国会于1640年11月3日在威斯敏斯特召开。平民院由500人组成，代表财富，而不是代表英国人民。短期国会的绝大多数代表又回来了，筹划报仇。赛尔登、汉普登与平姆两度掌权。克伦威尔虽然还不是领袖，但已是一个受人瞩目的人物。
时隔久远，无法对之进行客观地描绘，因为从他崛起直至今日，历史学家们描述他是一位极富野心的伪君子，或称他是一个政治家圣人，个性极为矛盾——有时候他加以调和——他个性中相反的性质产生了这种矛盾的意见。这或许是了解奥立弗·克伦威尔的关键所在。
他是一位地主，但并非门阀，这使他被排除于政府之外，但他仍很辛苦地为维持它而付出代价。他的父亲罗伦在汉丁顿有点小产业，每年收入约3000镑。他的曾祖父理查德·威廉姆斯是亨利八世的大臣托马斯·克伦威尔的侄儿，改其姓为克伦威尔，从大臣或国王那里获得没收自天主教教会的庄园与税收。奥立弗当时只是10个小孩中的一个，而且是唯一未夭折的。他是文法学校的教师，是一位热心的传教士，写了一篇论文证明教皇是反基督的，另外一篇是记载这些声名狼藉的罪人所受的处罚。1616年，奥立弗进入剑桥西德尼·塞瑟克斯学院。塞缪尔·沃德（Samuel Ward）为其导师，此人1643年死于狱中，因为他采取强烈的清教徒立场反对洛德的改革与查理的“运动宣言”。很显然，奥立弗未毕业便离开了剑桥。后来（1638年）他述及自己当年的淘气：
你知道，我所持的人生态度是什么。哦！我是生活在可爱的黑暗与可恨的光明里，我是罪魁、罪魁，这是真的：我恨敬拜神明，但上帝怜悯我。哦！他何等丰富的慈爱！为我赞美他——为我祈祷，他开始了一件好的工作，将会在基督里完成。
他经历过所有忏悔的狂喜，他有死亡的幻觉与其他心灵的恐怖，使他永远与忧郁纠缠在一起，在其余生都以清教徒的虔敬规范其言行。他定居后结婚，有9个孩子，1628年成为市民的模范。28岁时，被选为汉丁顿代表出席国会，1631年，以1800镑出售其汉丁顿产业，移居圣艾芙斯（St.Ives）后又移住艾里。1640年，剑桥重新推举他出席国会，另一位议员描述他“穿着非常普通的衣服，一套素色的衣服……他的亚麻布不很清洁……衣领上总有一小点瑕疵，或两三点血迹，他的脸肿胀而有血色”，他的声音“尖锐而不和谐”，脾气“过度暴躁”，却能镇静控制。他支配他的时间，与上帝交谈，而具有10个人的力量。不过，上帝仍选择了其他方法。
平姆指责斯特拉福特是一位秘密的天主教徒，密谋自爱尔兰带军队入英国推翻国会及“改变法律与宗教”，国会表示其愤怒的情绪。1640年11月11日，平民院——从未忘记曾遭国王摒弃——弹劾斯特拉福特是叛国者，并将他送往伦敦塔监禁。12月16日，宣布新的英国国教教规是不合法的，倾向于教皇与叛逆，而弹劾洛德大主教，也将他送入伦敦塔。后来赛尔登供称：“我们控告教会里的高级教士，天主教的仪式使他们可憎，虽然我们知道他们没有这种罪过。”查理对这些不妥协的举动甚为困惑，他并未对其助手采取保护行动。王后为免除对国会的恐惧，请求她的告解神父向教皇求助。
双方的激动与热情日渐高涨。伦敦的激进派中的“彻底”派（Root and Branch Faction）——包括弥尔顿在内——请求国会废除主教管辖及恢复人民管理教会。某些主教认为它是恶劣的，“教皇不是反基督的……在宗教（天主教）中才能获得拯救”。平民院拒绝其诉愿，投票结果将教士逐出所有的立法与司法机关。贵族院有条件地同意主教们保留他们在贵族院的席次。不过，这正是平民院希望结束的，因为他们认为贵族院的主教们经常投票支持国王。有许多小册子辩护或攻击主教制度，致使该问题变成激烈的焦点——约瑟夫·贺尔（Joseph Hall）主教宣称这是由使徒或基督建立的神圣权力。5位长老教会信徒，便以假名“斯迈特纽斯”（Smectymnuus）公开发行有名的小册子给予答复，前面几篇为他们所写，以后的5篇为弥尔顿所写。1641年5月27日，克伦威尔再度提议全面取消主教制度，平民院通过该法案，却遭贵族院拒绝。9月1日，平民院决议三位一体的“可耻绘像”，所有圣母玛利亚的想象，所有的十字架与“迷信绘像”都须从英国教会中除去，安息日那天应该避免所有的“跳舞与其他运动”。另一阵迷信破除风也横扫英格兰，围绕祭坛的栏杆与屏风都被拿掉，彩色玻璃的窗子都被捣毁，神像也被推翻，绘像被切成许多碎片。平民院复于10月23日通过一项排斥主教的法案，国王因而诉诸贵族院，宣称他决心至死维护英国国教的既存教义与纪律，他确实这么做了。他的干预使法案失败，但愤怒的群众因而阻止主教们出席国会。他们中的12人签署了一项抗议书，宣称他们缺席时所做任何立法事项均为无效。国会弹劾、监禁他们，贵族院于1642年2月5日批准了排斥法案，主教们以后便不再出席国会了。
胜利的平民院开始巩固其力量。从伦敦城外借款来维持财政支出，通过法案，禁止任何在国会集会期间50天内或未得其同意而解散国会的举动，改革税制与司法，取消星室法庭与宫廷的最高委员会，停止各项专卖与船金的征收，取消不利于汉普登的裁决，承认国王有权征收进出口税，但仅限于在国会特许期间。查理也同意这些措施，国会从改革迈向革命了。
1641年3月，国会将斯特拉福特送审，4月宣布他叛逆的罪名，并送呈褫夺公权令给国王签署。不顾洛德的劝告，查理前往贵族院，宣称虽然他准备取消斯特拉福特担任公职的资格，但绝不同意以叛国罪名将其定罪。平民院称，这种皇室的出席破坏了国会的特权与自由。翌日，便有“众多的群众”聚集于贵族院与国王的王宫前，高喊“正义、公正”，要求把斯特拉福特处死。胆怯的枢密院要求查理让步，但遭到查理的拒绝。约克大主教请求签名。贵族们警告国王，他自己、王后以及儿女的性命都处于危险中，但仍为国王拒绝。最后，斯特拉福特自己呈给他一封劝他签署的信，作为驱走暴民的唯一抉择。查理签署了，但仍不原谅自己。1641年5月12日，斯特拉福特被执行判决。斯特拉福特经过时，洛德从他的狱中小室伸出手祝福他，斯特拉福特在满是敌意的群众前“成仁”而毫不啜泣。
斯特拉福特事件将平民院截然划分成后来竞争的辉格党（Whigs）与托利党（Tories）——一些人同意，而一些人反对进一步地将国王权力移转到国会。卢修斯·喀利（Lucius Cary）、福克兰（Falkland）子爵与爱德华·海德（Edward Hyde，即后来的克伦登公爵）便支持国会，他们现在怀疑：已遭受如此严重折磨的国王，是否能在伦敦统治暴民，在宗教上是否能统治清教徒的堡垒；已脱缰的国会是否废除政府对国教教会的支持，是否会威胁私人财富；是否会危害整个英国人的阶级结构。平姆、汉普登和克伦威尔或许承认这些危险，但还有比他们走得更远的人。他们已步入深渊，因此害怕若查理恢复其权力则将会危及他们的性命。在任何时刻国王都能从爱尔兰处调集由半数天主教徒组成、似斯特拉福特建议的军队来镇压他们。为了自身的安全起见，国会决定维持在英格兰北方友善的苏格兰军队，给予苏格兰礼金30万镑，又答应以后每月2.5万镑的补助金。
爱尔兰突然爆发的野蛮暴动（1641年10月）使国会更加恐惧。菲利姆·奥尼尔（Phelim O’Neill）、奥摩尔三世（Rory O’More III）与其他领导分子号召自由战争，反抗英国的殖民统治。天主教徒反抗压迫，爱尔兰反抗英格兰的残忍迫害，这次反叛因为带有愤怒情绪，他们的作风极为野蛮。爱尔兰的英国人，为保护那些在当时对他们来说似乎合法的财产与生命，以残忍回报野蛮，每一次胜利都演变成屠杀。英国国会又错误地怀疑国王鼓励爱尔兰的暴动，以便恢复天主教，而这种行为在日后将施之于英格兰，因此拒绝国王筹集资金以组成军队拯救在北方的英国人的要求。他们认为这种军队可能会转向对抗国会本身，致使爱尔兰的暴动继续蔓延于英国革命时期。
查理将两位被排斥与弹劾的主教升任至较高的职位时，革命行动便因而向前迈进一大步。愤怒的平民院议员提议“大抗议”（Grand Remonstrance），扼要公开地表示国会反对国王，并迫使他允许国会有权否决其对重要职位的任命。许多保守人士认为，这项措施将使行政权移转到国会，而减少国王的权力，使其成为无能力者。党派的分立愈来愈尖锐，争辩也愈趋激烈。议员们手持利剑支持各自的言论。克伦威尔稍后宣称，若该议案失败，他将远赴美洲。终于，议案以11票的优势通过，而在1641年12月1日呈送给国王。该议案首先肯定了对王室的忠诚；其次详细地陈述了国王对国会的攻击、他给予国家的损害、对国会的改革及已经矫正的那些弊病，做了一个评论，控告“天主教徒……主教们与教会中的腐败人士”，自私的议员与朝臣图谋英国恢复天主教；一再指出国王破坏了《权利请愿书》与试图利用高压手段来解散民选的国会，并要求国王召开一次宗教会议，以恢复英国国教信仰洛德改革以前的形式，建议国王撤除枢密院中所有反对国会政策的人，以后只能任用这类参赞、大使，其他部门首长……要被国会信任，否则他就不能对国王提供他个人的支持也不能提供新教徒的助力。
查理在该项最后通牒的期限内做出答复。12月15日，国会越过国王，向人民公开发布了“大抗议”。查理这才答复。他同意召开一次宗教会议以压制所有“天主教”的侵略；他拒绝剥夺主教在议会的投票权；他坚持有召集枢密院的权利，并公开录用那些他认为适当的人选；最后，他再度要求资金。相反，平民院提议《民兵法案》（Militia Bill）以控制军队。
平常就犹豫不决的查理，现在匆忙卷入国会宣布的战争状态。1642年1月3日，首席检察长以国王的名义，在贵族院控告5位平民院议员：平姆、汉普登、贺利斯、希西里格、威廉·斯托得——罪名是叛国与寻求推翻军队对国王的服从及鼓励“外来力量”（苏格兰）入侵英格兰而向国王挑战。翌日，查理带领他留守于门口的300名士兵进入平民院，逮捕那5位议员。他们跑到朋友家中避难。遭到挫折的国王说：“我看到所有的鸟儿都飞逃了。”他走出来时，他被那些大喊“特权”的人责难，因为这种王室与军队侵入国会显然是非法的。因担心议员可能全被逮捕，平民院便迁至市政厅，处于市民的保护之下。查理离开伦敦前赴汉普敦宫，平民院与被指控的5人才返回威斯敏斯特。亨丽埃塔王后秘密地遁回法国，以珠宝收买支持国王的力量。查理与掌玺大臣同赴北方，他试图进入赫尔，并在此补给军需，但该城拒绝他进入，他只好转赴约克城。国会于1642年3月5日，命令所有的武装力量只服从国会。35位贵族与65位平民院议员从国会中退出，共赴约克加入查理的阵营。海德现在成为国王的首席顾问。
6月2日，国会转送查理19条建议，他接受即是维持和平最基本的条件。他须将军队与所有军事要地的控制权交给国会，国会校订宗教仪式与整顿教会行政，任命与解职所有皇家大臣与皇子的监护人，排斥所有在这次事件以后产生的贵族院议员。查理拒绝那些建议，认为那样无疑是君政的实质破坏。好像是法国大革命的预演，国会指定了公安委员会，7月12日命令：“立刻组成一支军队。”克伦威尔与其他人便返回自己的自治市镇招募志愿军。8月2日，在向国家的上诉中，国会反叛的基础不在于国会向往统治权，而在于以天主教徒在英国起义而祸患即将来临。警告全国说，国王的胜利将会迎来对新教徒的大屠杀。8月17日，特务分子包围了军事仓库。8月27日，查理在诺丁翰扬起军旗，从而启开了内战。
