现在，英格兰的分裂是有史以来罕见的。伦敦、港口、制造业城镇，大致说来，南部与东部地区、多数中产阶级、部分绅士、尤其是所有清教徒都支持国会；牛津与剑桥，西部与北部地方，多数贵族与农民，几乎所有天主教徒与圣公会教徒、英国国教等，都站在国王这边。平民院本身又分为有300名议员的革命派和有175位议员的保皇党；贵族院110位贵族中，有30位是最先与国会站在同一阵线的。财富的均势也在对抗国王，伦敦有一半的国家财力与贷款都为革命所用，查理在任何地方都借不到款，海军也反抗他，封锁了外来的援助。他只有依赖领主与大财主，因为这些人认为他们的土地利益有赖于他的胜利。具有骑士美德与情感的古风仍残留于古老的家庭中，他们无节制地对国王奉献自己的忠诚，像绅士一样参与战斗、奔赴死亡。五彩缤纷的骑士党，留着鬈发，他们的马装束轻便，带有战争浪漫的气氛，除了弥尔顿外都是诗人。
1642年10月23日，双方于埃奇山正式展开交锋，各有1.4万人。保皇党由鲁伯特王子（Rupert）统领，他是查理的姐妹波希米亚的伊丽莎白22岁大的孩子。圆颅党由罗伯特·德弗罗（Robert Devereux）率领，他是第三代的埃塞克斯伯爵。此战并无实质结果，埃塞克斯撤兵，国王也推进到牛津，并以该地为其大本营。尼赫迈亚·威灵顿（Nehemiah Wallington）是一位热心于政治的清教徒，称这是国会与上帝的伟大胜利：
在这里，我们看见了上帝的伟大仁慈……因为，以我听到的，被杀的有5517人；但是敌方被杀的人数是我方的10倍。观察上帝的奇妙佳作，在我方被杀的几乎是正在逃跑的人，那些坚定立场的士兵几乎都是骁勇的，他们大部分都活着……
假若我能与上帝的伟大之手相连，而命我们的炮兵与子弹去摧毁敌人，那该多好！——哦！上帝如何引导他们的子弹……有些落在他们的前面（我方），有些却只是轻擦而过，有些子弹从他们的头上飞过，有些子弹落到他们旁边。哦！那些勇敢挺立的人，很少或根本未被他们的子弹所伤！这是主的杰作，是我眼睛所见的奇迹。
不过，在紧接而来的春天，战争的发展对国会并不十分有利。亨丽埃塔王后偷偷携带军火与军队返回英格兰，在牛津加入查理的阵容。埃塞克斯却因逃兵与疾病的折磨，不得不拖延战事。汉普登在查尔罗夫（Chalgrove）战场中身受重伤。1643年6月30日，国会的一支军队在阿德瓦尔顿·穆尔（Adwalton Moor）被打败，另外一支军队也于7月13日在环路镇（Roundway Town）被歼灭，布里斯托尔城也陷入国王手中。在最晦暗的时期，国会转向苏格兰求助，9月22日，与苏格兰委员会签订了《神圣联盟与宪章》（Solemn League and Convenant），请求苏格兰派遣一支劲旅帮助国会，以换取每月3万镑的津贴，附带条件为国会应在英格兰与爱尔兰地区建立新教的长老教会的教会形式——教会行政由长老会议控制，而不受主教统辖。在同一月，查理也与爱尔兰的暴动者达成和平协议，并引入一些人入英格兰替他打仗。英国的天主教徒们大为喜悦，新教徒对国王的反对日益剧烈。1644年1月，爱尔兰的入侵者在南特威奇（Nantwich）被打败，苏格兰的入侵者却节节进入英格兰。现在，内战涉及了3个国家与4种不同的信仰。
1643年7月1日，由121个英格兰教士、30个英格兰俗人（后来又有人加入）、8个苏格兰代表组成的威斯敏斯特会议，集会处理英格兰新长老教会的新教。由于国会统治的阻碍，会期拖延6年之久。有少数委员赞成主教制度，他们退出会议；一小撮清教独立派人士便要求每次集会须免除长老与主教们的干预；绝大多数人，遵循国会的保证与意志，赞成在英格兰、爱尔兰和苏格兰，由长老、长老会议、教区宗教会议及总会议，以管理宗教。国会于1643年取消了英国国教的主教制度，1646年采用并制订长老会制的组织与教义，但它本身享有所有宗教决议的否决权。1647年，威斯敏斯特出版了《威斯敏斯特信条》（Westminster Confesion of Faith）、《大教义问答》（Larger Catechism）和《小教义问答》（Smaller Catechism），重申加尔文派的命定论、选举与定罪的信仰。威斯敏斯特大会议的决定却因斯图亚特王朝的复辟与英国国教教会的恢复而被废止，但忏悔与基督教教义的问答却在说英语地区的长老教会里占有理论上的影响力。
威斯敏斯特会议与国会都同意拒绝其他小教派请求的宗教容忍。伦敦这个混合的城市，向国会请求镇压所有的异教。1648年，平民院通过法案，对反对幼年洗礼者处以无期徒刑，对否认三位一体、耶稣为神性与人性的联合、《圣经》的神圣启示、灵魂不朽论等观念者，处以死刑。许多耶稣会教士于1642年至1650年被处死。1645年1月10日，72岁的洛德大主教从伦敦塔被带上断头台。国会认为当时正是面临生死之战，无法做令人愉快的事情。克伦威尔当时却挺身而出采取一些容忍的措施。1643年，他在剑桥组织一个军团，称之为“铁军”（Ironsides），此名源自鲁伯特王子对克伦威尔个人的称呼。该军团除天主教徒与圣公会教徒外，欢迎任何信仰者参加，因为圣公会教徒“在军团前畏惧神，对他们所做的事求诸良心”。一位长老教会官员期望撤免一位中校，认为他是再洗礼教派，克伦威尔抗议：“先生，国家在选择人时，并不注意他们的意见如何。假若他们愿以忠诚服务，那便足够。”1644年，他恳求国会“致力发现一些较温和意识的方法，那些无法在所有事情上都臣属于共同的（宗教）规律之人……照《圣经》的指示，应该容忍他们”。国会无视该要求，但他继续在军团内实行比较宽大的容忍，直到他在英格兰握有权势。
克伦威尔能成为一位将军，是战争中最令人惊异的事之一。他与贵族费迪南多·费尔法克斯（Ferdinando Fairfax）在温丝比（Winceby）的胜利中（1643年10月11日）共享光荣。1644年7月2日的马斯顿·摩尔（Marston Moor）战役中，费尔法克斯溃败了，克伦威尔的“铁军”却幸存。其他的国会领袖，埃塞克斯伯爵和曼彻斯特伯爵，均遭到严重挫折或失败。曼彻斯特坦白他不愿意推翻国王。为了除掉这些挂名将军，克伦威尔于1644年12月9日提出《自我牺牲的条例》（Self-Denying Ordinance），基于此条例，所有的国会议员都放弃指挥权。该项建议于1645年4月3日再度被提出并被通过。埃塞克斯与曼彻斯特退休，托马斯·费尔法克斯爵士，费迪南多的儿子，被任命为最高统帅，不久他任命克伦威尔中将为骑兵司令。国会下令组成“新式”军队2.2万人，由克伦威尔统领并训练。
他在战事爆发之前，没有军事上的经验，但他人格的力量、坚定的目标与意志、他玩弄人类宗教和政治情感的纯熟技巧，使他将军团锻炼成为单一纪律与忠诚的队伍。清教的信仰与斯巴达的伦理观念，同样使他造就了这支意志坚强的军队。这些人并不破口骂人，相反，在他们的军营里从未听到诅咒，只听到传道和祈祷声。他们不偷不抢，但侵入教会并赶走那些“高级教士”或“天主教”的教士们。他们碰到敌人时，便以欢愉或愤怒的心情射击对方。他们战无不胜。1645年6月14日，在内斯比（Naseby），保皇党军正击溃托马斯·费尔法克斯的步兵时，克伦威尔以他新的骑兵扭转劣势，并取得压倒性胜利，使国王丧失了所有步兵、炮兵、半数的骑兵及通信文件的复本。这些文件被公布，揭露了他计划从爱尔兰带更多的军队到英格兰及废除抵抗天主教徒法律的企图。
从那时起，查理的情况急剧恶化。蒙特罗斯的马奎思子爵是他在苏格兰的一位英雄式将军，经历数次胜利后，在菲利藩（Philiphangh）被击溃，逃往欧陆。1645年7月30日，国会的军队占取了巴斯；8月23日，鲁伯特在布里斯托尔向费尔法克斯投降。国王转向各方求援，皆徒劳无功。其军队感觉无望，便用各种借口纷纷投奔敌方。他想利用分离与迂回曲折的谈判，试图分化敌人——将独立派与国会分立，国会与苏格兰分离——但均告失败。他准备遣送怀孕的妻子越过敌战区逃赴法国。现在，他只吩咐查理王子尽各种可能逃离英格兰，他自己化装后只带两个随员转道向北而去。1646年5月5日，查理向苏格兰投降。第一次内战至此结束。
