导致国民感情上可预见的激变，在11年后又重蹈覆辙。后来的历史间接显示慈悲是明智的。查理的儿子詹姆士二世也犯了同样大的错误。1688年的光荣革命，以贵族政治的手腕来管理，准许他逃往法国，但废立的结果是永远的。无论如何，早期的大革命使后来的光荣革命成为可能。
此次大革命与法国16世纪胡格诺教派的起义和1789年的法国大革命相似，虽然有许多歧异——第一个事件是严格与俭朴的加尔文教派，因商业的财富而力量大增，反对重仪式的教会与绝对专制的政府的叛变；第二个事件是国民会议的革命，显示了财产与中产阶级的力量，反对由富有却落伍统治者领导的土地贵族的政治。1789年，英国已消化了前两次的革命成果，而能以恐怖的心情来正视他们自己相同的革命。因为过去，他们为了安定曾使国家遍染血腥，并杀了一位国王。
