查理期望苏格兰仍旧待自己如国王，但他们却把他当阶下囚。他们向他提出条件，假若他签署《神圣联盟与宪章》，使基督教的长老教会制度能于整个大不列颠岛强迫实施，他们便帮助他复位。查理拒绝接受。英格兰国会也派遣一个委员会赴苏格兰的缪塞，若查理接受该宪章、同意放逐保皇党的领导分子、允许国会控制所有军事武力与所有国家的高级官员，仍接受查理为英王，亦为查理拒绝。假若苏格兰人返回苏格兰，并使国王屈服于英国的委员会，国会同意给予苏格兰40万镑以支付他们的欠债与费用。苏格兰国会同意，他们接受的金钱不是作为售卖国王的代价，而是作为补偿其战争时的费用。然而，查理感觉自己是商品，1647年1月被英格兰国会以俘虏身份移至北安普敦郡的霍姆比宫（Holmby House）。
英格兰的军队现在驻扎于萨弗伦·沃尔登（Saffron Walden），只距离伦敦40里，正在计算其胜利的成果，而要求对等的报酬。为维持这批3万人的费用，迫使国会提高税率至查理时代最高税率的两倍。即使如此，仍旧拖欠兵士4月至10月的薪金。清教的独立派在国会中被击败，在军队里却掌握最高的职权，他们的领袖克伦威尔，被怀疑有野心并与国会的主权统治不一致。更糟的是，其军团中的“平等主义派”（Levelers）拒绝教会和国家的阶级差异，要求男子的平等投票权与宗教的自由权。他们中的少数人都是无政府主义者，威廉·沃尔温（William Walwyn）宣称万物皆应其有，则“便不再需要政府，因为将不会有强盗或罪犯”。约翰·利伯尼（John Lilburne）在每次被逮捕与处罚后仍不屈服，他是“英格兰最孚众望的人”（1646年）。克伦威尔被抨击为平等主义派分子，他虽然同情他们，但敌视他们的观念，认为在那个时代，民主将会导致英国的混乱。
现在的国会由长老教会控制，愤恨在如此庞大烦扰的一支军队中潜藏着独立派分子，于是通过一项法案遣散其中的半数，而且编列其余为自愿军，派至爱尔兰服役。士兵们要求支付他们的欠薪，国会仅拨付部分现金，其余只是口头答应。军队要求除非全数给付才愿遣散。国会因而重开与国王的谈判，几乎与他达成协议，只要他接受该宪章3年，即可让他复辟。有一队骑兵袭击了霍姆比宫，俘虏了国王，1647年6月3日至5日带他到纽马克（Newmarket）。得到这个通知后，克伦威尔急忙赶往纽马克，自命为军事委员会主席。1月10日，军队开始向伦敦缓慢前进。在途中，向国会致送一篇由克伦威尔能干的女婿亨利·爱利顿（Henry Ireton）起草的宣言，谴责国会中的绝对独裁主义者并不比查理好，要求以较广泛的选举权来选举新的国会。国会面临两边开火的窘境，一边是商人，一边为厂主。伦敦的居民们因恐遭军队占领，大声疾呼要求国王复辟，为此不惜任何代价。7月26日，一群市民攻击国会，迫使国会邀请国王赴伦敦，并将军事置于长老教会的指挥下。67名独立派分子离开国会，投入军中。
8月6日，军队挟带着国王进入伦敦，67位独立派人士被护送回国会的席次。从那时起直至克伦威尔掌握最高权力，军队统治了国会。它维持了城市与军中阶级的秩序。而其要求，虽然在当时可能无法实行，也会由其后代认可。1647年10月9日，一本名为《军队保障法案》（The Case of the Army Truly Stated）的小册子，要求贸易自由、取消专卖、恢复穷人的共有土地、任何人不得被迫于法庭中做不利于自己的供述。另于10月30日的《人民的协议》（An Agreement of the People）中，宣称“所有的权力其渊源与本质在于人民全体”，唯一公正的政府是由男人以投票方式自由选择其代表组成，因此国王和贵族，若允许其存在，应该臣属于平民院，没有任何人能免于法律的管辖；而且，所有人应该享受完全的宗教自由。蓝斯波拉夫上校（Rainsborough）说：“每一个在英格兰出生的人，王国中的富人、穷人”，对选择那些与其生死攸关的土地法律的制定者，应有发言的自由。
克伦威尔召集他们的领袖祈祷而平息了争论。平等主义派指控他是伪君子，及秘密安排国王复辟。他坦陈仍相信君主制度。他向民主人士解释，抗拒他们的建议将太可怕，不是仅以“血肉之躯”所能克服的。经过冗长的辩论后，他说服了那些领导者，对他们要求普遍的选举权，减低至仅要求选举权的扩大。有些军人拒绝妥协，他们在所戴的帽子上写着“协议”（Agreement），漠视克伦威尔的命令，不愿擦去。他逮捕了3位暴动首领，以军事法庭审判，判处死刑。他命令他们以掷骰子来决定生死，有一位输了，立即被枪毙。军队纪律重新恢复。
同时，国王从军队的手里逃脱，逃往海岸及怀特岛，在卡里斯布鲁克堡（Carisbrooke Castle）寻求友善的临时住处。他听到保皇党在乡村和海军里反抗国会的消息后，颇为振奋。苏格兰派驻伦敦的委员们，宣称假如他愿意采纳长老教会的基督教而压制所有其他形式的教派，他们能秘密提供苏格兰军队助其复辟。他接受这个“协议”，但只限期3年。委员们离开伦敦筹组军队。苏格兰国会批准了他们入侵英格兰的计划，于1648年5月3日发出一宣言，要求所有英格兰人接受该宪章，除长老教会外，压制所有其他教派，遣散独立派军队。英格兰国会认为假若这些建议以武力实现，则其自身便被替换，而且英格兰便臣服苏格兰了，于是仓促与克伦威尔达成和平协议，说服他带领军队对抗苏格兰。国会无疑乐于将克伦威尔调至远地，并使他处于危险之中。他用3天说服军队追随他返回战场。他勉强地前进，有些领导者发誓说，假若他们再度拯救英格兰，那将是他们的“责任……去召那位血腥的查理·斯图亚特，清算他所流的血”。
